Draft genome sequence of Lactobacillus helveticus ATCC 12046

Lactobacillus helveticus is a lactic acid bacterium used traditionally in the dairy industry, especially in the manufacture of cheeses. We present here the 2,141,841-bp draft genome sequence of L. helveticus strain ATCC 12046, a potential starter strain for improving cheese production.Fil: Ruzal, Sandra Mónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Palomino, Maria Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Fina Martin, Joaquina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Centro de Formación e Investigación en Enseñanza de las Ciencias; Argentin

Draft Genome Sequence of the Polyextremophilic Halorubrum sp. Strain AJ67, Isolated from Hyperarsenic Lakes in the Argentinian Puna

Halorubrum sp. AJ67, an extreme halophilic, UV resistant archae that was isolated from Laguna Antofalla in the Argentinean Puna. The draft genome sequence suggests potent enzyme candidates that are essential to survive in multiple environmental extreme conditions, as high UV radiation, elevated salinity and the presence of critical arsenic concentration.Fil: Burguener, Germán Federico. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo. Plataforma de Bioinformática Argentina; ArgentinaFil: Maldonado, Marcos Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Planta Piloto de Procesos Industriales Microbiológicos (i); Argentina. Universidad Nacional de Jujuy. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Revale, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo. Plataforma de Bioinformática Argentina; ArgentinaFil: Rascovan, Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular; Argentina. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Vazquez, Martin Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular; Argentina. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo. Plataforma de Bioinformática Argentina; ArgentinaFil: Farias, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Tucumán. Planta Piloto de Procesos Industriales Microbiológicos (i); ArgentinaFil: Marti, Marcelo Adrian. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo. Plataforma de Bioinformática Argentina; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Turjanski, Adrian. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo. Plataforma de Bioinformática Argentina; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentin

Dosage differences in 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE genes modulate wheat root growth

Wheat, an essential crop for global food security, is well adapted to a wide variety of soils. However, the gene networks shaping different root architectures remain poorly understood. We report here that dosage differences in a cluster of monocot-specific 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE genes from subfamily III (OPRIII) modulate key differences in wheat root architecture, which are associated with grain yield under water-limited conditions. Wheat plants with loss-of-function mutations in OPRIII show longer seminal roots, whereas increased OPRIII dosage or transgenic over-expression result in reduced seminal root growth, precocious development of lateral roots and increased jasmonic acid (JA and JA-Ile). Pharmacological inhibition of JA-biosynthesis abolishes root length differences, consistent with a JA-mediated mechanism. Transcriptome analyses of transgenic and wild-type lines show significant enriched JA-biosynthetic and reactive oxygen species (ROS) pathways, which parallel changes in ROS distribution. OPRIII genes provide a useful entry point to engineer root architecture in wheat and other cereals.Fil: Gabay, Gilad. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Wang, Hanchao. University of California at Davis; Estados Unidos. University Of Haifa; IsraelFil: Zhang, Junli. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Moriconi, Jorge Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Burguener, Germán Federico. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Gualano, Leonardo David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Howell, Tyson. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Lukaszewski, Adam. University of California; Estados UnidosFil: Staskawicz, Brian. University of California; Estados UnidosFil: Cho, Myeong-Je. University of California; Estados UnidosFil: Tanaka, Jaclyn. University of California; Estados UnidosFil: Fahima, Tzion. University Of Haifa; IsraelFil: Ke, Haiyan. University of California; Estados UnidosFil: Dehesh, Katayoon. University of California; Estados UnidosFil: Zhang, Guo-Liang. Fudan University; ChinaFil: Gou, Jin Ying. Beijing Key Laboratory Of Crop Genetic Improvement; China. Fudan University; ChinaFil: Hamberg, Mats. Karolinska Huddinge Hospital. Karolinska Institutet; SueciaFil: Santa Maria, Guillermo Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Dubcovsky, Jorge. University of California at Davis; Estados Unidos. Howard Hughes Medical Institute; Estados Unido

Dosage differences in 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE genes modulate wheat root growth

