pFoF: a highly scalable halo-finder for large cosmological data sets

We present a parallel implementation of the friends-of-friends algorithm and an innovative technique for reducing complex-shaped data to a user-friendly format. This code, named pFoF, contains an optimized post-processing workflow that reduces the input data coming from gravitational codes, arranges them in a user-friendly format and detects groups of particles using percolation and merging methods. The pFoF code also allows for detecting structures in sub- or non-cubic volumes of the comoving box. In addition, the code offers the possibility of performing new halo-findings with a lower percolation factor, useful for more complex analysis. In this paper, we give standard test results and show performance diagnostics to stress the robustness of pFoF. This code has been extensively tested up to 32768 MPI processes and has proved to be highly scalable with an efficiency of more than 75%. It has been used for analysing the Dark Energy Universe Simulation: Full Universe Runs (DEUS-FUR) project, the first cosmological simulations of the entire observable Universe, modelled with more than half a trillion dark matter particles

The right to food for a just transition towards sustainable food systems in the EU:How the right to food can underpin and guide the European Commission’s work on a legislative Framework for Sustainable Food Systems (FSFS)

Placing the right to food at the centre of the European legislative framework for sustainable food systems (FSFS) would establish new foundations for European law related to food systems and enable the necessary systemic and structural changes for their sustainability. This report, commissioned by FIAN Belgium and prepared by a collective of European legal experts, provides scientific expertise to ongoing discussions on the FSF

Le droit à l'alimentation pour une transition juste vers des systèmes alimentaires durables: Comment le droit à l'alimentation peut fonder et guider les travaux de la Commission européenne sur une législation cadre européenne (FSFS) pour des systèmes alimentaires durables

Placer le droit à l’alimentation au centre de la législation cadre européenne pour des systèmes alimentaires durables (FSFS) permettrait de poser de nouvelles fondations pour le droit européen relatif aux systèmes alimentaires et de porter les changements systémiques et structurels qui sont nécessaires en vue de leur durabilité. Ce rapport, rédigé à la demande de FIAN Belgique, par un collectif d’experts juridiques européens, apporte une expertise scientifique aux réflexions et débats en cours sur le FSFS. En tant que législation cadre, le FSFS offre l’opportunité d’adopter un instrument européen ambitieux. Ce rapport montre que le droit à l’alimentation offre des fondements solides pour guider la transition des systèmes alimentaires et émet des recommandations concrètes pour intégrer le contenu normatif du droit à l’alimentation dans le FSF

