Coexpression analysis of large cancer datasets provides insight into the cellular phenotypes of the tumour microenvironment

Background: Biopsies taken from individual tumours exhibit extensive differences in their cellular composition due to the inherent heterogeneity of cancers and vagaries of sample collection. As a result genes expressed in specific cell types, or associated with certain biological processes are detected at widely variable levels across samples in transcriptomic analyses. This heterogeneity also means that the level of expression of genes expressed specifically in a given cell type or process, will vary in line with the number of those cells within samples or activity of the pathway, and will therefore be correlated in their expression.Results: Using a novel 3D network-based approach we have analysed six large human cancer microarray datasets derived from more than 1,000 individuals. Based upon this analysis, and without needing to isolate the individual cells, we have defined a broad spectrum of cell-type and pathway-specific gene signatures present in cancer expression data which were also found to be largely conserved in a number of independent datasets.Conclusions: The conserved signature of the tumour-associated macrophage is shown to be largely-independent of tumour cell type. All stromal cell signatures have some degree of correlation with each other, since they must all be inversely correlated with the tumour component. However, viewed in the context of established tumours, the interactions between stromal components appear to be multifactorial given the level of one component e.g. vasculature, does not correlate tightly with another, such as the macrophage

An evaluation of enteral nutrition practices and nutritional provision in children during the entire length of stay in critical care

<b>Background</b> Provision of optimal nutrition in children in critical care is often challenging. This study evaluated exclusive enteral nutrition (EN) provision practices and explored predictors of energy intake and delay of EN advancement in critically ill children.<p></p> <b>Methods</b> Data on intake and EN practices were collected on a daily basis and compared against predefined targets and dietary reference values in a paediatric intensive care unit. Factors associated with intake and advancement of EN were explored.<p></p> <b>Results</b> Data were collected from 130 patients and 887 nutritional support days (NSDs). Delay to initiate EN was longer in patients from both the General Surgical and congenital heart defect (CHD) Surgical groups [Median (IQR); CHD Surgical group: 20.3 (16.4) vs General Surgical group: 11.4 (53.5) vs Medical group: 6.5 (10.9) hours; p <= 0.001]. Daily fasting time per patient was significantly longer in patients from the General Surgical and CHD Surgical groups than those from the Medical group [% of 24 h, Median (IQR); CHD Surgical group: 24.0 (29.2) vs General Surgical group: 41.7 (66.7) vs Medical group: 9.4 (21.9); p <= 0.001]. A lower proportion of fluids was delivered as EN per patient (45% vs 73%) or per NSD (56% vs 73%) in those from the CHD Surgical group compared with those with medical conditions. Protein and energy requirements were achieved in 38% and 33% of the NSDs. In a substantial proportion of NSDs, minimum micronutrient recommendations were not met particularly in those patients from the CHD Surgical group. A higher delivery of fluid requirements (p < 0.05) and a greater proportion of these delivered as EN (p < 0.001) were associated with median energy intake during stay and delay of EN advancement. Fasting (31%), fluid restriction (39%) for clinical reasons, procedures requiring feed cessation and establishing EN (22%) were the most common reasons why target energy requirements were not met.<p></p> <b>Conclusions</b> Provision of optimal EN support remains challenging and varies during hospitalisation and among patients. Delivery of EN should be prioritized over other "non-nutritional" fluids whenever this is possible.<p></p&gt

Rates of referable eye disease in the Scottish National Diabetic Retinopathy Screening Programme

Published by the BMJ Publishing Group Limited. For permission to use (where not already granted under a licence) please go to http://group.bmj.com/group/rights-licensing/permissions.Peer reviewedPublisher PD

Genetic Diversity of PCR-Positive, Culture-Negative and Culture-Positive Mycobacterium ulcerans Isolated from Buruli Ulcer Patients in Ghana.

Culture of Mycobacterium ulcerans from Buruli ulcer patients has very low sensitivity. Thus confirmation of M. ulcerans infection is primarily based on PCR directed against IS2404. In this study we compare the genotypes obtained by variable number of tandem repeat analysis of DNA from IS2404-PCR positive cultures with that obtained from IS2404 positive, culture-negative tissue. A significantly greater genetic heterogeneity was found among culture-negative samples compared with that found in cultured strains but a single genotype is over-represented in both sample sets. This study provides evidence that both the focal location of bacteria in a lesion as well as differences in the ability to culture a particular genotype may underlie the low sensitivity of culture. Though preliminary, data from this work also suggests that mycobacteria previously associated with fish disease (M. pseudoshottsii) may be pathogenic for humans

Metabolic and nutritional support of critically ill patients: consensus and controversies.

