Comparing protocols for preparation of DNA-free total yeast RNA suitable for RT-PCR

BACKGROUND: Preparation of RNA free from DNA is a critical step before performing RT-PCR assay. Total RNA isolated from several sources, including those obtained from Saccharomyces cerevisiae, using routine methodologies are frequently contaminated with DNA, which can give rise to amplification products that mimic the amplicons expected from the RNA target. RESULTS: We investigated the efficiency of two DNase I based protocols for eliminating DNA contaminations from RNA samples obtained from yeast cells. Both procedures are very efficient in eliminating DNA contamination from RNA samples and entail three main steps, which involve treating of RNA samples with DNase I, inhibition of the enzyme by EDTA and its subsequent inactivation at 65°C. The DNase I treated samples were further purified with phenol: chloroform followed by precipitation with ice-cold ethanol (protocol I) or, alternatively, they were directly used in RT-PCR reactions (protocol II). Transcripts from ACT1, PDA1, CNA1, CNA2, TPS1 and TPS2 analyzed after each treatment showed that all mRNAs tested can be amplified if total RNA was extracted and purified after DNase I treatment, however, only TPS1, TPS2 and ACT1 mRNAs were amplified without extraction/purification step. CONCLUSION: Although more laborious and requiring a higher initial amount of material, the inclusion of an extraction and purification step allows to prepare RNA samples that are free from DNA and from low molecular contaminants and can be applied to amplify any Saccharomyces cerevisiae mRNA by RT-PCR

AUDITORIA DE CONFORMIDADE AMBIENTAL E LEGAL COMO INSTRUMENTO DE GESTÃO NA INDÚSTRIA – UM ESTUDO DE CASO SOBRE AUDITORIA AMBIENTAL EM UMA REFINARIA DE PETRÓLEO

O presente trabalho apresenta uma proposta para utilização de auditorias de conformidade legalcomo um instrumento de gestão em refinarias de petróleo. A partir do levantamento da legislaçãobrasileira sobre auditoria ambiental em níveis federal, estadual e municipal, aplicável a refinarias depetróleo, foi feita a análise dos parâmetros legais que norteiam esta atividade. Além de uma vantagemenorme oferecida em relação à prevenção, a auditoria de conformidade legal dá a uma refinariauma margem razoável de segurança em relação aos riscos ao meio ambiente, já que a lei nada maisé do que uma padronização de poderes e deveres. O que se propõe é que sejam seguidos váriositens da legislação brasileira, aplicável às refinarias, durante a auditoria, de modo que a unidade a serauditada possa fazer do processo de auditoria, e muitas vezes estas auditorias são compulsórias,uma oportunidade de melhorar sua gestão ambiental, através do conceito da melhoria contínua

AUDITORIA DE CONFORMIDADE AMBIENTAL E LEGAL COMO INSTRUMENTO DE GESTÃO NA INDÚSTRIA – UM ESTUDO DE CASO SOBRE AUDITORIA AMBIENTAL EM UMA REFINARIA DE PETRÓLEO

O presente trabalho apresenta uma proposta para utilização de auditorias de conformidade legalcomo instrumento de gestão em refinarias de petróleo. A partir do levantamento da legislaçãobrasileira sobre auditoria ambiental em esfera federal, estadual e municipal, aplicável a refinarias depetróleo, foi realizada a análise dos parâmetros legais os quais norteiam essa atividade. Além de umavantagem enorme oferecida em relação à prevenção, a auditoria de conformidade legal oferece auma refinaria uma margem razoável de segurança relacionada aos riscos ao meio ambiente, já que alei nada mais é do que uma padronização de poderes e deveres. A proposta é serem seguidos váriositens da legislação brasileira, aplicável às refinarias, durante a auditoria, de modo que a unidade a serauditada possa fazer do processo de auditoria, e, muitas vezes, estas auditorias são compulsórias,uma oportunidade de melhorar sua gestão ambiental, pelo conceito da melhoria contínua

Substrates and indole-3-butyric acid in mini-cuttings rooting of Carya illinoinensis (Wangenh) K. Koch

