AluY-mediated germline deletion, duplication and somatic stem cell reversion in <i>UBE2T</i> defines a new subtype of Fanconi anemia

Fanconi anemia (FA) is a rare inherited disorder clinically characterized by congenital malformations, progressive bone marrow failure and cancer susceptibility. At the cellular level, FA is associated with hypersensitivity to DNA-crosslinking genotoxins. Eight of 17 known FA genes assemble the FA E3 ligase complex, which catalyzes monoubiquitination of FANCD2 and is essential for replicative DNA crosslink repair. Here, we identify the first FA patient with biallelic germline mutations in the ubiquitin E2 conjugase UBE2T. Both mutations were aluY-mediated: a paternal deletion and maternal duplication of exons 2-6. These loss-of-function mutations in UBE2T induced a cellular phenotype similar to biallelic defects in early FA genes with the absence of FANCD2 monoubiquitination. The maternal duplication produced a mutant mRNA that could encode a functional protein but was degraded by nonsense-mediated mRNA decay. In the patient's hematopoietic stem cells, the maternal allele with the duplication of exons 2-6 spontaneously reverted to a wild-type allele by monoallelic recombination at the duplicated aluY repeat, thereby preventing bone marrow failure. Analysis of germline DNA of 814 normal individuals and 850 breast cancer patients for deletion or duplication of UBE2T exons 2-6 identified the deletion in only two controls, suggesting aluY-mediated recombinations within the UBE2T locus are rare and not associated with an increased breast cancer risk. Finally, a loss-of-function germline mutation in UBE2T was detected in a high-risk breast cancer patient with wild-type BRCA1/2. Cumulatively, we identified UBE2T as a bona fide FA gene (FANCT) that also may be a rare cancer susceptibility gene.</p

Democratizing Expertise in Theory and Practice: : Exploring Knowledge Gaps and New Research Ideas

This CSPR briefing report is a summary of an international workshop hosted by the Centre for Climate Science and Policy Research and Department of Thematic Studies: Water and Environmental Studies, Linköping University in Norrköping on 21 November 2011. The workshop brought together some 20 scholars interested in the role of science in democratic societies. In the following report we present the analytical aim, setup and outcomes of the workshop. We also reflect upon promising ideas for future research that were discussed during the workshop deliberations. With this brief summary we would like to thank all participants for their thoughtful input to the workshop theme. While the report is intended to reflect the rich and vibrant debate that took place in the CSPR conference room this sunny November day, it is of course difficult to fully represent the diversity of views and perspectives presented by our workshop participants. Hence, any arguments  (and  mistakes)  forwarded  in  this  briefing  remain  those  of  the  authors. Finally,  we  would  also  like  to  acknowledge  the  workshop  support  provided by  the Centre for Climate Science and Policy Research and the Department of Thematic Studies: Water  and  Environmental  Studies.  By  positioning  our  research  environment  in  an ongoing scholarly debate and by identifying promising project ideas for spring 2012, we hope that time and money was well spent. Workshop aim The role of science in democratic societies has been widely debated in recent years. In an age of food scares such as the BSE crisis in the UK and environmental mega-risks such as nuclear disasters and anthropogenic climate change, scholars and practitioners alike have suggested that scientific experts need to test the validity of their knowledge claims outside the laboratory in order to gain public trust and legitimacy. The aim of this workshop  is  to  take  stock  of  this  scholarly  debate  by  discussing  its  theoretical foundations and practical implications. We use climate change as our main empirical case, although the debate extends well beyond this policy domain. What do calls for more  democratic  modes  of  climate  science  and  expertise  entail?  What  ideals  of democracy  do  they  rest  upon?  What  can  we  learn  from  practical  efforts  to  engage publics  and  stakeholders  in  the  making  and  interpretation  of  climate  science?  By bringing  together  scholars  at  the  intersection  of  science  and  technology  studies, environmental  studies  and  democratic  theory  the  workshop  sets  out  to  identify promising  ideas  for  future  research  that  may  advance  the  science  and  democracy research agenda

Verktygslåda för klimatanpassningsprocesser : Från sårbarhetsbedömning till sårbarhetshantering

