Reptilia, Squamata, Iguanidae, Stenocercus aculeatus: distribution extension and first record for Ecuador

Non

Characterization of Aspergillus section Flavi: molecular markers as tools to unmask cryptic species

Certains champignons, notamment des Ascomycètes, peuvent synthétiser des métabolites secondaires toxiques pour les hommes et les vertébrés, appelés mycotoxines. Étant donné que la présence de ces champignons dans les aliments de base constitue un risque potentiel pour la santé humaine et animale, les aliments de base sont éliminés lorsqu'ils sont contaminés. La section Flavi est un des groupes de champignons les plus importants du point de vue économique et sanitaire car il comprend des espèces productrices de mycotoxines. Parmi les mycotoxines produites par ce groupe se trouvent les aflatoxines (AF), considérées comme une préoccupation majeure en raison de leurs effets délétères chez les vertébrés. Les espèces de la section Flavi se développent principalement dans les régions tropicales et subtropicales car elles bénéficient de conditions environnementales optimales. De plus, les conditions de récolte et de stockage sont souvent inappropriées, favorisant ainsi leur développement. Dans les régions tempérées, ces espèces se rencontrent moins fréquemment. Cependant, le réchauffement climatique pourrait favoriser leur colonisation. L'identification des espèces d'Aspergillus de la section Flavi est un défi, en raison de l'inter- et intra-variabilité des caractères. Par conséquent, l'utilisation d'une seule méthode d'identification (caractérisation morphologique, moléculaire ou du profil des métabolites secondaires) est insuffisante. Inversement, le développement d'outils moléculaires a facilité la tâche. Le but de notre étude était de déterminer les relations entre les espèces d'Aspergillus de la section Flavi à partir de différents marqueurs moléculaires (ITS, benA, cmdA, amdS, préA, perB, ppgA, aflP, gènes Mat1), puis d'identifier ceux qui permettent une classification des espèces par inférence phylogénétique. L'utilisation de l'inférence phylogénétique dans cette étude a montré qu'il s'agit d'une approche robuste pour identifier les espèces d'Aspergillus de la section Flavi, notamment en confirmant certaines hypothèses déjà proposées pour les espèces de la section Flavi. En effet, l'ajout de marqueurs moléculaires a permis de confirmer le placement phylogénétique des espèces dans la section Flavi. De plus, une nouvelle espèce cryptique a pu être décrite : Aspergillus korhogoensis (appartenant au clade A. flavus). Notre étude a également pu mettre en évidence que les marqueurs moléculaires sélectionnés (benA, cmdA, mcm7, rpb1, preB, preA et ppgA) sont de bons candidats pour l'étude d'autres sections d'Aspergillus. L'utilisation de l'inférence phylogénétique est une méthode élégante permettant d'identifier de façon précise les espèces. Sur la base de nos résultats, il est recommandé d'utiliser des matrices concaténées pour effectuer une inférence phylogénétique dans cette section, et la meilleure combinaison inclut les gènes benA, cmdA, et l'inclusion d'un autre gène : mcm7, rpb1, preB, preA ou ppgA. A l'inverse, l'utilisation du gène ITS chez Aspergillus peut conduire à une sous-estimation de la diversité car le gène est très fortement conservé. L'étude des gènes du loci Mat1 dans la section est utile pour accroître les connaissances sur la reproduction sexuée chez les ascomycètes. De plus, plusieurs fonctions de la machinerie biologique fongique sont liées aux gènes du loci Mat1. La caractérisation du profil métabolique secondaire chez les souches d'Aspergillus de la section Flavi doit être utilisée, non seulement comme outil d'identification, mais également pour discriminer les souches toxinogènes et atoxinogènes. La section Flavi renferme des espèces capables de produire à la fois de mycotoxines et de composés bénéfiques. Parmi les mycotoxines qui devraient faire l'objet d'une attention particulière figurent les AF, l'acide cyclopiazonique, les versicolorines a et b, la stérigmatocystine. Une étude plus approfondie du métabolisme secondaire sera également utile pour la recherche de nouveaux composés bénéfiques.Some fungi, mostly Ascomycota, are able to synthesize secondary metabolites that are toxic to humans and vertebrates, called mycotoxins. Since the presence of these fungi in staples represents a potential risk to human and livestock health, staples are eliminated when they are contaminated. The section Flavi is one most important group of fungi from an economic and public health point of view because it comprises several mycotoxin producer species. Amongst the mycotoxins produced by this group are aflatoxins (AFs), considered a main concern because of their deleterious effects on humans and vertebrates. Species from section Flavi grow mainly in tropical and subtropical regions where environmental conditions are optimal, and harvest and storage conditions are not always appropriate to avoid production of mycotoxins, which enhance their growth. In temperate regions, these species are less frequent; however, climate changes can favor their colonization. Species identification in Aspergillus section Flavi is challenging because of inter- and intra- variability of traits. Therefore, the use of one identification method (morphological, molecular or secondary metabolite profile characterization) is futile. Conversely, the development of molecular tools has facilitated the task. The aim of this study was to screen the species relationships in Aspergillus section Flavi based on different molecular markers (ITS, benA, cmdA, amdS, preA, preB, ppgA, aflP, Mat1 genes), and subsequently identify which ones allow a fine species classification in the section Flavi by phylogenetic inference. The use of phylogenetic inference in the present study showed that it is a robust approach to identify Aspergillus section Flavi species. The use of this technique confirmed some of the hypotheses proposed in the Flavi section, since more genetic information was added, thus strengthening the placement of the species in the Flavi section. In addition, we described a new cryptic species in this section Aspergillus korhogoensis that is nested in A. flavus clade as the sister taxon of A. parvisclerotigenus. Likewise, the molecular markers (benA, cmdA, mcm7, rpb1, preB, preA or ppgA) were good candidates for studying other sections in Aspergillus. The use of phylogenetic inference is a good method for fine-scale species identification; however, it should be used carefully, and the morphological approach and characterization of secondary metabolites should also be carried out. Based on our results, concatenated matrices are recommended to perform phylogenetic inference in this section, and the best combination includes benA, cmdA, and the inclusion of at least one another gene (preB, mcm7, rpb1, preA or ppgA). Conversely, the use of ITS in Aspergillus may lead to an underestimation of the diversity because the gene is highly conserved. Studying mating type MAT1 loci in the section is helpful to increase the knowledge of sexual reproduction in ascomycetes. In addition, several functions of fungal biological machinery are linked to Mat1 loci genes. Secondary metabolic profile characterization of Aspergillus section Flavi strains should be performed, not only as an identification tool, but also to discriminate toxinogenic and atoxinogenic strains. Section Flavi encloses species able to produce a mixture of mycotoxins and beneficial compounds. Amongst mycotoxins that should be screened are AFs, cyclopiazonic acid, A and B versicolorin, sterigmatocystin, tenuazonic acid. An exhaustive study of the secondary metabolism can also be useful to investigate novel beneficial products

