Microbial differences between dental plaque and historic dental calculus are related to oral biofilm maturation stage

Dental calculus, calcified oral plaque biofilm, contains microbial and host biomolecules that can be used to study historic microbiome communities and host responses. Dental calculus does not typically accumulate as much today as historically, and clinical oral microbiome research studies focus primarily on living dental plaque biofilm. However, plaque and calculus reflect different conditions of the oral biofilm, and the differences in microbial characteristics between the sample types have not yet been systematically explored. Here, we compare the microbial profiles of modern dental plaque, modern dental calculus, and historic dental calculus to establish expected differences between these substrates.- Background - Results -- Authentication of a preserved oral biofilm in calculus samples -- Dental calculus and plaque biofilm communities are distinct -- Health-associated communities of dental plaque and calculus are distinct -- Signatures of health and of disease are shared in modern and historic calculus samples -- Microbial community differences between health and disease in calculus are poorly resolved -- Absence of caries-specific microbial profiles in dental calculus -- Microbial co-exclusion patterns in plaque and calculus reflect biofilm maturity -- Microbial complexes in plaque and calculus -- Functional prediction in calculus is poorly predictive of health status -- Proteomic profiles of historic healthy site calculus -- Correlations between taxonomic, proteomic, and metabolomic profiles - Discussion - Conclusions - Materials and methods --Historic and modern calculus sample collection DNA extraction -- DNA library construction and high-throughput sequencing -- DNA sequence processing -- Genetic assessment of historic calculus sample preservation -- Genetic microbial taxonomic profiling -- Principal component analysis -- Assessment of differentially abundant taxa -- Sparse partial least squares-discriminant analysis -- Assessment of microbial co-exclusion patterns -- Gene functional categorization with SEED -- Proteomics -- Metabolomics -- Regularized canonical correlation analysi

Mougharet El-Aliya (Tanger. Homme néolithique de —)

Mougharet El-Aliya est une des « Grottes d’Hercule » situé sur la côte atlantique à environ 8 km du Cap Spartel et à 13 km au Sud-Ouest de Tanger. En Mai 1939, dans un niveau contenant une industrie qualifiée de « levalloiso-moustérienne », C. G. Coon mettait au jour des restes humains présentant des caractères archaïques qui les font situer au moins au stade néanderthalien. Deux dents ont été trouvées en 1947 mais n’ont pas encore été décrites (C. Arambourg, P. Biberson, C. S. Coon et J. Roc..

Anthropologie (Partie III)

Anthropologie physique des Marocains (D. Ferembach) 1. — Les Rifains Leur étude a été réalisée par C.S. Coon (1931, 1939). Les Rifains sont essentiellement des agriculteurs sédentaires. Seuls les Métalsa et les Beni Bu Yahyi, au sud-est du Rif, mènent une vie de nomade dans le désert de Garet. Les tribus étudiées par C.S. Coon sont les suivantes : Kebdana, Galiya, Beni Said, Beni Bu Yahyi, Metalsa, Beni Ulinshk, Tafersit, Beni Tuzin, Temsaman, Geznaya, Beni Urriaghel, Beni Amart, Targuist, Bo..

Dar es-Soltane

Important site préhistorique du Maroc, proche de Rabat, comptant plusieurs gisements. Grotte I (G. Souville) Elle est située à 600 m de l’ancien pavillon d’été du Sultan, à 300 m du rivage actuel. Cette grotte, qui s’ouvre dans une falaise morte, fut fouillée en 1937 et 1938 par A. Ruhlmann. L’entrée était occupée par un amas coquillier et la cavité était comblée jusqu’au plafond en grès dunaire. A. Ruhlmann y distingua 13 niveaux dans lesquels il voyait la succession d’un Atérien inférieur, ..