För att möta utmaningarna med ett förändrat klimat är minskade utsläpp av växthusgaser och anpassning till klimatförändringens ofrånkomliga effekter olika sidor av samma mynt. Det är av största vikt att samhället gör sitt yttersta för att förhindra ytterligare uppvärmning av jordens atmosfär. Det är också nödvändigt att se de förändringar som redan inträffat och sannolikt kommer att inträffa innan de samlade åtgärderna för utsläppsminskning får full effekt. Klimatanpassning är därför ett nyckelperspektiv som motiveras av faktiska förändringar i vår omvärld och av krav på bl.a. kommuner att ta hänsyn till klimatförändringar. Kunskap om klimatförändringarnas effekter och hur dessa kan hanteras är definitivt inte bara viktigt för kommunala förvaltningar, utan också för andra myndigheter, olika samhällssektorer och branschorganisationer, privata organisationer och företag, samt för privatpersoner. Som stöd i detta arbete finns mängder av resurser i form av kvantitativa dataunderlag som t.ex. klimatmodelleringar, karteringar, GIS-verktyg, sofistikerade beräkningsverktyg och avancerade konsekvensmodeller. Även lagkrav som t.ex. Plan- och bygglagen (PBL) och olika aktörers erfarenheter av händelser som krävt akuta och mera långsiktiga åtgärder, t.ex. översvämningar, utgör också en form av stöd. Däremot saknas ett strukturerat angreppssätt för hur man kan organisera en klimatanpassningsprocess som integrerar olika typer av kunskap och perspektiv och har förmåga att sortera i informationsmängderna och prioritera de viktigaste frågorna. Denna handbok syftar till att fylla detta tomrum genom att tillgängliggöra resultat från de senaste årens forskning kring integrerade sårbarhetsbedömningar och anpassningsprocesser. Vår ambition är att detta ska vara en självinstruerande, användarvänlig och relativt enkel handbok för, i första hand, kommuner men även andra organisationer som ser ett behov av ett strukturerat angreppssätt för att möta klimatförändringarna. Verktygslådans grundidé är att en grupp representanter från olika förvaltningar och ansvarsområden träffas i en serie möten (förslagsvis fyra möten à ca. tre timmar) för att med hjälp av verktygen diskutera och sammanställa den kunskap som finns utspridd inom kommuner och identifiera områden där det behövs mera information. Vi anser att det är mycket viktigt att anpassningsarbetet är förankrat bland flera typer av relevanta aktörer som kan bidra med olika perspektiv och erfarenheter. Detta är nödvändigt för att förstå den mångfald av faktorer och komplexitet som bidrar till att sårbara situationer kan uppstå. Ett holistiskt synsätt är också en förutsättning för att identifiera åtgärder som bör prioriteras för att hållbara anpassningsstrategier ska kunna implementeras. Fokus i verktygslådan ligger därför på att skapa en arbetsprocess som systematiskt identifierar viktiga faktorer, tillgängliga handlingsalternativ och möjliga ansvariga aktörer. Detta lägger i sin tur grunden för en övergripande anpassningsstrategi med goda chanser för genomförande av nödvändiga åtgärder. Processen bör således omfatta en arbetsgrupp med representanter för både ”hårda” och ”mjuka” förvaltningar som träffas regelbundet under en begränsad tidsperiod och utifrån sina skilda perspektiv sammanställer en bild av kommunens sårbarhet. Tillsammans skapar processledaren och deltagarna ett fruktbart samtal med hela kommunens bästa i fokus, på kort och lång sikt

How do the geological and geophysical signatures of permeable fractures in granitic basement evolve after long periods of natural circulation? Insights from the Rittershoffen geothermal wells (France)

Abstract Two deep wells were drilled at Rittershoffen (Alsace, France) to produce high-temperature fluids to supply heat to a biorefinery. The GRT-2 production well was drilled to a depth of 3196 m MD and was deviated to target a permeable local fault in the granitic basement buried beneath a thick sedimentary cover. The objective of this study is to better understand the permeability of fractured reservoirs within crystalline rocks, focusing on the production well GRT-2. Based on a petrographic and mineralogical analysis of cutting samples, several granitic facies associated with hydrothermal alteration were identified on the basis of the amounts of illite, chlorite, anhydrite, secondary geodic quartz, and oxides. These observations were correlated with various geological and geophysical datasets (gamma ray, porosity, density, electrical resistivity, caliper, borehole image logs, temperature, rate of penetration, and mud losses) to localize and identify permeable fracture zones. In sections where acoustic image logs were not available, such as in the deepest part of the well, the geometries of the fracture zones were interpreted from an oriented caliper log. The caliper log interpretation detected one-third of the fractures detected by acoustic image logs. However, two major fracture sets striking N–S and dipping eastward or westward were observed. Furthermore, a synthetic resistivity log that fits the measured resistivity log relatively well was built using the Archie and Waxman and Smits models. This approach is a proxy for estimating the porosity and the mineralogical changes based on the cation exchange capacity, which is controlled by the chlorite/illite ratio, derived from electrical logs in granitic formations. The correlation of all these results allowed the identification of a resistivity signature of a permeable fracture zone that spatially fits with the temperature signature. The major contribution of this study is the identification of a hierarchy of permeable fractures based on petrophysical signatures. The geophysical signature of fracture zones with low residual permeability exhibits a broad depth extent, whereas the geophysical signature of a highly permeable fracture zone is more localized. Past hydrothermal circulation has enlarged the altered and porous zones around open fractures, and in some cases, intense illitization has plugged these fracture zones and reduced their permeabilities

Svensk forskning om klimatanpassning inom styrning och planering

Sedan klimat- och sårbarhetsutredningen presenterade sitt betänkande år 2007 har omfattande samhällsvetenskapliga forskningsinsatser riktats mot hur offentliga aktörer och myndigheter styr, planerar och arbetar med klimatanpassning och klimatomställning. Analytisk kompetens inom flera för klimatanpassning centrala områden har byggts upp vid ett flertal lärosäten och inom flera sektorsmyndigheter. Det   är   alltför  tidskrävande  att   göra   en   heltäckande  och   rättvisande  bild   av   dessa forskningsaktiviteter, men denna inlaga från Centrum för klimatpolitisk forskning, CSPR, vid Linköpings universitet i samarbete med Lunds universitets centrum för studier av uthållig samhällsutveckling, LUCSUS, gör valda nedslag inom tre huvudområden i vilka kunskapen ökats genom svensk anpassningsforskning. De tre huvudområdena för kunskapsökning är: Klimatanpassning  på  offentliga  aktörers  agenda,  Verktyg  för  att  stimulera  och  stödja klimatanpassning och Klimatanpassning och stadsplanering. Det är vår förhoppning att detta ger en tillräckligt god bild av hur kunskapsläget ökar snabbt och att vi ser tecken på att ökningstakten tilltar. Vi vill också på förhand be om ursäkt för de texter och den forskning som vi på grund av begränsade resurser inte fick med i vår framställning