Quality of animal-source foods: lessons from a collective scientific expertise

peer reviewedCette synthèse dresse un bilan critique de l'état des connaissances sur la qualité des aliments d'origine animale selon les conditions de production de l’animal et de transformation des produits, y compris les attentes et comportements des consommateurs et les effets de la consommation des aliments sur la santé humaine. La qualité a été déclinée selon sept dimensions : sanitaires, commerciales, organoleptiques, nutritionnelles, technologiques, d’usage et d’image. Ces dernières recouvrent les dimensions éthiques, culturelles et environnementales associées à l'origine de l'aliment et à la manière dont il a été élaboré. Ce cadre permet de mettre en évidence les priorités accordées à ces différentes dimensions et d'identifier les antagonismes et synergies potentiels entre elles. Nous faisons un constat de priorité accordée aux dimensions commerciales de la qualité, notamment pour les produits standards. Cette priorité a fortement orienté la sélection génétique et les pratiques d’élevage dans toutes les filières. Elle a permis des gains quantitatifs considérables, mais souvent au détriment d'autres dimensions de la qualité. Des exemples emblématiques sont le poulet de chair standard, pour lequel la sélection sur la vitesse de croissance et le rendement en filet ont eu des conséquences délétères sur les propriétés organoleptiques, nutritionnelles et d'image, et le devenir des mâles dans la filière poules pondeuses et certaines filières laitières, qui ont fortement spécialisé leurs animaux. La qualité peut se construire mais aussi s’altérer tout au long de la chaîne alimentaire. Nous soulignons les facteurs et les périodes critiques, comme les pratiques d’élevage, notamment l'alimentation des animaux, les phases de pré-abattage et d'abattage, les pratiques de transformation et de formulation des aliments. Nous pointons certains facteurs qui créent des antagonismes entre différentes dimensions de la qualité, comme la castration des porcs mâles, la substitution des aliments d'origine marine par des aliments d'origine végétale chez les poissons, et l'utilisation des nitrites dans la transformation de la viande. Les recherches s’orientent vers les possibles compromis entre ces effets positifs et négatifs et/ou vers des solutions pour dépasser ces antagonismes. Il y a aussi des aliments qui valorisent des synergies entre différentes dimensions de la qualité et entre les phases de production et de transformation, notamment les indications géographiques. Les études d’épidémiologie nutritionnelle montrent des associations entre la consommation d'aliments d'origine animale et l'augmentation ou la diminution du risque de maladies chroniques ; elles ont permis de formuler des recommandations en matière de santé publique. Cependant, elles ne prennent pas encore en compte les conditions de production et de transformation, et nous pointons le besoin d’une meilleure connexion entre les communautés scientifiques à l’échelle de l’élevage, de la transformation, de la nutrition humaine et de l'épidémiologie pour combler cette lacune. Les besoins de recherche et les pistes d'action publique sont discutés.This article critically reviews the state of knowledge on the quality of animal-source foods according to animal production and food processing conditions, including consumer expectations-behaviours and the effects of consumption of animal-source foods on human health. Quality has been defined through seven core attributes: safety, commercial, sensory, nutritional, technological, convenience, and image. Image covers ethical, cultural and environmental dimensions associated with the origin of the food and the way it is produced and processed. This framework enables to highlight the priorities given to the different quality attributes. It also helps to identify potential antagonisms and synergies among quality attributes, between production and processing stages, and among stakeholders. Primacy is essentially given to commercial quality attributes, especially for standard-commodity animal-source foods. This primacy has strongly influenced genetic selection and farming practices in all livestock commodity chains and enabled substantial quantitative gains, although at the expense of other quality traits. Focal issues are the destructuration of chicken muscle that compromises sensory, nutritional and image quality attributes, and the fate of males in the egg and dairy sectors, which have heavily specialized their animals. Quality can be gained but can also be lost throughout the farm-to-fork continuum. Our review highlights critical factors and periods throughout animal production and food processing routes, such as on-farm practices, notably animal feeding, pre-slaughter and slaughter phases, food processing techniques, and food formulation. It also reveals on-farm and processing factors that create antagonisms among quality attributes, such as the castration of male pigs, the substitution of marine-source feed by plant-based feed in fish, and the use of sodium nitrite in meat processing. These antagonisms require scientific data to identify trade-offs among quality attributes and/or solutions to help overcome these tensions. There are also food products that value synergies between quality attributes and between production and processing phases, particularly Geographical Indications. Human epidemiological studies have found associations between consumption of animal-source foods and increased or decreased risk for chronic non-communicable diseases. These associations have informed public health recommendations. However, they have not yet considered animal production and food processing conditions. A concerted and collaborative effort is needed from scientists working in animal science, food process engineering, consumer science, human nutrition and epidemiology in order to address this research gap. Avenues for research and main options for policy action are discussed

La qualité des aliments d’origine animale : enseignements d’une expertise scientifique collective

