GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis

Novel techniques for high-throughput steady-state metabolomic profiling yield information about changes of nearly thousands of metabolites. Such metabolomic profiles, when analyzed together with transcriptional profiles, can reveal novel insights about underlying biological processes. While a number of conceptual approaches have been developed for data integration, easily accessible tools for integrated analysis of mammalian steady-state metabolomic and transcriptional data are lacking. Here we present GAM (‘genes and metabolites’): a web-service for integrated network analysis of transcriptional and steady-state metabolomic data focused on identification of the most changing metabolic subnetworks between two conditions of interest. In the web-service, we have pre-assembled metabolic networks for humans, mice, Arabidopsis and yeast and adapted exact solvers for an optimal subgraph search to work in the context of these metabolic networks. The output is the most regulated metabolic subnetwork of size controlled by false discovery rate parameters. The subnetworks are then visualized online and also can be downloaded in Cytoscape format for subsequent processing. The web-service is available at: https://artyomovlab.wustl.edu/shiny/gam

The Method of Manufacturing Nonmetallic Test-Blocks on Different Sensitivity Classes

Nowadays in our modern world there is a vital question of quality control of details made from nonmetallic materials due to their wide spreading. Nondestructive penetrant testing is effective, and in some cases it is the only possible method of accidents prevention at high-risk sites. A brief review of check sample necessary for quality evaluation of penetrant materials is considered. There was offered a way of making agents for quality of penetrant materials testing according to different liquid penetrant testing sensibility classes

Effect of wood structure geometry during firebrand generation in laboratory scale and semi-field experiments

As the set of experiments result, statistically substantiated data were obtained on the laws of ignition of a model angular structure under conditions of a point source of heat exposure. The use of IR diagnostics made it possible to control the thermal picture in the experimental area, as well as to capture areas of the highest and lowest heating. In the Large Aerosol Chamber of IAO SB RAS, preliminary experiments were carried out on a “firebrand shower” model exposure, which is naturally occurring firebrands (flaming or glowing embers) with some types of construction materials (chipboards). The exposure of the samples to firebrands stream was provided using a firebrand generator of own original design. It was experimentally confirmed that particle size plays a significant role in the ignition of a building structure. If the characteristic particle size, which can be defined as the ratio of its volume to the surface area in contact with the wood, is less than a certain characteristic value, then the ignition mode with a sharp temperature maximum near the phase interface is not fulfilled. This can be explained by the prevailing heat removal into the external environment in comparison with the amount of heat coming from a heat gun and resulting from chemical reactions

Unformed enteric fistula. Clinical case.

The article considers a clinical case of formation of an unformed small bowel fistula of a patient after surgery for acute small bowel obstruction in the presence of peritoneal commissures. The course of the postoperative period is described in detail, followed by a discussion of the selected patient management tactics.В данной статье, с согласия пациента, рассмотрен клинический случай образования несформированного тонкокишечного свища у пациента после проведения операции по поводу острой тонкокишечной непроходимости при наличии спаечной болезни. Подробно описано течение послеоперационного периода с последующим обсуждением выбранной тактики ведения пациента

Emerging invasive group A Streptococcus M1UK lineage detected by allele-specific PCR, England, 2020

Increasing reports of invasive Streptococcus pyogenes infections mandate surveillance for toxigenic lineage M1UK. An allele-specific PCR was developed to distinguish M1UK from other emm1 strains. The M1UK lineage represented 91% of invasive emm1 isolates in England in 2020. Allele-specific PCR will permit surveillance for M1UK without need for genome sequencing

Long-term trends in anthropogenic land use in Siberia and the Russian Far East : a case study synthesis from Landsat

