Caractérisation des réarrangements de PAX5 dans les leucémies aiguës lymphoblastiques B

PAX5 est un facteur de transcription essentiel dans le développement lymphocytaire B. Il est altéré dans près de 40% des leucémies aiguës lymphoblastiques de type B (LAL-B). Nous avons caractérisé des anomalies cytogénétiques l'impliquant dans les LAL-B. Sa délétion est associée à BCR-ABL1 ou E2A-PBX1, ce qui suggère que cette altération est secondaire dans la leucémogenèse. En présence d'une cassure interne de PAX5, les caryotypes sont simples. Ceci souligne le caractère initiateur de ces d'altérations. Nous avons identifié NCoR1, DACH2, GOLGA6 et TAOK1 comme nouveaux partenaires de fusion de PAX5. Ces fusions n'ont pas de caractéristiques communes exceptées la conservation du domaine de liaison à l'ADN de PAX5. Nous avons testé l'impact de ces mutants sur la différenciation B par un système murin inductible ex-vivo. Nos travaux présentent des modifications des propriétés de différenciation, de survie cellulaire et d'apoptose inhérentes à l'expression de divers mutants.PAX5 is an essential transcription factor of B-cell differentiation. It is altered in almost 40% of B-cell acute lymphoblastic leukaemia (B-ALL). We have described its cytogenetic alterations in these diseases. Its allelic deletion is associated with BCR-ABL1 or E2A-PBX1. PAX5 deletion appears as a secondary event in B-ALL. We have shown that patients harbouring an intragenic PAX5 breakpoint display simple karyotypes. This result highlights that these events are initiating events in B-ALL. We have identified NcoR1, DACH2, GOLGA6 and TAOK1 as new PAX5 fusion partners. We have not identified common function or structure between all these partners, excepted that all the fusion genes conserve the DNA binding domain of PAX5. To evaluate the involvement of several mutants in leukemogenesis, we have tested their effect using a murine ex-vivo inducible B-cell differentiation system. Our work shows that these mutants are able to modify parameters such as differentiation, apoptosis and proliferation

Alternative proteins are functional regulators in cell reprogramming by PKA activation

Abstract It has been recently shown that many proteins are lacking from reference databases used in mass spectrometry analysis, due to their translation templated on alternative open reading frames. This questions our current understanding of gene annotation and drastically expands the theoretical proteome complexity. The functions of these alternative proteins (AltProts) still remain largely unknown. We have developed a large-scale and unsupervised approach based on cross-linking mass spectrometry (XL-MS) followed by shotgun proteomics to gather information on the functional role of AltProts by mapping them back into known signalling pathways through the identification of their reference protein (RefProt) interactors. We have identified and profiled AltProts in a cancer cell reprogramming system: NCH82 human glioma cells after 0, 16, 24 and 48 h Forskolin stimulation. Forskolin is a protein kinase A activator inducing cell differentiation and epithelial–mesenchymal transition. Our data show that AltMAP2, AltTRNAU1AP and AltEPHA5 interactions with tropomyosin 4 are downregulated under Forskolin treatment. In a wider perspective, Gene Ontology and pathway enrichment analysis (STRING) revealed that RefProts associated with AltProts are enriched in cellular mobility and transfer RNA regulation. This study strongly suggests novel roles of AltProts in multiple essential cellular functions and supports the importance of considering them in future biological studies

The emerging landscape of single-molecule protein sequencing technologies

Single-cell profiling methods have had a profound impact on the understanding of cellular heterogeneity. While genomes and transcriptomes can be explored at the single-cell level, single-cell profiling of proteomes is not yet established. Here we describe new single-molecule protein sequencing and identification technologies alongside innovations in mass spectrometry that will eventually enable broad sequence coverage in single-cell profiling. These technologies will in turn facilitate biological discovery and open new avenues for ultrasensitive disease diagnostics.This Perspective describes new single-molecule protein sequencing and identification technologies alongside innovations in mass spectrometry that will eventually enable broad sequence coverage in single-cell proteomics.</p

Caractérisation des réarrangements de PAX5 dans les leucémies aiguës lymphoblastiques B

