Coral reef degradation alters the isotopic niche of reef fishes

The degradation of coral reefs is widely reported, yet there is a poor understanding of the adaptability of reef fishes to cope with benthic change. We tested the effects of coral reef degradation on the feeding plasticity of four reef fish species. We used isotopic niche sizes and mean δ15N and δ13C values of each species in two coral reefs that differed in benthic condition. The species chosen have contrasting feeding strategies; Chaetodon lunulatus (corallivore), Chrysiptera rollandi (zooplanktivore), Halichoeres melanurus (invertivore) and Zebrasoma velifer (herbivore). We predicted that the corallivore would have a lower mean δ15N value and a smaller isotopic niche size in the degraded reef, that the herbivore and the invertivore might have a larger isotopic niche size and/or a different mean δ13C value, whereas the zooplanktivore might be indifferent since the species is not linked to coral degradation. Some results matched our predictions; C. lunulatus had a smaller niche size on the degraded reef, but no difference in mean δ15N and δ13C values, and H. melanurus displayed an increase in niche size and a lower mean δ15N value on the degraded reef. Some other results were contrary to our predictions; whereas Z. velifer and C. rollandi had smaller mean δ13C values but no difference in niche size. Our findings suggest there may be feeding plasticity to maintain a similar diet despite contrasting habitat characteristics, with different amplitude depending on species. Such findings suggest that certain species guilds would probably adapt to changes linked to habitat degradation

Designed Ankyrin Repeat Proteins provide insights into the structure and function of CagI and are potent inhibitors of CagA translocation by the Helicobacter pylori type IV secretion system

The bacterial human pathogen Helicobacter pylori produces a type IV secretion system ( cag T4SS) to inject the oncoprotein CagA into gastric cells. The cag T4SS external pilus mediates attachment of the apparatus to the target cell and the delivery of CagA. While the composition of the pilus is unclear, CagI is present at the surface of the bacterium and required for pilus formation. Here, we have investigated the properties of CagI by an integrative structural biology approach. Using Alpha Fold 2 and Small Angle X-ray scattering, it was found that CagI forms elongated dimers mediated by rod-shape N-terminal domains (CagI N ) prolonged by globular C-terminal domains (CagI C ). Three Designed Ankyrin Repeat Proteins (DARPins) K2, K5 and K8 selected against CagI interacted with CagI C with subnanomolar affinities. The crystal structures of the CagI:K2 and CagI:K5 complexes were solved and identified the interfaces between the molecules, thereby providing a structural explanation for the difference in affinity between the two binders. Purified CagI and CagI C were found to interact with adenocarcinoma gastric (AGS) cells, induced cell spreading and the interaction was inhibited by K2. The same DARPin inhibited CagA translocation by up to 65% in AGS cells while inhibition levels were 40% and 30% with K8 and K5, respectively. Our study suggests that CagI C plays a key role in cag T4SS-mediated CagA translocation and that DARPins targeting CagI represent potent inhibitors of the cag T4SS, a crucial risk factor for gastric cancer development.Bases structurale du système de secretion de type IV d'Helicobacter pyloriBases structurales et moléculaires de l'exploitation de l'integrin a5ß1 par le système de sécrétion de type IV d'Helicobacter pylor

Mixis

Observateur hors pair, critique acerbe, orateur virtuose qui manie l’humour et l’ironie tout autant qu’il se plaît aux références intertextuelles et aux réflexions métalittéraires, Lucien de Samosate est un des grands noms du iie siècle après J.-C. Son influence sur des oeuvres aussi variées que l’Éloge de la Folie d’Érasme, Pantagruel et Gargantua de Rabelais, les Dialogues des morts de Fontenelle, les Voyages de Gulliver de Swift et les Petites œuvres morales de Leopardi témoigne de l’étendue de ses expérimentations littéraires. C’est à l’une des spécificités de l’écriture lucianesque, la mixis, que le présent ouvrage est consacré. Le mélange des genres à l’oeuvre chez Lucien y est examiné par un ensemble de spécialistes dans ses dimensions théoriques et pratiques. En effet, si Lucien se revendique fièrement comme l’inventeur d’un type particulier de mélange, le dialogue comique, une multiplicité d’autres formes, d’autres « ingrédients » sont convoqués dans ses textes. En s’interrogeant sur la nature de la mixis, sur ses modalités et sur ses fonctions, ainsi que sur ses effets, il s’agit de proposer une synthèse sur un des éléments clés de la poétique lucianesque

