A Multicassette Gateway Vector Set for High Throughput and Comparative Analyses in Ciona and Vertebrate Embryos

BACKGROUND: The past few years have seen a vast increase in the amount of genomic data available for a growing number of taxa, including sets of full length cDNA clones and cis-regulatory sequences. Large scale cross-species comparisons of protein function and cis-regulatory sequences may help to understand the emergence of specific traits during evolution. PRINCIPAL FINDINGS: To facilitate such comparisons, we developed a Gateway compatible vector set, which can be used to systematically dissect cis-regulatory sequences, and overexpress wild type or tagged proteins in a variety of chordate systems. It was developed and first characterised in the embryos of the ascidian Ciona intestinalis, in which large scale analyses are easier to perform than in vertebrates, owing to the very efficient embryo electroporation protocol available in this organism. Its use was then extended to fish embryos and cultured mammalian cells. CONCLUSION: This versatile vector set opens the way to the mid- to large-scale comparative analyses of protein function and cis-regulatory sequences across chordate evolution. A complete user manual is provided as supplemental material

Deep-Learning Assessed Muscular Hypodensity Independently Predicts Mortality in DLBCL Patients Younger Than 60 Years.

[en] BACKGROUND: Muscle depletion (MD) assessed by computed tomography (CT) has been shown to be a predictive marker in solid tumors, but has not been assessed in non-Hodgkin's lymphomas. Despite software improvements, MD measurement remains highly time-consuming and cannot be used in clinical practice. METHODS: This study reports the development of a Deep-Learning automatic segmentation algorithm (DLASA) to measure MD, and investigate its predictive value in a cohort of 656 diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) patients included in the GAINED phase III prospective trial (NCT01659099). RESULTS: After training on a series of 190 patients, the DLASA achieved a Dice coefficient of 0.97 ± 0.03. In the cohort, the median skeletal muscle index was 50.2 cm2/m2 and median muscle attenuation (MA) was 36.1 Hounsfield units (HU). No impact of sarcopenia was found on either progression free survival (PFS) or overall survival (OS). Muscular hypodensity, defined as MA below the tenth percentile according to sex, was associated with a lower OS and PFS, respectively (HR = 2.80 (95% CI 1.58-4.95), p < 0.001, and HR = 2.22 (95% CI 1.43-3.45), p < 0.001). Muscular hypodensity appears to be an independent risk factor for mortality in DLBCL and because of DLASA can be estimated in routine practice

Détermination antéro-postérieure de l'ectoderme chez l'ascidie Ciona intestinalis

J étudie dans cette thèse les mécanismes moléculaires de l asymétrie précoce de l ectoderme d un chordé, l ascidie Ciona intestinalis. Rose (1939) a été la première à mettre en évidence que les ectodermes antérieur et postérieur possèdent une différence de compétence à répondre aux signaux més-endodermiques. Le lignage antérieur a semble plus compétent que le lignage postérieur b à former du tissu neural antérieur (tel que le cerveau). L identification d un marqueur spécifique de l ectoderme antérieur, le gène Ci-SFRP1/5, a permis l étude des événements en amont de son expression au stade 64-cellules. J ai ainsi identifié un élément cis-régulateur exprimé spécifiquement dans l ectoderme antérieur dès le stade 64-cellules. Cet élément contient 3 sites putatifs de fixation Fox, et est activé par la sur-expression de Ci-FoxA-a, le gène antérieur le plus précoce connu. Ci-FoxA-a, exprimé dans la moitié antérieure de l embryon dès le stade 8-cellules mais absent de l ectoderme postérieur, joue un rôle global dans l ectoderme, activant les marqueurs antérieurs et réprimant activement le programme postérieur. L expression du gène postérieur le plus précoce, Ci-Nodal, semble inhibée antérieurement par la présence d un Fox. Une compétition stérique entre FoxA-a et les activateurs GATA et ETS semble l hypothèse la plus probable pour expliquer cette inhibition. Dans l ectoderme antérieur, la perte de fonction de Ci-SFRP1/5, connu chez d autres organismes comme inhibiteur sécrété des Wnt, apparaît insuffisante pour supprimer la formation de l ectoderme antérieur, révélant une possible redondance fonctionnelle. L activation de la voie canonique Wnt/ß-caténine est néanmoins incompatible avec le développement du tissu neural antérieur. Je discute enfin, au regard des autres modèles de détermination antéro-postérieure de l ectoderme chez les chordés, les mécanismes conservés et les stratégies nouvelles développées par l embryon d ascidie.In this thesis, I address the molecular mechanism of the early asymmetry in the ectoderm of a chordate, the ascidian Ciona intestinalis. Since Rose (1939) it was known that anterior and posterior ectodermal lineages have different competence to respond to endo-mesodermal signals. The anterior a-line appears more competent than the posterior b-line to form anterior neural tissue (brain). The identification of a specific marker for the anterior ectoderm, the Ci-SFRP1/5 gene, allowed addressing the events upstream of its expression at the 64-cell stage. I identified a small cis-regulatory element expressed from the 64-cell stage specifically in the anterior ectoderm, and activated by Ci-FoxAa-a, the earliest known anterior specific gene. Ci-FoxA-a, expressed in the anterior half of the embryo from the 8-cell stage but absent from the posterior ectoderm plays a global role in the ectoderm, activating the anterior ectodermal markers while actively repressing the posterior ectodermal programme. I finally discuss, in light of other model for anteroposterior patterning in chordates, the common conserved mechanisms and the possible new strategies develop by the ascidian embryo.AIX-MARSEILLE2-BU Sci.Luminy (130552106) / SudocSudocFranceF