Gonatodes caudiscutatus (Günther, 1859) (Squamata: Sphaerodactylidae): distribution extension in Ecuador

Gonatodes caudiscutatus is currently known from the Pacific coast of Ecuador, the Galapagos Archipelago and Peru (all west of the Andes). Here we provide the first records of this species from the Upper Amazon Basin east of the Andes in Ecuador. We found no morphometric or meristic differences between populations east and west of the Andes except in the number of loreals (fewer on eastern populations), and in the number of supraciliary spines (more individuals with higher number of supraciliary spines on western populations)

Anolis soinii Poe and Yañez-Miranda, 2008 (Squamata: Iguanidae: Polychrotinae): distribution extension, first records for Ecuador and notes on geographic variation

The anole lizard Anolis soinii was described from a single locality in northern Peru in 2008. We report the first records of A. soinii from southern Ecuador, Provincia Zamora-Chinchipe: Valladolid-Yangana road; Romerillos Alto; Estación Científica San Francisco; Zamora-Loja road; and Refugio de Vida Silvestre El Zarza. The Valladolid-Yangana road, the nearest record, is approximately 196 km NW from the only known locality of A. soinii (Venceremos, Departamento San Martín, Peru). We also present information on lepidosis and coloration of the new specimens.

Caractérisation d'Aspergillus section Flavi : les marqueurs moléculaires comme outils pour démasquer les espèces cryptiques

