A robust enhancement to the Clarke-Wright savings algorithm

We address the Clarke and Wright (CW) savings algorithm proposed for the Capacitated Vehicle Routing Problem (CVRP). We first consider a recent enhancement which uses the put first larger items idea originally proposed for the bin packing problem and show that the conflicting idea of putting smaller items first has a comparable performance. Next, we propose a robust enhancement to the CW savings formulation. The proposed formulation is normalized to efficiently solve different problems, independent from the measurement units and parameter intervals. To test the performance of the proposed savings function, we conduct an extensive computational study on a large set of well-known instances from the literature. Our results show that the proposed savings function provides shorter distances in the majority of the instances and the average performance is significantly better than previously presented enhancements

Sentetik elyafın mikrodalga ortamında boyanması

06.03.2018 tarihli ve 30352 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan “Yükseköğretim Kanunu İle Bazı Kanun Ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun” ile 18.06.2018 tarihli “Lisansüstü Tezlerin Elektronik Ortamda Toplanması, Düzenlenmesi ve Erişime Açılmasına İlişkin Yönerge” gereğince tam metin erişime açılmıştır.Polyester liflerinin bugünkü yapıları ile ilk olarak 1940'li yillarda üretilip pazara sunulmalarindan bu yana, dünya tekstil sektöründeki kullanım trendleri artmıştır ve bundan sonrada ayni egilimin devam edecegi öngörülmektedir. Polyester liflerinin boya-terbiye sektöründeki proses sartlarinin iyilestirilmesi, yeni boyama yöntemlerinin gelistirilmesi ve boyama islemleri sirasinda kullanilan dispers boyarmaddelerin sentezi üzerine yapilan çalismalar halen devam etmektedir.Bu tez çalismasinda, %100 polyester kumaslarin dispers boyarmaddeler ile boyama yöntemlerinin performanslari karsilastirilmis ve farkliliklarin ortaya konulmasi amaçlanmistir.Bu çalışmada, polyester elyafın boyanabilirliği farklı boyama banyosu koşullarında, mikrodalga enerjisi kullanılarak incelenmiştir. Bu amaçla altı farklı flotte (1/10, 1/20, 1/30, 1/50, 1/70 ve 1/100) ve beş farklı boyama şiddetinde (%0.1, %0.5, %1, %2 ve %4) hazırlanan boyama banyolarında dispers boyarmadde kullanılarak denemeler yapıldıktan sonra, en iyi boyama banyosu koşulları ve en iyi boyama süresi belirlenmiştir. Tüm denemeler için boyanabilirlik, renk şiddeti (K/S) değerleri ile yorumlanmıştır.The trend in the use of polyester fibers has been increasing in the world textile sectorsince their first production and introduction into the markets in 1940?s and it isanticipated that this trend will continue to increase. The studies on improving theprocess conditions in the polyester fiber dyeing and finishing sector, developing newdyeing methods and the synthesis of disperse dyestuff used in dyeing are stillcontinuing.In this thesis study, the performances of dyeing methods applied on 100% polyesterfabrics using disperse dyestuff are compared and the differences are aimed to bedetermined.In this study, dyeability of polyester fiber is investigated in different dye baths y using microwave and ultrasonic energy. By this purpose dyeing experiments havebeen done in different dye baths (six different liquors to good ratio: 1/10, 1/20, 1/30, 1/50, 1/70 and1/100 and five different dyestuff concentration: %0.1, %0.5, %1, %2 and %4 and optimum dye bath conditions were obtained. Dyeability of fibers was determined byusing color strength values (K/S). In order to examine the kinetics of dyeing,diffusion coefficients in all methods were calculated

Enhancements of Clarke-Wright savings heuristics for the capacitated vehicle routing problem

We address the Clarke-Wright (CW) savings algorithm proposed for the Capacitated Vehicle Routing Problem (CVRP). In the past, Gaskell (1967), Yellow (1970), Paessens (1988), and Altınel and Öncan (2005) proposed modifications on the CW function by either parameterizing it or by adding new parameterized terms. The primary objective of all these approaches is to obtain short tours with least computational effort. In this study, we propose several enhancements to the two- and three-term versions of CW savings function. Our aim is to further improve the solution quality without bringing additional computational burden to the existing approaches. To test the performance of our savings functions, we conduct an extensive computational study on a large set of well-known instances from the literature. These instances were also used by the earlier savings algorithms that we benchmark our approach with. The results show that the proposed savings functions provide shorter distances in many instances and the average performance is better than those of the previous approaches reported in the literature

