The Genome of the Zoonotic Malaria Parasite Plasmodium simium Reveals Adaptions to Host-switching

Oral Session

Fatal Brazilian spotted fever in a healthy military man during field training in Rio de Janeiro city, southeastern Brazil

Brazilian spotted fever, a zoonotic disease transmitted by ticks, is caused by Rickettsia rickettsii. We report a fulminant case of this zoonosis in a healthy 46-year-old military man in the urban region of Rio de Janeiro city, in October, 2021. Ticks and capybaras (Amblyomma sculptum, Hydrochoerus hydrochaeris, respectively) were identified in the military fields, pointing to the participation of this large synanthropic rodent, recognized as an efficient amplifier host of Rickettsia rickettsii in Brazil. As the military population is considered a risk group for spotted fever, it is necessary to alert health professionals to the importance of the early detection of the disease and its adequate management, mainly in populations that are particularly at risk of exposure to ticks, in order to avoid fatal outcomes

Unexpectedly long incubation period of Plasmodium vivax malaria, in the absence of chemoprophylaxis, in patients diagnosed outside the transmission area in Brazil

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>In 2010, Brazil recorded 3343,599 cases of malaria, with 99.6% of them concentrated in the Amazon region. <it>Plasmodium vivax </it>accounts for 86% of the cases circulating in the country. The extra-Amazonian region, where transmission does not occur, recorded about 566 cases imported from the Amazonian area in Brazil and South America, from Central America, Asia and African countries. Prolonged incubation periods have been described for <it>P. vivax </it>malaria in temperate climates. The diversity in essential biological characteristics is traditionally considered as one possible explanation to the emergence of relapse in malaria and to the differences in the duration of the incubation period, which can also be explained by the use of chemoprophylaxis. Studying the reported cases of <it>P. vivax </it>malaria in Rio de Janeiro, where there is no vector transmission, has made it possible to evaluate the extension of the incubation period and to notice that it may be extended in some cases.</p> <p>Methods</p> <p>Descriptive study of every malaria patients who visited the clinic in the last five years. The mean, standard deviation, median, minimum and maximum of all incubation periods were analysed.</p> <p>Results</p> <p>From the total of 80 patients seen in the clinic during the study time, with confirmed diagnosis of malaria, 49 (63%) were infected with <it>P. vivax</it>. Between those, seven had an estimated incubation period varying from three to 12 months and were returned travellers from Brazilian Amazonian states (6) and Indonesia (1). None of them had taken malarial chemoprophylaxis.</p> <p>Conclusions</p> <p>The authors emphasize that considering malaria as a possible cause of febrile syndrome should be a post-travel routine, independent of the time elapsed after exposure in the transmission area, even in the absence of malaria chemoprophylaxis. They speculate that, since there is no current and detailed information about the biological cycle of human malaria plasmodia's in Brazil, it is possible that new strains are circulating in endemic regions or a change in cycle of preexisting strains is occurring. Considering that a prolonged incubation period may confer advantages on the survival of the parasite, difficulties in malaria control might arise.</p

The genome of the zoonotic malaria parasite Plasmodium simium reveals adaptations to host switching

BACKGROUND: Plasmodium simium, a malaria parasite of non-human primates (NHP), was recently shown to cause zoonotic infections in humans in Brazil. We sequenced the P. simium genome to investigate its evolutionary history and to identify any genetic adaptions that may underlie the ability of this parasite to switch between host species. RESULTS: Phylogenetic analyses based on whole genome sequences of P. simium from humans and NHPs reveals that P. simium is monophyletic within the broader diversity of South American Plasmodium vivax, suggesting P. simium first infected NHPs as a result of a host switch of P. vivax from humans. The P. simium isolates show the closest relationship to Mexican P. vivax isolates. Analysis of erythrocyte invasion genes reveals differences between P. vivax and P. simium, including large deletions in the Duffy-binding protein 1 (DBP1) and reticulocyte-binding protein 2a genes of P. simium. Analysis of P. simium isolated from NHPs and humans revealed a deletion of 38 amino acids in DBP1 present in all human-derived isolates, whereas NHP isolates were multi-allelic. CONCLUSIONS: Analysis of the P. simium genome confirmed a close phylogenetic relationship between P. simium and P. vivax, and suggests a very recent American origin for P. simium. The presence of the DBP1 deletion in all human-derived isolates tested suggests that this deletion, in combination with other genetic changes in P. simium, may facilitate the invasion of human red blood cells and may explain, at least in part, the basis of the recent zoonotic infections

Post-acute COVID-19 syndrome after reinfection and vaccine breakthrough by the SARS-CoV-2 Gamma variant in Brazil.

