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Phylogenetic reconstruction using secondary structures of Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2, rDNA): finding the molecular and morphological gap in Caribbean gorgonian corals
<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Most phylogenetic studies using current methods have focused on primary DNA sequence information. However, RNA secondary structures are particularly useful in systematics because they include characteristics, not found in the primary sequence, that give "morphological" information. Despite the number of recent molecular studies on octocorals, there is no consensus opinion about a region that carries enough phylogenetic resolution to solve intrageneric or close species relationships. Moreover, intrageneric morphological information by itself does not always produce accurate phylogenies; intra-species comparisons can reveal greater differences than intra-generic ones. The search for new phylogenetic approaches, such as by RNA secondary structure analysis, is therefore a priority in octocoral research.</p> <p>Results</p> <p>Initially, twelve predicted RNA secondary structures were reconstructed to provide the basic information for phylogenetic analyses; they accorded with the 6 helicoidal ring model, also present in other groups of corals and eukaryotes. We obtained three similar topologies for nine species of the Caribbean gorgonian genus <it>Eunicea </it>(candelabrum corals) with two sister taxa as outgroups (genera <it>Plexaura </it>and <it>Pseudoplexaura</it>) on the basis of molecular morphometrics of ITS2 RNA secondary structures only, traditional primary sequence analyses and maximum likelihood, and a Bayesian analysis of the combined data. The latter approach allowed us to include both primary sequence and RNA molecular morphometrics; each data partition was allowed to have a different evolution rate. In addition, each helix was partitioned as if it had evolved at a distinct rate. <it>Plexaura flexuosa </it>was found to group within <it>Eunicea</it>; this was best supported by both the molecular morphometrics and combined analyses. We suggest <it>Eunicea flexuosa </it>(Lamouroux, 1821) comb. nov., and we present a new species description including Scanning Electron Microscopy (SEM) images of morphological characteristics (sclerites). <it>Eunicea flexuosa</it>, <it>E. pallida</it>, <it>E. laxispica </it>and <it>E. mammosa </it>formed a separate clade in the molecular phylogenies, and were reciprocally monophyletic with respect to other <it>Eunicea </it>(<it>Euniceopsis </it>subgenus, e.g. <it>E. tourneforti </it>and <it>E. laciniata</it>) in the molecular morphometrics tree, with the exception of <it>E. fusca</it>. Moreover, we suggest a new diagnostic character for <it>Eunicea</it>, also present in <it>E. flexuosa</it>: middle layer sclerites > 1 mm in length.</p> <p>Conclusion</p> <p>ITS2 was a reliable sequence for intrageneric studies in gorgonian octocorals because of the amount of phylogenetic signal, and was corroborated against morphological characters separating <it>Eunicea </it>from <it>Plexaura</it>. The ITS2 RNA secondary structure approach to phylogeny presented here did not rely on alignment methods such as INDELS, but provided clearly homologous characters for partition analysis and RNA molecular morphometrics. These approaches support the divergence of <it>Eunicea flexuosa </it>comb. nov. from the outgroup <it>Plexaura</it>, although it has been considered part of this outgroup for nearly two centuries because of morphological resemblance.</p
Diversification trajectories and paleobiogeography of Neogene chondrichthyans from Europe
Despite the rich fossil record of Neogene chondrichthyans (chimaeras, sharks, rays, and skates) from Europe, little is known about the macroevolutionary processes that generated their current diversity and geographical distribution. We compiled 4368 Neogene occurrences comprising 102 genera, 41 families, and 12 orders from four European regions (Atlantic, Mediterranean, North Sea, and Paratethys) and evaluated their diversification trajectories and paleobiogeographic patterns. In all regions analyzed, we found that generic richness increased during the early Miocene, then decreased sharply during the middle Miocene in the Paratethys, and moderately during the late Miocene and Pliocene in the Mediterranean and North Seas. Origination rates display the most significant pulses in the early Miocene in all regions. Extinction rate pulses varied across regions, with the Paratethys displaying the most significant pulses during the late Miocene and the Mediterranean and North Seas during the late Miocene and early Pliocene. Overall, up to 27% and 56% of the European Neogene genera are now globally and regionally extinct, respectively. The observed pulses of origination and extinction in the different regions coincide with warming and cooling events that occurred during the Neogene globally and regionally. Our study reveals complex diversity dynamics of Neogene chondrichthyans from Europe and their distinct biogeographic composition despite the multiple marine passages that connected the different marine regions during this time
Producción de oxi-indolalcaloides de Uncaria tomentosa in vitro y estudio del efecto citotóxico en líneas celulares de cáncer
Proyecto de Investigación (Código: 5410-1510-9701) Instituto Tecnológico de Costa Rica. Escuela de Biología, 2015Uncaria tomentosa (Willd.) D.C (Uña de Gato), es una planta de la familia Rubiaceae, se
caracteriza por la producción de diferentes metabolitos secundarios de interés farmacológico e
industrial. Los oxi-indol alcaloides presentan efectos inmuno modulatorios y citotóxicos en líneas
celulares de cáncer. Por ser compuestos de difícil síntesis química, el cultivo de células es una
alternativa biotecnológica para la producción de los oxi-indol alcaloides.