Séance : Qualité des produitsInternational audienceThis article critically reviews the state of knowledge on the quality of animal-source foods according to animal production and food processing conditions, including consumesafety, commercial, sensory, nutritional, technological, convenience, and image. Image covers ethical, cultural and environmental dimensions associated with the origin of the food and the way it is produced and processed. This framework enables to highlight the priorities given to the different quality attributes. It also helps to identify potential antagonisms and synergies among quality attributes, between production and processing stages, and among stakeholders. Primacy is essentially given to commercial quality attributes, especially for standard-commodity animal-source foods. This primacy has strongly influenced genetic selection and farming practices in all livestock commodity chains and enabled substantial quantitative gains, although at the expense of other quality traits. Focal issues are the destructuration of chicken muscle that compromises sensory, nutritional and image quality attributes, and the fate of males in the egg and dairy sectors, which have heavily specialized their animals. Quality can be gained but can also be lost throughout the farm-to-fork continuum. Our review highlights critical factors and periods throughout animal production and food processing routes, such as on-farm practices, notably animal feeding, pre-slaughter and slaughter phases, food processing techniques, and food formulation. It also reveals on-farm and processing factors that create antagonisms among quality attributes, such as the castration of male pigs, the substitution of marine-source feed by plant-based feed in fish, and the use of sodium nitrite in meat processing. These antagonisms require scientific data to identify trade-offs among quality attributes and/or solutions to help overcome these tensions. There are also food products that value synergies between quality attributes and between production and processing phases, particularly Geographical Indications. Human epidemiological studies have found associations between consumption of animal-source foods and increased or decreased risk for chronic non-communicable diseases. These associations have informed public health recommendations. However, they have not yet considered animal production and food processing conditions. A concerted and collaborative effort is needed from scientists working in animal science, food process engineering, consumer science, human nutrition and epidemiology in order to address this research gap. Avenues for research and main options for policy action are discussed.r expectations-behaviours and the effects of consumption of animal-source foods on human health. Quality has been defined through seven core attributes:Cette synthèse dresse un bilan critique de l'état des connaissances sur la qualité des aliments d'origine animale selon les conditions de production de l’animal et de transformation des produits, y compris les attentes et comportements des consommateurs et les effets de la consommation des aliments sur la santé humaine. La qualité a été déclinée selon sept dimensions : sanitaire, commerciale, organoleptique, nutritionnelle, technologique, d’usage et d’image. Cette dernière recouvre les dimensions éthiques, culturelles et environnementales associées à l'origine de l'aliment et à la manière dont il a été élaboré. Ce cadre permet de mettre en évidence les priorités accordées à ces différentes dimensions et d'identifier les antagonismes et synergies potentiels entre elles. Nous faisons un constat de priorité accordée aux dimensions commerciales de la qualité, notamment pour les produits standards. Cette priorité a fortement orienté la sélection génétique des animaux et les pratiques d’élevage dans toutes les filières. Elle a permis des gains quantitatifs considérables, mais souvent au détriment d'autres dimensions de la qualité. Des exemples emblématiques sont le poulet de chair standard, pour lequel la sélection sur la vitesse de croissance et le rendement en filet ont eu des conséquences délétères sur les propriétés organoleptiques, nutritionnelles et d'image, et le devenir des mâles dans la filière poules pondeuses ; et certaines filières laitières, qui ont fortement spécialisé leurs animaux. La qualité peut se construire mais aussi s’altérer tout au long de la chaîne alimentaire. Nous soulignons les facteurs et les périodes critiques, comme les pratiques d’élevage, notamment l'alimentation des animaux, les phases de pré-abattage et d'abattage, les pratiques de transformation et de formulation des aliments. Nous pointons certains facteurs qui créent des antagonismes entre différentes dimensions de la qualité, comme la castration des porcs mâles, la substitution des aliments d'origine marine par des aliments d'origine végétale chez les poissons, et l'utilisation des nitrites dans la transformation de la viande. Les recherches s’orientent vers les possibles compromis entre ces effets positifs et négatifs et/ou vers des solutions pour dépasser ces antagonismes. Il y a aussi des aliments qui valorisent des synergies entre différentes dimensions de la qualité et entre les phases de production et de transformation, notamment les indications géographiques. Les études d’épidémiologie nutritionnelle montrent des associations entre la consommation d'aliments d'origine animale et l'augmentation ou la diminution du risque de maladies chroniques ; elles ont permis de formuler des recommandations en matière de santé publique. Cependant, elles ne prennent pas encore en compte les conditions de production et de transformation, et nous pointons le besoin d’une meilleure connexion entre les communautés scientifiques à l’échelle de l’élevage, de la transformation, de la nutrition humaine et de l'épidémiologie pour combler cette lacune. Les besoins de recherche et les pistes d'action publique sont discutés