We describe a case of prolonged COVID-19 caused by the SARS-CoV-2 Gamma variant in a fully vaccinated healthcare worker, 387 days after an infection caused by lineage B.1.1.33. Infections were confirmed by whole-genome sequencing and corroborated by the detection of neutralizing antibodies in convalescent serum samples. Considering the permanent exposure of this healthcare worker to SARS-CoV-2, the waning immunity after the first infection, the low efficacy of the inactivated vaccine at preventing COVID-19, the immune escape of the Gamma variant (VOC), and the burden of post-COVID syndrome, this individual would have benefited from an additional dose of a heterologous vaccine

Investigação de casos de malária autóctone na Mata Atlântica do estado do Rio de Janeiro de 2006 a 2013

Made available in DSpace on 2018-03-07T14:28:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) anielle_costa_ini_dout_2014.pdf: 4737392 bytes, checksum: c080c20c66996905c0ce47124032c53a (MD5)Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.A transmissão autóctone da malária no estado do Rio de Janeiro foi considerada eliminada em 1968; entretanto, casos autóctones esporádicos são descritos em diferentes regiões do estado cobertas por Mata Atlântica, sendo escassos os dados referentes aos mecanismos de transmissão e das formas de apresentação clínica da doença. A autoctonia em estados vizinhos ocorre em números superiores aos do Rio de Janeiro e a infecção por Plasmodium em macacos onde ocorrem casos favorece a hipótese de que a malária nessas regiões possa ser uma zoonose. Baseados nesses antecedentes, avaliamos os aspectos epidemiológicos, clínicos, sorológicos e moleculares de 14 casos autóctones adquiridos na região de Mata Atlântica no estado e atendidos no período de 2006 a 2013 no IPEC/Fiocruz. Também estimou-se a prevalência de infecção por Plasmodium na vizinhança dos casos através de inquérito sorológico e molecular. Foram capturados e identificados nas regiões onde ocorreram os casos, vetores nos quais se pesquisou a presença de plasmódio através de exame molecular. Foi feita igualmente a investigação e caracterização molecular da infecção por Plasmodium em um grupo de símios de um Centro de Primatologia localizado na Mata Atlântica do estado. A maioria dos casos ocorreu em visitantes, nos meses mais quentes do ano, e todos tiveram infecção por P.vivax. Contudo, a análise microscópica das lâminas positivas demonstrou que, fenotipicamente, os parasitos se apresentavam de forma atípica, com um menor número de merozoítos no interior dos esquizontes quando comparado com o de P. vivax clássico. No inquérito sorológico foram observados anticorpos contra todas as variantes de CSP de P.vivax, com predomínio da VK 210 (91%) Na pesquisa de anticorpos anti-CSP de P.malariae/brasilianum, 36% dos casos tiveram pelo menos uma amostra positiva, assim como 73% dos casos tiveram pelo menos uma amostra positiva para anticorpos anti-CSP de P.falciparum. A genotipagem dos microssatélites dos parasitos identificados nos casos apontou para uma grande diversidade genética. Identificou-se duas situações epidemiológicas distintas que podem ser caracterizadas como de dois perfis: o de casos das regiões montanhosas, de Serra (Guapimirim, Teresópolis, Sana, Macaé de Cima e Lumiar) com agente etiológico fenotipicamente diferente do P.vivax, cursando com baixa parasitemia; sintomatologia que se inicia com febre diária e depois assume padrão terçã clássico e evolução clínica sub aguda. Sob o ponto de vista entomológico houve predomínio de mosquitos do sub-gênero Kerteszia (particularmente Anopheles kerteszia cruzii), mas nenhum espécime foi positivo para plasmódio em exame molecular. Detectou-se frequência elevada de sorologia positiva para a proteína 1-19 da superfície do merozoíta (MSP1-19) de P. vivax na população contactante vizinha, embora os exames moleculares em busca de parasitos nesses indivíduos tenham sido negativos. As características das regiões associadas à presença do vetor apoiam a hipótese da malária nestas localidades de vales e montanhas ser autóctone. O outro perfil epidemiológico é o encontrado em áreas de planície nas localidades de Santana de Japuíba (Cachoeiras de Macacu) e Sapucaia, no qual os casos se apresentaram com um plasmódio semelhante ao P. vivax tradicional no que se refere à morfologia, à parasitemia e aos aspectos clínicos da doença resultante da infecção Nessas regiões, predominaram os Anopheles (Nyssorhynchus) aquasalis (nenhum positivo para plasmódio em exame molecular) e a população vizinha contactante também apresentou negatividade em todos os exames moleculares mas com baixa frequência de sorologia positiva para a MSP1-19 de P. vivax. De forma complementar, foram examinados 30 primatas das famílias Cebidae e Atelidae do Centro de Primatologia (CPRJ) em Guapimirim, e 30% tiveram PCR positivo [cinco (56%) infectados por P.malariae/P.brasilianum, três (33%) por P. vivax/P.simium e um (11%) por P.malariae/P.brasilianum e P. vivax/P.simium (infecção mista)). A presença de plasmódio nesses animais de cativeiro aponta para a circulação de plasmódio na região, confirmada pela investigação do óbito de um primata de vida livre do gênero Alouatta que teve amostra positiva para P.simium/P.vivax no exame molecular. Este estudo descreve, pela primeira vez, a infecção de primatas da família Cebidae com P. simiumThe autochthonous malaria transmission in the state of Rio de Janeiro was considered as eliminated in 1968. However, sporadic autochthonous cases are described in different regions covered by the Atlantic Forest in the state and scarce data regarding the transmission mechanisms and clinical forms of the disease are available. The number of autochthonous cases in the neighboring states is higher and Plasmodium infection in monkeys make possible the hypothesis that malaria may be a zoonosis in these regions. Based on these facts, we evaluated the epidemiological, clinical, serological and molecular features of 14 indigenous malaria cases acquired in the region of the Atlantic Forest in the state that were diagnosed and treated at the IPEC, Fiocruz, Rio de Janeiro, from 2006 to 2013. We have also estimated the prevalence of Plasmodium infection in the contacting vicinity of the cases by serological and molecular investigation. We identified the species of the vectors captured in areas where the cases occurred and none of them was found, by molecular tests, to be carrying parasites. The molecular characterization of Plasmodium infection was also made in a group of monkeys from a Primatology Centre located in Guapimirim, in the Atlantic Forest of the state. Most cases occurred in visitors during the warmer months of the year and all had infection by P. vivax. However, the microscopic examination of the blades showed that, phenotypically, the parasites in positive samples presented atypically with less numerous merozoites within the schizonts as compared with the classical P. vivax. Serologically, antibodies to all P. vivax CSP variants were observed, with predominance of the variant VK210 Concerning the P.malariae / brasilianum CSP, 36% of cases had at least one positive sample for the presence of specific antibodies, and 73 % had at least one positive sample for anti P.falciparum CSP antibody. The microsatellite genotyping of parasites identified in the cases pointed to a large genetic diversity. We identified distinct epidemiological situations that were grouped into two profiles: the cases of mountain regions, Serra (Guapimirim, Teresopolis, Sana, Macaé de Cima and Lumiar) having a P.vivax phenotypically different as etiologic agent. They coursed with subacute clinical outcome, low parasitemia and symptomatology starting with daily fever, which then assumes tertian classical pattern. The prevalence of mosquitoes of the sub-genre Kerteszia (particularly Anopheles Kerteszia cruzii) was higher in the region as was the frequency of positive serology for the P. vivax merozoite surface protein 1-19 (MSP1-19) in the neighbouring contacting-population that, however, presented as negative in the molecular tests. The characteristics of the regions associated with the presence of this vector support the hypothesis of autochthonous malaria in these locations valleys and mountains. The other clinical epidemiological profile of the locations of Japuíba Santana (Cachoeiras de Macacu) and Sapucaia, where lowland areas, and the Plasmodium found in the majority of cases resembling traditional with regard to clinical features and parasitemia As far as the entomological research is concerned, Anopheles (Nyssorhynchus) aquasalis predominated. Contacting local residents also showed negative molecular tests in all samples but with low frequency of positive serology for P. vivax MSP1-19, contrasting to the other epidemiological profile. Complementarily, 30 primates of the Cebidae and Atelidae families were examined, and 30% of them had a positive PCR [five (56%) infected with P.malariae / P.brasilianum, three (33%) with P. vivax / P.simium and one (11%) with P.malariae / P.brasilianum and P. vivax / P.simium (mixed infection)]. The presence of these animals with Plasmodia points to the circulation of malaria in the region, as confirmed by the investigation of the death of a free-living primate of the genus Alouatta that as shown to be positive for P.simium / P. vivax in the molecular analysis. For the first time the Cebidae family primates was found infected with P. simiu

Vigilância da malária na região extra-amazônica: descrição epidemiológica e clínico-laboratorial dos casos atendidos em uma unidade sentinela

