Variabilité dans les promotteurs des gènes du métabolisme du glutathion

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal

Action? Réaction!: Programme d'intervention visant à réduire la victimisation chez les élèves du 3e cycle du primaire par l'implication proactive des témoins

Rapport d'analyse d'intervention présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en psychoéducationLe programme d'intervention Action? Réaction! s'adresse aux élèves du 3e cycle du primaire et vise globalement la réduction de la victimisation perçue, subie et perpétrée. De manière plus spécifique, le programme Action? Réaction! vise à accroître les connaissances des participants en regard de la victimisation, à modifier les attitudes des élèves face au phénomène (baisse de la tolérance face aux incidents et augmentation du sentiment de compétence à intervenir) et à encourager les témoins de la victimisation à intervenir dans ce genre de situation. Le programme comporte deux volets principaux. Le premier volet s'adresse à un groupe-classe et s'articule autour de neuf ateliers pratiques et théoriques. Des informations sont transmises aux élèves, lesquelles sont discutées au cours de différents exercices. Par ailleurs, plusieurs habiletés pour faire face aux incidents de victimisation de manière efficace sont enseignées et pratiquées au cours de mises en situation auxquelles les élèves participent en tant que victime ou témoin. Le 2e volet du programme est en fait l'application d'une stratégie de suivi des incidents de victimisation en partenariat avec l'enseignant(e) de la classe. L'intervention réalisée a été évaluée en termes de mise en oeuvre et d'effets. Selon la responsable du programme, l'application du premier volet a été très conforme à ce qui avait été prévu initialement. Une excellente participation des élèves a également contribué à rendre aisée la mise en oeuvre du programme. Par ailleurs, l'application de la stratégie de suivi des incidents de victimisation a été impossible vu" les circonstances dans lesquelles s'est déroulée la mise en oeuvre. Cet aspect peut avoir influencé les résultats obtenus. En ce qui concerne l'évaluation des effets, des mesures ont été prises avant la mise en oeuvre du programme et suite à celle-ci. Un groupe contrôle non-équivalent d'une autre école a été utilisé afin de pouvoir comparer les élèves ayant été exposés à l'intervention à ceux qui n'ont pu en bénéficier. Il y a absence de changement pour toutes les variables, sauf pour le sentiment de compétence dont une augmentation significative est notée dans le groupe expérimental. Une interprétation quant à ces résultats est offerte et les limites et avantages d'une telle intervention sont présentés

MAST3 : facteur de risque génétique aux maladies inflammatoires de l’intestin et modulateur d’inflammation