En esta investigación se evaluó el efecto de diferentes elicitores (sacarosa, pectina, extracto de
levadura y ácido jasmónico) en la producción de los oxi-indolalcaloides en células en suspensión y
en plantas in vitro, además, se determinó el índice de citotoxicidad del extracto de U. tomentosa en
líneas celulares cancerígenas de carcinoma pulmonar (H460) y adenocarcinoma de mama (MCF-
7).
Entre los resultados se puede mencionar que tanto en las plantas elicitadas como en las
suspensiones celulares elicitadas, se logró cuantificar una producción de alcaloides oxi indólicos.
Siendo la mayor concentración en vitro plantas de 6,4 mg/g de alcaloides totales, utilizando ácido
jasmónico y en suspensiones de 0,277mg/g en 15 días, utilizando como elicitor al extracto de
levadura a 5000mg/L.
El análisis citotóxico realizado al extracto de U.tomentosa, ninguno de las concentraciones
probadas reporta una disminución en la viabilidad de las células cancerosas.
La técnica de cultivo in vitro de plantas para obtener los oxi indol alcaloides de interés
farmacológico se perfila como una herramienta útil y válida a la luz de los resultados obtenidos en
este ensayo.
El cultivo de células en suspensión mostró una baja producción de los oxiindol alcaloides, a nivel
de compuestos traza, por lo que resultaron sistemas menos efectivos que la vitro plantas.Instituto Tecnológico de Costa Rica
Phenotypic plasticity and morphological integration in a marine modular invertebrate
<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Colonial invertebrates such as corals exhibit nested levels of modularity, imposing a challenge to the depiction of their morphological evolution. Comparisons among diverse Caribbean gorgonian corals suggest decoupling of evolution at the polyp vs. branch/internode levels. Thus, evolutionary change in polyp form or size (the colonial module <it>sensu stricto</it>) does not imply a change in colony form (constructed of modular branches and other emergent features). This study examined the patterns of morphological integration at the intraspecific level. <it>Pseudopterogorgia bipinnata </it>(Verrill) (Octocorallia: Gorgoniidae) is a Caribbean shallow water gorgonian that can colonize most reef habitats (shallow/exposed vs. deep/protected; 1–45 m) and shows great morphological variation.</p> <p>Results</p> <p>To characterize the genotype/environment relationship and phenotypic plasticity in <it>P. bipinnata</it>, two microsatellite loci, mitochondrial (MSH1) and nuclear (ITS) DNA sequences, and (ITS2) DGGE banding patterns were initially compared among the populations present in the coral reefs of Belize (Carrie Bow Cay), Panama (Bocas del Toro), Colombia (Cartagena) and the Bahamas (San Salvador). Despite the large and discrete differentiation of morphotypes, there was no concordant genetic variation (DGGE banding patterns) in the ITS2 genotypes from Belize, Panama and Colombia. ITS1–5.8S-ITS2 phylogenetic analysis afforded evidence for considering the species <it>P. kallos </it>(Bielschowsky) as the shallow-most morphotype of <it>P. bipinnata </it>from exposed environments. The population from Carrie Bow Cay, Belize (1–45 m) was examined to determine the phenotypic integration of modular features such as branch thickness, polyp aperture, inter-polyp distance, internode length and branch length. Third-order partial correlation coefficients suggested significant integration between polypar and colonial traits. Some features did not change at all despite 10-fold differences in other integrated features. More importantly, some colonial features showed dependence on modular features.</p> <p>Conclusion</p> <p>Consequently, module integration in gorgonian corals can be shifted, switched or canalized along lineages. Modular marine organisms such as corals are variations on a single theme: their modules can couple or decouple, allowing them to adapt to all marine benthic environments.</p
