Development of electrochemical biosensor platforms for determination of environmental viral structures

Infectious diseases caused by viruses (such as influenza, Zika, human immunodeficiency, Ebola, dengue, hepatitis, and COVID-19 virus) are diseases that have been on the agenda of the whole world for the last quarter of a century and have become one of the most important problems for people. Urgent identification of the people infected with a disease will allow these people who have contracted the disease to be treated effectively. In this context, the polymerase-chain-reaction (PCR)-based methods have been the most common and widely used method that responds with sensitivity. However, due to some disadvantages encountered in PCR applications (in particular, the test protocol is comprehensive, not fast in terms of time, not economical, requires user expertise, is not suitable for field/on-site measurements, etc.), a new generation (which can give fast results, are economical, sensitive, suitable for on-site application, etc.) of systems that can provide solutions are needed. On the subject of different test-diagnostic applications used in a large number of test-based analysis methods and techniques, electroanalytical systems have some advantages. Within the scope of this presentation, low-cost, miniaturized electrochemical platforms for surface-printed electrodes by using appropriate biochemical and viral structures of the electrode surfaces decorated with suitable agents are explained. These platforms can be used in the determination of some particular viral proteins for the understanding of viral pathogenic diseases. In this study, a copper-modified graphite electrode was developed and characterized with SEM. Afterwards, an antibody of the N protein of COVID-19 was decorated surrounding this electrode to measure the amount of that protein in the samples. The square wave voltammetry (SWV) technique was used for the electrochemical detection of SARS-CoV-2. When the results of the analyses were examined, the best analytical sensitivity and linearity were obtained by incubating the antibody-modified electrode and virus antigen for 10 min. The measurements showed linearity with a high correlation coefficient (R2 = 0.9917). The detection limit (LOD) was calculated as 508 pg/mL. The measurement limit (LOQ) was calculated as 1.54 ng/mL. With the pencil tip, which is an easily accessible material for the modified electrode system we designed, a very precise measurement was provided for the rapid detection of the N protein of the SARS-CoV-2 virus at very low concentrations

Characteristics of food allergy in children: National multicenter study

Conference: Congress of the European-Academy-of-Allergy-and-Clinical-Immunology (EAACI) Location: Lisbon, PORTUGAL Date: JUN 01-05, 2019Background : Food allergies impose a significant burden on the life of the child and the family. In this study, to determine the demographic characteristics of food allergies, we investigated the characteristics of patients with food allergies in different regions of Pediatric Allergy- Immunology departments in Turkey. Method : Turkey ' s National Study of Allergy and Clinical Immunology Society has conducted a Study Group on Food Allergies. 25 centers participated in this multicenter, cross- sectional and descriptive study.European Academy of Allergy and Clinical Immunolog

Electrochemical testosterone biosensor based on pencil graphite electrode electrodeposited with copper oxide nanoparticles

Accurately monitoring the blood levels of testosterone (TST) in a sensitive, simple, and rapid manner is of paramount importance for the diagnosis and treatment of various medical conditions, as well as for controlling pharmaceutical quality and facilitating doping detection. TST, the primary male sex hormone, plays a crucial role in facilitating human physical performance, protein synthesis, and the development of muscle mass. Consequently, TST and its analogues are frequently abused by athletes as performance-enhancing steroid in order to increase muscle mass and enhance their performance. The use of such steroids is strictly prohibited to guarantee fair play. In this study, we employed a pencil graphite electrode that was electrochemically modified with CuO nanoparticles (CuONPs) for determination of TST. The electrode response was significantly enhanced by approximately fourfold compared to the unmodified pencil graphite electrode (PGE) when electrodeposition CuONPs onto PGE surface was performed at a potential of −0.6 V for 200 s. The success of modification was confirmed through morphological analysis using scanning electron microscopy and energy-dispersive x-ray spectroscopy. Using square wave adsorptive stripping voltammetry analysis in Britton-Robinson buffer at pH 6.0, we demonstrated that the proposed sensor exhibited sensitivity to detect TST within a linear range of 5-200 nM. The detection limit of sensor was calculated 4.6 nM (1.32 ng ml−1). The sensor platform developed for the accurate, sensitive, and specific determination of TST holds tremendous potential for the development of point-of-care devices and their integration into lab-on-a-chip research

