Pairwise gene GO-based measures for biclustering of high-dimensional expression data

Background: Biclustering algorithms search for groups of genes that share the same behavior under a subset of samples in gene expression data. Nowadays, the biological knowledge available in public repositories can be used to drive these algorithms to find biclusters composed of groups of genes functionally coherent. On the other hand, a distance among genes can be defined according to their information stored in Gene Ontology (GO). Gene pairwise GO semantic similarity measures report a value for each pair of genes which establishes their functional similarity. A scatter search-based algorithm that optimizes a merit function that integrates GO information is studied in this paper. This merit function uses a term that addresses the information through a GO measure. Results: The effect of two possible different gene pairwise GO measures on the performance of the algorithm is analyzed. Firstly, three well known yeast datasets with approximately one thousand of genes are studied. Secondly, a group of human datasets related to clinical data of cancer is also explored by the algorithm. Most of these data are high-dimensional datasets composed of a huge number of genes. The resultant biclusters reveal groups of genes linked by a same functionality when the search procedure is driven by one of the proposed GO measures. Furthermore, a qualitative biological study of a group of biclusters show their relevance from a cancer disease perspective. Conclusions: It can be concluded that the integration of biological information improves the performance of the biclustering process. The two different GO measures studied show an improvement in the results obtained for the yeast dataset. However, if datasets are composed of a huge number of genes, only one of them really improves the algorithm performance. This second case constitutes a clear option to explore interesting datasets from a clinical point of view.Ministerio de Economía y Competitividad TIN2014-55894-C2-

Customizing Fuzzy Partitions for Visual Texture Representation

Visual textures in images are usually described by humans using linguistic terms related to their perceptual properties, like "very coarse", "low directional", or "high contrasted". Thus, computational models with the ability of providing a perceptual texture characterization on the basis of these terms play a fundamental role in tasks where some interaction with subjects is needed. In this sense, fuzzy partitions defined on the domain of computational measures of the corresponding property have been proposed in the literature. However, the main drawback of these proposals is that they do not take into account the subjectivity associated to the human perception. For example, the perception of a texture property may change depending on the user, and in addition, the image context may influence the global perception of the properties. In this paper, we propose to solve these problems by means of a methodology that automatically adapts any generic fuzzy partition modeling a texture property to the particular perception of a user or to the image context. In this method, the membership functions associated to the fuzzy sets are automatically adapted by means of a functional transformation on the basis of the new perception. For this purpose, the information given by the user or extracted from the textures present in the image are employed.This work has been partially supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness and the European Regional Development Fund - ERDF (Fondo Europeo de Desarrollo Regional - FEDER) under project TIN2014-58227-P Descripción lingüística de información visual mediante técnicas de minería de datos y computación flexible

Fuzzy sets on 2D spaces for fineness representation

The analysis of the perceptual properties of texture plays a fundamental role in tasks like semantic description of images, content-based image retrieval using linguistic queries, or expert systems design based on low level visual features. In this paper, we propose a methodology to model texture properties by means of fuzzy sets defined on bidimensional spaces. In particular, we have focused our study on the fineness property that is considered as the most important feature for human visual interpretation. In our approach, pairwise combinations of fineness measures are used as a reference set, which allows to improve the ability to capture the presence of this property. To obtain the membership functions, we propose to learn the relationship between the computational values given by the measures and the human perception of fineness. The performance of each fuzzy set is analyzed and tested with the human assessments, allowing us to evaluate the goodness of each model and to identify the most suitable combination of measures for representing the fineness presence

Avances en el estudio del desarrollo de la extremidad de vertebrados: papel de Arid3b en la morfogénesis del AER y análisis de la formación de la punta de los dedos

Tesis doctoral inédita. Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular. Fecha de lectura: 23-02-0

Building Transcriptional Association Networks in Cytoscape with RegNetC

The Regression Network plugin for Cytoscape (RegNetC) implements the RegNet algorithm for the inference of transcriptional association network from gene expression profiles. This algorithm is a model tree-based method to detect the relationship between each gene and the remaining genes simultaneously instead of analyzing individually each pair of genes as correlation-based methods do. Model trees are a very useful technique to estimate the gene expression value by regression models and favours localized similarities over more global similarity, which is one of the major drawbacks of correlation-based methods. Here, we present an integrated software suite, named RegNetC, as a Cytoscape plugin that can operate on its own as well. RegNetC facilitates, according to user-defined parameters, the resulted transcriptional gene association network in .sif format for visualization, analysis and interoperates with other Cytoscape plugins, which can be exported for publication figures. In addition to the network, the RegNetC plugin also provides the quantitative relationships between genes expression values of those genes involved in the inferred network, i.e., those defined by the regression modelsMinisterio de Ciencia y Tecnología TIN2007-68084-C00Junta de Andalucía P11-TIC-752

Estudio de los sistemas de monitorización, control, señalización e información empleados en la gestión del tráfico actual y futuro

El objetivo principal de este trabajo es describir y analizar los distintos sistemas de monitorización, señalización, control e información empleados en la gestión del tráfico hoy en día e intentar prever como podrían evolucionar estos sistemas en el futuro según están evolucionando las tecnologías y los modelos de ciudades con las “Smart cities”.Departamento de Organización de Empresas y Comercialización e Investigación de MercadosMáster en Logístic