Robust estimation of bacterial cell count from optical density

Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data

Le pari du transport ferroviaire à grande vitesse pour l'ouest

La construction et la modernisation des infrastructures de transport sont au coeur des préoccupations de l’Union Européenne et des politiques nationales. L’objectif est de promouvoir l’utilisation de modes de transport respectueux de l’environnement. C’est dans ce contexte que s’inscrit la construction de la ligne à grande vitesse Bretagne-Pays de la Loire. Il s’agit d’un projet original dont le cadre juridique relève du contrat de partenariat associant un partenaire public, SNCF Réseau, et un partenaire privé, Eiffage Rail Express. C’est également un projet qui a mobilisé une multitude d’acteurs à l’échelle nationale mais aussi locale. Les contraintes rencontrées par le maître d’ouvrage de la ligne ont permis de réaliser des innovations dans plusieurs domaines. La ligne à grande vitesse Bretagne-Pays de la Loire est donc un pari pour l’environnement mais aussi pour le développement économique des Régions de l’Ouest de la France traversées par la ligne nouvelle

Place des poissons anguilliformes dans le fonctionnement des écosystèmes récifo- lagonaires de la Nouvelle-Calédonie : rôle trophique et impacts des contaminations

New Caledonian coral reefs constitute a « hot spot » of marine biodiversity and were registered World Heritage by UNESCO in 2008. These reefs are in good health, but they are subject to intense anthropic threats, induced by the increase of industrial (nickel mining) and urban development. A better understanding of the functioning of the Caledonian coral reefs has become a major issue. This work is part of this approach, with as main goals to: (1) reconstruct the architecture of food webs of these ecosystems (stable isotope method), (2) determine their contamination levels in metallic and organic contaminants and (3) describe integration and pathways of some of these contaminants through the food webs. The description of ecosystems and their food webs was carried out by the study of unknown predators: the anguilliform fish (moray, conger and snake eels). Different sources of organic matter (OM) and consumers, including anguilliform fish, were sampled in several sites distributed over a coast to barrier reef gradient within two areas of the south lagoon. Four food webs were identified. The benthic pathway based on the algal turf OM is the main food web, common to all anguilliform fish. The complementary use of benthic sedimentary (SOM) and “lagoon pelagic” (POM) food webs, is also highlighted with variable importance according to species. In addition, OM from seagrasses is included indirectly by the detrital pathway. The numerous anguilliform fish species belong to diverse food webs in part, depending on their habitat (hard and/or soft bottom) and their diet (micro/macro carnivores or piscivores). These predators of high trophic level, consuming mainly crustaceans and fish but also more occasionally annelids and cephalopods, are mostly opportunistic. A competition between some species is underlined by the overlap of their trophic niches. Sources of OM and consumers of the Caledonian coral reefs accumulate moderate to strong concentrations of trace elements issued from agricultural, urban and mining origins. Bioaccumulation depends on both physical and chemical properties of the contaminant and the organism’s own characteristics (size, habitat, diet, etc.). So, contaminants are distributed differently between compartments and only Hg and As are biomagnified along food webs. Contamination of the lagoon by organic pollutants is also pointed out. Even if concentrations measured in anguilliform fish are rather