Examination of student and teacher views about implementation science course with regard to different variables (the case of Giresun province)

Tez (Yüksek lisans) -- Giresun Üniversitesi. Kaynakça var.vi, 76 s. : tbl. , şkl. ; 28 cm.Demirbaş: 0059129

Examination of teacher views about ımplementation science course with regard to different variables

Yapılan çalışmanın amacı Bilim Uygulamaları dersini yürüten öğretmenlerin ders ile ilgili görüşlerinin incelenmesidir. Araştırma betimsel araştırma yöntemlerinden tarama modeline göre gerçekleştirilmiştir. 2013-2014 öğretim yılında gerçekleştirilen çalışmaya Giresun ilindeki ortaokullar arasından tesadüfî olarak seçilen 3 il merkezi, 5 ilçe merkezi ve 5 köy okulunda Bilim Uygulamaları dersini yürüten toplam 17 Fen Bilimleri öğretmeni katılmıştır. Araştırmanın problemine ve alt problemlerine cevap bulabilmek için veri toplanması sürecinde araştırmacı tarafından geliştirilen Öğretmen anketinden yararlanılmıştır. Yapılan araştırma sonucunda araştırmaya katılan öğretmenlerin tamamına yakınının Bilim Uygulamaları dersinin öğrencilere bilişsel, duyuşsal ve psikomotor alanlarda katkısı olduğunu ve dersin amacına ulaştığını düşündükleri tespit edilmiştir. Öğretmenlerin bu ders kapsamında çeşitli sorunlarla da karşılaştıkları da tespit edilmiştir. Bunların başında ders ile ilgili kitap vs. gibi yazılı bir materyalin olmaması ve dersin nasıl işlenmesine yönelik bir bilgilendirme yapılmamasından dolayı yaşanan tecrübesizlik, sınavla/notla değerlendirme yapılamamasından dolayı öğrencilerin dersi ciddiye almaması/ilgisiz olması ve dersin genellikle son saatlere konması gelmektedir. dersi, fen bilimleri öğretmeni, öğretmen görüşleri.The aim of the study is to determine the views of the teachers who instruct the Implementation Science elective course. The research was carried out with descriptive survey method. The study was conducted in the secondary schools in Giresun during 2013-2014 education year. A total of 17 science teachers who instructed the course participated in the study. The population of the study was randomly selected from 3 schools in the city centre, 5 schools in the towns, and 5 village schools. During the data collection process, a teacher questionnaire developed by the researcher was used to seek answers for the problem and sub problems of the research. It was revealed in the study that almost all the teachers in the study stated that Implementation Science course made contributions to the students in cognitive, affective, and psychomotor domains and the course achieved its goal in a strict sense. It was identified that teachers encountered some problems within the course. The problems encountered can be listed as follows: lack of course materials or written materials about the course, and lack of experience because of not being informed about how to teach the course, lack of student interest in the course because of not assessing it with exams/ grades and the course usually being the last lesson on the timetable

Kanser Tedavisinde Gen Taşıyıcı Olarak Kendiliğinden Düzenlenen Peptit Nanopartiküllerin Hazırlanması ve Karakterizasyonu