As globally important forested areas situated in a context of dramatic socio-economic changes, Siberia and the Russian Far East (RFE) are important regions to monitor for anthropogenic land-use trends. Therefore, we compiled decadal Landsat-derived land-cover and land-use data for eight dominantly rural case study sites in these regions and focused on trends associated with settlements, agriculture, logging, and roads 1975-2010. Several key spatial-temporal trends emerged from the integrated landscape-scale analyses. First, road building increased in all case study sites over the 35-year period, despite widespread socio-economic decline post-1990. Second, increase in settlements area was negligible over all sites. Third, increased road building, largely of minor roads, was especially high in more rugged and remote RFE case study sites not associated with greater agriculture extent or settlement densities. High demands for wood export coupled with the expansion of commercial timber harvest leases starting in the mid-1990s are likely among leading reasons for an increase in roads. Fourth, although fire was the dominant disturbance over all sites and dates combined, logging exerted a strong land-use pattern, serving as a reminder that considering local anthropogenic landscapes is important, especially in Siberia and the RFE, which represent almost 10% of the Earth's terrestrial land surface. The paper concludes by identifying remaining research needs regarding anthropogenic land use in the region: more frequent moderate spatial resolution imagery and greater access to more finely resolved statistical and other spatial data will enable further research. Social media abstract Landsat reveals long-term anthropogenic land-use trends in Siberia and Russian Far EastPeer reviewe

Structural regularities of welded seam between Ti-Tib and vanadium with 12X18H10T interlayer by using electron beam welding

Досліджувалися можливості отримання зварного з'єднання сплавуТі-TiB заустенітної сталлю 12Х18Н10Т шляхом формування проміжного шару в зварному з'єднанні. Для цього на поверхні зразка сплаву Ті-TiB формувався легований прошарок, що містить армуючі волокна TiB і основні легуючі елементи стали 12Х18Н10Т. Було визначено, що такий прошарок одержується застосуванням електронно-променевого зварювання з'єднання сплаву Ті-TiB з ванадієм через фольгу зі сталі 12Х18Н10Т. Було виявлено, що мікроструктура сформованого прошарку сплаву на основі титану іванадію з легуючими добавками має характер металевої матриці, армованої мікроволокнами, склад яких відповідає боріду титану, легованого ванадієм. Було виявлено, що для армуючих боридних мікроволокон в мікроструктур і прошарку сплаву на основі титану і ванадію характерною особливістю є їх значне подрібнення в порівнянні з вихідним сплавом Ті-TiB. Крім того, в цьому прошарку в зоні розпаду первинних борідів титану, ініційованого впливом електронного променя, були виявлені фазові утворення за елементним складом близькі Ti2B. В результаті було зроблено припущення, що прошарок сплаву на основі Ti (63-68 at.%) І V (18-25 at.%) із легуючими добавками (Fe, Cr, Ni, B, C), сформований на поверхні сплаву Ті -TiB, перспективний для використання для електронно-променевого зварювання сталі 12Х18Н10Т зі сплавом Ті-TiB.Possibilities of obtaining and using an intermediate layer for joining of Ti-TiB and austenitic steel 12X18H10T (analog of AISI 321; 1.4541; X10CrNiTi18-10) were studied. An alloyed interlayer with TiB reinforcing fibers and the main alloying elements of 12X18H10T steel was formed on the surface of the Ti-TiB sample. Such interlayer was formed during electron beam welding of Ti-TiB with vanadium using foil made of 12X18H10T steel. The microstructure of the interlayer consists of a metal matrix reinforced with microfibers. It’s composition corresponds to vanadium-alloyed titanium boride. In comparison to the initial Ti-TiB alloy, significant grinding of reinforcing boride microfibers in the interlayer microstructure was observed. Besides, the phase formations close to Ti2B in zone of primary titanium borides decomposition in the interlayer, initiated by electron beam were determined. As a result, application of Ti (63–68 at. %) and V (18–25 at. %) based interlayer with alloying additives (Fe, Cr, Ni, B, C) has great potential for utilization in electron-beam welding of 12Х18Н10Т steel with Ti-TiB alloy.Исследовались возможности получения и использования промежуточной прослойки для выполнения сварного соединения сплава Ті-TiB с аустенитной сталью 12Х18Н10Т (аналоги AISI 321, 1.4541, X10CrNiTi18-10). Для этого на поверхности образца сплава Ті-TiB формировалась легированная прослойка, содержащая армирующие волокна TiB и основные легирующие элементы стали 12Х18Н10Т. Было определено, что такая прослойка получается применением электронно-лучевой сварки соединения сплава Ті-TiB с ванадием через фольгу из стали 12Х18Н10Т. Было выявлено, что микроструктура сформированной прослойки сплава на основе титана и ванадия с легирующими добавками имеет характер металлической матрицы, армированной микроволокнами, состав которых соответствует бориду титана, легированногованадием. Былообнаружено, что для армирующих боридных микроволокон в микроструктуре прослойки сплава на основе титана и ванадия характерной особенностью является их значительно еизмельчение в сравнении с исходным сплавом Ті-TiB. Кроме того, в этой прослойке в зоне распада первичных боридо втитана, инициированного влиянием электронного луча, были обнаружены фазовые образования по элементному составу близкие Ti2B. В результате было сделано предположение, что прослойка сплава на основе Ti (63–68 at. %) и V (18–25 at. %) с легирующими добавками (Fe, Cr, Ni, B, C), сформированная на поверхности сплава Ті-TiB, перспективна для использования для электронно-лучевой сварки стали 12Х18Н10Т со сплавом Ті-TiB

