The 20 February 2010 Madeira flash-floods: synoptic analysis and extreme rainfall assessment

This study aims to characterise the rainfall exceptionality and the meteorological context of the 20 February 2010 flash-floods in Madeira (Portugal). Daily and hourly precipitation records from the available rain-gauge station networks are evaluated in order to reconstitute the temporal evolution of the rainstorm, as its geographic incidence, contributing to understand the flash-flood dynamics and the type and spatial distribution of the associated impacts. The exceptionality of the rainstorm is further confirmed by the return period associated with the daily precipitation registered at the two long-term record stations, with 146.9 mm observed in the city of Funchal and 333.8 mm on the mountain top, corresponding to an estimated return period of approximately 290 yr and 90 yr, respectively. Furthermore, the synoptic associated situation responsible for the flash-floods is analysed using different sources of information, e.g., weather charts, reanalysis data, Meteosat images and radiosounding data, with the focus on two main issues: (1) the dynamical conditions that promoted such anomalous humidity availability over the Madeira region on 20 February 2010 and (2) the uplift mechanism that induced deep convection activity

Identificação do gene pccB A partir da varredura de uma biblioteca genômica de Corynebacterium pseudotuberculosis visando uma vacina contra linfadenite caseosa.

Corynebacterium pseudotuberculosis é o agente etiológico da linfadenite caseosa (LC), que acomete principalmente ovinos e caprinos. Esta doença é causadora de grandes problemas na ovinocaprinocultura. Diversas pesquisas tem sido realizadas na busca de uma vacina eficaz contra a LC. Estudos recentes utilizando um gene reporter em C. pseudotuberculosis, identificou a expressão do gene pccB (cadeia β da propionil CoA carboxilase) em macrófagos, indicando um possível envolvimento na virulência deste patógeno e um bom antígeno a ser explorado no desenvolvimento de uma nova estratégia vacinal. Como a sequência deste gene ainda não está disponível em banco de dados, o objetivo deste trabalho foi realizar varredura em uma biblioteca genômica de C. pseudotuberculosis para identificação completa da sequência do gene pccB. Uma sonda foi gerada a partir de um fragmento parcial do gene pccB marcado com [α32P]dCTP. A biblioteca genômica foi plaqueada em placas de lise para obter 2X103 pfu/placa e em seguida transferida para membranas de nylon previamente tratadas com soluções desnaturante, neutralizante e de pré-hibridização, a fim de, posteriormente, reagir com a sonda radioativa seguido da exposição das membranas a um filme de raio X. Dois clones positivos foram isolados e utilizados como template em reação de PCR, utilizando primers específicos da biblioteca genômica, gerando produtos de 3 Kb que foram sequenciados e analisados por BlastX, verificando-se 82% de identidade com o gene pccB2 de C. diphtheriae. Acreditando que haja sintenia entre as duas espécies mencionadas, foram desenhados primers com genes que flanqueiam o gene pccB2 de C. diphtheriae. Esses foram utilizados como iniciadores em reação de PCR, tendo como molde o DNA genômico de C. Pseudotuberculosis, gerando um fragmento de 2,1 Kb que foi clonado no vetor pGEM-T easy, sequenciado e analisado por BlastX. Resultados preliminares indicam que novos primers precisam ser desenhados para concluir a sequência deste gene

ESPRESSO: The next European exoplanet hunter

The acronym ESPRESSO stems for Echelle SPectrograph for Rocky Exoplanets and Stable Spectroscopic Observations; this instrument will be the next VLT high resolution spectrograph. The spectrograph will be installed at the Combined-Coud\'e Laboratory of the VLT and linked to the four 8.2 m Unit Telescopes (UT) through four optical Coud\'e trains. ESPRESSO will combine efficiency and extreme spectroscopic precision. ESPRESSO is foreseen to achieve a gain of two magnitudes with respect to its predecessor HARPS, and to improve the instrumental radial-velocity precision to reach the 10 cm/s level. It can be operated either with a single UT or with up to four UTs, enabling an additional gain in the latter mode. The incoherent combination of four telescopes and the extreme precision requirements called for many innovative design solutions while ensuring the technical heritage of the successful HARPS experience. ESPRESSO will allow to explore new frontiers in most domains of astrophysics that require precision and sensitivity. The main scientific drivers are the search and characterization of rocky exoplanets in the habitable zone of quiet, nearby G to M-dwarfs and the analysis of the variability of fundamental physical constants. The project passed the final design review in May 2013 and entered the manufacturing phase. ESPRESSO will be installed at the Paranal Observatory in 2016 and its operation is planned to start by the end of the same year.Comment: 12 pages, figures included, accepted for publication in Astron. Nach