Evaluación del Desarrollo Infantil Temprano (DIT) y Nivel de Conocimiento de los Padres, Centro de Salud Wanchaq Cusco, año 2023
El estudio tuvo como objetivo principal evaluar la relación entre nivel de desarrollo
infantil observado en el programa DIT y el Nivel de Conocimiento de los padres
de los Centro de Salud Wanchaq Cusco - 2023. La metodología utilizada fue el
enfoque cuantitativo, de diseño no experimental, de tipo básico y de alcance
correlacional, la muestra estuvo conformada de 109 padres de familia, a quienes
se les administró dos cuestionarios, uno que evalúa el desarrollo infantil temprano
y otro el conocimiento de los padres en relación a dicho aspecto. Los resultados
encontrados indican que el desarrollo infantil temprano en general era percibido
como normal por el 60.6%de los padres, en cuanto al nivel de conocimientos, el
53,2% tenía conocimientos de nivel medio sobre el nivel de desarrollo infantil
temprano. Se llegó a una conclusión que existe una relación positiva moderada y
significativa entre los niveles de desarrollo infantil temprano observados y el nivel
de conocimiento mostrado por los padres del Centro de Salud Wanchaq Cusco -
2023 (p=0,000; Rho=0,420)
Estudio comparativo del tratamiento ejercicio físicos y agentes físicos en pacientes con lumbalgia crónica de un hospital nacional Dos de Mayo - Lima, periodo enero febrero 2016
El presente estudio cuyo enfoque de investigación es cuantitativo, de tipo
aplicado y diseño de investigación pre-experimental realizado en un hospital
nacional de Lima Cercado. Se empleó La técnica de muestreo no probabilístico en
una muestra de 60 pacientes con lumbalgia crónica que son atendidos en el
servicio de medicina física y rehabilitación obteniendo la recolección de datos con
fichas para llenar los datos sociodemográficos, y se empleó instrumentos con
validación y confiabilidad internacional como escala de visual para dolor, test de
oswestry para medir discapacidad, cuya población pacientes es un total de 500.
Se obtuvo como resultados p-valor = 0,000, lo cual es menor al nivel de
significancia por lo que se rechaza la hipótesis nula. Se afirma que el tratamiento
de ejercicios fisicos tienen eficacia frente al tratamiento de agentes fisicos en
pacientes con lumbalgia crónica del servicio de medicina física del hospital
Nacional Dos de Mayo - Lim
Vulneración de la tutela jurisdiccional efectiva en la etapa de ejecución de resoluciones contenciosas administrativas de obligación de dar suma de dinero en el sector educación en la ciudad de Trujillo
La presente investigación titulada “la vulneración de la tutela jurisdiccional efectiva
en la etapa de ejecución de resoluciones contenciosas administrativas de
obligación de dar suma de dinero en el sector educación en la ciudad de Trujillo”,
tiene como objetivo general determinar las medidas legales que se debe adoptar
para evitar la vulneración del derecho a la tutela jurisdiccional efectiva en la etapa
de ejecución de resoluciones contenciosas administrativas de obligación de dar
suma de dinero en el sector educación en la ciudad de Trujillo; trabajándose
mediante una investigación de nivel descriptivo con enfoque mixto, a través del
diseño de investigación de estudio de casos, utilizando como instrumentos de
recolección de datos, la guía de entrevista realizada a doce expertos en derecho
laboral y administrativo, así como el instrumento de análisis de documentos a
quince procesos judiciales en trámite en la fase de ejecución del sector educación
y a la legislación extranjera; obteniendo como resultados que la deuda laboral es
aproximadamente S/. 61 888 445.30 soles, debido al insuficiente presupuesto y la
negligencia de los funcionarios en la ejecución, generando que la ejecución se
prolongue entre cinco a diez años de acuerdo al caso en concreto; pues los
principios de legalidad presupuestaria e inembargabilidad de los bienes del Estado
son utilizados como herramientas para retardar la ejecución y escudar negligencias