Made available in DSpace on 2018-08-06T13:14:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) anielle_costa_ipec_mest_2009.pdf: 3775226 bytes, checksum: f580c295751702bdefdb21e7f22715ab (MD5) Previous issue date: 2009Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.A malária, doença febril aguda não contagiosa e de evolução potencialmente grave quando não tratada precocemente, tem ampla distribuição geográfica. Este estudo teve o objetivo de descrever a ocorrência, os dados sócio-demográficos, os deslocamentos geográficos e o perfil clínico-laboratorial, dos casos de malária atendidos no Serviço de Doenças Febris Agudas/IPEC/FIOCRUZ no período de 2005 a 2009. Além disso, foi determinada a concordância entre a cura parasitológica e a cura molecular da malária, através da PCR. Foram incluídos 69 pacientes, dos quais 61% com infecção por P.vivax, 26% com infecção por P.falciparum, 10% com infecção mista e 3% com infecção por P.malariae. Observou-se uma freqüência três vezes maior de malária em homens do que em mulheres, sendo a grande parte de viajantes com nível superior de escolaridade que se deslocavam a trabalho. A maioria das infecções foi adquirida no Brasil, em região endêmica e as demais adquiridas em países do continente africano, outros países do continente americano e o continente asiático. Cerca de 45% dos indivíduos procedentes do Brasil eram de quatro cidades: Manaus-AM, Itaituba-PA, Oriximiná-PA e Cruzeiro do Sul-AC. Segundo os dados nacionais, dois (Manaus-AM e Cruzeiro do Sul-AC) desses quatro municípios correspondem a dois dos três que concentram 20% da totalidade dos casos registrados na Amazônia Brasileira O tempo médio estimado de incubação foi de 32 dias, e cinco indivíduos apresentaram um período de incubação \2265 90 dias. A queixa principal motivante da procura de atendimento médico foi febre alta (70%). A tríade clássica da malária esteve presente em 80% dos casos. Os sintomas mais freqüentes foram febre (99%), cefaléia (94%), prostração (94%) e mialgia (91%). Vinte e dois indivíduos foram internados no IPEC no período. Do total de pacientes, 13 apresentaram mais de um critério de definição de malária complicada segundo a OMS, desses, 10 tinham infecção por P.falciparum, dois por P.vivax e uma infecção mista. Além desses 13, outros cinco pacientes com malária por P.vivax apresentaram os seguintes sinais clínicos: hipotensão, desidratação, oligúria, lipotímia associada a hipotensão postural, icterícia detectável clinicamente, considerados como preditivos de gravidade, embora não considerados pela classificação da OMS, totalizando 18 casos graves O tempo médio decorrido entre o início dos sintomas e o diagnóstico de malária foi: dez dias, com máximo de 88 dias. A trombocitopenia grave foi observada em treze pacientes (22%), que não apresentaram sangramento ativo. A anemia ocorreu em 51% dos pacientes, sem correlação com o número de parasitos por mm3. A concordância entre o resultado do exame parasitológico direto e do teste molecular para o gênero Plasmodium foi 89.7%, a sensibilidade 97% e a especificidade 84%. Conclui-se que a Unidade se presta ao papel de sentinela de malária; que mais estudos clínicoepidemiológicos com número maior de pacientes na região extra-Amazônica devem ser realizados a fim de confirmar a emergência de gravidade por P.vivax no Brasil, validar os sinais preditivos de gravidade para infecções por P.vivax, avaliar a associação entre trombocitopenia e sangramentos ativos, e observar períodos prolongados de infecção em regiões não endêmicas onde a possibilidade de re-infecção por Plasmodium é inexpressiva

Malaria attack in Southeastern Brazil: a probable locally acquired new infection

Submitted by Janaína Nascimento ([email protected]) on 2019-04-10T12:12:30Z No. of bitstreams: 1 ve_Alvarenga_Denise_etal_INI_2016.pdf: 270540 bytes, checksum: a73861d894600f698c3a8490a3493113 (MD5)Approved for entry into archive by Janaína Nascimento ([email protected]) on 2019-04-10T14:41:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ve_Alvarenga_Denise_etal_INI_2016.pdf: 270540 bytes, checksum: a73861d894600f698c3a8490a3493113 (MD5)Made available in DSpace on 2019-04-10T14:41:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ve_Alvarenga_Denise_etal_INI_2016.pdf: 270540 bytes, checksum: a73861d894600f698c3a8490a3493113 (MD5) Previous issue date: 2016Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Laboratório de Malária. Belo Horizonte, MG, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Malária. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Laboratório de Doenças Febris Agudas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Laboratório de Doenças Febris Agudas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Laboratório de Malária. Belo Horizonte, MG, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Malária. Rio de Janeiro, RJ, Brasil

