Do Canadian Firms Respond to Fiscal Incentives to Research and Development?

This study examines the effectiveness of R&D tax incentives using an unbalanced panel of 434 Canadian firms. Not all firms in the sample are R&D performers. A B-index summarizing the various tax incentives for R&D is constructed for each firm, taking into account individual ceilings in the use of the relevant tax incentives. A generalized Tobit model with fixed effects is estimated. A one percent increase in the federal tax credit to R&D yields an average of 0.98 additional R&D expenditure per dollar of tax revenues foregone (for firms with a ceiling in their use of federal tax credit). Using the same measure on firms which are not subject to a ceiling, we obtain 1.04. Tax transfers represent more than 80% of the cost of government support to R&D. Cet articleétudie l'effet des incitatifs fiscaux à la R&D à partir d'unéchantillon non cylindré de 434 firmes canadiennes (dont certaines ne font pas de R&D). Avec les données de Compustat, nous estimons un modèle Tobit généralisé (à effet fixe). Ce modèle détermine notamment l'effet du prix effectif de la R&D (indice-B tenant compte des différents plafonds dans l'utilisation des incitatifs fiscaux) sur le stock de la recherche. En augmentant d'un pourcent le crédit d'impôt fédéral à la R&D, nous obtenons en moyenne 0,98 de dépenses additionnelles de R&D par dollar de dépense fiscale (firme ayant un plafond d'utilisation du crédit fédéral). Ce résultat est majoré à 1,04 pour les firmes pouvant utiliser la totalité du crédit fédéral. Le transfert fiscal représente plus de 80 % du coût du soutien à la R&D par le gouvernement.Tax incentives, R&D, generalized Tobit panel, Canada, Incitatifs fiscaux, R&D, modèle Tobit généralisé, Canada

Towards an Innovation Intensity Index: The Case of CIS 1 in Denmark and Ireland

The purpose of this paper is to propose a composite innovation indicator derived from an econometric prediction of the likelihood of innovating and of the amount of innovation performed by a particular firm, given information on its characteristics and on the environment in which it operates. The indicator is constructed from various pieces of information contained in the Community Innovation Surveys. It combines qualitative and quantitative data. It allows the comparison of innovativeness across industries or classes of firms in a particular country. To the extent that the national innovation surveys are sufficiently homogeneous, it also allows comparisons across countries. This paper applies the proposed indicator to the CIS 1 data for Denmark and Ireland. Cet article a pour objet de construire un indicateur synthétique de l'innovation, qui résulte d'une prédiction économétrique de la probabilité d'innover et du montant d'innovation que fera une firme, conditionnelle à ses caractéristiques et à celles de l'environnement dans lequel elle opère. Cet indicateur se fonde sur différentes informations de nature qualitative et quantitative comprises dans l'enquête innovation. L'indicateur permet de comparer les performances d'innovation entre secteurs, régions ou pays, pour autant que les enquêtes soient suffisamment homogènes. Cet article applique la nouvelle mesure aux données de l'enquête innovation CIS 1 du Danemark et de l'Irlande.Innovation, generalized Tobit, indicator, Innovation, Tobit généralisé, indicateur

Tracing and profiling machine learning dataflow applications on GPU

In this paper, we propose a profiling and tracing method for dataflow applications with GPU acceleration. Dataflow models can be represented by graphs and are widely used in many domains like signal processing or machine learning. Within the graph, the data flows along the edges, and the nodes correspond to the computing units that process the data. To accelerate the execution, some co-processing units, like GPUs, are often used for computing intensive nodes. The work in this paper aims at providing useful information about the execution of the dataflow graph on the available hardware, in order to understand and possibly improve the performance. The collected traces include low-level information about the CPU, from the Linux Kernel (system calls), as well as mid-level and high-level information respectively about intermediate libraries like CUDA, HIP or HSA, and the dataflow model. This is followed by post-mortem analysis and visualization steps in order to enhance the trace and show useful information to the user. To demonstrate the effectiveness of the method, it was evaluated for TensorFlow, a well-known machine learning library that uses a dataflow computational graph to represent the algorithms. We present a few examples of machine learning applications that can be optimized with the help of the information provided by our proposed method. For example, we reduce the execution time of a face recognition application by a factor of 5X. We suggest a better placement of the computation nodes on the available hardware components for a distributed application. Finally, we also enhance the memory management of an application to speed up the execution

Purification par affinité et marquage isotopique spécifique pour études d’ARN fonctionnels