Review: Quality of animal-source foods

International audienceThis article critically reviews the current state of knowledge on the quality of animal-source foods according to animal production and food processing conditions, including consumer expectations-behaviours and the effects of consumption of animal-source foods on human health. Quality has been defined through seven core attributes: safety, commercial, sensory, nutritional, technological, convenience, and image. Image covers ethical, cultural and environmental dimensions associated with the origin of the food and the way it is produced and processed. This framework enabled to highlight the priorities given to the different quality attributes. It also helped to identify potential antagonisms and synergies among quality attributes, between production and processing stages, and among stakeholders. Primacy is essentially given to commercial quality attributes, especially for standard commodity animal-source foods. This primacy has strongly influenced genetic selection and farming practices in all livestock commodity chains and enabled substantial quantitative gains, although at the expense of other quality traits. Focal issues are the destructuration of chicken muscle that compromises sensory, nutritional and image quality attributes, and the fate of males in the egg and dairy sectors, which have heavily specialised their animals. Quality can be gained but can also be lost throughout the farm-to-fork continuum. Our review highlights critical factors and periods throughout animal production and food processing routes, such as on-farm practices, notably animal feeding, preslaughter and slaughter phases, food processing techniques, and food formulation. It also reveals on-farm and processing factors that create antagonisms among quality attributes, such as the castration of male pigs, the substitution of marine-source feed by plant-based feed in fish, and the use of sodium nitrite in meat processing. These antagonisms require scientific data to identify trade-offs among quality attributes and/or solutions to help overcome these tensions. However, there are also food products that value synergies between quality attributes and between production and processing phases, particularly Geographical Indications, such as for cheese and dry-cured ham. Human epidemiological studies have found associations between consumption of animal-source foods and increased or decreased risk for chronic non-communicable diseases. These associations have informed public health recommendations. However, they have not yet considered animal production and food processing conditions. A concerted and collaborative effort is needed from scientists working in animal science, food process engineering, consumer science, human nutrition and epidemiology in order to address this research gap. Avenues for research and main options for policy action are discusse

Qualité des aliments d'origine animale : production et transformation

International audienceDepuis une dizaine d’années, de nombreuses études questionnent notre consommation d’aliments d’origine animale. Les impacts de l’élevage sur l’environnement, les effets sur la santé humaine d’une consommation excessive de viande rouge et de charcuterie ainsi que les préoccupations d’éthique envers les animaux ont fait évoluer l’image de ces produits. Peu de travaux ont cependant analysé leur qualité dans ses différentes dimensions. C’est ce que propose cet ouvrage qui reprend les principaux enseignements d’une expertise scientifique collective coordonnée par INRAE en 2020. Il caractérise conjointement les propriétés organoleptiques, nutritionnelles, sanitaires, technologiques, commerciales, d’usage et d’image de ces aliments.Embrassant toute la chaîne de fabrication de l’aliment, il pointe les facteurs d’élevage et de transformation influant sur la qualité et souligne les possibles antagonismes ou synergies entre les dimensions de la qualité et entre les différentes étapes de l’élaboration du produit. Les auteurs comparent, par ailleurs, les engagements spécifiques des produits bénéficiant de signes de qualité (bio, Label rouge, AOP, IGP, STG)

La qualité des aliments d’origine animale : enseignements d’une expertise scientifique collective

Séance : Qualité des produitsInternational audienceThis article critically reviews the state of knowledge on the quality of animal-source foods according to animal production and food processing conditions, including consumesafety, commercial, sensory, nutritional, technological, convenience, and image. Image covers ethical, cultural and environmental dimensions associated with the origin of the food and the way it is produced and processed. This framework enables to highlight the priorities given to the different quality attributes. It also helps to identify potential antagonisms and synergies among quality attributes, between production and processing stages, and among stakeholders. Primacy is essentially given to commercial quality attributes, especially for standard-commodity animal-source foods. This primacy has strongly influenced genetic selection and farming practices in all livestock commodity chains and enabled substantial quantitative gains, although at the expense of other quality traits. Focal issues are the destructuration of chicken muscle that compromises sensory, nutritional and image quality attributes, and the fate of males in the egg and dairy sectors, which have heavily specialized their animals. Quality can be gained but can also be lost throughout the farm-to-fork continuum. Our review highlights critical factors and periods throughout animal production and food processing routes, such as on-farm practices, notably animal feeding, pre-slaughter and slaughter phases, food processing techniques, and food formulation. It also reveals on-farm and processing factors that create antagonisms among quality attributes, such as the castration of male pigs, the substitution of marine-source feed by plant-based feed in fish, and the use of sodium nitrite in meat processing. These antagonisms require scientific data to identify trade-offs among quality attributes and/or solutions to help overcome these tensions. There are also food products that value synergies between quality attributes and between production and processing phases, particularly Geographical Indications. Human epidemiological studies have found associations between consumption of animal-source foods and increased or decreased risk for chronic non-communicable diseases. These associations have informed public health recommendations. However, they have not yet considered animal production and food processing conditions. A concerted and collaborative effort is needed from scientists working in animal science, food process engineering, consumer science, human nutrition and epidemiology in order to address this research gap. Avenues for research and main options for policy action are discussed.r expectations-behaviours and the effects of consumption of animal-source foods on human health. Quality has been defined through seven core attributes:Cette synthèse dresse un bilan critique de l'état des connaissances sur la qualité des aliments d'origine animale selon les conditions de production de l’animal et de transformation des produits, y compris les attentes et comportements des consommateurs et les effets de la consommation des aliments sur la santé humaine. La qualité a été déclinée selon sept dimensions : sanitaire, commerciale, organoleptique, nutritionnelle, technologique, d’usage et d’image. Cette dernière recouvre les dimensions éthiques, culturelles et environnementales associées à l'origine de l'aliment et à la manière dont il a été élaboré. Ce cadre permet de mettre en évidence les priorités accordées à ces différentes dimensions et d'identifier les antagonismes et synergies potentiels entre elles. Nous faisons un constat de priorité accordée aux dimensions commerciales de la qualité, notamment pour les produits standards. Cette priorité a fortement orienté la sélection génétique des animaux et les pratiques d’élevage dans toutes les filières. Elle a permis des gains quantitatifs considérables, mais souvent au détriment d'autres dimensions de la qualité. Des exemples emblématiques sont le poulet de chair standard, pour lequel la sélection sur la vitesse de croissance et le rendement en filet ont eu des conséquences délétères sur les propriétés organoleptiques, nutritionnelles et d'image, et le devenir des mâles dans la filière poules pondeuses ; et certaines filières laitières, qui ont fortement spécialisé leurs animaux. La qualité peut se construire mais aussi s’altérer tout au long de la chaîne alimentaire. Nous soulignons les facteurs et les périodes critiques, comme les pratiques d’élevage, notamment l'alimentation des animaux, les phases de pré-abattage et d'abattage, les pratiques de transformation et de formulation des aliments. Nous pointons certains facteurs qui créent des antagonismes entre différentes dimensions de la qualité, comme la castration des porcs mâles, la substitution des aliments d'origine marine par des aliments d'origine végétale chez les poissons, et l'utilisation des nitrites dans la transformation de la viande. Les recherches s’orientent vers les possibles compromis entre ces effets positifs et négatifs et/ou vers des solutions pour dépasser ces antagonismes. Il y a aussi des aliments qui valorisent des synergies entre différentes dimensions de la qualité et entre les phases de production et de transformation, notamment les indications géographiques. Les études d’épidémiologie nutritionnelle montrent des associations entre la consommation d'aliments d'origine animale et l'augmentation ou la diminution du risque de maladies chroniques ; elles ont permis de formuler des recommandations en matière de santé publique. Cependant, elles ne prennent pas encore en compte les conditions de production et de transformation, et nous pointons le besoin d’une meilleure connexion entre les communautés scientifiques à l’échelle de l’élevage, de la transformation, de la nutrition humaine et de l'épidémiologie pour combler cette lacune. Les besoins de recherche et les pistes d'action publique sont discutés

La qualité des aliments d’origine animale : enseignements d’une expertise scientifique collective

Séance : Qualité des produitsInternational audienceThis article critically reviews the state of knowledge on the quality of animal-source foods according to animal production and food processing conditions, including consumesafety, commercial, sensory, nutritional, technological, convenience, and image. Image covers ethical, cultural and environmental dimensions associated with the origin of the food and the way it is produced and processed. This framework enables to highlight the priorities given to the different quality attributes. It also helps to identify potential antagonisms and synergies among quality attributes, between production and processing stages, and among stakeholders. Primacy is essentially given to commercial quality attributes, especially for standard-commodity animal-source foods. This primacy has strongly influenced genetic selection and farming practices in all livestock commodity chains and enabled substantial quantitative gains, although at the expense of other quality traits. Focal issues are the destructuration of chicken muscle that compromises sensory, nutritional and image quality attributes, and the fate of males in the egg and dairy sectors, which have heavily specialized their animals. Quality can be gained but can also be lost throughout the farm-to-fork continuum. Our review highlights critical factors and periods throughout animal production and food processing routes, such as on-farm practices, notably animal feeding, pre-slaughter and slaughter phases, food processing techniques, and food formulation. It also reveals on-farm and processing factors that create antagonisms among quality attributes, such as the castration of male pigs, the substitution of marine-source feed by plant-based feed in fish, and the use of sodium nitrite in meat processing. These antagonisms require scientific data to identify trade-offs among quality attributes and/or solutions to help overcome these tensions. There are also food products that value synergies between quality attributes and between production and processing phases, particularly Geographical Indications. Human epidemiological studies have found associations between consumption of animal-source foods and increased or decreased risk for chronic non-communicable diseases. These associations have informed public health recommendations. However, they have not yet considered animal production and food processing conditions. A concerted and collaborative effort is needed from scientists working in animal science, food process engineering, consumer science, human nutrition and epidemiology in order to address this research gap. Avenues for research and main options for policy action are discussed.r expectations-behaviours and the effects of consumption of animal-source foods on human health. Quality has been defined through seven core attributes:Cette synthèse dresse un bilan critique de l'état des connaissances sur la qualité des aliments d'origine animale selon les conditions de production de l’animal et de transformation des produits, y compris les attentes et comportements des consommateurs et les effets de la consommation des aliments sur la santé humaine. La qualité a été déclinée selon sept dimensions : sanitaire, commerciale, organoleptique, nutritionnelle, technologique, d’usage et d’image. Cette dernière recouvre les dimensions éthiques, culturelles et environnementales associées à l'origine de l'aliment et à la manière dont il a été élaboré. Ce cadre permet de mettre en évidence les priorités accordées à ces différentes dimensions et d'identifier les antagonismes et synergies potentiels entre elles. Nous faisons un constat de priorité accordée aux dimensions commerciales de la qualité, notamment pour les produits standards. Cette priorité a fortement orienté la sélection génétique des animaux et les pratiques d’élevage dans toutes les filières. Elle a permis des gains quantitatifs considérables, mais souvent au détriment d'autres dimensions de la qualité. Des exemples emblématiques sont le poulet de chair standard, pour lequel la sélection sur la vitesse de croissance et le rendement en filet ont eu des conséquences délétères sur les propriétés organoleptiques, nutritionnelles et d'image, et le devenir des mâles dans la filière poules pondeuses ; et certaines filières laitières, qui ont fortement spécialisé leurs animaux. La qualité peut se construire mais aussi s’altérer tout au long de la chaîne alimentaire. Nous soulignons les facteurs et les périodes critiques, comme les pratiques d’élevage, notamment l'alimentation des animaux, les phases de pré-abattage et d'abattage, les pratiques de transformation et de formulation des aliments. Nous pointons certains facteurs qui créent des antagonismes entre différentes dimensions de la qualité, comme la castration des porcs mâles, la substitution des aliments d'origine marine par des aliments d'origine végétale chez les poissons, et l'utilisation des nitrites dans la transformation de la viande. Les recherches s’orientent vers les possibles compromis entre ces effets positifs et négatifs et/ou vers des solutions pour dépasser ces antagonismes. Il y a aussi des aliments qui valorisent des synergies entre différentes dimensions de la qualité et entre les phases de production et de transformation, notamment les indications géographiques. Les études d’épidémiologie nutritionnelle montrent des associations entre la consommation d'aliments d'origine animale et l'augmentation ou la diminution du risque de maladies chroniques ; elles ont permis de formuler des recommandations en matière de santé publique. Cependant, elles ne prennent pas encore en compte les conditions de production et de transformation, et nous pointons le besoin d’une meilleure connexion entre les communautés scientifiques à l’échelle de l’élevage, de la transformation, de la nutrition humaine et de l'épidémiologie pour combler cette lacune. Les besoins de recherche et les pistes d'action publique sont discutés