Malária grave por Plasmodium falciparum

A malária é uma das principais doenças parasitárias do mundo, acometendo importante contingente de pessoas. Por seu alcance epidemiológico e pela possibilidade de desenvolvimento de quadros graves - quase sempre devidos ao Plasmodium fqalciparum -, se faz necessário o conhecimento adequado de suas manifestações clínicas e da terapêutica, para otimização da conduta. Na malária grave a internação em unidade de terapia intensiva é mandatória para redução das complicações decorrentes da infecção. O início do tratamento deve ser o mais precoce possível, o qual tem impacto na sobrevida do paciente, e é baseado na combinação de drogas antimaláricas e medidas de suporte. Neste âmbito, o presente artigo destina-se à discussão da forma grave da malária por P. falciparum, com ênfase no quadro clínico e no tratament

Estudos dos casos suspeitos de malária importada, um Centro de Referência na região extra-Amazônica

Made available in DSpace on 2015-06-08T14:01:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1914 bytes, checksum: 7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81f (MD5) claudio_ribeiroetal_IOC_2014.pdf: 1153155 bytes, checksum: 078d6375db2a0fc9965373a5115f0327 (MD5) Previous issue date: 2014Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Malária. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Centro de Informação Estratégica em Vigilância em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.No Brasil, 99, 8% dos casos de malária ocorrem na região amazônica, 83, 7% destes por P.vivax. Taxas de letalidade 70, 8 vezes maiores têm chamado a atenção das autoridades brasileiras. A baixa especificidade do quadro clínico inicial, sobreposto a outras doenças febris agudas e o risco potencial de malária grave representam um desafio extra nas regiões não-endêmicas. Objetivo: Estudar os determinantes de risco dos casos de malária importada na extra- Amazônia que expliquem as elevadas taxas de morbi-letalidade observadas. Método: Estudo retrospectivo dos 406 casos suspeitos de malária atendidos em Centro de Referência no Rio de Janeiro entre 2005 e 2010, que foi responsável pelo atendimento de 25% de todos os casos suspeitos do estado. Resultados: Dos 406 suspeitos, 115(28, 3%) foram confirmados. A distribuição segundo a espécie de Plasmodium: 72(62, 6%) P.vivax e 24(20, 8%) P.falciparum. Houve predomínio dos homens (68, 2%), a mediana de idade foi de 35 anos. Observou-se também uma escolaridade elevada (34, 8% com nível médio ou mais). A taxa de letalidade total foi de 1, 7%. Apenas 29, 1% dos casos foram investigados para malária nas primeiras 48h do início dos sintomas. Países da África/Ásia foram a provável fonte de infecção para 124(30, 5%), com uma OR= 23, 3 (IC: 6, 91-83, 5) para infecção por P.falciparum Conclusão: O crescimento econômico brasileiro aumentou a presença de empresas de mineração, construção e petróleo em áreas endêmicas, especialmente na África. Dois desafios são definidos para este cenário em regiões não-endêmicas: a dificuldade de diagnóstico preciso e tratamento da malaria potencialmente grave.In Brazil, 99.8% of malaria cases occur in the Amazon region; 83.7% of them are due to P. vivax. Malaria cases at extra-Amazon regions has a much higher case-fatality rate (70.8% higher), and this has drawn the attention of the Brazilian authorities. The low specificity of initial clinical presentation, overlap with other acute febrile diseases, and the potential risk of severe malaria represent an extra challenge for unaffected regions. Objective:Study the risk factors for the imported malaria at extra-Amazon regions that can explain the high rates of morbidity and mortality observed. Method: A retrospective study was carried out at a Reference Center in Rio de Janeiro, which was responsible for 25% of all suspected cases of malaria reported between 2005 and 2010. Results: Among 406 suspects, 115 (28.3%) were confirmed. The distribution according to species of Plasmodium was 72 (62.6%) P. vivax and 24 (20.8%) P. falciparum. Men predominated (68.2%) with a median age of 35 years. There was also a high level of scholarity (34.8% finished school or went to the college). The mortality rate was 1.7%. Only 29.1% of cases were screened for malaria 48 hours before the onset of symptom. Countries in Africa / Asia were the likely source of infection for 124 (30.5%), with an OR = 23.3 (CI: 6.91 to 83.5) for P. falciparum infection. Conclusion: The Brazilian economic growth has increased the presence of mining companies, construction and oil in endemic areas, especially in Africa. Two challenges are defined for this scenario in non-endemic regions: the difficulty of accurate diagnosis and treatment of potentially severe malaria