Il existe un lien étroit entre la structure tridimensionnelle et la fonction cellulaire de l’ARN. Il est donc essentiel d’effectuer des études structurales de molécules d’ARN telles que les riborégulateurs afin de mieux caractériser leurs mécanismes d’action. Une technique de choix, permettant d’obtenir de l’information structurale sur les molécules d’ARN est la spectroscopie RMN. Cette technique est toutefois limitée par deux difficultés majeures. Premièrement, la préparation d’une quantité d’ARN nécessaire à ce type d’étude est un processus long et ardu. Afin de résoudre ce problème, notre laboratoire a développé une technique rapide de purification des ARN par affinité, utilisant une étiquette ARiBo. La deuxième difficulté provient du grand recouvrement des signaux présents sur les spectres RMN de molécules d’ARN. Ce recouvrement est proportionnel à la taille de la molécule étudiée, rendant la détermination de structures d’ARN de plus de 15 kDa extrêmement complexe. La solution émergeante à ce problème est le marquage isotopique spécifique des ARN. Cependant, les protocoles élaborées jusqu’à maintenant sont très coûteux, requièrent plusieurs semaines de manipulation en laboratoire et procurent de faibles rendements. Ce mémoire présente une nouvelle stratégie de marquage isotopique spécifique d’ARN fonctionnels basée sur la purification par affinité ARiBo. Cette approche comprend la séparation et la purification de nucléotides marqués, une ligation enzymatique sur support solide, ainsi que la purification d’ARN par affinité sans restriction de séquence. La nouvelle stratégie développée permet un marquage isotopique rapide et efficace d’ARN fonctionnels et devrait faciliter la détermination de structures d’ARN de grandes tailles par spectroscopie RMN.The tridimensional structure of a given RNA molecule is closely linked to its cellular function. For this reason, it is crucial to study the structure of RNA molecules, such as riboswitches, to characterize their mechanism of action. To do so, NMR spectroscopy is often used to gather structural data on RNA molecules in solution. However, this approach is limited by two main difficulties. First, the production of preparative quantities of natively folded and purified RNA molecules is a long and tedious process. To facilitate this step, our laboratory has developed an RNA-affinity purification method using an ARiBo tag. The second limiting step comes from the extensive signal overlap detected on NMR spectra of large RNA molecules. This overlap is proportional to the length of the RNA, which often prevents high-resolution structure determination of RNAs larger than 15 kDa. To solve this problem, specific isotopic labeling of RNAs can now be achieved. However, existing labeling protocols are expensive, require several weeks of laboratory manipulations and usually provide relatively low yields. This thesis provides an alternative strategy to achieve specific isotopic labeling of RNA molecules, based on the ARiBo tag affinity purification technique. The protocol includes the separation and the purification of isotopically labeled nucleotides, an enzymatic ligation step performed on a solid support and the affinity purification of the RNA of interest, without any sequence restriction. This new strategy is a fast and efficient way to label functional RNAs isotopically and should facilitate NMR structure determination of large RNAs

Étude et développement de méthodes pour la production et la détection d'anticorps anti-peptides