Attenuation of particulate organic carbon flux in the Scotia Sea, Southern Ocean, is controlled by zooplankton fecal pellets

The Southern Ocean (SO) is an important CO2 reservoir, some of which enters via the production, sinking and remineralization of organic matter. Recent work suggests the fraction of production that sinks is inversely related to production in the SO, a suggestion we confirm from 20 stations in the Scotia Sea. The efficiency with which exported material is transferred to depth (transfer efficiency) is believed to be low in high latitude systems. However, our estimates of transfer efficiency are bimodal, with stations in the seasonal ice zone showing intense losses and others displaying increases in flux with depth. Zooplankton fecal pellets dominated organic carbon flux and at stations with transfer efficiency >100 % fecal pellets were brown, indicative of fresh phytodetritus. We suggest that active flux mediated by zooplankton vertical migration and the presence of sea ice regulate the transfer of organic carbon into the oceans interior in the Southern Ocean

Validação da estratégia de silenciamento gênico visando indução de resistência a Meloidogyne incognita e Heterodera glycines em soja GM.

Nematoides parasitas de plantas representam o maior estresse biótico da agricultura, causando perdas anuais maiores que US$ 100 bilhões. Baseado nas limitações dos métodos de atuais de controle, o desenvolvimento de novas estratégias deve ser uma prioridade. Recentemente, a estratégia de silenciamento gênico, por interferência mediada por RNA dupla fita, tem-se mostrado muito promissora para o controle de nematoides. Nesse trabalho foi inserida em embriões de soja, pela técnica de biobalística, uma construção de RNAi correspondente a uma fusão de regiões de dois genes que codificam para fatores de processamento de mRNA de Heterodera glycines e Meloidogyne incognita, visando a obtenção de eventos de soja GM resistentes à esses fitonematoides. Para averiguar o efeito do silenciamento, 6 eventos GM foram desafiados com M. incognita. Seis semanas após a inoculação, as raízes das plantas foram avaliadas quanto à indução de resistência. Quando comparados ao tratamento controle, os eventos transgênicos mostraram uma redução signiricativa entre 71% a 92% no número de ovos por grama de raiz. Os eventos transgênicos não foram estatisticamente diferentes quando comparados entre si, exceto o evento GmFSMiHg ? 4IT3. Trabalhos publicados até o momento demonstram silenciamento in planta de 12 genes-alvo de Meloidogyne spp. ou Heterodera spp., resultando em redução de nematoides estabelecidos, fêmeas em desenvolvimento e/ou número de ovos de 68-95% em relação ao controle. Os resultados aqui apresentados mostram claramente a capacidade da soja transgênica em reduzir o potencial reprodutivo de M. incognita por meio de silenciamento gênico. A completa redução de M. incognita continua a ser o objetivo final, mas a redução parcial, como observado no bioensaio, pode ter aplicações importantes no controle de NFGs

IgG and IgG2 antibodies from cattle naturally infected with Anaplasma marginale recognize the recombinant vaccine candidate antigens VirB9, VirB10, and elongation factor-Tu.

Anaplasma marginale is an important vector-borne rickettsia of ruminants in tropical and subtropical regions of the world. Immunization with purified outer membranes of this organism induces protection against acute anaplasmosis. Previous studies, with proteomic and genomic approach identified 21 proteins within the outer membrane immunogen in addition to previously characterized major surface protein1a-5 (MSP1a-5). Among the newly described proteins were VirB9, VirB10, and elongation factor-Tu (EF-Tu). VirB9, VirB10 are considered part of the type IV secretion system (TFSS), which mediates secretion or cell-to-cell transfer of macromolecules, proteins, or DNA-protein complexes in Gram-negative bacteria. EF-Tu can be located in the bacterial surface, mediating bacterial attachment to host cells, or in the bacterial cytoplasm for protein synthesis. However, the roles of VirB9, VirB10, and TFSS in A. marginale have not been defined. VirB9, VirB10, and EF-Tu have not been explored as vaccine antigens. In this study, we demonstrate that sera of cattle infected with A. marginale, with homologous or heterologous isolates recognize recombinant VirB9, VirB10, and EF-Tu. IgG2 from naturally infected cattle also reacts with these proteins. Recognition of epitopes by total IgG and by IgG2 from infected cattle with A. marginale support the inclusion of these proteins in recombinant vaccines against this rickettsia

Genômica e proteômica de Anaplasma marginale: contribuições para o controle da riquétsia.