La maladie de Crohn (MC) et la colite ulcéreuse (CU) sont des maladies inflammatoires chroniques du tube digestif qu’on regroupe sous le terme maladies inflammatoires de l’intestin (MII). Les mécanismes moléculaires menant au développement des MII ne sont pas entièrement connus, mais des études génétiques et fonctionnelles ont permis de mettre en évidence des interactions entre des prédispositions génétiques et des facteurs environnementaux - notamment la flore intestinale – qui contribuent au développement d’une dérégulation de la réponse immunitaire menant à l’inflammation de la muqueuse intestinale. Des études d’association pangénomiques et ciblées ont permis d’identifier plusieurs gènes de susceptibilité aux MII mais les estimations de la contribution de ces gènes à l’héritabilité suggèrent que plusieurs gènes restent à découvrir. Certains d’entre eux peuvent se trouver dans les régions identifiées par des études de liaison génétique. L’objectif de mon projet de doctorat était d’identifier un ou des facteurs de risque génétique dans la région chromosomale 19p (identifiée comme région de liaison IBD6) et de le/les caractériser au niveau fonctionnel. Nous avons d’abord entrepris une cartographie d’association de la région 19p. À la suite du génotypage successif de deux cohortes indépendantes, nous avons identifié un SNP intronique et quatre SNP codants dont un non-synonyme, rs8108738, tous localisés dans le gène microtubule associated serine threonine kinase gene-3 (MAST3) et associés aux MII. Peu d’information fonctionnelle sur MAST3 était disponible. Par contre MAST2, une protéine encodée par un gène de la même famille, régule l’activité du facteur de transcription inflammatoire NF-kappaB. Nous avons confirmé l’implication de MAST3 dans l’activité de NF-kappaB via un knockdown de MAST3 et des essais gène-rapporteur. Pour poursuivre la caractérisation fonctionnelle de MAST3, nous avons choisi une approche non ciblée pour étudier les effets de la variation des niveaux d’expression de MAST3 sur la cellule. C’est-à-dire que nous avons créé un 1er modèle cellulaire de surexpression du gène MAST3 dans les cellules HEK293 et analysé l’expression pangénomique endogène. La validation de l’expression génique dans un 2e modèle cellulaire de knockdown et de type cellulaire différent (THP1), nous a permis d’identifier et de contrer les effets non-spécifiques dus aux niveaux non-physiologiques. Notre étude d’expression a mené à l’identification d’un groupe de gènes dont l’expression est régulée par MAST3. Ces gènes sont majoritairement impliqués dans des fonctions immunitaires (cytokines pro-inflammatoires, régulateurs de NF-kappaB, migration cellulaire, etc.) et une forte proportion est régulée par NF-kappaB. Nous avons évalué l’importance du groupe de gènes régulés par MAST3 dans la présentation clinique des MII à travers des études d’expression dans des biopsies intestinales de patients atteints de CU. Nous avons constaté que l’expression de ces gènes est significativement supérieure dans les régions enflammées par rapport aux régions saines de la muqueuse intestinale des patients atteints de CU. Globalement, les résultats de nos études suggèrent que le facteur de risque aux MII MAST3 agit via la voie du facteur de transcription NF-kappaB pour influencer l’expression d’un groupe de gènes impliqués dans l’inflammation intestinale typique des MII. Chaque étude génétique sur les MII a le potentiel d’orienter les recherches fonctionnelles vers de nouvelles voies biologiques causales. Le dévoilement des mécanismes moléculaires sous-jacents à ces voies permet d’augmenter les connaissances sur le développement de ces maladies vers une compréhension plus complète de la pathogenèse qui permettra d’optimiser le diagnostic et le traitement de ces maladies.Inflammatory bowel diseases (IBD) refer to different chronic inflammatory diseases of the digestive tract mainly Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC). Mechanisms leading to the pathogenesis of IBD are not completely understood, but genetic and functional studies have highlighted interactions between genetic predispositions and environmental factors, such as the intestinal microbiota, as contributors to the deregulation of the immune response that leads to inflammation of the intestinal mucosa. Genome-wide and targeted association studies have identified several IBD susceptibility genes. However, estimations of the contribution of these genes to heritability of the disease suggest that more are to be discovered. Some of these genes may be in previously identified IBD linkage regions. The objective of my doctoral project was first, to identify risk factors in the 19p chromosomal region (IBD6), previously identified following a genome-wide linkage study, then to characterise them functionally. We first performed a comprehensive association mapping study of the 19p region. Our two-stage genotyping strategy led to the identification of one intronic SNP and four coding SNP –including one non-synonymous SNP, rs8108738 – all located in the microtubule associated serine threonine kinase gene 3 (MAST3) and associated to IBD. Very limited functional information on MAST3 was available at that time. However MAST2 (a gene in the same family as MAST3), is involved in the regulation of inflammation master switch, transcription factor NF-B. We confirmed the involvement of MAST3 in the modulation of NF-B via a knockdown of MAST3 and gene reporter assays. In order to further characterize the function of MAST3, we chose a non-targeted approach to study the effects of the modulation of MAST3 levels on the cell. More specifically, we created a 1st cell model of MAST3 overexpression in HEK293 cells and analysed the resulting genome-wide endogenous gene expression. Validation in a 2nd cell model consisting of a knockdown of MAST3 in THP1 cells, allowed to identify non-specific gene expression due to non-physiological MAST3 levels. Our expression study led to the identification of a group of genes whose expression is modulated by MAST3. These genes are mainly involved in immune functions (pro-inflammatory cytokines, NF-B regulation, cellular migration, etc) and a majority is regulated by transcription factor NF-B. We evaluated the importance of this MAST3-regulated gene set in the clinical manifestation of IBD through an expression study on biopsies of UC patients. We found that the expression the MAST3-regulated gene set was significantly enriched in inflamed region of the intestinal mucosa of UC patients compared to healthy region. Taken together, the results of our study suggest that IBD risk factor MAST3 acts on the NF-B pathway to influence the expression of a group of genes involved in intestinal inflammation typical of IBD. Every genetic study on IBD has the potential to lead functional research towards new causal biological pathways. The unravelling of the molecular mechanisms underlying these pathways aims to improve the comprehension of the pathogenesis of IBD and hopefully will allow for optimization of diagnostic and treatment of these diseases