La première partie de la thèse porte sur l'étude de l'effet immunogène de l'introduction d'acides aminés pseudo-lipidiques (liés à de longues chaînes aliphatiques) dans des peptides synthétiques. Des chaînes lipophiles de 14 et de 18 carbones ont été liées à certains acides aminés, lesquels ont ensuite été incorporés à deux peptides modèles, soit l'angiotensine II et un épitope du parasite Schistosoma mansoni. Les peptides conjugués aux chaînes aliphatiques ont ensuite été injectés à des souris BALB/c et la production d'anticorps polyclonaux spécifiques à été évaluée par ELISA et confirmée par RIA. Cette production d'anticorps a été comparée à celle induite par les peptides conjugués à des porteurs protéiques, aux peptides non conjugués, et à des tétramères de ces mêmes peptides liés à un réseau de lysines (MAPS). Seuls les conjugués protéiques se sont avérés efficaces dans notre étude pour induire un haut taux d'anticorps spécifiques aux peptides. Les peptides avec acides aminés pseudo-lipidiques et les tétramères peptidiques ont également été inefficaces lorsqu'utilisés pour la détection d'anticorps en ELISA. Des études ont déjà rapporté l'excellent rendement du MAPS pour la production et la détection des anticorps, mais il semble que des difficultés soit reliées à la production de ces composés. L'analyse par spectrophotométrie de masse nous a effectivement révélé une grande hétérogénéité des produits finaux. La possibilité de produire des immunogènes peptidiques dont la structure peut être modifiée à volonté par l'incorporation d'acides aminés à fonctions pseudo-lipidiques est d'un grand intérêt, mais étant donné les difficultés de purification de ces composés, leurs inefficacités apparentes dans cette étude, et l'existence de nouvelles méthodes de production d'anticorps anti-peptides très efficaces, nous ne pouvont suggérer la conjugaison de chaînes aliphatiques aux haptènes peptidiques comme étant la façon la plus efficace pour produire des anticorps anti-peptides. Dans un deuxième temps, nous avons tenté de développer une méthode permettant de lier des petits peptides synthétiques de façon covalente sur les plaques ELISA de polystyrène. Ce projet avait pour but premier de produire un nouvel outil de travail pour notre projet principal en facilitant la liaison de courts peptides tels que l'Ang II aux plaques ELISA. Des plaques de polystyrènes ont d'abord été soumises à différentes doses de radiation gamma, puis ces dernières ont été activées chimiquement avec du N, N'-dicyclohexylcarbodiimide (DCC) en combinaison avec du N-hydroxysuccinimide (NHS), avant d'être incubées avec le peptide dans une solution aqueuse. Le taux de liaison du peptide a été évalué avec de l’125I-angiotensine II et la nature covalente du lien formé à été vérifié par des lavages au SDS 5% aqueux. L'irradiation des plaques provoque une augmentation de la liaison totale du peptide mais non de sa liaison covalente. Le traitement au DCC/NHS correspond à l'étape cruciale pour permettre la liaison covalente du peptide. Les deux traitements exécutés simultanément ont un effet synergique sur la liaison covalente et totale du peptide. Le degré supérieur de liaison obtenu avec la [Lys8]Ang II par rapport à la [Phe8]Ang II suggère que le peptide est lié par ses fonctions amines libres, à des fonctions carboxyliques présentes à la surface du polystyrène, et activées par le DCC/NHS. Des essais ELISA effectués avec le CGRP et des fragments de ce peptide ont permis de montrer que les peptides liés de façon covalente peuvent être très bien reconnus par des anticorps spécifiques, et que la liaison covalente permet d'augmenter la reconnaissance des peptides les plus courts. Les plaques ELISA sur lesquelles l'antigène a été lié sont de plus réutilisables, et peuvent être conservées plusieurs mois à la température ambiante. Cette méthode s'est toutefois avérée inefficace pour déceler des anticorps anti-angiotensine II, et un taux élevé de liaison non spécifique a été observé pour ce peptide avec certains séra hyperimmuns; mais étant donné les nombreux avantages de cette méthode de liaison, elle pourrait devenir intéressante dans le développement de nouvelles trousses diagnostiques. Étant donné la disponibilité des nombreux séra positifs anti-angiotensine II (Ang II) que nous avions produits, et l'accessibilité de nouveaux analogues non-peptidiques de l'Ang II au laboratoire, nous avons développé un second sous-projet dont le but était de concevoir un récepteur modèle pour l'Ang II à partir des anticorps anti-Ang II. Cette étude a donc porté sur les interactions retrouvées entre des anticorps anti-Ang II et différents antagonistes ou analogues non-peptidiques de l'hormone. Nous avons entrepris une étude de criblage, par ELISA de compétition, d'une série de séra polyclonaux anti-Ang II avec différents agonistes et antagonistes peptidiques et non-peptidiques de l'Ang II. Aucune réaction croisée n'a été observée avec différentes substances non reliées à l'Ang II (témoin) et avec des analogues non-peptidiques AT2. La grande majorité des séra réagissent spécifiquement avec le plus puissant antagoniste non-peptidique AT1 utilisé, le L-158,809 (5,7-dimethyl-2-ethyl-3-[[2'-(1H-tetrazol-5yl)[1,1']-biphenyl-4-yl]-methyl-3H imidazo [4,5b] pyridine. L'un des 8 sérum examiné reconnait l'ensemble des antagonistes non-peptidiques AT1. Ces interactions sont observées peu importe que l'Ang II soit présenté par l'une ou l'autre de ses extrémités en ELISA, ce qui suggère que le site de liaison de ces anticorps se situe au centre de la molécule. L'affinité des anticorps anti-Ang II pour les antagonistes non-peptidiques est nettement inférieure à celle observée pour l'agoniste [Sar1]Ang II : 3-4 mM vs 10 pM, mais similaire à l'affinité retrouvée pour les antagonistes peptidiques saralasine et [Sar1,Phe(Br5)8]Ang II ; 0.5 mM. Ces résultats démontrent qu'il existe une homologie structurale entre les antagonistes non-peptidiques AT1 et l'Ang II, et qu'il est possible de trouver des anticorps anti-Ang II capables d'imiter la structure de reconnaissance d'un récepteur de l'Ang II. De tels anticorps pourraient devenir des outils importants pour la conception de nouveaux ligands hormonaux