A anaplasmose bovina é causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale, responsável por importantes prejuízos econômicos, por causa da alta morbidade e mortalidade em rebanhos bovinos suscetíveis. A vacinação tem sido uma forma econômica e eficiente de controlar a enfermidade. No entanto, os métodos de imunização tradicionais apresentam efeitos adversos em algumas categorias de animais. Nas últimas décadas, os estudos sobre imunização contra Anaplasma concentraram-se nas proteínas de superfície MSP1a, 1b, 2, 3, 4 e 5. No entanto, até o momento, os resultados foram pouco promissores, apontando a necessidade de ampliar o conhecimento sobre o rol das proteínas de membrana da riquétsia e das relações estruturais entre elas. Nesse contexto, os estudos do genoma e do proteoma da riquétsia têm contribuído com essa finalidade. Pela análise genômica, 14 genes para novas proteínas de membrana externa foram identificados (omp 1-14), dentre os quais, omp2, 3 e 6 não são transcritos. Esses genes ostraram-se altamente conservados entre isolados da riquétsia. As proteínas OMP4, 7, 10 e 14 foram reconhecidas por soros de bovinos imunizados com membrana de A. marginale, mostrando potencial para desenvolvimento de imunógenos. Além disso, mediante análise proteômica, foi possível detectar novas proteínas de membrana, negligenciadas pela anotação genômica. Dentre elas estão AM097 - conjugal transfer protein, AM956 - PepA citosol amino peptidase, AM254 - fator de elongação Tu e quatro proteínas de função desconhecida: AM127, 197, 387 e 854, as quais também foram reconhecidas por soros de bovinos imunizados com membrana de A. marginale.bitstream/CNPGC-2009-09/12410/1/DOC161.pd

Association of Accelerometry-Measured Physical Activity and Cardiovascular Events in Mobility-Limited Older Adults: The LIFE (Lifestyle Interventions and Independence for Elders) Study.

BACKGROUND:Data are sparse regarding the value of physical activity (PA) surveillance among older adults-particularly among those with mobility limitations. The objective of this study was to examine longitudinal associations between objectively measured daily PA and the incidence of cardiovascular events among older adults in the LIFE (Lifestyle Interventions and Independence for Elders) study. METHODS AND RESULTS:Cardiovascular events were adjudicated based on medical records review, and cardiovascular risk factors were controlled for in the analysis. Home-based activity data were collected by hip-worn accelerometers at baseline and at 6, 12, and 24 months postrandomization to either a physical activity or health education intervention. LIFE study participants (n=1590; age 78.9±5.2 [SD] years; 67.2% women) at baseline had an 11% lower incidence of experiencing a subsequent cardiovascular event per 500 steps taken per day based on activity data (hazard ratio, 0.89; 95% confidence interval, 0.84-0.96; P=0.001). At baseline, every 30 minutes spent performing activities ≥500 counts per minute (hazard ratio, 0.75; confidence interval, 0.65-0.89 [P=0.001]) were also associated with a lower incidence of cardiovascular events. Throughout follow-up (6, 12, and 24 months), both the number of steps per day (per 500 steps; hazard ratio, 0.90, confidence interval, 0.85-0.96 [P=0.001]) and duration of activity ≥500 counts per minute (per 30 minutes; hazard ratio, 0.76; confidence interval, 0.63-0.90 [P=0.002]) were significantly associated with lower cardiovascular event rates. CONCLUSIONS:Objective measurements of physical activity via accelerometry were associated with cardiovascular events among older adults with limited mobility (summary score >10 on the Short Physical Performance Battery) both using baseline and longitudinal data. CLINICAL TRIAL REGISTRATION:URL: http://www.clinicaltrials.gov. Unique identifier: NCT01072500

Novel role for the innate immune receptor toll-like receptor 4 (TLR4) in the regulation of the wnt signaling pathway and photoreceptor apoptosis

Recent evidence has implicated innate immunity in regulating neuronal survival in the brain during stroke and other neurodegenerations. Photoreceptors are specialized light-detecting neurons in the retina that are essential for vision. In this study, we investigated the role of the innate immunity receptor TLR4 in photoreceptors. TLR4 activation by lipopolysaccharide (LPS) significantly reduced the survival of cultured mouse photoreceptors exposed to oxidative stress. With respect to mechanism, TLR4 suppressed Wnt signaling, decreased phosphorylation and activation of the Wnt receptor LRP6, and blocked the protective effect of the Wnt3a ligand. Paradoxically, TLR4 activation prior to oxidative injury protected photoreceptors, in a phenomenon known as preconditioning. Expression of TNFα and its receptors TNFR1 and TNFR2 decreased during preconditioning, and preconditioning was mimicked by TNFα antagonists, but was independent of Wnt signaling. Therefore, TLR4 is a novel regulator of photoreceptor survival that acts through the Wnt and TNFα pathways. © 2012 Yi et al