Combined police strategiesfor noise prevention in urban areas at night-time:acase study in the Catalan municipality of Badia del Vallés(Spain)

La presente investigación analiza la eficacia en la prevención de quejas por ruidos en zonas urbanas a través de la intervención policial mediante patrullaje dirigido aplicado a puntos calientes. Durante los periodos estivales de los años 2015 y 2016 la policía municipal del municipio catalán de Badia del Vallés implementó un programa de intervención que, combinando el empleo de un Sistema de Información Geográfica y una estrategia de patrullaje dirigido, buscaba reducir los requerimientos por ruido en horario nocturno. Tomando como referencia los datos generados durante la intervención, y los de los dos años previos (período pre-intervención) y los dos años posteriores (periodo post-intervención), el presente artículo evalúa la eficacia de la intervención, así como recoge un análisis descriptivo de la distribución geográfica de los requerimientos por ruido. Los principales resultados revelan un importante descenso de los requerimientos por ruido cuando las estrategias policiales preventivas descritas fueron aplicadas.This research analyzes the effectiveness in preventing noise complaints in urban areas of police intervention through directed patrol strategy applied to hot spots. During the summer periods of 2015 and 2016, the local police of the Catalan municipality of Badia del Vallés implemented an intervention program that, combining the use of the Geographic Information System and a directed patrol strategy, sought to reduce noise requirements at night-time. Taking as a reference the data generated during the intervention, and those of the two previous years (pre-intervention period) and the two subsequent years (post-intervention period), this article evaluates the effectiveness of such intervention, and also collects a descriptive analysis of the geographic distribution of noise requirements. The main results reveal a significant decrease in noise requirements when the preventive police strategies described were applied.26 página

Databases Reduction Simultaneously by Ordered Projection

In this paper, a new algorithm Database Reduction Simulta neously by Ordered Projections (RESOP) is introduced. This algorithm reduces databases in two directions: editing examples and feature se lection simultaneously. Ordered projections techniques have been used to design RESOP taking advantage of symmetrical ideas for two dif ferent task. Experimental results have been made with UCI Repository databases and the performance for the latter application of classification techniques has been satisfactor

Análisis de factibilidad del marketing móvil vía SMS para servicios de valor agregado en la ciudad de Lima

En la presente tesis se realiza a detalle un análisis de factibilidad y rentabilidad del marketing móvil a través de los mensajes de texto para servicios de valor agregado en la ciudad de Lima. En este análisis se plantea el envío personalizado de SMS generado por una empresa que brinda el servicio de marketing móvil, en representación de otras compañías que soliciten este servicio, en función de los perfiles de interés de sus clientes. Esta tesis está estructurada de la siguiente manera: En el capítulo 1 se detallan los antecedentes del servicio de marketing móvil, así como sus tendencias y beneficios. En el capítulo 2 se muestra el marco teórico basado en los elementos de la red móvil que intervienen en el envío del SMS, el tipo de VPN y la encriptación de la información que atraviesa el enlace. De esta manera, se tendrán los conceptos necesarios sobre los elementos que intervienen en el servicio. En el capítulo 3 se detallan las pruebas y los resultados obtenidos de las implementaciones realizadas: la primera, una conexión VPN entre dos redes que representan a una empresa que brinda el servicio de marketing móvil y a un operador que brinda la conectividad entre este servicio y la red móvil. Y la segunda, el envío de SMS entre ambas redes, a través del servicio de FTP. En el capítulo 4 se desarrolla el análisis de mercado en la ciudad de Lima, basado en estudios previos realizados por la empresa IPSOS y en las encuestas propias realizadas a los agentes comerciales de las principales empresas de marketing móvil del país. Finalmente, en el capítulo 5 se evalúa el costo - beneficio de implementar esta alternativa de negocio, a través de la elaboración del flujo de caja, análisis de rentabilidad y sostenibilidad en el tiempo.Tesi

El cambio del clima y la barrera biogeográfica del estrecho de Gibraltar para las aves africanas

El reciente cambio del clima está afectando a la distribución de las especies, siendo habitual que se provoquen desplazamientos latitudinales. En el estrecho de Gibraltar, frontera biogeográica que separa la biota africana de la europea y, a su vez, puente de migración para muchas especies, estos cambios son de especial importancia. En esta investigación se han recopilado los registros homologados en España de varias especies de rapaces típicamente africanas que comienzan a observarse en Europa, con la intención de estudiar el posible proceso de colonización del continente Europeo. Algunos de los patrones detectados son su entrada a Europa a través del estrecho de Gibraltar, y la mayor frecuencia de ejemplares durante los periodos pre y post-reproductores. Se ha utilizado una de estas especies, el busardo moro, para obtener modelos de favorabilidad ambiental que demuestren la utilidad de dichos modelos en el estudio de las colonizaciones. Los resultados ponen de maniiesto que el clima es el principal factor que explica la distribución de esta especie, y también que la península ibérica cuenta con más áreas favorables para la especie que las que actualmente ocupa. De continuar el aumento de la temperaturas, cabe esperar que el busardo moro amplíe su actual área de distribución en el sur de la península ibérica, y también que un mayor número de especies africanas colonice el continente europeo.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech