La caracterización fenotípica y genotípica de Serratia marcescens proveniente de la Unidad de Neonatología de Referencia de Belém (Pará, Brasil)

Centro Universitário do Pará. Curso de Pós-Graduação em Análises Clínicas. Belém, PA, Brasil / Laboratório de Patologia Clínica e Laboratorial Dr. Paulo Azevedo. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Departamento de Medicina. Belém, PA, Brasil.Centro Universitário do Pará. Curso de Pós-Graduação em Análises Clínicas. Belém, PA, Brasil.Laboratório de Patologia Clínica e Laboratorial Dr. Paulo Azevedo. Belém, PA, Brasil.Laboratório de Patologia Clínica e Laboratorial Dr. Paulo Azevedo. Belém, PA, Brasil.Centro Universitário do Pará. Curso de Pós-Graduação em Análises Clínicas. Belém, PA, Brasil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.A Serratia marcescens tem sido relatada como importante agente de infecções relacionadas à saúde, destacando-se por apresentar elevado nível de resistência intrínseca aos antimicrobianos usados em neonatologia, além de persistir por longos períodos no ambiente hospitalar. Neste trabalho foram avaliadas, por métodos fenotípicos e moleculares, S. marcescens recuperadas a partir de colonização do trato gastrointestinal ou sepse tardia em neonatos internados em Unidade Neonatal em Belém. A identificação das S. marcescens e o teste de sensibilidade foram realizados por meio de sistema automatizado Vitek (BioMérieux); a suscetibilidade ao ertapenem foi avaliada com auxílio de disco contendo 10 µg da droga (Oxoide). A genotipagem foi feita por ERIC-PCR usando os primers ERIC1 (5'-TGAATCCCCAGGAGCTTACAT-3') e ERIC2 (5'-AAGTAAGTGACTGGGGTGAGCG-3'). Foram obtidas 22 cepas de S. marcescens, sendo 15 recuperadas de hemoculturas, e sete de vigilância (swab retal); todas apresentaram resistência a: ampicilina, ampicilina-sulbactam, gentamicina e cefalotina. Não foi observada resistência a: ciprofloxacina, imipenem, meropenem e ertapenem. Quanto aos demais antibióticos avaliados, o perfil de suscetibilidade foi variável. Foram obtidos 11 padrões de amplificação por ERIC-PCR, dois foram compartilhados por 14 isolados. Foi possível observar um padrão polimórfico característico para as cepas provenientes de colonização gastrointestinal, exceto em dois casos, que apresentaram padrões genotípicos relacionadas a casos de sepse. Os dados obtidos neste trabalho confirmam o elevado índice de resistência da S. marcescens aos antimicrobianos; no entanto, todos os isolados apresentaram sensibilidade à ciprofloxacina e aos carbapenêmicos. A tipagem por meio de antibiograma e ERIC-PCR sugere dispersão de clones associados à colonização ou sepse entre alas na Unidade Neonatal do hospital estudado.Serratia marcescens has been reported as an important agent of health care-related infections and has been highlighted for presenting a high level of intrinsic resistance to antimicrobials used in neonatology, besides persisting in hospital environments for long periods. In this work, S. marcescens was recovered from colonies in the gastrointestinal tract or late sepsis in newborn infants hospitalized in a Neonatal Unit in Belém. The identification of S. marcescens and the sensitivity test was carried out using a Vitek (BioMérieux) automated system; susceptibility to ertapenem was assessed using e-test strips (Oxoid). Genotyping was executed by ERIC-PCR using the primers ERIC1 (5’-TGAATCCCCAGGAGCTTACAT-3’) and ERIC2 (5’-AAGTAAGTGACTGGGGTGAGCG-3’). Twenty-two strains of S. marcescens were recovered: 15 from hemocultures and seven from surveillance (rectal swab culture). All presented resistance to ampicillin, ampicillinsulbactam, gentamicin and cephalothin. There were no indications of resistance to ciprofloxacin, imipenem, meropenem or ertapenem. The susceptibility profiles varied for other antibiotics. Eleven amplification patterns by ERIC-PCR were obtained, and two were shared by 14 isolates. It was possible to observe a characteristic polymorphic pattern in the strains from gastrointestinal colonization, except for two cases, which presented genotypic patterns related to cases of sepsis. The data obtained in this work confirm the high level of resistance of S. marcescens against antimicrobials; however, all isolates displayed sensitivity to ciprofloxacin and carbapenemics. Antibiogram and ERIC-PCR typing suggest a dispersion of clones associated with colonization or sepsis among the wards of the Neonatal Unit in the surveyed hospital

Molecular epidemiology of mycobacteria among herds in Marajó Island, Brazil, reveals strains genetically related and potential zoonotic risk of clinical relevance

Artigo encontra-se em acesso aberto pela editora a partir de 28/03/2020 - https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134819302710Submitted by Sandra Infurna ([email protected]) on 2020-03-28T16:17:56Z No. of bitstreams: 1 PhilipSuffys_HGomes_etal_IOC_2020.pdf: 1369963 bytes, checksum: 2be22810836abbae7af721ac85441f65 (MD5)Approved for entry into archive by Sandra Infurna ([email protected]) on 2020-03-28T16:49:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PhilipSuffys_HGomes_etal_IOC_2020.pdf: 1369963 bytes, checksum: 2be22810836abbae7af721ac85441f65 (MD5)Made available in DSpace on 2020-03-28T16:49:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PhilipSuffys_HGomes_etal_IOC_2020.pdf: 1369963 bytes, checksum: 2be22810836abbae7af721ac85441f65 (MD5) Previous issue date: 2020Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas e da Saúde. Programa de Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brasil.Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas e da Saúde. Programa de Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brasil / Universidade de Lisboa. Faculdade de Farmácia. Lisboa, Portugal.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Laboratório de Bacteriologia e Bioensaios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Levilândia, Ananindeua, PA, Brasil.Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas e da Saúde. Programa de Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brasil.Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada à Microbactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada à Microbactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Geoprocessamento. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro, RJ, BrasilUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro, RJ, BrasilUniversidade Federal Rural da Amazônia. Instituto da Saúde e Produção Animal. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal Rural da Amazônia. Instituto da Saúde e Produção Animal. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Estudos em Saúde Coletiva. Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal Rural da Amazônia. Programa Pós-graduação em Saúde e Produção Animal na Amazônia. Belém, PA, Brasil.Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Levilândia, Ananindeua, PA, Brasil.Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas e da Saúde. Programa de Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brasil / Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Levilândia, Ananindeua, PA, Brasil.Mycobacterium bovis is the main causative agent of bovine tuberculosis (bTB) being among the animal-adapted Mycobacterium tuberculosis complex. Herds can also be infected with non-tuberculous mycobacteria (NTM) causing a negative effect on the economy and on animal and human health through zoonotic infections. Molecular tools are required for mycobacteria identification; thus, it is laborious to determine the epidemiological information of mycobacteria among herds. We aimed to describe the mycobacterial pathogens associated with cases of suspected bTB lesions in cattle/buffaloes slaughtered for consumption and to investigate bTB transmission. We evaluated 74 lesion samples from 48 animals (27 bovine/21 buffaloes) from 16 mapped farms. Positives samples from nested-PCR were cultured in Lowenstein-Jensen (LJ), 2% pyruvate (LJ + P), and 2% glycerol (LJ + G) media, followed by Ziehl-Neelsen (ZN) staining technique and partial gene sequencing (hsp65, rpoB, and 16S-rRNA). Spoligotyping and 24-MIRU-VNTR were performed. The LJ + P increased the chance of obtaining bacilli. The respiratory tract and the oral cavity were the most important infection route. In addition, the calcified part of the lesions suggested chronic bTB. Spoligotypes of M. bovis (SIT986/SB0885) differed from others found in South America, and the MIRU-VNTR 24 loci suggested that bTB was associated to highly related strains. The NTM species found are of clinical importance in humans

NEOTROPICAL CARNIVORES: a data set on carnivore distribution in the Neotropics

Mammalian carnivores are considered a key group in maintaining ecological health and can indicate potential ecological integrity in landscapes where they occur. Carnivores also hold high conservation value and their habitat requirements can guide management and conservation plans. The order Carnivora has 84 species from 8 families in the Neotropical region: Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Otariidae; Phocidae; Procyonidae; and Ursidae. Herein, we include published and unpublished data on native terrestrial Neotropical carnivores (Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Procyonidae; and Ursidae). NEOTROPICAL CARNIVORES is a publicly available data set that includes 99,605 data entries from 35,511 unique georeferenced coordinates. Detection/non-detection and quantitative data were obtained from 1818 to 2018 by researchers, governmental agencies, non-governmental organizations, and private consultants. Data were collected using several methods including camera trapping, museum collections, roadkill, line transect, and opportunistic records. Literature (peer-reviewed and grey literature) from Portuguese, Spanish and English were incorporated in this compilation. Most of the data set consists of detection data entries (n = 79,343; 79.7%) but also includes non-detection data (n = 20,262; 20.3%). Of those, 43.3% also include count data (n = 43,151). The information available in NEOTROPICAL CARNIVORES will contribute to macroecological, ecological, and conservation questions in multiple spatio-temporal perspectives. As carnivores play key roles in trophic interactions, a better understanding of their distribution and habitat requirements are essential to establish conservation management plans and safeguard the future ecological health of Neotropical ecosystems. Our data paper, combined with other large-scale data sets, has great potential to clarify species distribution and related ecological processes within the Neotropics. There are no copyright restrictions and no restriction for using data from this data paper, as long as the data paper is cited as the source of the information used. We also request that users inform us of how they intend to use the data