Les embryons d’ascidies

Les embryons d’ascidies, de petits invertébrés marins, forment comme les vertébrés des têtards au stade larvaire. Au cours des 10 dernières années, les recherches sur le développement embryonnaire des ascidies ont identifié plusieurs déterminants maternels et mis en évidence la précision surprenante des phénomènes d’induction spécifiant les différents tissus. Elles ont de plus bénéficié des avancées de la génomique fonctionnelle et de la biologie des systèmes, telles qu’un atlas spatio-temporel de plus de 500 gènes de facteurs de transcription ou de signalisation, et le séquençage de l’ascidie Ciona intestinalis. La petitesse de son génome et la puissance des expériences d’électroporation font de l’ascidie un modèle idéal pour le décryptage des régions cis-régulatrices et l’identification des facteurs trans les régulant, aboutissant à la reconstruction de réseaux de gènes. Une meilleure connaissance de ces réseaux chez les ascidies et les vertébrés permettra, en les comparant, de mettre en évidence le degré de liberté des génomes pour former un plan du corps donné, et d’identifier de possibles étapes incontournables

Growth and proliferation of the thyroid cell in normal physiology and in disease.

Journal ArticleReviewinfo:eu-repo/semantics/publishe

Similar regulatory logic in Ciona intestinalis for two Wnt pathway modulators, ROR and SFRP-1/5.

International audienceAnteroposterior patterning of the ectoderm in the invertebrate chordate Ciona intestinalis first relies on key zygotic activators, such as FoxA, and later on the coordinated responses to inducing signals from the underlying mesendoderm. Here, we focus on a mechanism of coordination of these responses by looking at the cis-regulatory logics of Ci-Rora and Ci-Rorb, which are coding for putative non-canonical transmembrane Wnt receptors, and are present in tandem along the C. intestinalis chromosome 08q. We showed that during cleavage stages, both Ci-Rora and Ci-Rorb genes are initially expressed in all blastomeres of the anterior ectoderm (a-line), as sFRP1/5 (Lamy, C., Rothb?er, U., Caillol, D., Lemaire, P., 2006. Ci-FoxA-a is the earliest zygotic determinant of the ascidian anterior ectoderm and directly activates Ci-sFRP1/5. Development 133, 2835-2844.). We then carried out a functional analysis of cis-regulatory regions and showed that both genes have elements enriched in Ci-FoxA-a binding sites. We dissected one of these early enhancers, and showed that it is directly activated by Ci-FoxA-a, as one sFRP1/5 cis-regulatory element. We also showed that although FoxA binding sites are abundant in genomes, dense clusters of these sites are found upstream from very few genes, and have a high predictive value of a-line expression. These data indicate an important role for FoxA in anterior specification, via the transcriptional regulation of target genes belonging to various signalling pathways

A Multicassette Gateway Vector Set for High Throughput and Comparative Analyses in Ciona and Vertebrate Embryos