de la administración, lamentablemente en el TUO de la Ley 27584, no se aprecia
medidas eficaces para asegurar el pago oportuno de la deuda, sin embargo, la
normativa extranjera prevé entre otras medidas la compensación de créditos, la
aplicación de dos puntos de intereses por falta de diligencia; obteniéndose como
conclusión que se debe adoptar como medidas el incremento de dos puntos de
interés, ampliar partidas presupuestarias, implementar un protocolo de plazos para
cada acto administrativo y regular la compensación facultativa
Método singapur y resolución de problemas en discentes de segundo grado de primaria del colegio parroquial, La Victoria, 2022
El presente trabajo tuvo como objetivo general demostrar que el método
Singapur influye en la mejora de la resolución de problemas en el área de
Matemática en los discentes de segundo grado de primaria de un colegio
parroquial 2022. La investigación tiene un enfoque cuantitativo. Dicha
investigación es experimental y explicativa porque, se ve dos variables donde la
independiente manipula a la dependiente. El diseño de la investigación
seleccionado es un preexperimental con una pre y post test. La muestra estuvo
constituida por 28 discentes (no probabilístico). Como técnica de recolección se
usó la de Shapiro Wilk quien nos menciona que nuestra normalidad no es
paramétrica y al no serlo se usó la de Wilcoxon al 5% de significancia. Cuya
media del pretest fue de 4.75 puntos y luego de ejecutar las sesiones del método
Singapur se obtuvo un puntaje medio de 10.86 puntos, demostrando diferencia
significativa en las variables y dimensiones (p≤0.05). Esto permite concluir que
el método Singapur es un método que influye en la resolución de problemas por
ser sencillo y practico, no solo para el docente sino también para el discente ya
que respeta el proceso cognoscitivo
Factores culturales y sociales de la mujer para promover la salud familiar y la propia
Tesis (Maestría en Enfermería con Especialidad en Salud Comunitaria) UANLUANLhttp://www.uanl.mx
Estudio del impacto generado con el cambio del diseño y empaque de los productos de panela del municipio del Socorro, Santander
TablasEl siguiente proyecto parte de un diagnóstico sobre el comportamiento que ha tenido el mercado de la panela y sus productos derivados en los últimos 10 años, particularmente en el municipio del Socorro Santander, analizando si las nuevas presentaciones de panela han permitido modificar el uso y consumo del producto, esto mediante el método de encuesta practicada a los 11 trapiches del municipio, y la entrevista a 3 marcas predominantes en la diversificación de productos paneleros de la región. La baja en los precios de la panela ha sido una constante, que viene enfrentando el sector, lo que los ha llevado a buscar nuevos mercados a partir de la generación de valor agregado en el producto panela. Por lo que surge el cuestionamiento, del porqué aún, no se ha visto un impacto comercial significativo con la generación de esos nuevos productos y empaques. Así mismo se busca identificar las estrategias de mercadeo que pueden emplear los productores de panela del municipio del Socorro Santander, para la comercialización de sus productos.The next project is an assessment of the behavior that has had the panela market and its products in the last 10 years, particularly in the municipality of Socorro Santander, analyzing whether new panela presentations are allowed to modify the use and consumption of the product.
The drop in prices of panela has been a constant, which facing the sector, which has led them to seek new markets from generating added value in the product panela. Asking the question of why it has not yet seen a significant commercial impact in the generation of these new products and packaging.
It also seeks to identify marketing strategies that can be used panela producers of the municipality of Socorro Santander, for the marketing of their products
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