low, widespread contamination, plus the detection of toxic and forbidden pesticides (DDT), confirm the necessity to include this pollution in further studies. All these considerations reinforce the importance of setting up a long-term tracking system of contamination from diverse origins, linked with the trophic functioning of food webs.Les récifs coralliens de Nouvelle-Calédonie constituent un « hot-spot » de biodiversité marine et sont classés au patrimoine mondial de l’Unesco depuis 2008. Ces récifs sont dans un bon état général, mais ils sont soumis à des pressions anthropiques de plus en plus intenses, engendrées par un développement industriel (mines de nickel) et urbain croissant.Mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes lagonaires calédoniens est donc devenu un enjeu majeur. Ce travail s’inscrit dans cette démarche, avec pour objectifs principaux : (1) de reconstruire l’architecture des réseaux trophiques de ces écosystèmes (méthode des isotopes stables), (2) de déterminer leurs niveaux de contamination en éléments traces métalliques et en polluants organiques, et (3) de décrire l’intégration et le cheminement de certains de ces contaminants en leur sein. L’étude des écosystèmes récifo-lagonaires et de leurs réseaux trophiques a été réalisée au travers du prisme de prédateurs méconnus de hauts rangs trophiques : les poissons anguilliformes (murènes, congres et poissons-serpents). Pour ce faire, différentes sources de matière organique (MO) et divers consommateurs, parmi lesquels les poissons anguilliformes, ont été prélevés dans plusieurs sites répartis sur un gradient côte-large et provenant de deux zones du lagon sud.Quatre réseaux trophiques ont été identifiés au cours de ce travail. La voie benthique basée sur la MO du turf algal est la voie trophique majeure, commune à tous les poissons anguilliformes. L’utilisation complémentaire de la voie benthique sédimentaire et de la voie « pélagique lagonaire », est également mise en évidence avec une importance variable selon les espèces. En revanche, la MO provenant des phanérogames marines n’est intégrée qu’indirectement, par le biais de la voie détritique. Les différentes espèces d’anguilliformes appartiennent donc à des réseaux trophiques en partie divergents selon leur habitat (substrat dur ou meuble) et leur régime alimentaire (micro-, macrocarnivore ou piscivore). Ces prédateurs de hauts niveaux trophiques, consommant principalement des crustacés et des poissons mais également occasionnellement des annélides polychètes et des céphalopodes, se révèlent pour la plupart opportunistes. Une compétition entre certaines espèces est soulignée par le recouvrement de leurs niches trophiques. Les sources de MO et les consommateurs récifaux du lagon calédonien accumulent des concentrations modérées à fortes en éléments traces d’origine agricole, urbaine et minière. La bioaccumulation dépend des propriétés physico-chimiques du contaminant lui-même et des caractéristiques propres à l’organisme (taille, habitat, régime alimentaire, etc.). Ainsi, les contaminants sont répartis différemment entre les compartiments, et seuls Hg et As sont bioamplifiés le long des réseaux trophiques. Une contamination du lagon par les polluants organiques est également soulignée. Bien que les concentrations mesurées chez les poissons anguilliformes restent relativement faibles, l’étendue spatiale de cette contamination, ainsi que la détection de pesticides très toxiques dont l’utilisation est interdite (DDT), attestent de la nécessité à considérer cette pollution avec attention. Toutes ces considérations renforcent l’importance de mener un suivi à long terme des contaminations d’origines diverses en relation avec le fonctionnement trophique des systèmes récifo-lagonaires