Embryonic Exposure to Bisphenol A Impairs Primordial Germ Cell Migration without Jeopardizing Male Breeding Capacity

[EN] A large amount of chemicals are released to the environment each year. Among them, bisphenol A (BPA) is of utmost concern since it interferes with the reproductive system of wild organisms due to its capacity to bind to hormone receptors. Additionally, BPA epigenotoxic activity is known to affect basic processes during embryonic life. However, its effects on primordial germ cells (PGCs) proliferation and migration, both mechanisms being crucial for gametogenesis, remain unknown. To investigate the effects of BPA on PGCs migration and eventual testicle development, zebrafish embryos were exposed to 100, 2000 and 4000 µg/L BPA during the first 24 h of development. Vasa immunostaining of PGCs revealed that exposure to 2000 and 4000 µg/L BPA impaired their migration to the genital ridge. Two pivotal genes of PGCs migration (cxcr4b and sdf1a) were highly dysregulated in embryos exposed to these doses, whereas DNA methylation and epigenetic marks in PGCs and their surrounding somatic cells were not altered. Once embryos reached adulthood, the morphometric study of their gonads revealed that, despite the reduced number of PGCs which colonized the genital ridges, normal testicles were developed. Although H3K9ac decreased in the sperm from treated fishes, it did not affect the progeny developmentSIThis research was funded by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (Project AGL2014‐53167‐C3‐3‐R). The first author has a PhD Grant (BES‐2015‐071885) which supported a researcher stay at the INRA UR1037, Fish Physiology and Genomics, Rennes, Franc

Tour d'horizon du potentiel de développement de l'aquaponie en France : présentation et regard critique sur cette voie de développement alternative pour les productions piscicoles et horticoles

L'aquaponie repose sur l'intégration de process de production aquacole et hydroponique permettant le recyclage et la valorisation des nutriments émis par l'élevage aquacole par des cultures végétales. Cette démarche innovante attire à la fois les filières aquacoles, car la co-production permet de réutiliser l'eau en permanence pour l'élevage ; mais également les filières horticoles en réduisant l'emploi d'intrants chimiques dans la conduite de production végétale. Le projet APIVA® (Aquaponie Innovation Végétale et Aquaculture) vise à développer et caractériser des pilotes aquaponiques fonctionnels, d'étudier leur faisabilité économique, leur impact environnemental et la qualité des produits obtenus, tout en modélisant les flux se produisant entre les compartiments (bassins d'élevage, surfaces de culture, filtre biologique). Après une rapide présentation de l'origine de l'aquaponie, cet article vise à définir les avantages et inconvénients de cette pratique innovante, les différentes formes qu'elle peut prendre, les diverses modalités de conception envisageables, ainsi que les aspects techniques à appréhender. En France, très peu de systèmes d'aquaponie commerciale sont actifs, mais beaucoup de projets émergent depuis quelques années, notamment en milieu urbain. Des exemples d'entreprises d'aquaponie commerciale à l'international sont présentés, avant de définir une typologie des porteurs de projet français. (Résumé d'auteur

Exploring the facilitators and barriers to shopping mall use by persons with disabilities and strategies for improvements: Perspectives from persons with disabilities, rehabilitation professionals and shopkeepers

AbstractPersons with disabilities face challenges which impact on their ability to accomplish daily activities such as moving around, communicating and fulfilling social roles. Social participation assumes individuals with disabilities live within their community and interact with others. Shopping malls are public spaces used by individuals for various reasons. Here, all components of the social and physical environment interact and have an impact on social participation. This exploratory and qualitative study provides a multi-perspective assessment of the usability, as well as of the environmental facilitators and obstacles to social participation in shopping malls. The results also suggest necessary improvements. We interviewed 15 persons with disabilities, 15 rehabilitation professionals and 9 shopkeepers. Participants viewed the mall as a multifunctional place for everyday use, but at times, also as a limiting place. Multiple facilitators and obstacles were identified; the most important were interaction with shopkeepers and the mall's design for mobility or wayfinding. All participants agreed shopkeeper training and an improved awareness of the needs of persons with disabilities would be beneficial. Multiple stakeholders’ perceptions provide a basis for further investigation about needed changes and their potential for making malls more welcoming and inclusive to all