РОЛЬ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ В РАЗВИТИИ ХРОНИЧЕСКИХ ЭЗОФАГИТОВ У ДЕТЕЙ

The aim of this study was to reveal features of chronic viral esophagitis in children. 102 patients from 3 till 17 years with histologically confirmed chronic esophagitis (CE) are surveyed. Immunohistochemically viruses have been found in esophageal mucosa in 65 (64 %) children (1 group). 37 children (2 group) have CE of other causes. In 50 (77 %) children of 1 group HV have been revealed, in 22 (34 %) - CMV, in 19 (29 %) - VEB, in 22 (34 %) a combination of 2 or 3 viruses. Clinical manifestation of viral esophagitis was similar to reflux-esophagitis. Endoscopical signs of CE have been found in 55 % of children of 1 group and in 40,5% of 2 group, erosions were only in 1 group (15 %). The inflammatory index in 1 group was significantly higher, diskeratosis (14 %), parakeratosis (6 %) and balloon dystrophy (32 %) of esophageal epithelium were also revealed in it, but columnar metaplasia was not found. Thus, we have revealed high frequency of chronic virus infection as the cause of CE in immunocompetent patients. Erosions, higher degree of inflammatory changes morphologically and more manifest clinical symptoms are typical for a chronic virus esophagitis.Целью работы было выявить особенности вирусных эзофагитов у детей. Обследованы 102 пациента от 3 до 17 лет с гистологически установленным хроническим эзофагитом (ХЭ). Иммуногистохимически вирусы в слизистой оболочке пищевода (СОП) выявлены у 65 (64%) детей (1-я группа). 2-ю группу составили дети с ХЭ другой этиологии. У 50 (77%) детей 1-й группы выявлен ВПГ, у 22 (34%) – ЦМВ, у 19 (29%) – ВЭБ, из них у 22 (34%) пациентов было сочетание 2 или 3 вирусов. Балльная оценка жалоб показала, что клиническая симптоматика при вирусных эзофагитах неспецифична и сходна с таковой при ГЭРБ. Эндоскопически ХЭ выявлен у 55% детей в 1-й группе и у 40,5% – во 2-й, эрозивный ХЭ – только в 1-й группе (15%). Воспалительный индекс (ВИ) в 1-й группе был достоверно выше, выявлены дискератоз (14%), паракератоз (6%), баллонная дистрофия (32%) плоского эпителия, желудочная метаплазия не обнаружена. Таким образом, мы выявили высокую частоту хронической вирусной инфекции как причины развития ХЭ у иммунокомпетентных пациентов. Для хронической вирусной инфекции характерны эрозивные формы эзофагита, более высокая степень воспалительных изменений при морфологическом исследовании и более яркие клинические проявления