Anguilliform fish in coral reef ecosystems of New Caledonia : trophic webs and contaminations

Les récifs coralliens de Nouvelle-Calédonie constituent un « hot-spot » de biodiversité marine et sont classés au patrimoine mondial de l’Unesco depuis 2008. Ces récifs sont dans un bon état général, mais ils sont soumis à des pressions anthropiques de plus en plus intenses, engendrées par un développement industriel (mines de nickel) et urbain croissant.Mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes lagonaires calédoniens est donc devenu un enjeu majeur. Ce travail s’inscrit dans cette démarche, avec pour objectifs principaux : (1) de reconstruire l’architecture des réseaux trophiques de ces écosystèmes (méthode des isotopes stables), (2) de déterminer leurs niveaux de contamination en éléments traces métalliques et en polluants organiques, et (3) de décrire l’intégration et le cheminement de certains de ces contaminants en leur sein. L’étude des écosystèmes récifo-lagonaires et de leurs réseaux trophiques a été réalisée au travers du prisme de prédateurs méconnus de hauts rangs trophiques : les poissons anguilliformes (murènes, congres et poissons-serpents). Pour ce faire, différentes sources de matière organique (MO) et divers consommateurs, parmi lesquels les poissons anguilliformes, ont été prélevés dans plusieurs sites répartis sur un gradient côte-large et provenant de deux zones du lagon sud.Quatre réseaux trophiques ont été identifiés au cours de ce travail. La voie benthique basée sur la MO du turf algal est la voie trophique majeure, commune à tous les poissons anguilliformes. L’utilisation complémentaire de la voie benthique sédimentaire et de la voie « pélagique lagonaire », est également mise en évidence avec une importance variable selon les espèces. En revanche, la MO provenant des phanérogames marines n’est intégrée qu’indirectement, par le biais de la voie détritique. Les différentes espèces d’anguilliformes appartiennent donc à des réseaux trophiques en partie divergents selon leur habitat (substrat dur ou meuble) et leur régime alimentaire (micro-, macrocarnivore ou piscivore). Ces prédateurs de hauts niveaux trophiques, consommant principalement des crustacés et des poissons mais également occasionnellement des annélides polychètes et des céphalopodes, se révèlent pour la plupart opportunistes. Une compétition entre certaines espèces est soulignée par le recouvrement de leurs niches trophiques. Les sources de MO et les consommateurs récifaux du lagon calédonien accumulent des concentrations modérées à fortes en éléments traces d’origine agricole, urbaine et minière. La bioaccumulation dépend des propriétés physico-chimiques du contaminant lui-même et des caractéristiques propres à l’organisme (taille, habitat, régime alimentaire, etc.). Ainsi, les contaminants sont répartis différemment entre les compartiments, et seuls Hg et As sont bioamplifiés le long des réseaux trophiques. Une contamination du lagon par les polluants organiques est également soulignée. Bien que les concentrations mesurées chez les poissons anguilliformes restent relativement faibles, l’étendue spatiale de cette contamination, ainsi que la détection de pesticides très toxiques dont l’utilisation est interdite (DDT), attestent de la nécessité à considérer cette pollution avec attention. Toutes ces considérations renforcent l’importance de mener un suivi à long terme des contaminations d’origines diverses en relation avec le fonctionnement trophique des systèmes récifo-lagonaires.New Caledonian coral reefs constitute a « hot spot » of marine biodiversity and were registered World Heritage by UNESCO in 2008. These reefs are in good health, but they are subject to intense anthropic threats, induced by the increase of industrial (nickel mining) and urban development. A better understanding of the functioning of the Caledonian coral reefs has become a major issue. This work is part of this approach, with as main goals to: (1) reconstruct the architecture of food webs of these ecosystems (stable isotope method), (2) determine their contamination levels in metallic and organic contaminants and (3) describe integration and pathways of some of these contaminants through the food webs. The description of ecosystems and their food webs was carried out by the study of unknown predators: the anguilliform fish (moray, conger and snake eels). Different sources of organic matter (OM) and consumers, including anguilliform fish, were sampled in several sites distributed over a coast to barrier reef gradient within two areas of the south lagoon. Four food webs were identified. The benthic pathway based on the algal turf OM is the main food web, common to all anguilliform fish. The complementary use of benthic sedimentary (SOM) and “lagoon pelagic” (POM) food webs, is also highlighted with variable importance according to species. In addition, OM from seagrasses is included indirectly by the detrital pathway. The numerous anguilliform fish species belong to diverse food webs in part, depending on their habitat (hard and/or soft bottom) and their diet (micro/macro carnivores or piscivores). These predators of high trophic level, consuming mainly crustaceans and fish but also more occasionally annelids and cephalopods, are mostly opportunistic. A competition between some species is underlined by the overlap of their trophic niches. Sources of OM and consumers of the Caledonian coral reefs accumulate moderate to strong concentrations of trace elements issued from agricultural, urban and mining origins. Bioaccumulation depends on both physical and chemical properties of the contaminant and the organism’s own characteristics (size, habitat, diet, etc.). So, contaminants are distributed differently between compartments and only Hg and As are biomagnified along food webs. Contamination of the lagoon by organic pollutants is also pointed out. Even if concentrations measured in anguilliform fish are rather low, widespread contamination, plus the detection of toxic and forbidden pesticides (DDT), confirm the necessity to include this pollution in further studies. All these considerations reinforce the importance of setting up a long-term tracking system of contamination from diverse origins, linked with the trophic functioning of food webs

Les réseaux sociaux comme source d’information sur la contraception chez les sujets de 18 à 25 ans en Haute-Savoie