Cooperative regulation of extracellular signal-regulated kinase activation and cell shape change by filamin A and beta-arrestins.: FLNA AND ßarr COOPERATE TO REGULATE ERK AND CELL SHAPE

14 pagesbeta-Arrestins (betaarr) are multifunctional adaptor proteins that can act as scaffolds for G protein-coupled receptor activation of mitogen-activated protein kinases (MAPK). Here, we identify the actin-binding and scaffolding protein filamin A (FLNA) as a betaarr-binding partner using Son of sevenless recruitment system screening, a classical yeast two-hybrid system, coimmunoprecipitation analyses, and direct binding in vitro. In FLNA, the betaarr-binding site involves tandem repeat 22 in the carboxyl terminus. betaarr binds FLNA through both its N- and C-terminal domains, indicating the presence of multiple binding sites. We demonstrate that betaarr and FLNA act cooperatively to activate the MAPK extracellular signal-regulated kinase (ERK) downstream of activated muscarinic M1 (M1MR) and angiotensin II type 1a (AT1AR) receptors and provide experimental evidence indicating that this phenomenon is due to the facilitation of betaarr-ERK2 complex formation by FLNA. In Hep2 cells, stimulation of M1MR or AT1AR results in the colocalization of receptor, betaarr, FLNA, and active ERK in membrane ruffles. Reduction of endogenous levels of betaarr or FLNA and a catalytically inactive dominant negative MEK1, which prevents ERK activation, inhibit membrane ruffle formation, indicating the functional requirement for betaarr, FLNA, and active ERK in this process. Our results indicate that betaarr and FLNA cooperate to regulate ERK activation and actin cytoskeleton reorganization

Extreme viral partitioning in a marine-derived High Arctic lake

ABSTRACT High-latitude, perennially stratified (meromictic) lakes are likely to be especially vulnerable to climate warming because of the importance of ice in maintaining their water column structure and associated distribution of microbial communities. This study aimed to characterize viral abundance, diversity, and distribution in a meromictic lake of marine origin on the far northern coast of Ellesmere Island, in the Canadian High Arctic. We collected triplicate samples for double-stranded DNA (dsDNA) viromics from five depths that encompassed the major features of the lake, as determined by limnological profiling of the water column. Viral abundance and virus-to-prokaryote ratios were highest at greater depths, while bacterial and cyanobacterial counts were greatest in the surface waters. The viral communities from each zone of the lake defined by salinity, temperature, and dissolved oxygen concentrations were markedly distinct, suggesting that there was little exchange of viral types among lake strata. Ten viral assembled genomes were obtained from our libraries, and these also segregated with depth. This well-defined structure of viral communities was consistent with that of potential hosts. Viruses from the monimolimnion, a deep layer of ancient Arctic Ocean seawater, were more diverse and relatively abundant, with few similarities to available viral sequences. The Lake A viral communities also differed from published records from the Arctic Ocean and meromictic Ace Lake in Antarctica. This first characterization of viral diversity from this sentinel environment underscores the microbial richness and complexity of an ecosystem type that is increasingly exposed to major perturbations in the fast-changing Arctic. IMPORTANCE The Arctic is warming at an accelerating pace, and the rise in temperature has increasing impacts on the Arctic biome. Lakes are integrators of their surroundings and thus excellent sentinels of environmental change. Despite their importance in the regulation of key microbial processes, viruses remain largely uncharacterized in Arctic lacustrine environments. We sampled a highly stratified meromictic lake near the northern limit of the Canadian High Arctic, a region in rapid transition due to climate change. We found that the different layers of the lake harbored viral communities that were strikingly dissimilar and highly divergent from known viruses. Viruses were more abundant in the deepest part of the lake containing ancient Arctic Ocean seawater that was trapped during glacial retreat and were genomically unlike any viruses previously described. This research demonstrates the complexity and novelty of viral communities in an environment that is vulnerable to ongoing perturbation

Prioritization of candidate causal genes for asthma in susceptibility loci derived from UK Biobank

Kim Valette et al. perform a genomic study on asthma integrating genome-wide association study, functional mapping using lung and blood transcriptome-wide profiles, as well as Mendelian randomization. They show candidate causal genes expressed in lung and blood tissues that are putative therapeutic targets for asthma