Tree leaves extraction in natural images: Comparative study of pre-processing tools and segmentation methods

International audienceIn this paper, we propose a comparative study of various segmentation methods applied to the extraction of tree leaves from natural images. This study follows the design of a mobile application, developed by Cerutti et al. (published in ReVeS Participation-Tree Species Classification Using Random Forests and Botanical Features. CLEF 2012), to highlight the impact of the choices made for segmentation aspects. All the tests are based on a database of 232 images of tree leaves depicted on natural background from smartphones acquisitions. We also propose to study the improvements, in terms of performance, by using pre-processing tools such as the interaction between the user and the application through an input stroke, as well as the use of color distance maps. The results presented in this paper shows that the method developed by Cerutti et al. (denoted Guided Active Contour), obtains the best score for almost all observation criteria. Finally we detail our online benchmark composed of 14 unsupervised methods and 6 supervised ones

Analyse des transcriptomes du cerveau de souris : mise en évidence de patrons régionaux d'expression conservés chez l'homme et altérés dans des modèles de maladies neurodégénératives

In order to get a better understanding of brain complexity at a molecular level, we explored the mouse brain transcriptome using the Serial Analysis of Gene Expression method. SAGE libraries were generated from 11 mouse brain territories, including six cortical regions, as well as the striatum, the nucleus accumbens, the thalamus, the substantia nigra, and the ventral tegmental area. The entire project delivered 1.2 million SAGE tags, allowing the detection of rare mRNAs. Comparison of all transcriptomes revealed 308 transcripts differentially expressed, a number of which have no documented function. We further analyzed the expression profiles by real-time RT-PCR or in situ hybridization (ISH). Since the brain is a heterogeneous organ, it was important to determine the cell types that are expressing the novel markers. A combination of in situ hybridization with immunohistochemistry showed the expression of 3 midbrain-enriched mRNAs in dopaminergic neurons. We tested whether mouse markers could be expressed in homologous regions in the human brain. There was a good overall conservation of expression patterns in both species. To evaluate the possibility that genes predominantly expressed in a given brain structure may indeed be relevant to its function, we studied pathophysiological conditions that target specific neuronal populations. Using quantitative RT-PCR, we so far measured the abundance of striatum- or cortex-enriched transcripts in the mouse R6/2 genetic model of Huntington's disease. Likewise, we showed the regulation of transcripts enriched in the striatum or substantia nigra in pharmacological rodent models of Parkinson's disease, in which the nigro-striatal dopaminergic pathway is disrupted.L'analyse à grande échelle de l'expression des gènes dans le cerveau est une approche puissante et relativement nouvelle, susceptible d'identifier des gènes candidats pour l'analyse des fonctions cérébrales. Nous avons utilisé la méthode Serial Analysis of Gene Expression pour établir un profil d'expression quantitatif de 11 régions du cerveau de souris, dont plusieurs régions corticales, le noyau accumbens, le striatum, le thalamus, la substance noire et l'aire tegmentale ventrale. Plus d'un million d'étiquettes SAGE ont été générées, permettant la détection de transcrits peu abondants. La comparaison des banques SAGE a mis en évidence 308 gènes différentiellement exprimés dans le cerveau de souris, dont la majorité n'a pas de fonction connue. Ces données ont été validées par la RT-PCR quantitative ou l'hybridation in situ (HIS). Le cerveau étant un organe de composition hétérogène, nous avons utilisé une technique combinant l'HIS et l'immunohistochimie afin d'étudier la distribution cellulaire des ARNm de trois marqueurs mésencéphaliques. Nous avons également entrepris d'étendre à l'homme les analyses d'expression réalisées chez la souris. Nos données montrent que les patterns d'expression génique entre des régions comparables du cerveau humain et du cerveau murin sont généralement conservés. Par ailleurs, nous nous sommes interrogés sur la régulation des gènes différentiellement exprimés dans un contexte physiopathologique affectant des régions cérébrales spécifiques. Ainsi, nous avons montré la régulation de plusieurs marqueurs striataux, corticaux et mésencéphaliques dans des modèles murins des maladies de Huntington et Parkinson

Analyse des transcriptomes du cerveau de souris (Mise en évidence de patrons régionaux d expression conservés chez l homme et altérés dans des modèles de maladies neurodégénératives)

