Méthode numérique pour la simulation des écoulements turbulents faiblement compressibles

Équations de base -- Schéma numérique -- Résultats numériques

Cycle reproducteur d'une population d'Orchestia gammarellus (Crustacea, Amphipoda) dans le lac Smir (Maroc)

Un muestreo mensual de Orchestia gammarellus (Pallas, 1766) en la laguna Smir (litoral mediterráneo de Marruecos) permitió analizar ciertos parámetros de su ciclo reproductor. Así, la reproducción se manifesta exclusivamente de octubre a mayo (con una breve interrupción en febrero), presentando un largo paro durante el verano, asociado a una fuerte mortalidad entre los adultos. La fecundidad estando también baja: una media de 15 huevos por hembra, es compensada por un sex-ratio de 57% de hembras. Además la longevidad corta, que no sobrepasa los 10 meses, es compensada por una maturación precoz a los 4-5 meses, lo que conduce a numerosos desoves (4-5). Esta población semi-anual y multivoltina, esencialmente controlada por la temperatura y la pluviosidad, presenta, un potencial reproductor, comparable a numerosas poblaciones de Europa. Estas características asociadas a un habitat cryptoz adoptado por los juveniles al momento de la crisis veraneal son essentiales en el mantenimiento de esta población de la laguna Smir.A monthly sampling of Orchestia gammarellus (Pallas, 1766) in lake Smir (Mediterranean coast of Morocco) has allowed the analysis of some parameters of the reproductive cycle. This study showed that the reproduction appears from October to may (short interruption in February) with a long pause during a summer, associated with a high mortality especially at the adult stage. The fecundity is 15 eggs per female on an average is compensated for a sex-ratio of 1:1 (57% of females). The short longevity not exceeding 10 months is made up for a precocious maturity (4- 5 months) leading to numerous broods (4-5). This semi-annual and multivoltine population depending on temperature and rainfall, shows also a reproductive potential comparable to many European populations, these caracteristics associated to Cryptozoic habitat of juveniles during the summer crisis are essential in the maintenance of this population of Smir lake.Un échantillonnage mensuel d'Orchestia gammarellus (Pallas, 1766) dans le lac Smir (littoral méditerranéen du Maroc) a permis d'analyser certains paramétres de son cycle reproducteur. Ainsi, la reproduction ne se poursuit que d'octobre à mai (interruption brève en février), presentant un long arrêt pendant l'été associé à une forte mortalité au sein des adultes; la fécondité également moindre, 15 oeufs en moyenne par femelle, est compensée par un sex-ratio de 57% des femelles. En outre, la longévité courte, ne dépassant pas 10 mois, est compensée par une maturité précoce à 4-5 mois entraînant de nombreuses pontes (4 à 5). Cette population semi-annuelle multivoltine, régie essentiellement par la température et la pluviosité, présente ainsi un potentiel reproducteur comparable à de nombreuses populations d'Europe. Ces caractéristiques associées à un habitat cryptozoïque adopté par les juvéniles au moment de la crise estivale, sont essentiels dans le maintien de cette population du lac Smir

Drug design in silico : criblage virtuel de protéines à visée thérapeutique

Les processus qui mènent à la découverte de nouveaux médicaments sont longs et fastidieux, et les taux de succès sont relativement faibles. L’identification de candidats par le biais de tests expérimentaux s’avère coûteuse, et nécessite de connaître en profondeur les mécanismes d'action de la protéine visée afin de mettre en place des essais efficaces. Le criblage virtuel peut considérablement accélérer ces processus en permettant une évaluation rapide de chimiothèques de plusieurs milliers de molécules afin de déterminer lesquelles sont les plus susceptibles de se lier à une cible. Ces dernières années ont ainsi été témoins de quelques success stories dans ce domaine.Le premier objectif de ce travail était de comparer différents outils et stratégies couramment utilisés dans le criblage virtuel “structure-based”, puis de les appliquer à des cibles protéiques à visée thérapeutique, en particulier dans le cadre du cancer.La protéine kinase GSK3 et un test set de ligands connus ont servi de modèle pour différentes études méthodologiques ayant pour but d’évaluer les programmes de docking et de scoring à notre disposition. En particulier, l’utilisation de plusieurs structures relaxées du récepteur ou l’insertion de torsions sur certains résidus du site actif pendant le docking ont permis d’évaluer l’influence de la flexibilité de la protéine. L’utilité et la pertinence d’outils permettant de générer automatiquement les structures 3D des ligands et de méthodes de consensus scoring ont également été étudiées.Un criblage virtuel de la Pontine, une ATPase impliquée dans la croissance tumorale pour laquelle aucun inhibiteur n’était connu, a permis la sélection de candidats issus de banques de données commerciales. Ces molécules ont été testées dans un essai enzymatique par le biais d’une collaboration, et quatre d’entre elles se sont révélées capable d’inhiber l’activité ATPase de la Pontine. Le criblage de bases de ligands synthétisés et imaginés dans l’équipe a également fourni un inhibiteur original. Au contraire, l’étude de la sPLA2-X humaine, une phospholipase dont l’activité catalytique est dépendante d’un atome de Ca2+ localisé au sein du site actif, a montré les limites de nos outils de docking qui n’ont pas été capables de gérer cet ion métallique et mis en évidence la nécessité de mettre en place d’autres outils.The process of drug discovery is long and tedious. Besides, it is relatively inefficient in terms of hit rate. The identification of candidates through experimental testing is expensive and requires extensive data on the mechanisms of the target protein in order to develop efficient assays. Virtual screening can considerably accelerate the process by quickly evaluating large databases of compounds and determining the most likely to bind to a target. Some success stories have emerged in the field over the last few years.The objectives of this work were first, to compare common tools and strategies for structure-based virtual screening, and second, to apply those tools to actual target proteins implied notably in carcinogenesis.In order to evaluate the docking and scoring programs available, the protein kinase GSK3 and a test set of known ligands were used as a model to perform methodological studies. In particular the influence of the flexibility of the protein was explored via relaxed structures of the receptor or the insertion of torsions on the side chains of residues located in the binding site. Studies concerning the automatic generation of 3D structures for the ligands and the use of consensus scoring also provided insights on the usability of these tools while performing a virtual screening.Virtual screening of the human protein Pontin, an ATPase implied in tumor cell growth for which no inhibitors were known, allowed the prioritization of compounds from commercial databases. These compounds were tested in an enzymatic assay via a collaboration, and led to the identification of four molecules capable of inhibiting the ATPase activity of Pontin. Additional screens of in-house oriented databases also provided at least one innovative inhibitor for this protein. On the contrary, a study of the human PLA2-X, a phospholipase that requires a Ca2+ atom to bind to its active site in order to catalyze the hydrolysis of its substrate, revealed the limits of our docking tools that could not handle the metal ion and the need for new tools