Mini-cutting technique of tree species is an effective method of maintaining desirable features of plant matrices and uniformity. The objective of the present research was to determine substrate and concentration of indolebutyric acid (IBA) more suitable for mini-cuttings of Carya illinoinensis rooting. The experiment was carried out in a greenhouse with mist, from February to May 2018. The used experimental design was in blocks with a factorial arrangement of 3 x 5, in which three substrates were tested: carbonized rice husk, vermiculite and perlit; and five IBA concentration : 0, 2,000, 4,000, 6,000 and 8,000 mg L-1. The mini-cuttings were apical, produced from seedlings, with eight months of age. Mini-cuttings were made with two leaves cut in half and 8 to 10 cm in length. The use of IBA influenced results obtained with all substrates, except for the variable number of roots, in which only IBA effect was observed. However, higher results were obtained with IBA uses together with substrate carbonized rice husk, obtaining estimated maximum point of 91% of rooted mini- cuttings with 3,957 mg L-1 IBA concentration. For other evaluated variables, except root numbers, it was also observed superior results close to 4,000 mg L-1 IBA concentration with substrate carbonized rice husk. Results indicate the possibility of Carya illinoinensis propagation by mini-cutting technique and as an alternative for this specie plantlets production.Substratos e ácido indolbutírico no enraizamento de estacas juvenis de Carya illinoinensis (Wangenh) C. KOCH. A miniestaquia consiste em um método eficaz de manter as características desejáveis de plantas matrizes, bem como a uniformidade. O objetivo do presente trabalho foi determinar o substrato e concentrações de ácido indolbutírico (AIB) mais adequados para o enraizamento de miniestacas de Carya illinoinensis. O experimento foi realizado em estufa agrícola com nebulização intermitente, durante o período de fevereiro a maio de 2018. O delineamento experimental utilizado foi em blocos, com arranjo fatorial 3 x 5 (três substratos: casca de arroz carbonizada, vermiculita e perlita; e cinco concentrações de AIB: 0, 2.000, 4.000, 6.000 e 8.000 mg L-1 ). As miniestacas utilizadas foram apicais, oriundas de mudas de oito meses de idade, produzidas por sementes, confeccionadas com 8 a 10 cm de comprimento e dois folíolos cortados ao meio. O uso de AIB influenciou nos resultados obtidos em conjunto com todos os substratos, exceto para variável número de raízes, no qual houve efeito apenas do AIB. Resultados superiores foram obtidos com o uso de AIB em conjunto com o substrato casca de arroz carbonizada, com obtenção do ponto máximo estimado de 91% de miniestacas enraizadas com a concentração de 3.957 mg L-1 de AIB. As demais variáveis avaliadas, exceto número médio de raízes, também obtiveram resultados superiores próximo a concentração 4.000 mg L-1 de AIB e uso de substrato casca de arroz carbonizada. Os resultados obtidos indicam a possibilidade de propagação de Carya illinoinensis pela técnica da miniestaquia e sendo está uma alternativa para produção de mudas clonais da espécie

Análise epidemiológica de cepas bacterianas envolvidas em infecção hospitalar em um Hospital Universitário no Brasil

As infecções hospitalares representam um aumento na morbidade e mortalidade de pacientes internados, com significativo aumento no custo de internação hospitalar. Teve-se como objetivo fazer uma análise epidemiológica de casos de infecção hospitalar ocorridos num Hospital Universitário na cidade do Rio de Janeiro. Assim, foram analisadas 238 cepas isoladas a partir de 14 espécimens clínicos diferentes oriundos de 166 pacientes internados no período de 08 de 1995 a 07 de 1997. A idade média dos pacientes foi de 33,4 anos, 72,9% faziam uso de antimicrobiano antes de apresentar a cultura positiva, as patologias de risco mais comuns foram: Cirurgia (19,3%), HIV ou AIDS positivo (18,1%) e Patologia Pulmonar (16,9%). Foram identificadas 24 espécies bacterianas distintas, com predominância de S. aureus (21%) e P. aeruginosa (18,5%). Foram detectados 36% de MRSA (Methicilin Resistant S. aureus). Os Gram negativos apresentaram altos níveis de resistência para aminoglicosídeos e cefalosporinas. Foi detectado um surto de diarréia em berçário patológico, provocado pela Salmonella sorovar Infantis, com altos níveis de resistência para antimicrobianos e um plasmídio de alto peso molecular (98Mda), codificador do fator R.Hospital infections cause an increase in morbidity and mortality of hospitalized patients with significant rise in hospital costs. The aim of this work was an epidemiological analysis of hospital infection cases occurred in a public University Hospital in Rio de Janeiro. Hence, 238 strains were isolated from 14 different clinical materials of 166 patients hospitalized in the period between August 1995 and July 1997. The average age of the patients was 33.4 years, 72.9% used antimicrobials before having a positive culture. The most common risk conditions were surgery (19.3%), positive HIV or AIDS (18.1%) and lung disease (16.9%). 24 different bacterial species were identified, S. aureus (21%) and P. aeruginosa (18.5%) were predominant. Among 50 S. aureus isolated strains 36% were classified as MRSA (Methicillin Resistant S. aureus). The Gram negative bacteria presented high resistance to aminoglycosides and cephalosporins. A diarrhea outbreak, detected in high-risk neonatology ward, was caused by Salmonella serovar Infantis strain, with high antimicrobial resistance and a plasmid of high molecular weight (98Mda) containing virulence genes and positive for R factor

SUBSTRATES AND INDOLE-3-BUTYRIC ACID IN MINI-CUTTINGS ROOTING OF Carya illinoinensis (WANGENH) K. KOCH