Wheat, an essential crop for global food security, is well adapted to a wide variety of soils. However, the gene networks shaping different root architectures remain poorly understood. We report here that dosage differences in a cluster of monocot-specific 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE genes from subfamily III (OPRIII) modulate key differences in wheat root architecture, which are associated with grain yield under water-limited conditions. Wheat plants with loss-of-function mutations in OPRIII show longer seminal roots, whereas increased OPRIII dosage or transgenic over-expression result in reduced seminal root growth, precocious development of lateral roots and increased jasmonic acid (JA and JA-Ile). Pharmacological inhibition of JA-biosynthesis abolishes root length differences, consistent with a JA-mediated mechanism. Transcriptome analyses of transgenic and wild-type lines show significant enriched JA-biosynthetic and reactive oxygen species (ROS) pathways, which parallel changes in ROS distribution. OPRIII genes provide a useful entry point to engineer root architecture in wheat and other cereals.Fil: Gabay, Gilad. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Wang, Hanchao. University of California at Davis; Estados Unidos. University Of Haifa; IsraelFil: Zhang, Junli. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Moriconi, Jorge Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Burguener, Germán Federico. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Gualano, Leonardo David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Howell, Tyson. University of California at Davis; Estados UnidosFil: Lukaszewski, Adam. University of California; Estados UnidosFil: Staskawicz, Brian. University of California; Estados UnidosFil: Cho, Myeong-Je. University of California; Estados UnidosFil: Tanaka, Jaclyn. University of California; Estados UnidosFil: Fahima, Tzion. University Of Haifa; IsraelFil: Ke, Haiyan. University of California; Estados UnidosFil: Dehesh, Katayoon. University of California; Estados UnidosFil: Zhang, Guo-Liang. Fudan University; ChinaFil: Gou, Jin Ying. Beijing Key Laboratory Of Crop Genetic Improvement; China. Fudan University; ChinaFil: Hamberg, Mats. Karolinska Huddinge Hospital. Karolinska Institutet; SueciaFil: Santa Maria, Guillermo Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; ArgentinaFil: Dubcovsky, Jorge. University of California at Davis; Estados Unidos. Howard Hughes Medical Institute; Estados Unido

A second‐generation capture panel for cost‐effective sequencing of genome regulatory regions in wheat and relatives

International audienceAs genome resources for wheat (Triticum L.) expand at a rapid pace, it is important to update targeted sequencing tools to incorporate improved sequence assemblies and regions of previously unknown significance. Here, we developed an updated regulatory region enrichment capture for wheat and other Triticeaes pecies. The core target space includes sequences from 2-Kbp upstream of each gene predicted in theChinese Spring wheat genome (IWGSC RefSeq Annotation v1.0) and regions of open chromatin identified with an assay for transposase-accessible chromatin using sequencing from wheat leaf and root samples. To improve specificity, we aggressively filtered candidate repetitive sequences using a combination of nucleotide basic local alignment search tool (BLASTN) searches to the Triticeae Repetitive Sequence Database (TREP), identification of regions with read over-coverage from previous target enrichment experiments, and k-mer frequency analyses. The final design comprises 216.5 Mbp of predicted hybridization space in hexaploid wheat and showed increased specificity and coverage of targeted sequences relative to previous protocols. Test captures on hexaploid and tetraploid wheat and other diploid cereals show that the assay has broad potential utility for cost-effective promoter and open chromatin resequencing and general-purpose genotyping of various Triticeae species

La salud hecha un Chiquero: informe del impacto de la cría industrial de cerdos en la salud

En medio de esta crisis sociosanitaria, los reproductores seriales del extractivismo que nos ha traído hasta aquí, proponen como salida a la crisis económica generada por la pandemia de la cual son responsables, mayor profundización del modelo. La instalación de establecimientos de cría industrial de porcinos para China es insistir en el camino de la generación de pandemias y de aniquilación de la vida. Ante este panorama, la discusión de un nuevo ciclo de entrega de soberanía, remate de territorios y pérdida de salud por entrada de dólares destinados sólo a la usura financiera, resulta insignificante. El acuerdo con China es una carga completa del arma de la ruleta rusa. Es la Salud hecha un chiquero. Desde el Instituto de Salud Socioambiental FCM-UNR y el Centro de Investigaciones del Medio Ambiente FCE-UNLP, entendemos que la salud de las poblaciones humanas está inherentemente ligada a la de los ecosistemas de los que formamos parte. Como colectivos enmarcados en Universidades públicas, asumimos la responsabilidad de aportar al cuidado de nuestros ecosistemas, de imaginar y construir colectivamente herramientas que aporten a sostener, resignificar y fortalecer los tejidos sociales que hacen posible la Vida. El presente libro es una expresión de dicho compromiso, y está compuesto por una extensa revisión de fuentes bibliográficas desde un enfoque crítico de esta problemática. Esperamos que pueda servir de referencia para les funcionaries tomadores de decisiones, de herramienta en la lucha colectiva, y que acompañe y fortalezca la denuncia y acción de las organizaciones sociales en pos del derecho a una vida digna para todes. Esta es también nuestra forma de defender la Universidad pública.Fil: Verzeñassi, Damián. Universidad Nacional de Rosario, Argentin

Characterization and comparative analysis of the genome of Puccinia sorghi Schwein, the causal agent of maize common rust