International audienceBackground. The past few years have seen a vast increase in the amount of genomic data available for a growing number of taxa, including sets of full length cDNA clones and cis-regulatory sequences. Large scale cross-species comparisons of protein function and cis-regulatory sequences may help to understand the emergence of specific traits during evolution. Principal Findings. To facilitate such comparisons, we developed a Gateway compatible vector set, which can be used to systematically dissect cis-regulatory sequences, and overexpress wild type or tagged proteins in a variety of chordate systems. It was developed and first characterised in the embryos of the ascidian Ciona intestinalis, in which large scale analyses are easier to perform than in vertebrates, owing to the very efficient embryo electroporation protocol available in this organism. Its use was then extended to fish embryos and cultured mammalian cells. Conclusion. This versatile vector set opens the way to the midto large-scale comparative analyses of protein function and cis-regulatory sequences across chordate evolution. A complete user manual is provided as supplemental material

Evaluation de la toxicité de sédiments marins et d'eau douce. Influence de leur composition sur la toxicité de contaminants organiques

This document presents results of a research led on the influence of freshwater sediments on organic contaminators toxicity. Main results bear on methodological aspects about manipulation of artificial and natural sediments that are artificially contaminated and toxic effects of individually and mixed up hydrocarbons, which are polycyclic and aromatic, on micro-organisms, pelagic and benthic organisms according to exposition conditions.Dans le cadre du programme National d'Ecotoxicologie, la toxicité de trois hydrocarbures aromatiques polycycliques (phénanthrène, fluoranthène et benzo[k]fluoranthène) a été étudiée sur des organismes pélagiques et benthiques d'eau douce (D. magna, C. riparius, H. azteca) et d'eau marine (Tigriopus brevicornis et Crassostrea gigas) dans plusieurs conditions d'exposition, en sédiment naturels ou artificiels caractérisés par différentes quantité et qualité de matières organiques. Par ailleurs l'influence de la contamination sur le compartiment microbien des sédiments a également été mesurée. Le présent document présente les résultats obtenus sur le milieu eau douce. L'exposition des organismes a été réalisée soit en phase aqueuse, soit en phase sédimentaire à l'aide de sédiments artificiels ou naturels, artificiellement contaminé par les HAPs. Des essais pluri spécifiques en microcosmes ont été menés en parallèle aux essais mono spécifiques. Les principaux résultats concernent d'une part des aspects méthodologiques sur la manipulation du sédiment artificiel et naturel artificiellement contaminé (méthodes de contamination, influence de l'équilibration des concentrations entre les phases solubles et particulaires et de la préparation du sédiment artificiel), d'autre part les effets toxiques des HAPs individuellement et en mélange sur les microorganismes, les organismes pélagiques et benthiques, selon les conditions d'exposition. Du point de vue méthodologique, nous avons montré que le conditionnement d'un sédiment artificiel permettait la stabilisation de certains paramètres physico-chimiques et microbiologiques du sédiment. Cette étape de maturation du sédiment synthétique permet d'améliorer les conditions de vie des organismes tests, et doit être considérée quant à ses effets potentiels sur la biodisponibilité des contaminants (évolution de la matière organique et des conditions redox). D'autre part, le protocole de contamination utilisé dans notre étude peut être recommandé comme méthode de dopage des sédiments par des composés organiques hydrophobes. De la même manière, le choix d'une étape d'équilibration et de sa durée dépend des objectifs du test et du scénario de contamination simulé. Cependant, il est nécessaire de standardiser les conditions de cette équilibration pour permettre les comparaisons inter-laboratoires. L'utilisation d'un sédiment artificiel standardisé permet de s'affranchir de la variabilité des réponses dues à la composition de la matrice. Néanmoins l'extrapolation des effets mesurés, à partir d'une matrice artificielle, au sédiment naturel, doit être abordée avec précaution. Dans le cas des HAPs, l'utilisation d'une matrice artificielle conduit généralement à une surestimation des dangers, en particulier lorsqu'aucune maturation préalable et équilibration des concentrations n'est effectuée avant dopage et exposition des organismes. Le compartiment bactérien, en particulier certaines activités exo-enzymatiques impliquées dans le cycle du carbone et de l'azote, est apparu de sensibilité équivalente à celles des organismes benthiques utilisés. Par ailleurs, des niveaux de dégradation importants des HAPs par les microorganismes indigènes des sédiments ont pu être mis en évidence.Des résultats de toxicité originaux ont été obtenus en particulier sur le benzo[k]fluoranthène, et le modèle d'additivité apparaît applicable pour le mélange des trois HAPs étudiés. Enfin, les variations de toxicité, en sédiments artificiels et naturels ne peuvent pas être systématiquement expliquées par la teneur en matière organique (COT) du sédiment. Des descripteurs complémentaires sont indispensables, concernant en particulier la matière organique présente en phase particulaire mais aussi dissoute (degré d'hydrophobicité, d'aromaticité)