TcSNP: a database of genetic variation in Trypanosoma cruzi

The TcSNP database (http://snps.tcruzi.org) integrates information on genetic variation (polymorphisms and mutations) for different stocks, strains and isolates of Trypanosoma cruzi, the causative agent of Chagas disease. The database incorporates sequences (genes from the T. cruzi reference genome, mRNAs, ESTs and genomic sequences); multiple sequence alignments obtained from these sequences; and single-nucleotide polymorphisms and small indels identified by scanning these multiple sequence alignments. Information in TcSNP can be readily interrogated to arrive at gene sets, or SNP sets of interest based on a number of attributes. Sequence similarity searches using BLAST are also supported. This first release of TcSNP contains nearly 170 000 high-confidence candidate SNPs, derived from the analysis of annotated coding sequences. As new sequence data become available, TcSNP will incorporate these data, mapping new candidate SNPs onto the reference genome sequences

Seletividade de Metarhizium anisopliae à Telenomus podisi (Hymenoptera: Scelionidae).

Telenomus podisi e Metarhizium anisopliae são agentes de controle biológico que ocorrem ou podem ser utilizados conjuntamente. Entretanto, estudos de compatibilidade entre parasitoides e fungos entomopatogênicos são escassos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a seletividade do fungo M. anisopliae a adultos do parasitoide de ovos T. podisi. Suspensões de M. anisopliae (1,0×109 conídios/ml) foram pulverizadas sobre placas de vidro em Torre de Potter e secas à temperatura ambiente, formando uma película. Como testemunha foi utilizada água destilada estéril + Tween 80 (0,01%). As placas de vidro pulverizadas foram utilizadas na construção de gaiolas de exposição (IOBC) e em seu interior foram liberados adultos de T. podisi com 24 h de idade. As gaiolas foram mantidas em condições controladas de temperatura, umidade e fotoperiodo (25±1º C, 80% UR, 14 h) e os parasitóides foram alimentados com mel. Cartelas contendo ovos de Euschistus heros foram oferecidas às fêmeas de T. podisi 24 h, 48 h, 72 h e 144 h após a pulverização e, sendo posteriormente, acondicionadas em sacos plásticos para avaliar a porcentagem de parasitismo e viabilidade dos parasitoides. Os resultados obtidos indicam que mesmo com as aplicações de M. anisopliae, o parasitismo e a viabilidade foram superiores a 70%, mostrando que o fungo é seletivo aos adultos de T. podisi, sendo classificado como inócuo (classe 1), de acordo com a IOBC, e portanto, ambos os agentes de controle biológico podem ser utilizados no Manejo Integrado de Pragas.SICONBIOL 2011

A Multi-Site NFV Testbed for Experimentation With SUAV-Based 5G Vertical Services

[EN] With the advent of 5G technologies, vertical markets have been placed at the forefront, as fundamental drivers and adopters of technical developments and new business models. Small Unmanned Aerial Vehicles (SUAVs) are gaining traction in multiple vertical sectors, as key assets to generate, process, and distribute relevant information for the provision of value-added services. However, the enormous potential of SUAVs to support a exible, rapid, and cost-effective deployment of vertical applications is still to be exploited. In this paper, we leverage our prior work on Network Functions Virtualization (NFV) and SUAVs to design and build a multi-site experimentation testbed based on open-source technologies. The goal of this testbed is to explore synergies among NFV, SUAVs, and vertical services, following a practical approach primarily governed by experimentation. To verify our testbed design, we realized a reference use case where a number of SUAVs, cloud infrastructures, and communication protocols are used to provide a multi-site vertical service. Our experimentation results suggest the potential of NFV and SUAVs to exibly support vertical services. The lessons learned have served to identify missing elements in our NFV platform, as well as challenging aspects for potential improvement. These include the development of speci c mechanisms to limit processing load and delays of service deployment operations.This work was supported in part by the European Commission under the European Union's Horizon 2020 program (5GRANGE Project, grant agreement number 777137), and in part by the 5GCity Project funded by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness under Grant TEC2016-76795-C6-1R, Grant TEC2016-76795-C6-3R, and Grant TEC2016-76795-C6-5R

Analysis of salinity tolerance of Vitis vinifera 'Thompson Seedless' transformed with AtNHX1

