Consecuencias genéticas de igualar las contribuciones familiares en programas de conservación

En poblaciones en riesgo de extinción, puede ser necesario establecer un programa de conservación ex situ que, desde el punto de vista genético, permita controlar su estructura reproductiva para minimizar los efectos de la consanguinidad y la deriva. En tales programas, a menudo se recomienda igualar las contribuciones familiares al grupo reproductor (estrategia CI) para maximizar el censo efectivo. Este procedimiento causa una relajación parcial de la selección natural, impidiendo su acción sobre fecundidad y limitando su acción sobre viabilidad. El resultado conjunto de estas circunstancias se ha estudiado mediante simulación, cálculo numérico y experimentación en laboratorio, y se han desarrollado predicciones teóricas. Sin embargo, la relajación parcial de la selección no sólo afecta a la variabilidad genética debida a la segregación de alelos deletéreos incondicionales, sino también a la selección responsable de cualquier adaptación a la cautividad. El presente trabajo aborda empíricamente, en un experimento de laboratorio con Drosophila melanogaster, la importancia relativa de las consecuencias de la relajación parcial de la selección sobre fertilidad y sobre viabilidad, tanto en lo que refiere a la selección purificadora como a la adaptación a cautividad. En dicho experimento, partiendo de una población recién capturada, se han mantenido durante 34 generaciones poblaciones replicadas bajo CI o sin manejo de las contribuciones familiares (estrategia CA), utilizando dos censos diferentes (10 y 50 individuos). Los resultados confirman las predicciones teóricas respecto de viabilidad y eficacia, y muestran que la selección natural es capaz de purgar una parte importante de la depresión consanguínea. También ponen de manifiesto un proceso paralelo de adaptación a la cautividad, revelando que bajo CI se produce una selección intensa sobre fecundidad, por selección en contra de parejas estériles, que puede llegar a ser más eficiente que bajo CA. Estos resultados ilustran aspectos importantes en el diseño de programas de conservación

A comprehensive genome-wide scan detects genomic regions related to local adaptation and climate resilience in Mediterranean domestic sheep

BACKGROUND: The management of farm animal genetic resources and the adaptation of animals to climate change will probably have major effects on the long-term sustainability of the livestock sector. Genomic data harbour useful relevant information that needs to be harnessed for effectively managing genetic resources. In this paper, we report the genome characterization of the highly productive Mediterranean Chios dairy sheep and focus on genetic diversity measures related with local adaptation and selection and the genetic architecture of animal resilience to weather fluctuations as a novel adaptative trait linked to climate change. RESULTS: We detected runs of homozygosity (ROH) and heterozygosity (ROHet) that revealed multiple highly homozygous and heterozygous hotspots across the Chios sheep genome. A particularly highly homozygous region was identified on chromosome 13 as a candidate of directional genetic selection associated with milk traits, which includes annotated genes that were previously shown to be linked to local adaptation to harsh environmental conditions. Favourable heterozygosity related with a potentially protective role against livestock diseases and enhanced overall fitness was revealed in heterozygous-rich regions on sheep chromosomes 3, 10, 13 and 19. Furthermore, genomic analyses were conducted on sheep resilience phenotypes that display changes in milk production in response to weather variation. Sheep resilience to heat stress was a significantly heritable trait (h(2) = 0.26) and genetically antagonistic to milk production. Genome-wide association and regional heritability mapping analyses revealed novel genomic markers and regions on chromosome 5 that were significantly associated with sheep resilience to climate change. Subsequently, an annotation analysis detected a set of genes on chromosome 5 that were associated with olfactory receptor complexes that could participate in heat stress mitigation through changes in respiration rate and respiratory evaporation. Other genes were grouped in previously reported biological processes relevant to livestock heat dissipation, including stress and immune response. CONCLUSIONS: Our results may contribute to the optimal management of sheep genetic resources and inform modern selective breeding programmes that aim at mitigating future environmental challenges towards sustainable farming, while better balancing animal adaptation and productivity. Our results are directly relevant to the studied breed and the respective environmental conditions; however, the methodology may be extended to other livestock species of interest. SUPPLEMENTARY INFORMATION: The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12711-021-00682-7

Understanding the seasonality of performance resilience to climate volatility in Mediterranean dairy sheep