Doctor of Philosophy

thesisOgden Valley, in Weber County, is a fault trough or graben. It is known as one of the "back valleys" of the Wasatch Range. Consolidated rocks of pre-Tertiary age, unconsolidated and poorly consolidated rocks of Tertiary age, and unconsolidated rocks of Quaternary age constitute the rocks of Ogden Valley and its watershed. The pre-Tertiary rocks are exposed in the mountains surrounding the valley. These rocks range in age from Precambrian to late Paleozoic. Several stratigraphic gaps exclude the rocks of Ordovician, Silurian, much of the Devonian, and the Permian systems from the area. The pre- Tertiary rocks are not very significant as water bearers in the area. The Tertiary rocks include Knight Formation, Norwood Tuff, and upper Pliocene (?) Fanglomerate and range in age from early (?) Eocene to late Pliocene(?). Miocene rocks are missing. The Knight Formation sup¬ plies about 860 acre-feet of water annually to Bennett Spring. The Norwood Tuff has a low permeability and acts as an underlying confining bed in Ogden Valley. The upper Pliocene (?) Fanglomerate is unconsolidated and unsorted. The formation has a relatively low permeability; therefore, it will not receive much recharge from precipitation. The Quaternary rocks include more than 400 feet of unconsolidated sediments of the Pleistocene and Recent epochs deposited within the graben. The Pleistocene sediments consist of pre-Lake Bonneville and Lake Bonneville gravels, sands, silts, and clays. The Recent deposits are fan gravels, flood-plain gravel, sand, and silt, landslide deposits, and slope wash deposits. Pre-Lake Bonneville deposits include fan gravels and stream-laid deposits of gravel, sand, silt, and clay; they make up the artesian aquifer, whose waters are confined by the over¬ lying silt and clay of the Alpine Formation of Lake Bonneville age and by the relatively impermeable underlying Norwood Tuff. Overlying the Alpine Formation are the sands and gravels of the Bonneville Formation which, together with Recent sands and gravels, contain perched water bodies. In the recharge area these Bonneville and Recent deposits are hydraulically connected with the artesian and water-table aquifer. Ogden Valley is drained by three forks of Ogden River, and the flow of this river is regulated by the earth-fill dam which impounds the water of Pineview Reservoir. Recharge to the ground-water reservoirs is by seepage from waterways and irrigated lands, and infiltration of precipitation. The estimated minimum recharge in 1970 was 34,300 acre-feet. The greatest contribution to this recharge is from seepage waters from the waterways and irrigated land. Discharge from the ground-water reservoirs is by (1) wells, (2) evapotranspiration,and (3) springs. The estimated minimum discharge in 1970 was 34,000 acre-feet, of which 20,000 acre-feet was discharged by evapotranspiration. The most important causes of water-level fluctuations in the artesian wells are discharge from the wells and loading by Pineview Reservoir. Since November 1936, Pineview Reservoir has created a unique situation in Ogden Valley by adding a load on the underlying artesian aquifer. Thus, with an increase in the storage of the surface reservoir, the artesian aquifer is compressed and the water levels in the wells start to rise. An increase of about 4,800 acre-feet in the storage of Pineview Reservoir corresponds to a rise of water level in the test well, (A-6-2) 18 bab-1, of one foot. The chemical quality of the ground water in Ogden Valley is good and the water is suitable for household and irrigation purposes. The results of bacteriological analyses of water samples from ten wells indicate that the water in six wells is satisfactory, but the water in four wells around Eden may be classed as unsatisfactory for drinking purposes. The artesian aquifer in Ogden Valley probably could be developed further if the present users would be willing to accept a reduction in pres¬ sure in exchange for the additional water. The water-table aquifer probably could be developed to yield five times its present yield of 100 acre-feet per year