Some fungi, mostly Ascomycota, are able to synthesize secondary metabolites that are toxic to humans and vertebrates, called mycotoxins. Since the presence of these fungi in staples represents a potential risk to human and livestock health, staples are eliminated when they are contaminated. The section Flavi is one most important group of fungi from an economic and public health point of view because it comprises several mycotoxin producer species. Amongst the mycotoxins produced by this group are aflatoxins (AFs), considered a main concern because of their deleterious effects on humans and vertebrates. Species from section Flavi grow mainly in tropical and subtropical regions where environmental conditions are optimal, and harvest and storage conditions are not always appropriate to avoid production of mycotoxins, which enhance their growth. In temperate regions, these species are less frequent; however, climate changes can favor their colonization. Species identification in Aspergillus section Flavi is challenging because of inter- and intra- variability of traits. Therefore, the use of one identification method (morphological, molecular or secondary metabolite profile characterization) is futile. Conversely, the development of molecular tools has facilitated the task. The aim of this study was to screen the species relationships in Aspergillus section Flavi based on different molecular markers (ITS, benA, cmdA, amdS, preA, preB, ppgA, aflP, Mat1 genes), and subsequently identify which ones allow a fine species classification in the section Flavi by phylogenetic inference. The use of phylogenetic inference in the present study showed that it is a robust approach to identify Aspergillus section Flavi species. The use of this technique confirmed some of the hypotheses proposed in the Flavi section, since more genetic information was added, thus strengthening the placement of the species in the Flavi section. In addition, we described a new cryptic species in this section Aspergillus korhogoensis that is nested in A. flavus clade as the sister taxon of A. parvisclerotigenus. Likewise, the molecular markers (benA, cmdA, mcm7, rpb1, preB, preA or ppgA) were good candidates for studying other sections in Aspergillus. The use of phylogenetic inference is a good method for fine-scale species identification; however, it should be used carefully, and the morphological approach and characterization of secondary metabolites should also be carried out. Based on our results, concatenated matrices are recommended to perform phylogenetic inference in this section, and the best combination includes benA, cmdA, and the inclusion of at least one another gene (preB, mcm7, rpb1, preA or ppgA). Conversely, the use of ITS in Aspergillus may lead to an underestimation of the diversity because the gene is highly conserved. Studying mating type MAT1 loci in the section is helpful to increase the knowledge of sexual reproduction in ascomycetes. In addition, several functions of fungal biological machinery are linked to Mat1 loci genes. Secondary metabolic profile characterization of Aspergillus section Flavi strains should be performed, not only as an identification tool, but also to discriminate toxinogenic and atoxinogenic strains. Section Flavi encloses species able to produce a mixture of mycotoxins and beneficial compounds. Amongst mycotoxins that should be screened are AFs, cyclopiazonic acid, A and B versicolorin, sterigmatocystin, tenuazonic acid. An exhaustive study of the secondary metabolism can also be useful to investigate novel beneficial products.Certains champignons, notamment des Ascomycètes, peuvent synthétiser des métabolites secondaires toxiques pour les hommes et les vertébrés, appelés mycotoxines. Étant donné que la présence de ces champignons dans les aliments de base constitue un risque potentiel pour la santé humaine et animale, les aliments de base sont éliminés lorsqu'ils sont contaminés. La section Flavi est un des groupes de champignons les plus importants du point de vue économique et sanitaire car il comprend des espèces productrices de mycotoxines. Parmi les mycotoxines produites par ce groupe se trouvent les aflatoxines (AF), considérées comme une préoccupation majeure en raison de leurs effets délétères chez les vertébrés. Les espèces de la section Flavi se développent principalement dans les régions tropicales et subtropicales car elles bénéficient de conditions environnementales optimales. De plus, les conditions de récolte et de stockage sont souvent inappropriées, favorisant ainsi leur développement. Dans les régions tempérées, ces espèces se rencontrent moins fréquemment. Cependant, le réchauffement climatique pourrait favoriser leur colonisation. L'identification des espèces d'Aspergillus de la section Flavi est un défi, en raison de l'inter- et intra-variabilité des caractères. Par conséquent, l'utilisation d'une seule méthode d'identification (caractérisation morphologique, moléculaire ou du profil des métabolites secondaires) est insuffisante. Inversement, le développement d'outils moléculaires a facilité la tâche. Le but de notre étude était de déterminer les relations entre les espèces d'Aspergillus de la section Flavi à partir de différents marqueurs moléculaires (ITS, benA, cmdA, amdS, préA, perB, ppgA, aflP, gènes Mat1), puis d'identifier ceux qui permettent une classification des espèces par inférence phylogénétique. L'utilisation de l'inférence phylogénétique dans cette étude a montré qu'il s'agit d'une approche robuste pour identifier les espèces d'Aspergillus de la section Flavi, notamment en confirmant certaines hypothèses déjà proposées pour les espèces de la section Flavi. En effet, l'ajout de marqueurs moléculaires a permis de confirmer le placement phylogénétique des espèces dans la section Flavi. De plus, une nouvelle espèce cryptique a pu être décrite : Aspergillus korhogoensis (appartenant au clade A. flavus). Notre étude a également pu mettre en évidence que les marqueurs moléculaires sélectionnés (benA, cmdA, mcm7, rpb1, preB, preA et ppgA) sont de bons candidats pour l'étude d'autres sections d'Aspergillus. L'utilisation de l'inférence phylogénétique est une méthode élégante permettant d'identifier de façon précise les espèces. Sur la base de nos résultats, il est recommandé d'utiliser des matrices concaténées pour effectuer une inférence phylogénétique dans cette section, et la meilleure combinaison inclut les gènes benA, cmdA, et l'inclusion d'un autre gène : mcm7, rpb1, preB, preA ou ppgA. A l'inverse, l'utilisation du gène ITS chez Aspergillus peut conduire à une sous-estimation de la diversité car le gène est très fortement conservé. L'étude des gènes du loci Mat1 dans la section est utile pour accroître les connaissances sur la reproduction sexuée chez les ascomycètes. De plus, plusieurs fonctions de la machinerie biologique fongique sont liées aux gènes du loci Mat1. La caractérisation du profil métabolique secondaire chez les souches d'Aspergillus de la section Flavi doit être utilisée, non seulement comme outil d'identification, mais également pour discriminer les souches toxinogènes et atoxinogènes. La section Flavi renferme des espèces capables de produire à la fois de mycotoxines et de composés bénéfiques. Parmi les mycotoxines qui devraient faire l'objet d'une attention particulière figurent les AF, l'acide cyclopiazonique, les versicolorines a et b, la stérigmatocystine. Une étude plus approfondie du métabolisme secondaire sera également utile pour la recherche de nouveaux composés bénéfiques