11 Pág. Departamento de ​Mejora Genética AnimalAs future climate challenges become increasingly evident, enhancing performance resilience of farm animals may contribute to mitigation against adverse weather and seasonal variation, and underpin livestock farming sustainability. In the present study, we develop novel seasonal resilience phenotypes reflecting milk production changes to fluctuating weather. We evaluate the impact of calendar season (autumn, winter and spring) on animal performance resilience by analysing 420,534 milk records of 36,908 milking ewes of the Chios breed together with relevant meteorological data from eastern Mediterranean. We reveal substantial seasonal effects on resilience and significant heritable trait variation (h2 = 0.03-0.17). Resilience to cold weather (10 °C) of animals that start producing milk in spring was under different genetic control compared to autumn and winter as exemplified by negative genetic correlations (- 0.09 to - 0.27). Animal resilience to hot weather (25 °C) was partially under the same genetic control with genetic correlations between seasons ranging from 0.43 to 0.86. We report both favourable and antagonistic associations between animal resilience and lifetime milk production, depending on calendar season and the desirable direction of genetic selection. Concluding, we emphasise on seasonal adaptation of animals to climate and the need to incorporate the novel seasonal traits in future selective breeding programmes.The work was mainly funded by iSAGE Horizon 2020 project: “Innovation for Sustainable Sheep and Goat Production in Europe” (679302; https://www.isage.eu/). Additional support was received by the UK Biotechnology and Biological Sciences Research Council ISP3 (BBS/E/D/30002275) and the Rural & Environment Science & Analytical Services (RESAS) Division of the Scottish Government.Peer reviewe

Detection of growth-related QTL in turbot (Scophthalmus maximus)

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The turbot (<it>Scophthalmus maximus</it>) is a highly appreciated European aquaculture species. Growth related traits constitute the main goal of the ongoing genetic breeding programs of this species. The recent construction of a consensus linkage map in this species has allowed the selection of a panel of 100 homogeneously distributed markers covering the 26 linkage groups (LG) suitable for QTL search. In this study we addressed the detection of QTL with effect on body weight, length and Fulton's condition factor.</p> <p>Results</p> <p>Eight families from two genetic breeding programs comprising 814 individuals were used to search for growth related QTL using the panel of microsatellites available for QTL screening. Two different approaches, maximum likelihood and regression interval mapping, were used in order to search for QTL. Up to eleven significant QTL were detected with both methods in at least one family: four for weight on LGs 5, 14, 15 and 16; five for length on LGs 5, 6, 12, 14 and 15; and two for Fulton's condition factor on LGs 3 and 16. In these LGs an association analysis was performed to ascertain the microsatellite marker with the highest apparent effect on the trait, in order to test the possibility of using them for marker assisted selection.</p> <p>Conclusions</p> <p>The use of regression interval mapping and maximum likelihood methods for QTL detection provided consistent results in many cases, although the high variation observed for traits mean among families made it difficult to evaluate QTL effects. Finer mapping of detected QTL, looking for tightly linked markers to the causative mutation, and comparative genomics are suggested to deepen in the analysis of QTL in turbot so they can be applied in marker assisted selection programs.</p

Phenotypic and genomic characterisation of performance of tropically adapted chickens raised in smallholder farm conditions in Ethiopia

Background:: In sub-Saharan Africa, 80% of poultry production is on smallholder village farms, where chickens are typically reared outdoors in free-ranging conditions. There is limited knowledge on chickens’ phenotypic characteristics and genetics under these conditions. Objective:: The present is a large-scale study set out to phenotypically characterise the performance of tropically adapted commercial chickens in typical smallholder farm conditions, and to examine the genetic profile of chicken phenotypes associated with growth, meat production, immunity, and survival. Methods:: A total of 2,573 T451A dual-purpose Sasso chickens kept outdoors in emulated free-ranging conditions at the poultry facility of the International Livestock Research Institute in Addis Ababa, Ethiopia, were included in the study. The chickens were raised in five equally sized batches and were individually monitored and phenotyped from the age of 56 days for 8 weeks. Individual chicken data collected included weekly body weight, growth rate, body and breast meat weight at slaughter, Newcastle Disease Virus (NDV) titres and intestinal Immunoglobulin A (IgA) levels recorded at the beginning and the end of the period of study, and survival rate during the same period. Genotyping by sequencing was performed on all chickens using a low-coverage and imputation approach. Chicken phenotypes and genotypes were combined in genomic association analyses. Results:: We discovered that the chickens were phenotypically diverse, with extensive variance levels observed in all traits. Batch number and sex of the chicken significantly affected the studied phenotypes. Following quality assurance, genotypes consisted of 2.9 million Single Nucleotide Polymorphism markers that were used in the genomic analyses. Results revealed a largely polygenic mode of genetic control of all phenotypic traits. Nevertheless, 15 distinct markers were identified that were significantly associated with growth, carcass traits, NDV titres, IgA levels, and chicken survival. These markers were located in regions harbouring relevant annotated genes. Conclusion:: Results suggest that performance of chickens raised under smallholder farm conditions is amenable to genetic improvement and may inform selective breeding programmes for enhanced chicken productivity in sub-Saharan Africa

Análisis subsector económico v.s. variables de impacto pandemia COVID-19: Economía nacional de exhibición de películas cinematográficas y videos