Rust fungi are one of the most devastating pathogens of crop plants. The biotrophic fungus Puccinia sorghi Schwein (Ps) is responsible for maize common rust, an endemic disease of maize (Zea mays L.) in Argentina that causes significant yield losses in corn production. In spite of this, the Ps genomic sequence was not available. We used Illumina sequencing to rapidly produce the 99.6 Mb draft genome sequence of Ps race RO10H11247, derived from a single-uredinial isolate from infected maize leaves collected in the Argentine Corn Belt Region during 2010. High quality reads were obtained from 200 bp paired-end and 5000 bp mate-paired libraries and assembled in 15,722 scaffolds. A pipeline which combined an ab initio program with homology-based models and homology to in planta enriched ESTs from four cereal pathogenic fungus (the three sequenced wheat rusts and Ustilago maydis) was used to identify 21,087 putative coding sequences, of which 1599 might be part of the Ps RO10H11247 secretome. Among the 458 highly conserved protein families from the euKaryotic Orthologous Groups (KOG) that occur in a wide range of eukaryotic organisms, 97.5% have at least one member with high homology in the Ps assembly (TBlastN, E-value ⩽ e−10) covering more than 50% of the length of the KOG protein. Comparative studies with the three sequenced wheat rust fungus, and microsynteny analysis involving Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst, wheat stripe rust fungus), support the quality achieved. The results presented here show the effectiveness of the Illumina strategy for sequencing dikaryotic genomes of non-model organisms and provides reliable DNA sequence information for genomic studies, including pathogenic mechanisms of this maize fungus and molecular marker design.Instituto de GenéticaFil: Rochi, Lucía. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Dieguez, María José. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Burguener, Germán. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Darino, Martín Alejandro. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Pergolesi, Marí­a Fernanda. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Ingala, Lorena Romina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Cuyeu, Alba Romina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Turjanski, Adrián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Kreff, Enrique D. Pioneer Hi-Bred International; ArgentinaFil: Sacco, Francisco. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; Argentin

Target-Pathogen: A structural bioinformatic approach to prioritize drug targets in pathogens

Available genomic data for pathogens has created new opportunities for drug discovery and development to fight them, including new resistant and multiresistant strains. In particular structural data must be integrated with both, gene information and experimental results. In this sense, there is a lack of an online resource that allows genome wide-based data consolidation from diverse sources together with thorough bioinformatic analysis that allows easy filtering and scoring for fast target selection for drug discovery. Here, we present Target-Pathogen database (http://target.sbg.qb.fcen.uba.ar/patho), designed and developed as an online resource that allows the integration and weighting of protein information such as: Function, metabolic role, off-targeting, structural properties including druggability, essentiality and omic experiments, to facilitate the identification and prioritization of candidate drug targets in pathogens. We include in the database 10 genomes of some of the most relevant microorganisms for human health (Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Klebsiella pneumoniae, Plasmodium vivax, Toxoplasma gondii, Leishmania major, Wolbachia bancrofti, Trypanosoma brucei, Shigella dysenteriae and Schistosoma Smanosoni) and show its applicability. New genomes can be uploaded upon request.Fil: Sosa, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Burguener, Germán Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Lanzarotti, Esteban Omar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Defelipe, Lucas Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Radusky, Leandro Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Pardo, Agustin Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; ArgentinaFil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; ArgentinaFil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; ArgentinaFil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentin

Sequencing 4.3 million mutations in wheat promoters to understand and modify gene expression.

Wheat is an important contributor to global food security, and further improvements are required to feed a growing human population. Functional genetics and genomics tools can help us to understand the function of different genes and to engineer beneficial changes. In this study, we used a promoter capture assay to sequence 2-kb regions upstream of all high-confidence annotated genes from 1,513 mutagenized plants from the tetraploid wheat variety Kronos. We identified 4.3 million induced mutations with an accuracy of 99.8%, resulting in a mutation density of 41.9 mutations per kb. We also remapped Kronos exome capture reads to Chinese Spring RefSeq v1.1, identified 4.7 million mutations, and predicted their effects on annotated genes. Using these predictions, we identified 59% more nonsynonymous substitutions and 49% more truncation mutations than in the original study. To show the biological value of the promoter dataset, we selected two mutations within the promoter of the VRN-A1 vernalization gene. Both mutations, located within transcription factor binding sites, significantly altered VRN-A1 expression, and one reduced the number of spikelets per spike. These publicly available sequenced mutant datasets provide rapid and inexpensive access to induced variation in the promoters and coding regions of most wheat genes. These mutations can be used to understand and modulate gene expression and phenotypes for both basic and commercial applications, where limited governmental regulations can facilitate deployment. These mutant collections, together with gene editing, provide valuable tools to accelerate functional genetic studies in this economically important crop