Anthropologie (Partie I)

L’origine anthropologique des Berbères doit être recherchée dans les temps préhistoriques. Ce n’est qu’à partir de l’Épipaléolithique qu’apparaissent des types humains qu’il est raisonnable de compter parmi les ancêtres des populations actuelles du Maghreb et du Sahara. Époque épipaléolithique (M.-C. Chamla) La complexité de l’Épipaléolithique du Maghreb a été maintes fois soulignée par les préhistoriens. Actuellement, on distingue deux grands ensembles culturels, l’Ibéromaurusien et le Capsi..

Anthropologie (Partie III)

Anthropologie physique des Marocains (D. Ferembach) 1. — Les Rifains Leur étude a été réalisée par C.S. Coon (1931, 1939). Les Rifains sont essentiellement des agriculteurs sédentaires. Seuls les Métalsa et les Beni Bu Yahyi, au sud-est du Rif, mènent une vie de nomade dans le désert de Garet. Les tribus étudiées par C.S. Coon sont les suivantes : Kebdana, Galiya, Beni Said, Beni Bu Yahyi, Metalsa, Beni Ulinshk, Tafersit, Beni Tuzin, Temsaman, Geznaya, Beni Urriaghel, Beni Amart, Targuist, Bo..

Anthropologie (Partie II)

Anthropologie (Protohistoire et Antiquité) (M.-C. Chamla) Dès le début de la conquête de l’Algérie, la découverte des monuments mégalithiques que l’on y rencontre par dizaines de milliers suscita l’intérêt des archéologues et des anthropologues, sur cette époque que l’on dénomma, pendant longtemps, préislamique, mais qu’il est d’usage actuellement d’appeler protohistorique à la suite de G. Camps qui leur consacra en 1961 un ouvrage fondamental. Les ensembles mégalithiques d’Afrique du nord co..

Anthropologie (Partie I)

L’origine anthropologique des Berbères doit être recherchée dans les temps préhistoriques. Ce n’est qu’à partir de l’Épipaléolithique qu’apparaissent des types humains qu’il est raisonnable de compter parmi les ancêtres des populations actuelles du Maghreb et du Sahara. Époque épipaléolithique (M.-C. Chamla) La complexité de l’Épipaléolithique du Maghreb a été maintes fois soulignée par les préhistoriens. Actuellement, on distingue deux grands ensembles culturels, l’Ibéromaurusien et le Capsi..

Anthropologie (Partie II)

Anthropologie (Protohistoire et Antiquité) (M.-C. Chamla) Dès le début de la conquête de l’Algérie, la découverte des monuments mégalithiques que l’on y rencontre par dizaines de milliers suscita l’intérêt des archéologues et des anthropologues, sur cette époque que l’on dénomma, pendant longtemps, préislamique, mais qu’il est d’usage actuellement d’appeler protohistorique à la suite de G. Camps qui leur consacra en 1961 un ouvrage fondamental. Les ensembles mégalithiques d’Afrique du nord co..

Genomic insights into the origin of farming in the ancient Near East

We report genome-wide ancient DNA from 44 ancient Near Easterners ranging in time between ~12,000 and 1,400 BC, from Natufian hunter–gatherers to Bronze Age farmers. We show that the earliest populations of the Near East derived around half their ancestry from a ‘Basal Eurasian’ lineage that had little if any Neanderthal admixture and that separated from other non-African lineages before their separation from each other. The first farmers of the southern Levant (Israel and Jordan) and Zagros Mountains (Iran) were strongly genetically differentiated, and each descended from local hunter–gatherers. By the time of the Bronze Age, these two populations and Anatolian-related farmers had mixed with each other and with the hunter–gatherers of Europe to greatly reduce genetic differentiation. The impact of the Near Eastern farmers extended beyond the Near East: farmers related to those of Anatolia spread westward into Europe; farmers related to those of the Levant spread southward into East Africa; farmers related to those of Iran spread northward into the Eurasian steppe; and people related to both the early farmers of Iran and to the pastoralists of the Eurasian steppe spread eastward into South Asia