The results of recent large-scale clinical trials have led us to review our understanding of the metabolic response to stress and the most appropriate means of managing nutrition in critically ill patients. This review presents an update in this field, identifying and discussing a number of areas for which consensus has been reached and others where controversy remains and presenting areas for future research. We discuss optimal calorie and protein intake, the incidence and management of re-feeding syndrome, the role of gastric residual volume monitoring, the place of supplemental parenteral nutrition when enteral feeding is deemed insufficient, the role of indirect calorimetry, and potential indications for several pharmaconutrients

Outcomes focused user involvement in social work education: applying knowledge to practice

This paper discusses an innovative approach connecting service user and carer involvement (SUCI) in social work education to social work practice. The research team, comprised service users, carers, social work students and module leader, worked collaboratively democratising the research process. At the University of Dundee, a core social work module facilitates students to spend 15 h with a service user and/or carer (host) gaining a unique insight into their everyday lives. During this time, hosts and students discuss two policy practice questions, responses to these questions are generating annual qualitative data, with study findings being disseminated at local and national level. The experiential learning students acquire from spending time with their host becomes the site of knowledge creation through involvement that is applied to practice. This paper reports on the narratives emerging from the longitudinal data (2012–2015, n = 90) on the changing landscape of social care in Scotland and the dissemination of project findings. We explore the intersection where the voices of service users and carers, student learning and social work practice coalesce. A model of outcomes focused SUCI is introduced as a template for meaningful, sustainable and outcomes-focused SUCI in social work education.<br/

Haploinsufficiency for Translation Elongation Factor eEF1A2 in Aged Mouse Muscle and Neurons Is Compatible with Normal Function

Translation elongation factor isoform eEF1A2 is expressed in muscle and neurons. Deletion of eEF1A2 in mice gives rise to the neurodegenerative phenotype "wasted" (wst). Mice homozygous for the wasted mutation die of muscle wasting and neurodegeneration at four weeks post-natal. Although the mutation is said to be recessive, aged heterozygous mice have never been examined in detail; a number of other mouse models of motor neuron degeneration have recently been shown to have similar, albeit less severe, phenotypic abnormalities in the heterozygous state. We therefore examined the effects of ageing on a cohort of heterozygous +/wst mice and control mice, in order to establish whether a presumed 50% reduction in eEF1A2 expression was compatible with normal function. We evaluated the grip strength assay as a way of distinguishing between wasted and wild-type mice at 3-4 weeks, and then performed the same assay in older +/wst and wild-type mice. We also used rotarod performance and immunohistochemistry of spinal cord sections to evaluate the phenotype of aged heterozygous mice. Heterozygous mutant mice showed no deficit in neuromuscular function or signs of spinal cord pathology, in spite of the low levels of eEF1A2

Effect of a Fatty Acid Additive on the Kinetic Friction and Stiction of Confined Liquid Lubricants

Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.Apresentamos neste texto parte das produções de pesquisa que acompanhou a construção de corpos inseridos num Centro de Atenção Psicossocial para Álcool e outras Drogas, em cidade do nordeste brasileiro, focando de modo mais acentuado em arranjos de masculinidades. Especial atenção é dada à tensão entre normalização de corpos e tentativas de (re)existências. A argumentação se desenvolve no campo da saúde pública, em particular o da saúde mental, e alicerçada nos estudos de gênero e sexualidade. A produção de dados se valeu de observações registradas em diário de campo, acompanhamento itinerante, composição de um coletivo de pesquisa, entrevistas, grupos focais em que, dentre outras coisas, se discutia trechos de diários de campo, rodas de conversa e oficinas com profissionais e usuári*s. A aposta metodológica foi a de forjar um modo de narrar coletivo que agenciasse experimentação e desaprendizagens corporais, junto a modos de produzir cuidado em saúde e de fazer pesquisa.The paper presents part of the research productions that accompanied the construction of bodies inserted in a Psychosocial Care Center for Alcohol and Other Drugs (CAPS-AD) of a city in the northern region of Brasil, focusing more sharply on masculinities arrangements. Special attention is given to the tension between normalized bodies and attempts at resistance and (re) exist. The argument is in the field of public health, particularly mental health, and rooted in gender and sexuality studies. The data production methodology made use of observations recorded in a diary, itinerant follow-up of a collective of research, interviews, focus groups where, among other things, was discussed diary topics, conversation circles and workshops. The attempt was to produce a way of collective narrating strategy, combining up experience and body (un)learn well as ways of producing health care and doing research