Reptilia, Squamata, Iguanidae, Stenocercus aculeatus: distribution extension and first record for Ecuador

Non

Reptilia, Squamata, Iguanidae, Stenocercus aculeatus: distribution extension and first record for Ecuador

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A new andean species of leaf-toed gecko (Phyllodactylidae: Phyllodactylus) from Ecuador

We describe a new species of Phyllodactylus from a xerophytic forest in the Andes of southern Ecuador. The new species differs from other mainland species of Phyllodactylus from South America by the combination of the following characters: preanal scales similar in size to other ventral scales, well-defined longitudinal rows of tubercles dorsally, a medial longitudinal row of enlarged caudal scales ventrally, tubercles on dorsal surface of tibia present, enlarged postanal scale absent, tubercles on dorsal surface of forearm absent, interorbital scales homogeneous in size, enlarged scales on proximal one-fourth of tail absent, gular scales granular, and maximum snout-vent length of 55 mm. Even though morphological similarity suggests a close relationship between the new species and Phyllodactylus reissii, phylogenetic analyses of 10 nuclear and mitochondrial genes contradict this hypothesis. We also report the first records of Phyllodactylus kofordi for Ecuador. © 2013 Society for the Study of Amphibians and Reptiles

Biodiversity of Aflatoxigenic Aspergillus section Flavi Species According to Food Matrices and Geographic Areas

International audienceAflatoxins (AFs) are polyketide-derived metabolites produced by fungi on a wide range of crops (cereals, oilseeds, tree nuts, spices, dried fruits, etc.), both in the field and the post-harvest. As chemical stable molecules, resistant to conventional thermal or technological processes, they will pass through the whole food or feed supply chain to the final processed products. There are more than 20 known AFs and derivatives, yet the most hazardous AFs include the four naturally-occurring AFB1, AFB2, AFG1 and AFG2, and the hydroxylated metabolites of AFB1 and AFB2, and AFM1 and AFM2, which are produced through biotransformation in the liver and excreted in the milk of humans and mammals. AFs are known for their high acute and chronic toxicity to both humans and animals, and are considered among the most dangerous mycotoxins with carcinogenic, hepatotoxic, immunotoxic, teratogenic and mutagenic effects. AFB1 is the most prevalent and toxic aflatoxin, and is classified as a Group 1 human carcinogens. The intake of high amounts of AFs can cause acute intoxication (aflatoxicosis) associated with jaundice, vomiting, hemorrhages, abdominal pain, acute liver failure, problems with absorption of nutrients, and can be lethal. Reported outbreaks in western India (1974) and in Kenya (2004) caused the death of 106 and 125 people, respectively. Chronic exposure to low levels of AFs is associated with high risk of hepatocellular carcinoma (HCC), immunosuppression, teratogenic and mutagenic effects, reduction of nutrient absorption, child stunting, detrimental effects in the endocrinal system, and liver failure. More than five billion people worldwide are at risk of chronic exposure to AFs through contaminated foods. Humans’ exposure to AFs mainly occurs by direct intake of contaminated foods of vegetal or animal origin. Hence, the presence of AFs in foodstuff and feedstuff is a public health issue associated with detrimental effects in economy. In addition, commodities are generally contaminated by several mycotoxins, and this co-occurrence may result in a greater toxicity to humans caused by the possible additive or synergistic effects of these compounds. The main aflatoxin-producing fungi belong to Aspergillus section Flavi of the Circumdati subgenus, and only five AF producers do not belong to this section, A. ochraceoroseus, A. rambellii (A. section Ochraceorosei), A. astellatus, A. olivicola, and A. venezuelensis (A. section Nidulantes). The aim of the present chapter is to describe the characteristics of the aflatoxigenic Aspergillus section Flavi species isolated from food or feed, and to address the biodiversity according to food matrices and geographic areas