INVESTIGATION OF BIOFILM AND VIRULENCE AFFECT ON SALMONELLA SEROTYPES

Araştırmamızda Salmonella serotiplerinde biyofilm ve virulens genlerinin ilişkisi incelenmiştir. Salmonella serotiplerindeki biyofilm ile ilgili bapA, sdiA, invA, agfD ve adrA gen varlıkları PCR yöntemi ile incelendi. Araştırma için farklı kaynaklardan izole edilmiş olan 44 adet Salmonella izolatının 10’u Salmonella Typhimurium, 10’u Salmonella Enteritidis ve 24’ü Salmonella İnfantis’tir. İncelenen 44 serotipin, 38’ inde (% 86.36) bapA geni, 26 sında ( % 59) sdiA geni,44 ünde yani tamamında (% 100) oranında invA geni, 39 unda (%88.64) agfD geni ve 35 inde (%79.55) oranında adrA geni tespit edilmiştir. İncelenen çeşitli virulens genlerinin özelliklerin saptanmasında fenotipik yöntem ile PCR tekniği uyumluluk göstermesine karşın, bazı özelliklerde PCR tekniği ile saptanan sonuçların fenotipik sonuçlara kıyasla yüksek bulunması moleküler çalışmaların çok sayıda gen ile ilişkili bir özelliğin ayrıntılı olarak incelenmesinde yarar sağladığını ve her iki yöntemin bir arada kullanılmasının daha güvenilir bir sonuç elde etmede önemli olduğunu ortaya koydu. Bu çalışma ile; Salmonella’nın insanlar için patojen olduğu ve dünyada letal etkili bir çok salgına yol açtığı göz önüne alınırsa gıda üretim yerlerinde, hammaddeden son ürüne kadar genel hijyenik kuralların uygulanmasının ve kros kontaminasyonu engelleyici önlemlerin alınmasının gerekliliği ortaya konulmuştur.KABUL ONAY i TEŞEKKÜR ii İÇİNDEKİLER iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vi ŞEKİLLER DİZİNİ vii RESİMLER DİZİNİ viii TABLOLAR DİZİNİ ix ÖZET x ABSTRACT xi 1.GİRİŞ 1 2.GENEL BİLGİLER 3 2.1.Tarihçe, Sınıflandırma ve İsimlendirme 3 2.2.Taksonomi 4 2.3.Morfoloji, Kültür ve Biyokimyasal Özellikler 7 2.4.Antijen Yapısı 10 2.4.1..Somatik (O)-Hücre Duvar Antijeni 10 2.4.2.O-Antijen Değişimleri 11 2.4.3.Lizojenik Konversiyon 11 2.4.4.Plazmid Konversiyon 11 2.4.5.Hareket (H) Antijenleri 12 2.4.6.Trifazik suşlar 12 2.4.7.Vİ Antijeni 12 2.4.8.Fimbrial Antijenler 13 2.5.Serotiplendirme 13 2.5.1.Salmonella Antijenleri 13 2.5.2.Serotiplendirmede Rutin Algoritm 14 2.5.3.Epidemiyolojik Açıdan Önemli Salmonella Serotipleri 14 2.5.4.Faj Tiplendirme ve Profajlar 15 2.5.5.Serotiplere Göre Moleküler Tiplendirme Metodları 16 2.6. Salmonella Virulens Faktörleri 17 2.6.1.Salmonella Virulens Plazmidleri 19 2.6.2. Salmonella Patojenite Adaları 19 2.6.2.1. Salmonella Patojenite Adası-1 (SPA-1) 20 2.6.2.2. Salmonella Patojenite Adası-2 (SPA-2) 22 2.6.2.3. Salmonella Patojenite Adası-3 (SPA-3) 23 2.6.2.4. Salmonella Patojenite Adası-4 (SPA-4) 24 2.6.2.5. Salmonella Patojenite Adası-5 (SPA-5) 24 2.6.2.6. Salmonella Patojenite Adası-6 (SPA-6) 25 2.6.2.7. Salmonella Patojenite Adası-7 (SPA-7) 25 2.6.2.8. Salmonella Patojenite Adası-8 (SPA-8) 25 2.6.2.9. Salmonella Patojenite Adası-9 (SPA-9) 25 2.6.2.10. Salmonella Patojenite Adası-10 (SPA-10) 26 2.6.2.11. Salmonella Genomik Adası-1 (Salmonella Genomic Island;SGI-1) 26 2.6.2.12.Yüksek Patojenite Adası (High Pathogenicity Island; HPI) 26 2.6.3.Tip III Sekresyon Sistemi (TTSS) 28 2.6.4.Enfeksiyonun Hücre İçi Dönemi 28 2.6.5.Barsaktan Yayılım ve Sistemik Enfeksiyon 28 2.6.7.Doğal ve Kazanılmış Bağışıklıktan Kaçış 29 2.7. Salmonella Biyofilmleri 30 2.7.1.Biyofilm İçerisindeki Hayat Döngüsü 37 2.7.1.1.Tutunma ve Kolonizasyon 37 2.7.1.2.Büyüme ve Gelişme 38 2.7.1.3.Hareket 39 2.7.1.4.Ayrılma ve Eksternal Kolonizasyon 39 2.7.2.Biyofilmlerin Avantajları 40 2.7.3.Salmonella’larda Biyofilm Oluşumu 41 2.7.4.Salmonella’ların Biyofilm Oluşturmasında Etkili Hücresel Elemanları (Yüzey Eklentileri) 50 2.7.4.1.Flagella 50 2.7.4.2.Fimbria 50 2.7.5.Biyofilm Oluşumunu Etkileyen Çevresel Faktörler 51 2.7.6.Hücreden Hücreye İletişim 52 2.8.Patogenez ve Virülans Mekanizmaları 53 3.GEREÇ VE YÖNTEM 54 3.1.Metot 54 3.1.2. İdentifikasyon 54 3.1.3. Biyofilm Üretiminin Fenotipik Olarak Belirlenmesi 54 3.1.4.Salmonella serotiplerindeki biyofilm ile ilgili sdiA, , bapA, agfD, adrA ve invA gen varlıklarının PCR ile incelenmesi 54 4. BULGULAR 55 4.1. Bakteri İzolatları 58 4.2. İdentifikasyon Bulguları 58 4.3.PCR Bulguları 58 5.TARTIŞMA 58 6.SONUÇ 67 KAYNAKLAR 73 ÖZGEÇMİŞ 8

