Covid-19 en France : vers quelle évolution de l’épidémie ?

International audienceÉpidémiologiste et biostatisticien à l’École des Hautes Études en Santé Publique, Pascal Crépey travaille sur la modélisation de la propagation des maladies infectieuses telles que la grippe. Il revient pour The Conversation sur l’épidémie de Covid-1

Covid-19 : un pari épidémiologique perdu ? D’une stratégie à l’autre

International audienceFor the last two years, the world has been sailing from one epidemic wave to another. From lockdowns to curfews, strategies have changed over time, whether on travel restrictions, mask requirements, or vaccination. The health crisis has never ceased to toss us from one extreme to the other; each step further testing the resilience of our health system and the population's trust in its leaders. By reviewing some key stages of this pandemic crisis, we highlight why the fight against an emerging virus forces us to trials and errors, which must nevertheless be corrected in the light of the knowledge acquired. Therefore, changes in strategy become necessary even if they undermine the confidence of the population; confidence that cannot be maintained without a perfect understanding of this specific context.Depuis deux ans, le monde navigue d’une vague épidémique à l’autre. De confinements en couvre-feux, les stratégies ont changé avec le temps, que ce soit sur la restriction des voyages, le port du masque, ou la vaccination. La crise sanitaire n’aura eu de cesse de nous ballotter d’un extrême à l’autre ; chaque étape mettant un peu plus à l’épreuve la résilience de notre système de santé et le crédit de ses dirigeants. Passer en revue quelques étapes clés de cette pandémie, permet d’éclaircir pourquoi la lutte contre un virus émergent nous contraint au tâtonnement et aux erreurs, qui doivent néanmoins être corrigés à l’aune des connaissances acquises. Dès lors, les changements de stratégies deviennent nécessaires même s’ils mettent à mal la confiance de la population ; une confiance qui ne peut être gardée sans une parfaite compréhension de ce contexte si particulier

Covid-19 : un pari épidémiologique perdu ? D’une stratégie à l’autre

International audienceFor the last two years, the world has been sailing from one epidemic wave to another. From lockdowns to curfews, strategies have changed over time, whether on travel restrictions, mask requirements, or vaccination. The health crisis has never ceased to toss us from one extreme to the other; each step further testing the resilience of our health system and the population's trust in its leaders. By reviewing some key stages of this pandemic crisis, we highlight why the fight against an emerging virus forces us to trials and errors, which must nevertheless be corrected in the light of the knowledge acquired. Therefore, changes in strategy become necessary even if they undermine the confidence of the population; confidence that cannot be maintained without a perfect understanding of this specific context.Depuis deux ans, le monde navigue d’une vague épidémique à l’autre. De confinements en couvre-feux, les stratégies ont changé avec le temps, que ce soit sur la restriction des voyages, le port du masque, ou la vaccination. La crise sanitaire n’aura eu de cesse de nous ballotter d’un extrême à l’autre ; chaque étape mettant un peu plus à l’épreuve la résilience de notre système de santé et le crédit de ses dirigeants. Passer en revue quelques étapes clés de cette pandémie, permet d’éclaircir pourquoi la lutte contre un virus émergent nous contraint au tâtonnement et aux erreurs, qui doivent néanmoins être corrigés à l’aune des connaissances acquises. Dès lors, les changements de stratégies deviennent nécessaires même s’ils mettent à mal la confiance de la population ; une confiance qui ne peut être gardée sans une parfaite compréhension de ce contexte si particulier

Modélisation des dynamiques spatiotemporelles des épidémies et réseaux stochastiques multi-échelles

Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse ont pour sujet la modélisation des épidémies de maladies transmissibles et le rôle que peuvent jouer les réseaux de contact dans cette problématique.Dans une première partie nous introduisons les principales notions liées aux modèles de réseaux, ainsi que les éléments relevant de la modélisation en épidémiologie qui ont permis de faire le lien entre les réseaux et ce champ d application.Puis nous proposons une étude des comportements épidémiques sur différents types de réseaux. En particulier nous montrons que les épidémies ont tendance à adopter des comportements très variables lorsque celles-ci se propagent sur des réseaux ayant des propriétés communes avec des réseaux sociaux, à savoir les réseaux scale-free. En plus de détailler les étapes de la propagation où la variabilité est la plus grande, nous montrons l impact de la multiplicité des chemins de propagation et nous proposons des pistes d explication de ces différents comportements. Dans la partie suivante, nous adoptons une approche plus empirique en basant notre étude sur des données régionales d épidémies de grippe saisonnière aux Etats-Unis et en France. Nous partons de l hypothèse que l existence d un réseau de propagation à l échelle d un pays doit avoir un impact sur la similarité des profils épidémiques des différentes régions. Ainsi, nous proposons une méthode statistique permettant de retrouver et de quantifier l importance et la stabilité des liens de ce réseau. Puis, en mettant en relation ce réseau avec diverses sources de données géographiques et de transport, nous mettons en évidence une relation entre le trafic aérien et la propagation grippale aux US. Pour le cas de la France, nous montrons une relation avec les transports mais pas avec un mode en particulier qui dominerait les autres. Dans une partie plus technique, nous nous attardons sur les méthodes que nous avons développées pour conduire ces recherches. En particulier, nous décrivons le logiciel de génération de réseau ainsi que le logiciel de simulation épidémique qui le complète. Ces logiciels ont été conçus pour être relativement accessible et ainsi ouvrir l usage de la modélisation par réseau à une plus large communauté d épidémiologiste.Enfin, nous concluons sur ces différents aspects dans une dernière partie où nous proposons certaines perspectives de recherche. Notamment, nous portons notre intérêt sur la propagation spatiale et le rôle des liens à longue distance dans les comportements observés.PARIS-BIUSJ-Thèses (751052125) / SudocPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF

Surveillance épidémiologique et veille sanitaire. Principes, méthodes et applications en santé publique (2° Éd.)

International audienceInitialement centrée sur la prévention et le contrôle des maladies infectieuses, la surveillance épidémiologique a connu un essor considérable en France depuis une vingtaine d’années, devenant l’un des axes majeurs de l’action en santé publique. Les grandes affaires de santé publique (sang contaminé, canicule, pandémie grippale, COVID-19, …) ont d’ailleurs bien montré la nécessité de pouvoir disposer d’un système de surveillance efficace, fiable et réactif. Premier ouvrage en langue française spécifiquement consacré à ce sujet, Surveillance Épidémiologique et Veille Sanitaire a pour objectifs de faire connaître aux professionnels de santé les principes des systèmes de surveillance existants, de fournir aux épidémiologistes et chercheurs des outils méthodologiques, de permettre aux étudiants et enseignants de disposer d’un manuel complet et précis et enfin d’apporter aux décideurs en santé publique des informations de référence. L’ouvrage est organisé en quatre grandes parties, dans lesquelles sont développés :- les principes généraux et l’organisation de la surveillance épidémiologique et de la veille sanitaire ;- les méthodes et théories spécifiques à ce domaine, avec un souci constant d’accessibilité pour les non-spécialistes ;- les différents champs d’application (pathologies ou groupes de population particuliers…) ;- les relations de la surveillance épidémiologique avec les autres domaines de la santé publique (prévention, réglementation, aspects sociopolitiques…).Une attention particulière a également été portée à la surveillance en santé internationale. L’ouvrage, agrémenté de nombreux graphiques et tableaux, est complété par une série de fiches techniques expliquant et définissant les notions fondamentales de l’épidémiologie descriptive. Il intéressera tous les médecins, chercheurs, enseignants et étudiants en santé publique ainsi que tous ceux en charge de la santé publique, de la surveillance, de la veille ou de la prévention dans les agences ou organismes publics et dans les réseaux de professionnels.Cette seconde édition, traversée par la crise pandémique de la COVID-19, a vu l’ensemble de ses chapitres révisés à l’aune de la pandémie

Potential Impact of Influenza A/H1N1 Pandemic and Hand-Gels on Acute Diarrhea Epidemic in France

International audience- Background - The 2009 A/H1N1 influenza pandemic has received a great deal of attention from public health authorities. Our study examines whether this pandemic and the resulting public health measures could have impacted acute diarrhea, a prevalent, highly transmissible and historically monitored disease.- Methods - Using augmentation procedures of national data for the previous five years (2004-2009), we estimated the expected timing and incidence of acute diarrhea in France in 2009-2010 and evaluated differences with the observed. We also reviewed national hand gels for the same period.- Findings - Number of episodes of acute diarrhea in France in 2009-2010 was significantly lower than expected until the third week of December (-24%, 95% CI [-36%; -9%]), then significantly higher (+40%, 95% CI [22%; 62%]), leading to a surplus of 574,440 episodes. The epidemic was delayed by 5 weeks with a peak 1.3 times higher than expected. Hand-gels sales inversely correlated with incidence of both influenza-like illness and acute diarrheal disease. Among individuals >65 yo, no excess cases of influenza and no excess rebound in acute diarrhea were observed, despite similar delay in the onset of the seasonal diarrheal epidemic.- Interpretation - Our results suggest that at least one endemic disease had an unexpected behavior in 2009-2010. Acute diarrhea seems to have been controlled during the beginning of the pandemic in all age groups, but later peaked higher than expected in the younger population. The all-age delay in seasonal onset seems partly attributable to hand-gels use, while the differential magnitude of the seasonal epidemic between young and old, concurrent for both influenza and acute diarrhea, is compatible with disease interaction

A model of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae spreading in the French hospitals network

International audienceBackgroundCarbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (CPE) are spreading at an alarming rate and threaten health systems and patient safety worldwide. In France, their transmission is driven by importation of international cases and inter-regional dissemination due to patients’ transfers between hospitals. This study aims at defining a mathematical model reproducing CPE transmission on the French network of hospitals.MethodsCPE spreading is modeled using a stochastic susceptible-colonized-infected (SCI) hospital-based model. It takes into account both CPE dissemination through patient transfers, and importations either from foreign countries or in-town transmission. The patient transfer network was reconstructed using data from the French hospital discharge database (PMSI) over the years 2014-2017. Epidemiological parameters were estimated from surveillance data of CPE episodes from August 2010 to November 2016 from the French national Healthcare-Associated Infections Early Warning and Response System.ResultsOur epidemiological model replicates the number of CPE hospital outbreaks occurring in France on a network of 2,433 hospitals. It allows to estimate the number of unobserved hospitals’ colonization and differentiate outbreaks due to foreign importation from outbreaks due to patient transfers. Finally, the model can be used to benchmark control strategies based on patient redirections, or targeted screening.ConclusionsThis study is the first to simulate CPE spread in France using real-life patient transfers data. Our mathematical model may further help public health authorities in the definition and evaluation of new control strategies of CPE transmission based on patient flows between hospitals

Assessing the role of a patient transfer network in the spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: The case of France between 2012 and 2015

International audienceIntroductionThe spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) is a major public health threat that has been associated with cross-border and local transfer of patients between healthcare facilities. However, the impact of healthcare transfer networks on CPE spread dynamics may vary in time and between countries. In this context, our study aimed to assess the contribution of the patient transfer network on CPE spread in France from 2012 to 2015.MethodsUsing the French healthcare network of 2.3 million patients, we extended a previously proposed statistical method and tested the ability of this network to support observed CPE incidence episodes. First, using 2237 CPE episodes that occurred from 2012 to 2015, we identified the most likely infector for the 1251 non-imported episodes using network-supported paths (NSPs). We then compared the observed NSP distances to those expected by chance, using random permutations of the CPE data. The impact of the assumed time window between infector episode and CPE episode was investigated in a sensitivity analysis.ResultsMore than half of all CPE episodes were linked, either as infectors or incident episodes. The percentage of episodes with identified potential infectors over the network increased with time, from 57% in 2012 to 66% in 2015. NSP distances from 2013 to 2015 were significantly shorter in the observed data than expected by chance, indicating a role of the transfer network in CPE spread dynamics in France. In 2012 however, this result was not found. Over the entire study period, linked episodes tended to occur in the same administrative department or within close geographic distances. The 3-to-4 weeks baseline window between infector and episode was supported by the sensitivity analysis, where the strongest evidence for network-supported CPE transmission was observed for 2014 and 2015 episodes.ConclusionsWe observed a transition in 2013 from an epidemic sustained by importation to local transmission events sustaining the epidemic. As a result of a growing contribution of transfers in CPE spread over time, coordinated prevention and infection control strategies in France should focus on at-risk patient transfers to reduce regional and inter-regional transmission of CPE

Modeling Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae episodes' evolution in France over 2010-2020

International audienceBackgroundIncidence of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae (CPE) episodes within hospitals is rising at an alarming rate and threaten health systems and patient safety worldwide. Their number is growing in France since 2009 associated with inter-regional dissemination and importation of international cases. This study aimed at describing the dynamics of CPE episodes in France over 2010-2016 and forecasting their evolution for 2017-2020.MethodsSurveillance data of CPE episodes (imported and non-imported) from August 2010 to November 2016 were issued from the French national Healthcare-Associated Infections Early Warning and Response System. Impact of seasonality on the number of CPE episodes was analyzed using seasonal-to-irregular ratios. Seven models issued from time series analysis and three ensemble stacking models (average, convex and linear stacking) were used to describe and forecast CPE episodes. The model with the best forecasting’s quality was then trained on all available data (2010-2016) and used to predict CPE episodes over 2017-2020.ResultsOver 2010-2016, 3,559 CPE episodes were observed in France. Compared to the average yearly trend, we observed a 30% increase in the number of CPE episodes in September and October. On the opposite, a decrease of 20% was noticed in February compared to other months. We also noticed a 1-month lagged seasonality of non-imported episodes compared to imported ones. The number of non-imported episodes appeared to grow faster than imported ones starting from 2014. Average stacking gave the best forecasts and predicted an increase over 2017-2020 with a peak up to 345 CPE episodes (95% PI [124-1,158], 80% PI [171-742]) in September 2020.ConclusionsThe number of CPE episodes is predicted to rise in the next years in France because of non-imported episodes. These results could help public health authorities in the definition and evaluation of new containment strategies

7. Syndrome respiratoire aigu sévère : une pandémie avant l’heure (IDEA, 2012)

Cette étude de cas se situe dans la thématique de l’émergence d’un agent pathogène contagieux à potentiel pandémique. Elle a été développée pour illustrer les notions de crise de santé publique internationale, de transmission d’agents infectieux dans un contexte global et d’endiguement d’une pandémie.Retrouvez les réponses et commentaires dans la partie Guides des réponse