L analyse à grande échelle de l expression des gènes dans le cerveau est une approche puissante et relativement nouvelle, susceptible d identifier des gènes candidats pour l analyse des fonctions cérébrales. Nous avons utilisé la méthode Serial Analysis of Gene Expression pour établir un profil d expression quantitatif de 11 régions du cerveau de souris, dont plusieurs régions corticales, le noyau accumbens, le striatum, le thalamus, la substance noire et l aire tegmentale ventrale. Plus d un million d étiquettes SAGE ont été générées, permettant la détection de transcrits peu abondants. La comparaison des banques SAGE a mis en évidence 308 gènes différentiellement exprimés dans le cerveau de souris, dont la majorité n a pas de fonction connue. Ces données ont été validées par la RT-PCR quantitative ou l hybridation in situ (HIS). Le cerveau étant un organe de composition hétérogène, nous avons utilisé une technique combinant l HIS et l immunohistochimie afin d étudier la distribution cellulaire des ARNm de trois marqueurs mésencéphaliques. Nous avons également entrepris d étendre à l homme les analyses d expression réalisées chez la souris. Nos données montrent que les patterns d expression génique entre des régions comparables du cerveau humain et du cerveau murin sont généralement conservés. Par ailleurs, nous nous sommes interrogés sur la régulation des gènes différentiellement exprimés dans un contexte physiopathologique affectant des régions cérébrales spécifiques. Ainsi, nous avons montré la régulation de plusieurs marqueurs striataux, corticaux et mésencéphaliques dans des modèles murins des maladies de Huntington et ParkinsonIn order to get a better understanding of brain complexity at a molecular level, we explored the mouse brain transcriptome using the Serial Analysis of Gene Expression method. SAGE libraries were generated from 11 mouse brain territories, including six cortical regions, striatum, accumbens nucleus, thalamus, substantia nigra and ventral tegmental area. The entire project delivered 1.2 million SAGE tags, allowing the detection of rare mRNAs. Comparison of all transcriptomes revealed 308 transcripts differentially expressed, a number of which have no documented function. We further analyzed the expression profiles by real-time RT-PCR or in situ hybridization (ISH). Since the brain is a heterogeneous organ, it was important to determine the cell types that are expressing the novel markers. A combination of in situ hybridization with immunohistochemistry showed the expression of 3 midbrain-enriched mRNAs in dopaminergic neurons. We tested whether mouse markers could be human markers. There was a good overall conservation of expression patterns in both species. To evaluate the assumption that genes predominantly expressed in a given brain structure may indeed be relevant to its function, we chose pathophysiological conditions that target specific neuron populations. Using quantitative RT-PCR, we so far measured the abundance of striatum- or cortex-enriched transcripts in the mouse R6/2 genetic model of Huntington s disease. Likewise, we showed the regulation of transcripts enriched in the striatum or substantia nigra in pharmacological rodent models of Parkinson s disease, in which the nigro-striatal dopaminergic pathway has been lesionedORSAY-PARIS 11-BU Sciences (914712101) / SudocSudocFranceF

Desert kites et constructions apparentées : découvertes récentes et mise à jour de l’extension géographique

International audienceFor the past ten years the free online availability of high-resolution satellite images has led to the discovery of numerous “desert kites” or very large stone constructions dotting the desert margins of the Fertile Crescent. Their number and the extent of their geographic distribution suggest a phenomenon whose scope has been hitherto underestimated. We also have a better understanding of their morphological diversity, which is expressed in a regionalised manner. The aim of this article is to show the state of the art of desert kite research. The question of the cultural dissemination process of kite construction and use—and other potentially related constructions—is discussed by relating the remote sensing data to the knowledge resulting from fieldwork, where significant progress was made in recent years in issues concerning dating and functions.Depuis une dizaine d’années, la mise en ligne libre des images satellitaires à haute résolution a permis la découverte de très nombreux desert kites, constructions en pierre de très grande taille qui jalonnent les marges désertiques du Croissant fertile. Leur nombre et l’étendue de leur répartition géographique laissent soupçonner un phénomène dont la portée était jusqu’à présent sous-estimée. On connaît par ailleurs beaucoup mieux leur diversité morphologique qui se manifeste de façon régionalisée. Cet article a pour objectif de faire un bilan de ces nouvelles connaissances. La question d’un processus de diffusion culturelle de la construction et de l’usage des kites – et d’autres constructions qui peuvent éventuellement leur être apparentées – est discutée en mettant en relation les données spatiales acquises à distance et la connaissance issue des travaux de terrain qui ont permis, ces dernières années, des avancées significatives sur les questions d’âges et de fonctions

Desert kites et constructions apparentées : découvertes récentes et mise à jour de l’extension géographique