Mini-cutting technique of tree species is an effective method of maintaining desirable features of plant matrices and uniformity. The objective of the present research was to determine substrate and concentration of indolebutyric acid (IBA) more suitable for mini-cuttings of Carya illinoinensis rooting. The experiment was carried out in a greenhouse with mist, from February to May 2018. The used experimental design was in blocks with a factorial arrangement of 3 x 5, in which three substrates were tested: carbonized rice husk, vermiculite and perlit; and five IBA concentration : 0, 2,000, 4,000, 6,000 and 8,000 mg L-1. The mini-cuttings were apical, produced from seedlings, with eight months of age. Mini-cuttings were made with two leaves cut in half and 8 to 10 cm in length. The use of IBA influenced results obtained with all substrates, except for the variable number of roots, in which only IBA effect was observed. However, higher results were obtained with  IBA uses together with substrate carbonized rice husk, obtaining estimated maximum point of 91% of rooted mini-cuttings with 3,957 mg L-1 IBA concentration. For other evaluated variables, except root numbers, it was also observed superior results close to 4,000 mg L-1 IBA concentration with substrate carbonized rice husk. Results indicate the possibility of Carya illinoinensis propagation by mini-cutting technique and as an alternative for this specie plantlets production

The Use of Latent Semantic Indexing to Mitigate OCR Effects of Related Document Images

Due to both the widespread and multipurpose use of document images and the current availability of a high number of document images repositories, robust information retrieval mechanisms and systems have been increasingly demanded. This paper presents an approach to support the automatic generation of relationships among document images by exploiting Latent Semantic Indexing (LSI) and Optical Character Recognition (OCR). We developed the LinkDI (Linking of Document Images) service, which extracts and indexes document images content, computes its latent semantics, and defines relationships among images as hyperlinks. LinkDI was experimented with document images repositories, and its performance was evaluated by comparing the quality of the relationships created among textual documents as well as among their respective document images. Considering those same document images, we ran further experiments in order to compare the performance of LinkDI when it exploits or not the LSI technique. Experimental results showed that LSI can mitigate the effects of usual OCR misrecognition, which reinforces the feasibility of LinkDI relating OCR output with high degradation.CNPq[557976/2008-1]FAPESP[05/60038-5]FAPESP[05/60729-8]FAPESP[06/58984-2]FAPESP[09/14292-8]FAPESP[2009/05504-1]Spanish Ministerio de Ciencia e Innovacion[TIN2008-06566-C04-04]FEDERXunta de Galicia[07SIN005206PR]Innolution Sistemas de Informatic

Performance of four ischemic stroke prognostic scores in a Brazilian population

Objective: Ischemic stroke (IS) prognostic scales may help clinicians in their clinical decisions. This study aimed to assess the performance of four IS prognostic scales in a Brazilian population. Method: We evaluated data of IS patients admitted at Hospital Paulistano, a Joint Commission International certified primary stroke center. In-hospital mortality and modified Rankin score at discharge were defined as the outcome measures. The performance of National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS), Stroke Prognostication Using Age and NIHSS (SPAN-100), Acute Stroke Registry and Analysis of Lausanne (ASTRAL), and Totaled Health Risks in Vascular Events (THRIVE) were compared. Results: Two hundred six patients with a mean +/- SD age of 67.58 +/- 15.5 years, being 55.3% male, were included. The four scales were significantly and independently associated functional outcome. Only THRIVE was associated with in-hospital mortality. With area under the curve THRIVE and NIHSS were the scales with better performance for functional outcome and THRIVE had the best performance for mortality. Conclusion: THRIVE showed the best performance among the four scales, being the only associated with in-hospital mortality.CAPESHosp Paulistano, AMIL, Sao Paulo, SP, BrazilPrograma Integrado AVC PIAVEN, AMIL, Sao Paulo, SP, BrazilFac Med ABC, Dept Neurol, Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Sao Paulo, Dept Neurol, Sao Paulo, SP, BrazilUniv Fed Minas Gerais, Programa Neurociencias, Belo Horizonte, MG, BrazilUniv Fed Sao Paulo, Dept Neurol, Sao Paulo, SP, BrazilWeb of Scienc

Avaliação da potencialidade de argilas do Rio Grande do Norte – Brasil

DUTRA, Ricardo Peixoto Suassuna ; SILVA, Jaquelígia Brito da ; MORAES, Márcio Luiz Varela Nogueira de ; NASCIMENTO, R. M. ; GOMES, Uilame Umbelino ; PASKOCIMAS, Carlos Alberto . Avaliação da potencialidade de argilas do Rio Grande do Norte. Cerâmica Industrial, v. 13, p. 47-50, 2008.Foram estudadas argilas de diferentes regiões do estado do Rio Grande do Norte, Brasil, visando uma caracterização completa e indicar potencialidades industriais. A composição mineralógica das argilas foi identificada por difração de raios X. A composição química foi determinada por fluorescência de raios X. Foi determinada por difração de laser a distribuição do tamanho de partículas das argilas. Os limites de Atterberg foram utilizados para classificar as amostras quanto à plasticidade. Os efeitos térmicos presentes nas amostras foram estudados por análise térmica diferencial. A predominância do mineral argiloso ilita, de composição química homogênea, com duas distribuições de tamanho de partículas e com plasticidades muito diferentes, foram os resultados predominantes. O exame das variáveis de processamento e das características intrínsecas de cada material indica o uso destas argilas para fabricação de blocos e telhas, bem como para fabricação de pavimentos e revestimentos, podendo ser uma nova área industrial no Estad