D750 karayolu Kızılcahamam-Gerede arasındaki yol yarmalarında şev duraysızlıklarına yönelik tehlike sınıflandırma sistemi uygulaması

TÜBİTAK ÇAYDAG01.12.200

Deformable MRI fusion for intracranial SRS: Can we trust?

Purpose/Objective: The aim of this study is to evaluate the reliability of MRI fusion for the determination of target volume when performing CT based intracranial stereotactic radiosurgery. Materials and Methods: Patients treated with CT based intracranial stereotactic radiosurgery with various diagnoses are included in the study. All patients were immobilized using stereotactic thermoplastic masks prior to simulation. The planning CT was obtained both with and without iv contrast with 1mm slice thickness

Malaria cases ın Aydın province

Amaç: Çalışmada Aydın ve çevresinde sıtma hastalığının durumunu değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: Sağlık Müdürlüğü Sıtma Birimi'nce 1997- 2000 yılları arasında toplam 119.458 kişiden alınan periferik kan örneklerinin kayıtları geriye dönük olarak araştırılmış, türleri saptanan olgular kökenlerine, yaşlarına, cinsiyetlerine göre sınıflandırılmıştır.Ayrıca yıllara göre sürveyans çalışmaları ve aylara göre sıtmalı olguların dağılımları değerlendirilmiştir. Bulgular: 189 erkek (%57.80), 138 kadın (%42.20) olan toplam 327 sıtmalı olguların yaşlara göre dağılımı incelendiğinde 10-20 yaş arasındaki olguların tüm olguların %33.64'ünü oluşturduğu görülmüştür. Sıtmalı olguların 70'inin (%21.40) sürekli olarak Aydın ilinde yaşadığı, 257 olgunun ise (%78.60) başta Güneydoğu ve DoğuAnadolu illeri olmak üzere başka illerden çeşitli nedenlerleAydın iline geldiği saptanmıştır. Aylara göre parazitli çıkanların yüzdeleri incelendiğinde ise; Ekim ayında 94 kişinin (%28.75) parazitli olduğu, bunu Eylül ve Kasım aylarının 65 (%19. 88) kişi ile takip ettiği saptanmıştır. Sonuç: İlimizde özellikle yerli sıtma olgularının son yıllarda giderek artması, sıtmanın yakın gelecekte ilimizde önemli sağlık sorunlarına neden olabileceğini düşündürtmektedir.Objectives: The aim of this study was to assess malaria incidence the province of Aydın. Method: Aretrospective analysis was conductedusing 119.458 blood sample records obtained by Aydın Malaria Control Unit between 1997-2000. Those withPlasmodium infestation have been classified with regards to region age and sex.. Annual surveillance and monthly distribution of malaria cases were also evaluated. Results: We found 189 males (57.80%) and 138 females (42.20%) withPlasmodium vivax infection.. 33.64% of all positive cases were between 10-20 years of age. 70 cases (21.40%) had been born and lived in Aydın, and the other 257 cases (78.60%) were immigrants, who came mainly from South-East and Eastern Anatolia regions. Monthly analysis of cases showed that 94 patients had been affected in October (28.75%), followedby 65 cases in September and November (19%). Conclusion: Increasing numbers of malaria cases in recent years indicate that, in the near future, malaria may cause significantproblems in Aydın Province

Cutaneous and visceral leshmaniasis cases reported to the bureau of Ministry of Health in Aydın in 2001