Several transgenic plant species expressing AtNHX1, coding for a vacuolar Na+/H+ antiporter from Arabidopsis thaliana, have shown their ability to cope with salinity. The aim of this study was to analyze the response of Vitis vinifera cv. 'Thompson Seedless' transformed with AtNHX1 to salt stress, using soil substrate or hydroponic media, and to compare the response with untransformed 'Thompson Seedless' and allegedly tolerant 'Criolla' cultivars: 'Pedro Giménez' and 'Criolla Chica'. 'Thompson Seedless' embryogenic calli were transformed with Agrobacterium tumefaciens carrying AtNHX1 under the control of CaMV 35S promoter. Transgenic and untransformed plants were grown in a greenhouse under hydroponics or in pots with soil, and were subjected to increasing concentrations of sodium chloride (NaCl) up to 150 mM for a period of 7 weeks. Growth and toxicity symptoms were less affected in transgenics as compared to the untransformed grapevines, and transgenic lines had higher shoot length, leaf area and dry weights at the end of the experiment. Root concentrations of Na in transgenics were similar or lower than that observed in untransformed genotypes. Growth impairment and toxicity symptoms were observed in all genotypes under both conditions, but effects were more severe in plants growing with hydroponic culture. Potassium content and shoot to root dry weight ratio decreased with NaCl in hydroponics but not in pots. 'Criolla' cultivars grew less than the other genotypes, although 'Pedro Giménez' always exhibited highest shoot/root ratios

Efeito de Metarhizium anisopliae ASH. sobre Telenomus podisi (Hymenoptera: scelionidae).

Os agentes de controle biológico Metarhizium anisopliae e Telenomus podisi são empregados no controle de populações de pragas. Porém na literatura são citados casos de interferência entre agentes de controle. Para serem utilizados concomitantemente, a compatibilidade entre o fungo entomopatogênico e o parasitoide deve ser elucidada. O objetivo deste trabalho foi avaliar os possíveis efeitos do fungo M. anisopliae na eficiência do parasitoide de ovos T. podisi. Os bioensaios foram conduzidos em duas etapas, utilizando ovos não parasitados e ovos parasitados. Na primeira etapa, ovos de Euschistus heros esterilizados aderidos a cartelas (1×2 cm), receberam aplicações de 1,5 ml de suspensão de M. anisopliae (1,0×1010 conídios/ml), em torre de Potter, sendo posteriormente expostos ao parasitismo. Na segunda etapa, suspensões de (1,0×109 conídios/ml) foram pulverizados sobre ovos parasitados. A testemunha recebeu água destilada estéril + Tween 80 (0,01%) em ambos os ensaios. Após as pulverizações, as cartelas foram inseridas em gaiolas de exposição padronizadas pela (IOBC), mantidas em condições controladas de temperatura, umidade e fotoperiodo (25±1º C, 80%, 14:10). Os parasitoides foram alimentados com mel. Para avaliar a porcentagem de parasitismo, emergência e viabilidade dos parasitóides, as cartelas de ovos contendo os parasitoides foram acondicionadas em sacos plásticos, posteriormente observadas em lupa estereoscópica para quantificação e calculo dos parâmetros estudados, Os resultados obtidos indicam que M. anisopliae não afeta o parasitismo de T. podisi, porém a emergência do parasitoide pode ser reduzida quando o fungo é aplicado sobre ovos previamente parasitados. Possivelmente, houve alguma atividade dos fungos sobre os ovos de E. heros que impediram a emergência de T. podisi e fatores físicos e bioquímicos podem estar envolvidos durante a infecção e penetração pelo córion. Entretanto, a redução da viabilidade do parasitismo quando o fungo foi aplicado em ovos parasitados foi percentualmente pequena. Por tanto, M. anisopliae é inócuo e seletivo a T. podisi, e ambos podem ser utilizados no manejo de pragas, preferencialmente quando as aplicações do fungo e liberações do parasitoide sejam realizadas em momentos diferentes para conseguir maior eficiência.SICONBIOL 2011