International audienceFor the past ten years the free online availability of high-resolution satellite images has led to the discovery of numerous “desert kites” or very large stone constructions dotting the desert margins of the Fertile Crescent. Their number and the extent of their geographic distribution suggest a phenomenon whose scope has been hitherto underestimated. We also have a better understanding of their morphological diversity, which is expressed in a regionalised manner. The aim of this article is to show the state of the art of desert kite research. The question of the cultural dissemination process of kite construction and use—and other potentially related constructions—is discussed by relating the remote sensing data to the knowledge resulting from fieldwork, where significant progress was made in recent years in issues concerning dating and functions.Depuis une dizaine d’années, la mise en ligne libre des images satellitaires à haute résolution a permis la découverte de très nombreux desert kites, constructions en pierre de très grande taille qui jalonnent les marges désertiques du Croissant fertile. Leur nombre et l’étendue de leur répartition géographique laissent soupçonner un phénomène dont la portée était jusqu’à présent sous-estimée. On connaît par ailleurs beaucoup mieux leur diversité morphologique qui se manifeste de façon régionalisée. Cet article a pour objectif de faire un bilan de ces nouvelles connaissances. La question d’un processus de diffusion culturelle de la construction et de l’usage des kites – et d’autres constructions qui peuvent éventuellement leur être apparentées – est discutée en mettant en relation les données spatiales acquises à distance et la connaissance issue des travaux de terrain qui ont permis, ces dernières années, des avancées significatives sur les questions d’âges et de fonctions

Desert kites et constructions apparentées : découvertes récentes et mise à jour de l’extension géographique

International audienceFor the past ten years the free online availability of high-resolution satellite images has led to the discovery of numerous “desert kites” or very large stone constructions dotting the desert margins of the Fertile Crescent. Their number and the extent of their geographic distribution suggest a phenomenon whose scope has been hitherto underestimated. We also have a better understanding of their morphological diversity, which is expressed in a regionalised manner. The aim of this article is to show the state of the art of desert kite research. The question of the cultural dissemination process of kite construction and use—and other potentially related constructions—is discussed by relating the remote sensing data to the knowledge resulting from fieldwork, where significant progress was made in recent years in issues concerning dating and functions.Depuis une dizaine d’années, la mise en ligne libre des images satellitaires à haute résolution a permis la découverte de très nombreux desert kites, constructions en pierre de très grande taille qui jalonnent les marges désertiques du Croissant fertile. Leur nombre et l’étendue de leur répartition géographique laissent soupçonner un phénomène dont la portée était jusqu’à présent sous-estimée. On connaît par ailleurs beaucoup mieux leur diversité morphologique qui se manifeste de façon régionalisée. Cet article a pour objectif de faire un bilan de ces nouvelles connaissances. La question d’un processus de diffusion culturelle de la construction et de l’usage des kites – et d’autres constructions qui peuvent éventuellement leur être apparentées – est discutée en mettant en relation les données spatiales acquises à distance et la connaissance issue des travaux de terrain qui ont permis, ces dernières années, des avancées significatives sur les questions d’âges et de fonctions

Immunosuppressive low-density neutrophils in the blood of cancer patients display a mature phenotype

The presence of human neutrophils in the tumor microenvironment is strongly correlated to poor overall survival. Most previous studies have focused on the immunosuppressive capacities of low-density neutrophils (LDN), also referred to as granulocytic myeloid-derived suppressor cells, which are elevated in number in the blood of many cancer patients. We observed two types of LDN in the blood of lung cancer and ovarian carcinoma patients: CD45high LDN, which suppressed T-cell proliferation and displayed mature morphology, and CD45low LDN, which were immature and non-suppressive. We simultaneously evaluated the classical normal-density neutrophils (NDN) and, when available, tumor-associated neutrophils. We observed that NDN from cancer patients suppressed T-cell proliferation, and NDN from healthy donors did not, despite few transcriptomic differences. Hence, the immunosuppression mediated by neutrophils in the blood of cancer patients is not dependent on the cells’ density but rather on their maturity

Thiol-Based Potent and Selective HDAC6 Inhibitors Promote Tubulin Acetylation and T‑Regulatory Cell Suppressive Function

Several new mercaptoacetamides were synthesized and studied as HDAC6 inhibitors. One compound, <b>2b</b>, bearing an aminoquinoline cap group, was found to show 1.3 nM potency at HDAC6, with >3000-fold selectivity over HDAC1. <b>2b</b> also showed excellent efficacy at increasing tubulin acetylation in rat primary cortical cultures, inducing a 10-fold increase in acetylated tubulin at 1 μM. To assess possible therapeutic effects, compounds were assayed for their ability to increase T-regulatory (Treg) suppressive function. Some but not all of the compounds increased Treg function, and thereby decreased conventional T cell activation and proliferation <i>in vitro</i>