El objetivo de este artículo es diagnosticar el subsector de la exhibición de películas cinematográficas en Colombia, a través de un estudio al macroentorno y las variables de impacto socioeconómico generadas por la pandemia del COVID-19, por medio de la recolección, análisis de la información y los datos, para exponer la problemática actual y definir las estrategias implementadas en las empresas para contrarrestar los efectos negativos. Previamente se aborda un diagnóstico del subsector de la exhibición de películas y a su macroentorno para identificar variables de impacto positivo y negativo en el aspecto socioeconómico generado por la pandemia. La evidencia empírica se realizó mediante la aplicación de un instrumento PESTEL que determina cómo una empresa se ve afectada por fuerzas externas y Porter nos permite comprender qué determina la rentabilidad y el nivel de competencia que existe entre cualquier industria. Los resultados evidencian que la pandemia COVID-19, ha tenido un impacto en la industria del cine, ya que bajó su flujo de efectivo, debido a los cierres de sus salas, festivales, por tanto, la taquilla global cayó drásticamente en miles de millones, mientras que el streaming se hizo más popular

Boletín Económico Regional : Centro, II trimestre de 2022

La mayoría de los indicadores económicos de la región Centro creció en términos anuales durante el segundo trimestre de 2022. Parte de este resultado estaría asociado a la baja base de comparación por el paro nacional de un año atrás que limitaron la operación de varias actividades económicas. Adicional a este efecto, la sostenida recuperación del consumo y reactivación de la economía favorecieron la construcción, el comercio de motos, la ocupación hotelera, el transporte de pasajeros y el sector pecuario. Por el contrario, las condiciones climáticas del Fenómeno de la Niña deterioraron los resultados del sector agrícola y la industria. En cuanto al comercio exterior, las exportaciones e importaciones aumentaron ante la depreciación del peso colombiano y la baja base de referencia. Finalmente, la tasa de desempleo continuó su descenso y la inflación permaneció en niveles históricamente altos, aunque el alza de precios de los alimentos tuvo un ajuste a la baja

Boletín Económico Regional : Centro, I trimestre de 2023

La economía de la región Centro mostró un leve incremento anual durante el primer trimestre del año, según resultados preliminares de indicadores disponibles. La demanda interna de bienes favoreció el ligero crecimiento del sector agropecuario y la industria, mientras que el dinamismo del gasto en servicios se reflejó en el buen desempeño del transporte y el turismo, pese a las afectaciones por la interrupción de algunas operaciones aéreas al final del periodo. Por el contrario, cayó la construcción, así como la venta de vivienda nueva y los desembolsos de crédito para su financiación. La demanda externa descendió por menores exportaciones de café, al tiempo que las importaciones disminuyeron, en especial de materias primas. De otra parte, la inflación se mantuvo elevada, mientras el mercado laboral se deterioró ante el aumento de la tasa de desocupación, por pérdida de empleo sobre todo en el sector informal

Boletín Económico Regional : Centro, IV trimestre de 2022

Durante el cuarto trimestre de 2022, la economía de la región Centro siguió desacelerándose y algunos indicadores cayeron en términos anuales. La demanda interna dirigida a consumo continuó creciendo, y se prolongó la reactivación del turismo que motivó mayor movilización de pasajeros. Entretanto, los sectores agropecuario e industrial se tornaron levemente negativos, en parte afectados por el exceso de lluvias y altos costos de insumos, que mermaron la disponibilidad de materia prima. De otro lado, en construcción, se mantuvo un ligero ascenso en el área causada, al tiempo que la venta de vivienda nueva descendió, en parte atribuido a los menores los desembolsos hipotecarios ante las elevadas tasas de interés, mayor incertidumbre y precios al alza. Finalmente, la inflación en las capitales de la región continuó al alza, por encima del promedio nacional, mientras que la tasa de ocupación cayó en Ibagué y Neiva

Boletín Económico Regional: Centro, III trimestre de 2022

En el tercer trimestre de 2022, la economía de la región Centro presentó aumento anual, aunque algunos indicadores mostraron signos de desaceleración. La dinámica del comercio, la hotelería y el transporte estuvo relacionada con la celebración de eventos culturales y deportivos. Sin embargo, el consumo se ralentizó por la menor capacidad de compra de los hogares ante los elevados precios. En tanto, la construcción conservó su tendencia positiva destacándose el desempeño de la vivienda de interés social. Por su parte la actividad agropecuaria continuó en ascenso, pero estuvo afectada por la intensidad de las lluvias y el elevado costo de los insumos. Este fenómeno climatológico también impactó la industria que, a pesar de ello, mantuvo niveles similares a los de un año atrás. Por el lado de comercio exterior, se destacaron las ventas de café y las compras para la industria. Finalmente, la inflación siguió su tendencia alcista mientras que la ocupación mejoró