Un Modelo No Lineal de la Dinámica del Flujo Sanguíneo y la Pared Arterial

Con tendencia creciente, el modelado computacional se está empleando para evaluar causas, predecir el desarrollo y optimizar tratamientos de varias patologías del sistema arterial. Esto debido principalmente a la potencialidad de estas técnicas para producir información cada vez más realista, con un mejor nivel de detalle y mejor precisión. Más aún, los modelos computacionales personalizados -específicos para cada paciente- se han vuelto atractivos para médicos e investigadores debido a que aportan información de relevancia para las evaluaciones clínicas a bajo costo. Sin embargo, los resultados del modelado computacional son altamente dependientes de la complejidad y realismo de las hipótesis simplificativas y también de la precisión de las representaciones geométricas. En el caso particular de la hemodinámica de distritos arteriales paciente-específicos, el problema de interacción fluido estructura asociado presenta ciertos obstáculos relacionados con las características altamente nolineales de las ecuaciones gobernantes que deben ser abordados adecuadamente. Otro aspecto a ser considerado cuando se requiere evaluar las tensiones en la pared arterial, es que las geometrías obtenidas de imágenes médicas corresponden a configuraciones espaciales que no concuerdan con la configuración libre de cargas. Consecuentemente, esto puede llevar a evaluaciones incorrectas de los niveles de tensión parietal. Con estas cuestiones como guía, en este trabajo desarrollamos un modelo computacional de la pared arterial -considerada como un material hiperelástico- basado en una configuración deformada, por ejemplo la configuración diastólica. Esto se realiza para tener en cuenta las caracteristicas geométricas apropiadas de los distritos arteriales con el objetivo de mejorar la precisión de las deformaciones y las tensiones calculadas. De esta manera, el problema del equilibrio es planteado en una configuración predeformada y con precarga. La correspondiente formulación es linealizada asumiendo conocida dicha configuración espacial. Además, se plantea el problema de acoplamiento fluido estructura asumiendo como conocida la misma configuración diastólica. En este contexto, es provista una linealización completa tanto para la descripción ALE en la subregión de fluido como para el problema de equilibrio del sólido. Las ecuaciones resultantes son discretizadas mediante el método de Elementos Finitos. Finalmente, esta formulación es utilizada para evaluar la respuesta mecánica de un segmento arterial sujeto a cargas hemodinámicas realistas.Fil: Urquiza, Santiago Adrian. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Departamento de Mecanica; Argentina. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Medicina Assistida por Computação Científica; BrasilFil: Aguero Parosi. Nicolas F.. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Departamento de Mecanica; ArgentinaFil: Caballero, Daniel. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Departamento de Mecanica; ArgentinaFil: Lombera, Guillermo Alfredo. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Ingeniería. Departamento de Mecanica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Blanco, Pablo Javier. Laboratório Nacional de Computação Científica. Petrópolis; Brasil. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Medicina Assistida por Computação Científica; BrasilFil: Ares, Gonzalo Damián. Laboratório Nacional de Computação Científica. Petrópolis; Brasil. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Medicina Assistida por Computação Científica; BrasilFil: Feijoo, Raul A.. Laboratório Nacional de Computação Científica. Petrópolis; Brasil. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Medicina Assistida por Computação Científica; Brasi

TDR Targets: a chemogenomics resource for neglected diseases

The TDR Targets Database (http://tdrtargets.org) has been designed and developed as an online resource to facilitate the rapid identification and prioritization of molecular targets for drug development, focusing on pathogens responsible for neglected human diseases. The database integrates pathogen specific genomic information with functional data (e.g. expression, phylogeny, essentiality) for genes collected from various sources, including literature curation. This information can be browsed and queried using an extensive web interface with functionalities for combining, saving, exporting and sharing the query results. Target genes can be ranked and prioritized using numerical weights assigned to the criteria used for querying. In this report we describe recent updates to the TDR Targets database, including the addition of new genomes (specifically helminths), and integration of chemical structure, property and bioactivity information for biological ligands, drugs and inhibitors and cheminformatic tools for querying and visualizing these chemical data. These changes greatly facilitate exploration of linkages (both known and predicted) between genes and small molecules, yielding insight into whether particular proteins may be druggable, effectively allowing the navigation of chemical space in a genomics context

Immunoblot analysis of the seroreactivity to recombinant Borrelia burgdorferi sensu lato antigens, including VlsE, in the long-term course of treated patients with Erythema migrans

Objective: We evaluated whether immunoblotting is capable of substantiating the posttreatment clinical assessment of patients with erythema migrans ( EM), the hallmark of early Lyme borreliosis. Methods: In 50 patients, seroreactivity to different antigens of Borrelia burgdorferi sensu lato was analyzed by a recombinant immunoblot test (IB) in consecutive serum samples from a minimum follow-up period of 1 year. Antigens in the IgG test were decorin- binding protein A, internal fragment of p41 (p41i), outer surface protein C (OspC), p39, variable major protein-like sequence expressed (VlsE), p58 and p100; those in the IgM test were p41i, OspC and p39. Immune responses were correlated with clinical and treatment-related parameters. Results: Positive IB results were found in 50% before, in 57% directly after therapy and in 44% by the end of the follow-up for the IgG class, and in 36, 43 and 12% for the IgM class. In acute and convalescence phase sera, VlsE was most immunogenic on IgG testing 60 and 70%), and p41i (46 and 57%) and OspC (40 and 57%) for the IgM class. By the end of the follow-up, only the anti-p41i lgM response was significantly decreased to 24%. Conclusions: No correlation was found between IB results and treatment-related parameters. Thus, immunoblotting does not add to the clinical assessment of EM patients after treatment. Copyright (c) 2008 S. Karger AG, Basel