Introduction. In 2018, 94% of 18-24 year olds went to social media. 15% of French people exchanged on social media and forums for their health. In addition, 92% of women affected by contraception had one. However, the rate of abortion increased by 3% compared to the previous year with a maximum rate among 20-24 year olds. With more and more patients being connected, the main objective of this work was to quantify the use of social media by subjects aged 18 to 25 in Haute-Savoie to seek contraceptive information. Materials and Methods. Quantitative descriptive epidemiological study conducted by anonymous paper questionnaires between June and October 2019 in Haute-Savoie with subjects aged 18-25. The primary outcome was the number of subjects who have used social media at least once to seek contraceptive information. Results. Out of 302 subjects included, 43.05% consulted the social media at least once for contraception after standardization. Women and 18-19 year olds were in the majority. Pill, condom and copper intrauterine device were the three main contraceptives. YouTube, Facebook and Instagram were the three main social media used and considered to be the most reliable. 74.6% had received contraceptive information by chance. Subjects rated social media "neither reliable nor unreliable" for contraception. 58.6% wanted the creation of a dedicated social media. 54% used the internet for contraception. The subjects were "somewhat satisfied" with the contraceptive information found on the Internet and the social media. Conclusion. A social media dedicated to contraception could represent an attractive platform for contraceptive education purposes. Social media appear to be the partners of choice for the doctor and advising them would demonstrate the complementarity of these sources. With digital developments, the adaptation of medical practices seems inevitable.Introduction. En 2018, 94% des 18-24 ans allaient sur les réseaux sociaux. 15% des français échangeaient sur les réseaux sociaux et forums pour leur santé. Par ailleurs, 92% des femmes concernées par la contraception en avaient une. Pourtant, le taux d’interruptions volontaires de grossesse a augmenté de 3% par rapport à l’année précédente avec un taux maximal chez les 20-24 ans. Devant une patientèle de plus en plus connectée, ce travail a eu pour objectif principal de quantifier l’utilisation des réseaux sociaux par les sujets de 18 à 25 ans en Haute Savoie pour rechercher de l’information contraceptive. Matériel et Méthode. Étude épidémiologique descriptive quantitative menée par questionnaires papiers anonymes entre juin et octobre 2019 en Haute-Savoie chez les sujets de 18-25 ans. Le critère de jugement principal était le nombre de sujets ayant utilisé au moins une fois les réseaux sociaux pour rechercher de l’information contraceptive. Résultats. Sur 302 sujets inclus, 43,05% ont consulté au moins une fois les réseaux sociaux pour la contraception après standardisation. Les femmes et les 18-19 ans étaient majoritaires. Pilule, préservatif et dispositif intra-utérin au cuivre étaient les trois principaux contraceptifs. YouTube, Facebook et Instagram étaient les trois principaux réseaux sociaux utilisés et considérés comme les plus fiables. 74,6% avaient eu l’information contraceptive par hasard. Les sujets jugeaient les réseaux sociaux « ni fiables ni non fiables » pour la contraception. 58,6% souhaitaient la création d’un réseau social dédié. 54% consultaient Internet pour la contraception. Les sujets étaient « plutôt satisfaits » par l’information contraceptive trouvée sur Internet et les réseaux sociaux. Conclusion. Un réseau social dédié à la contraception pourrait représenter une plateforme attrayante pour des interventions d'éducation contraceptive. Les réseaux sociaux apparaissent comme des partenaires de choix pour le médecin et les conseiller témoignerait de la complémentarité de ces sources. Avec les évolutions numériques, l’adaptation des pratiques médicales parait inéluctable

Chapitre 18. Les réseaux trophiques en milieux coralliens

La tortue verte Chelonia mydas se nourrissant sur un herbier d’Halophila, côte ouest de la Grande Terre. © M. Juncker L’algue Sargassum spinulligerum absorbe les sels nutritifs présents dans l’eau ; le crabe Pilumnus vespertilio picore l’algue ; la murène Gymnothorax chilospilus attrape le crabe ; le tricot rayé Laticauda saintgironsi avale la murène et le requin-tigre Galeocerdo cuvier engloutit le serpent. Ainsi va la vie dans les récifs coralliens de Nouvelle-Calédonie, où les relations al..

Occurrence of Anisakis (Nematoda: Anisakidae) larvae in unusual hosts in Southern hemisphere

International audienc