Drug design in silico : criblage virtuel de protéines à visée thérapeutique

Les processus qui mènent à la découverte de nouveaux médicaments sont longs et fastidieux, et les taux de succès sont relativement faibles. L’identification de candidats par le biais de tests expérimentaux s’avère coûteuse, et nécessite de connaître en profondeur les mécanismes d'action de la protéine visée afin de mettre en place des essais efficaces. Le criblage virtuel peut considérablement accélérer ces processus en permettant une évaluation rapide de chimiothèques de plusieurs milliers de molécules afin de déterminer lesquelles sont les plus susceptibles de se lier à une cible. Ces dernières années ont ainsi été témoins de quelques success stories dans ce domaine.Le premier objectif de ce travail était de comparer différents outils et stratégies couramment utilisés dans le criblage virtuel “structure-based”, puis de les appliquer à des cibles protéiques à visée thérapeutique, en particulier dans le cadre du cancer.La protéine kinase GSK3 et un test set de ligands connus ont servi de modèle pour différentes études méthodologiques ayant pour but d’évaluer les programmes de docking et de scoring à notre disposition. En particulier, l’utilisation de plusieurs structures relaxées du récepteur ou l’insertion de torsions sur certains résidus du site actif pendant le docking ont permis d’évaluer l’influence de la flexibilité de la protéine. L’utilité et la pertinence d’outils permettant de générer automatiquement les structures 3D des ligands et de méthodes de consensus scoring ont également été étudiées.Un criblage virtuel de la Pontine, une ATPase impliquée dans la croissance tumorale pour laquelle aucun inhibiteur n’était connu, a permis la sélection de candidats issus de banques de données commerciales. Ces molécules ont été testées dans un essai enzymatique par le biais d’une collaboration, et quatre d’entre elles se sont révélées capable d’inhiber l’activité ATPase de la Pontine. Le criblage de bases de ligands synthétisés et imaginés dans l’équipe a également fourni un inhibiteur original. Au contraire, l’étude de la sPLA2-X humaine, une phospholipase dont l’activité catalytique est dépendante d’un atome de Ca2+ localisé au sein du site actif, a montré les limites de nos outils de docking qui n’ont pas été capables de gérer cet ion métallique et mis en évidence la nécessité de mettre en place d’autres outils.The process of drug discovery is long and tedious. Besides, it is relatively inefficient in terms of hit rate. The identification of candidates through experimental testing is expensive and requires extensive data on the mechanisms of the target protein in order to develop efficient assays. Virtual screening can considerably accelerate the process by quickly evaluating large databases of compounds and determining the most likely to bind to a target. Some success stories have emerged in the field over the last few years.The objectives of this work were first, to compare common tools and strategies for structure-based virtual screening, and second, to apply those tools to actual target proteins implied notably in carcinogenesis.In order to evaluate the docking and scoring programs available, the protein kinase GSK3 and a test set of known ligands were used as a model to perform methodological studies. In particular the influence of the flexibility of the protein was explored via relaxed structures of the receptor or the insertion of torsions on the side chains of residues located in the binding site. Studies concerning the automatic generation of 3D structures for the ligands and the use of consensus scoring also provided insights on the usability of these tools while performing a virtual screening.Virtual screening of the human protein Pontin, an ATPase implied in tumor cell growth for which no inhibitors were known, allowed the prioritization of compounds from commercial databases. These compounds were tested in an enzymatic assay via a collaboration, and led to the identification of four molecules capable of inhibiting the ATPase activity of Pontin. Additional screens of in-house oriented databases also provided at least one innovative inhibitor for this protein. On the contrary, a study of the human PLA2-X, a phospholipase that requires a Ca2+ atom to bind to its active site in order to catalyze the hydrolysis of its substrate, revealed the limits of our docking tools that could not handle the metal ion and the need for new tools

Systèmes et scènes

Elkaïm Mony. Systèmes et scènes. In: Chimères. Revue des schizoanalyses, N°2, été 1987. pp. 1-32

Recherche de qualification de l'entité bédouine dans le contexte israélo-palestinien

Bouquet-Elkaïm Jérôme. Recherche de qualification de l'entité bédouine dans le contexte israélo-palestinien. In: Revue juridique de l'Ouest, 2001-1. pp. 89-116