Un nouveau système auto-immun dans la polyarthrite rhumatoïde: le système Ta/anti-Ta

La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie auto-immune chronique caractérisée par une arthrite des membres pouvant entraîner des déformations articulaires importantes. Cette maladie cause de l'incapacité sévère chez plus de la moitié des patients atteints depuis plus de vingt ans. Elle est aussi associée à une augmentation du taux de mortalité et cela principalement à cause de ses complications systémiques, telles que la vascularite, l'atteinte pulmonaire et l'amyloïdose rénale. Il n'existe pas présentement de marqueur sérologique spécifique, permettant d'identifier les malades les plus à risque de développer des manifestations extra-articulaires. L'identification précoce de ces malades permettrait peut-être de prévenir, à l'aide d'une thérapie immunosuppressive plus agressive, les complications systémiques de même que la hausse de mortalité qui s'y rattache. Le Dr. Ménard et ses collaborateurs ont identifié chez des patients rhumatoïdes, un nouveau système auto-immun nommé Ta/anti-Ta. Ce système est détecté à l'aide de l'immunoblot (IB), effectué à partir d'extraits de placenta humain ou de cellules HeLa en culture. Il semblait se retrouver plus fréquemment chez des patients avec PR présentant de nombreuses complications extra-articulaires. Le but de la présente étude était de déterminer la sensibilité et la spécificité de ce système comme marqueur pronostic pour la PR. Après standardisation et validation interne de la technique d'IB pour le système Ta/anti-Ta, une étude cas/témoin a été effectuée à l'aide de sérums entreposés dans la banque de sérum de l'unité des maladies rhumatismale du Centre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke (CHUS). Un total de 403 patients ont été étudiés. Le groupe de patients avec PR vus au CHUS, consistait en une cohorte de 303 patients, assemblée de façon successive lors d'une étude précédente sur le système auto-immun Ro/anti-Ro. Le groupe témoin a été assemblé par échantillonnage aléatoire de la banque de sérums. Il était composé de 115 patients souffrants de diverse maladies rhumatismales autre que la PR, qui avaient été vus en clinique externe de rhumatologie du CHUS. A la dilution de dépistage utilisée pour l'IB soit, 1:80, 3 des 277 patients avec PR étudiés étaient porteurs du système Ta/anti-Ta, donnant une sensibilité à 1.08%. Un seul des 115 patients du groupe témoin était positif pour ce système, donnant une spécificité à 99.1%. La différence de fréquence obtenue entre les deux groupes n'était pas statistiquement significative. Les résultats positifs des patients PR ont pu être corroborés à l'aide d'une technique d'immunoprécipitation sur billes de protéine A-sépharose. Le sérum du patient du groupe témoin dont le résultat d'IB était positif, n'a pas permis d’immunoprécipiter la protéine Ta. Ceci suggère que ce résultat était possiblement un artefact. L'analyse des données cliniques des patients PR porteurs du système Ta/anti-Ta, a permis d'observer des différences statistiquement significatives entre le nombre moyen des manifestations extra-articulaires observées soit 2.33 chez ces patients par rapport à 0.62 (p ? 0.01) chez les patients avec PR anti-Ta négatifs. Certains marqueurs sérologiques du pronostic de survie telle que la positivité du facteur rhumatoïde, la présence d'anticorps anti-nucléaires, la présence de leucopénie à moins que 4000 x 109 cellules/1 de même que l'élévation des cryoglobulines, étaient aussi plus fréquents chez les 3 patients avec PR anti-Ta positif que chez les autres patients rhumatoïdes. (p ? 0.05) Le système Ta/anti-Ta détecté par IB est donc hautement spécifique, mais peu sensible pour le diagnostic de PR. La présence de ce système auto-antigénique semble associée à une maladie plus sévère, présentant de nombreuses manifestations extra-articulaires de même que des anomalies de laboratoire associées à un haut taux de mortalité. Une étude prospective sur un plus grand nombre de patients sera nécessaire pour confirmer ces observations