Caracterización hidrogeoquímica y presencia de contaminantes naturales en el agua de localidades de La Paz : Catamarca

El agua subterránea es una de las principales fuentes para abastecimiento de poblaciones. En numerosas localidades es la única fuente disponible y presenta escasa aptitud. Los objetivos son caracterizar geoquímicamente la calidad del agua utilizada para consumo humano por las poblaciones de El Aybal, El Bañado, Ramblones, El Divisadero, Recreo, Esquiú, La Horqueta y La Guardia del departamento La Paz, provincia de Catamarca; determinar las concentraciones de contaminantes naturales (arsénico, fluoruro y selenio) y su relación con las condiciones geoquímicas de la zona. Se muestreó y analizó nueve fuentes de agua mediante técnicas estándares. El 88,9% presentan concentraciones de arsénico superiores al valor guía de la OMS y el 55,5% tenores de fluoruros mayores al límite fijado por el CAA. El agua de los acuíferos ubicados en zonas ribereñas es bicarbonatada sódica-cálcica de mineralización media transformándose en sulfatada sódica- cálcica con alta mineralización en las perforaciones más distantes de las cuencas de aporte superficial.Groundwater is one of the main sources for supply of populations. In many localities it is the only available source and has low quality. The objectives are characterize geochemically the quality of water used for human consumption by the populations of El Aybal, El Bañado, Ramblones, El Divisadero, Recreo, Esquiú, La Horqueta and La Guardia La Paz department, province of Catamarca; determine the concentrations of natural contaminants (arsenic, fluoride and selenium) and its relationship with the geochemical conditions of the area. It was sampled and analyzed nine water sources by standard techniques. 88.9% have arsenic concentrations above the WHO guideline value and 55.5% with tenors of fluorides higher the limit set by the CAA. Water from aquifers in coastal areas is sodium-calcium bicarbonate, medium mineralization, becoming to calcium - sodium sulfate with high mineralization in the most distant drillings of the surface basins.Tema 1: Hábitat y energías renovables y ambiente.Facultad de Arquitectura y Urbanism

Caracterización hidrogeoquímica y presencia de contaminantes naturales en el agua de localidades de La Paz : Catamarca

El agua subterránea es una de las principales fuentes para abastecimiento de poblaciones. En numerosas localidades es la única fuente disponible y presenta escasa aptitud. Los objetivos son caracterizar geoquímicamente la calidad del agua utilizada para consumo humano por las poblaciones de El Aybal, El Bañado, Ramblones, El Divisadero, Recreo, Esquiú, La Horqueta y La Guardia del departamento La Paz, provincia de Catamarca; determinar las concentraciones de contaminantes naturales (arsénico, fluoruro y selenio) y su relación con las condiciones geoquímicas de la zona. Se muestreó y analizó nueve fuentes de agua mediante técnicas estándares. El 88,9% presentan concentraciones de arsénico superiores al valor guía de la OMS y el 55,5% tenores de fluoruros mayores al límite fijado por el CAA. El agua de los acuíferos ubicados en zonas ribereñas es bicarbonatada sódica-cálcica de mineralización media transformándose en sulfatada sódica- cálcica con alta mineralización en las perforaciones más distantes de las cuencas de aporte superficial.Groundwater is one of the main sources for supply of populations. In many localities it is the only available source and has low quality. The objectives are characterize geochemically the quality of water used for human consumption by the populations of El Aybal, El Bañado, Ramblones, El Divisadero, Recreo, Esquiú, La Horqueta and La Guardia La Paz department, province of Catamarca; determine the concentrations of natural contaminants (arsenic, fluoride and selenium) and its relationship with the geochemical conditions of the area. It was sampled and analyzed nine water sources by standard techniques. 88.9% have arsenic concentrations above the WHO guideline value and 55.5% with tenors of fluorides higher the limit set by the CAA. Water from aquifers in coastal areas is sodium-calcium bicarbonate, medium mineralization, becoming to calcium - sodium sulfate with high mineralization in the most distant drillings of the surface basins.Tema 1: Hábitat y energías renovables y ambiente.Facultad de Arquitectura y Urbanism