Amaç: Çalışmamızda Aydın ılınde 2001 yılında saptanan derı ve ıç organ leıshmanıasıs olgularının yaş, cıns, lezyonun saptandığı ay, yerleşım bırımı ve klınık tıpıne göre dağılımlarının ıncelenmesı amaçlanmıştır. Yöntem: Aydın Sağlık Müdürlüğü ve Adnan Menderes Ünıversıtesı Tıp Fakültesı Mıkrobıyolojı ve Klınık Mıkrobıyolojı Anabılım dalı kayıtları gerıye dönük olarak ıncelenmış, saptanan derı ve ıç organ leıshmanıasıs olguları değerlendırılmıştır. Bulgular: Yaşları 1-81 arasında değışen 45 derı ve 1-6 yaşlarında arasında 4 ıç organ leıshmanıasıs olgusu saptanmıştır. Olguların yerleşım merkezlerıne göre dağılımı ıncelendığınde, derı leıshmanıasıs olgularının 3 (%6,7)'ünün ıl merkezınde 42 (%93.3)'sının merkez ılçe ve köylerınde olduğu belırlenmıştır. ıç organ leıshmanıasıs olgularının ıse tamamının merkez ılçe ve köylerınde yaşadığı görülmüştür. Derı leıshmanıasıs olgularında lezyon sayısı ve lokalızasyonları ıncelendığınde, 21 (%46,7)'ınde bır, 11 (%24,4)'ınde ıkı, 13 (%28,9)'ünde ıse üç veya daha fazla sayıda lezyonun bulunduğu görülmüştür. Lezyonların 24 (%53,3) olgunun sadece yüzünde gerı kalan olguların ıse yüze ılaveten kol bacak gıbı vücudun açıkta kalan dığer yerlerınde olduğu belırlenmıştır. Sonuç: Aydın ılınde hem ıç organ hem de derı leıshmanıasıs olguları görülmektedır. Leıshmanıasıs'ın bır sağlık sorunu olarak karşımıza çıkmasını önlemek amacıyla parazıte, vektöre ve rezervuarlarına aıt ılerı çalışmaların yapılmasının önemlı olduğu düşünülmektedır.Objectives: The aim of this study was to determine clinical and demographic characteristics of cutaneous leishmaniasis (CL) and visceral leishmaniasis (VL) in the province ofAydın 2001. Methods: The records of patients diagnosed with VL and CL were obtained from the Bureau of Ministry of Health inAydın andAdnan Menderes University Hospital, and were evaluated retrospectively. Results: Forty-five patients werefoundtohaveCL, whoseagesrangedfrom 1 to 81 and 4 patients had VLwhose ages ranged from 1 to 6years. Geographic distribution of the cases was as follows: 3 (6.7%) patients withCLwere from the city center, 42 (93.3%) were from small towns and villages. However, all of the VL cases were from towns and villages. 21 (46,7%) cases had one lesion, 11 (24,4%) cases had two lesions and 13 (28,9%) cases had three or more lesions. Twenty-four cases (53.3%) had lesions localized to face only, while the remaining, cases had whidespread lesions distributedthroughout the arms, legs and face. Conclusion: Both VL and CL cases are seen inAydın. Inorderto prevent leishmaniasis as a health problem, it is important to make more investigations about parasites, vectors andreservoirs

Increased serum levels of NMDA receptor antibodies in female patients with bipolar disorder

Objective: Glutamatergic/GABAergic imbalance due to autoimmune antibodies targeting N-methyl-D-aspartate receptors (NMDA-R) is considered to be one of the shared pathways between bipolar disorder (BD) and autoimmune diseases. Evidence shows female vulnerability to autoimmune disorders, and suggests a sex-specific approach in autoimmunity research in BD. We aimed to assess serum concentrations of NMDA-R antibodies and density of NMDA and GABA receptors on platelets in euthymic patients with BD in comparison to healthy individuals; and to determine the impact of sex on serum concentrations of NMDA-R antibodies and the density of NMDA and GABA receptors on platelets. Method: NMDA antibody IgG were detected in serum samples of 27 DSM IV euthymic patients with bipolar disorder (16 females, 11 males) and 33 healthy individuals (17 females, 16 males), using ELISA method. The densities of NMDA and GABA receptors on platelets were investigated using immunocytochemical methods. Results: Patients with BD presented higher serum levels of NMDA-R antibodies in comparison to healthy individuals (p<0.001). The densities of NMDA and GABA receptor on platelets were similar in both groups. The NMDA-R antibody levels were influenced by both diagnosis and sex (F=5.813, df=1, p =0.020). Tserum lithium levels showed a significant linear association with the serum NMDA-R antibody levels even adjusting for age, sex, body mass index (F=-56.26, t=-2.52, p = 0.015, CI: -101.12/-11.40). Discussion: Our findings support a potential role of NMDA-R antibodies in the underlying pathophysiology of BD, particularly for females