TOULOUSE3-BU Sciences (315552104) / SudocSudocFranceF

Approches nouvelles pour l’étude des interactions protéine-protéine

International audience> Le protéome est un système dynamique où les interactions protéine-protéine occupent une place essentielle pour modeler ensemble le phé-notype cellulaire. L'identification de ces interactions a toutefois longtemps représenté un obstacle important en protéomique tant les techniques disponibles ne permettaient pas de rendre compte de ces dynamiques d'interactions. Le développement récent du BioID et de l'APEX, deux technologies de marquage de proximité, ouvre aujourd'hui de nouvelles perspectives. Dans cette revue, nous décrivons les outils disponibles pour étudier les interactions protéine-protéine et discutons des progrès récents apportés par les marquages de proximité pour compléter notre vision du protéome et ainsi mieux comprendre les mécanismes cellulaires. < ces dernières années à des défis tech-nologiques importants. Ainsi, afin de répondre à ce challenge, plusieurs techniques ont été développées (Figure 1). Parmi elles, les techniques conventionnelles in vitro, comme la purification par affi-nité (ou l'immunoprécipitation) ou le système double hybride chez la levure, bien que performantes, apparaissent insuffisantes. En effet, ces techniques n'identifient que les interactions fortes sans tenir compte du contexte cellulaire, ne donnant ainsi qu'un reflet partiel des IPP. Elles permettent de mettre en évidence des interactions directes dans des complexes à forte affinité, mais elles ne tiennent pas compte, ou difficilement, de la dynamique spatio-temporelle. De nombreuses IPP ont toutefois pu être identifiées par ces techniques, dont beaucoup sont encore référencées dans des bases de données telles que BioGrid, IntAct, Mint ou DIP. Récemment, de nouvelles approches ont été proposées pour répondre à ces écueils et permettre d'identifier des interactions in cellulo et in vivo tout en tenant compte de leurs dimensions spatio-temporelle et transitoire. Il s'agit de techniques de marquage de proximité par des systèmes enzymatiques (ou proximity-dependent labeling) comme le BioID (proximity-dependent biotinylation identification) ou l'APEX (engineered ascorbate peroxidase). Ces approches ouvrent de nou-velles perspectives pour l'identification d'interacteurs en contextes physiologique et pathologique. Elles permettent d'affiner les carto-graphies des réseaux d'interactions protéiques au niveau cellulaire et appréhendent plus finement les dérégulations des IPP que l'on sait être impliquées dans de nombreuses pathologies. Les interactions protéine-protéine (IPP) jouent un rôle fondamental à tous les niveaux de la cellule que ce soit dans le métabolisme, la signalisation, la prolifération cellulaire, la communication intercellulaire ou encore dans le maintien de l'architecture membranaire. Tous ces processus et fonctions biologiques font intervenir une multitude de protéines qui agissent de concert dans des systèmes complexes et interconnectés. Mais la compréhension d'un processus cellulaire, qu'il soit physiologique ou pathologique, ne se résume plus à la simple identification des partenaires d'un complexe. Elle doit également permettre d'appréhender les prin-cipes d'association entre protéines au sein des réseaux d'interactions étudiés. L'analyse des réseaux biologiques et des connexions protéiques directes ou indirectes, transitoires ou durables, nécessite des approches sys-témiques complexes à la croisée entre différentes disciplines comme la biochimie, la protéomique, la biologie cellulaire ou la bio-informatique. La prise en compte de l'aspect multidimensionnel de l'étude des réseaux d'interaction, et notamment celui de la dynamique spatio-temporelle, pour l'identification des IPP et la construction des interactomes qui en résultent a condui

PPP1R35 is a novel centrosomal protein that regulates centriole length in concert with the microcephaly protein RTTN

Centrosome structure, function, and number are finely regulated at the cellular level to ensure normal mammalian development. Here, we characterize PPP1R35 as a novel bona fide centrosomal protein and demonstrate that it is critical for centriole elongation. Using quantitative super-resolution microscopy mapping and live-cell imaging we show that PPP1R35 is a resident centrosomal protein located in the proximal lumen above the cartwheel, a region of the centriole that has eluded detailed characterization. Loss of PPP1R35 function results in decreased centrosome number and shortened centrioles that lack centriolar distal and microtubule wall associated proteins required for centriole elongation. We further demonstrate that PPP1R35 acts downstream of, and forms a complex with, RTTN, a microcephaly protein required for distal centriole elongation. Altogether, our study identifies a novel step in the centriole elongation pathway centered on PPP1R35 and elucidates downstream partners of the microcephaly protein RTTN.</p

FKBP4 connects mTORC2 and PI3K to activate the PDK1/Akt-dependent cell proliferation signaling in breast cancer

International audiencePurpose: Among the FKBP family members, FKBP4 has been described to have a potential role in tumorigenesis, and as a putative tissue marker. We previously showed that FKBP4, an HSP90-associated co-chaperone, can elicit immune response as a tumor-specific antigen, and are overexpressed in breast cancer. Experimental design: In this study, we examined how loss of FKBP4 affect breast cancer progression and exploited protein interactomics to gain mechanistic insight into this process. Results: We found that FKBP4 expression is associated with breast cancer progression and prognosis, especially of ER-negative breast cancer. Furthermore, FKBP4 depletion specifically reduces cell growth and proliferation of triple negative breast cancer cell model and xenograft tumor model. Using specific protein interactome strategy by BirA proximity-dependent biotin identification, we demonstrated that FKBP4 is a novel PI3K-Akt-mTOR proximal interacting protein. Conclusion: Our results suggest that FKBP4 interacts with PI3K and can enhance Akt activation through PDK1 and mTORC2

TERT Promoter Mutation as an Independent Prognostic Marker for Poor Prognosis MAPK Inhibitors-Treated Melanoma

International audienceAlthough the development of mitogen-activated protein kinase (MAPK) inhibitors has greatly improved the prognosis of BRAF V600 cutaneous melanomas, the identification of molecular indicators for mutated patients at risk of early progression remains a major issue. Using an amplicon-based next-generation-sequencing (NGS) assay that targets cancer-related genes, we investigated co-occurring alterations in 89 melanoma samples. We analyzed both their association with clinicopathological variables and clinical significance in terms of progression-free survival (PFS) and overall survival (OS) according to BRAF genotyping. Among co-occurring mutations, TERT promoter was the most frequently mutated gene. Although no significant difference in PFS was observed in the presence or absence of co-occurring alterations to BRAF V600 , there was a trend of longer PFS for patients harboring TERT c.-124C>T mutation. Of most interest, this mutation is an independent marker of good prognosis in subgroups of patients with poor prognosis (presence of brain metastasis and elevated level of lactate dehydrogenase, LDH). Moreover, combination of elevated LDH level, presence of brain metastasis, and TERT c.-124C>T mutation was identified as the best fit model for predicting clinical outcome. Our work revealed the potential interest of c.-124C>T status determination in order to refine the prognosis of BRAF V600 melanoma under mitogen-activated protein kinase (MAPK) inhibitors

Proximal Protein Interaction Landscape of RAS Paralogs

International audienc