All complex and functional constituents of nature result from self assembly of molecules in thermodynamically stable manner. Production of functional nanomaterials with molecular self-assembly mechanism based on bottom-up approach gained massive importance in last years. The main group of molecules that are capable of self-assembly is the group of proteins. The simple structure of amyloid derived difenylalanine dipeptide is being a hot topic in self-assembly studies with regards to their biodegradability, biocompatibility and the ease of their chemical modifications. In this thesis, FF amide (FFA) and zwitterionic FF (ZFF), two derivatives of difenylalanine (FF) dipeptide, are used to produce nanoparticles as siRNA carriers to be used in gene silencing applications. Regarding the results of the study, FFANP structures are shown to be more stable than ZFFNPs and enhanced as gene carriers for breast cancer therapy. FFANPs having a dipolar character becuase of dipolar and amide groups in FFA dipeptides, aimed to be interacted with negatively charged siRNAs in 3 different ways. Altough encapsulation and adsorption methods for loading siRNA to FFANPs were not applicable, the layer by layer polyelectrolyte deposition method is shown to be successful with zeta-potentials and SEM analysis. In brief, the adsorption first layer on nanoparticle is ensured by the addition of poly-L-lysine (PLL) which is polycationic to FFANP dispersion. The nanoparticle which became cationic with PLL layer is then interacted with polyanionic siRNA, forming peptide-siRNA complex. Nanoparticles are then further interacted with PLL one more time, as a third layer. The nanoparticles are then tested as siRNA carriers for silencing of HER2 gene which has an important role in breast cancer. FFANP-PLL/siRNA/PLL nanoparticles are shown to be better carriers compared to FFANP-PLL/siRNA nanoparticles with the results of real-time PCR and immunocytochemistry analysis. Second layer of PLL is concluded to enhance the uptake of nanoparticle-siRNA complex because of cationic character and to protect the complex from nucleases. Overall, in this study FFANP-PLL/siRNA/PLL nanoparticles are shown to be promising biocompatible and biodegradable nano carriers for gene silencing therapies.ÖZET ABSTRACT TEŞEKKÜR İÇİNDEKİLER ŞEKİLLER DİZİNİ ÇİZELGELER SİMGELER VE KISALTMALAR 1. GİRİŞ 2. GENEL BİLGİLER 2.1. Moleküler Kendiliğinden Düzenlenme (Molecular Self-Assembly) 2.2. Taşıyıcı Sistemler (Carriers) 2.2.1. Peptit Bazlı Nanotaşıyıcılar 2.2.2. Di-fenilalanin Bazlı Nanotaşıyıcılar 2.2.3. Katyonik Di-fenilalanin Bazlı Nanotaşıyıcılar 2.3. Amid Fonksiyonel Grubu 2.3.1. Amidlerin Özellikleri 2.3.1.1. Amidlerin Reaktivitesi 2.3.1.2. Amidlerin Asit-Baz Davranışları 2.3.2. Amid Rezonans Teorisi - Amidlerin Dipolar Doğası 2.4. Tabaka Tabaka Polielektrolit Biriktirme (Layer by Layer Polyelectrolytes Deposition) 2.4.1. PLL modifiyeli siRNA taşıyıcılar 2.5. Partikül Yüzey Yükü 2.5.1. Elektrik Çift Tabaka 2.5.2. Zeta Potansiyel 2.6. İyon-Dipol Etkileşimleri 2.7. RNA İnterferans 2.8. Meme Kanseri 3. DENEYSEL ÇALIŞMALAR 3.1. Kimyasallar 3.2. FF Bazlı Peptit Nanopartiküllerin Sentezlenmesi ve Karakterizasyonu 3.2.1. FF Bazlı Peptit Nanopartiküllerin Sentezlenmesi 3.2.1.1. FF-amid (FF-amid=FFA) İle Peptit Nanopartiküllerin Sentezlenmesi 3.2.1.2. Zvitteriyonik FF (ZFF) İle Peptit Nanopartiküllerin Sentezlenmesi 3.2.1.3. Üre Testi ile Hidrojen Bağı Tayini 3.2.2. FF Bazlı Peptit Nanopartiküllerin Karakterizasyonu 3.2.2.1. Nanopartiküllerin Morfolojik Karakterizasyonu 3.2.2.1.1 Taramalı Elektron Mikroskopi (SEM) Analizleri 3.2.2.1.2 Geçirimli Elektron Mikroskopi (TEM) Analizleri 3.2.3. Nanopartiküllerin Kimyasal Karakterizasyonu 3.2.3.1. Zayıflatılmış Toplam Yansıma-Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopi (ATR-FTIR) Analizleri 3.2.3.2. Dinamik Işık Saçılması (DLS) Yöntemi ile Nanopartikül Boyut ve Zeta Potansiyel Analizleri 3.2.3.3. Matriks ile Desteklenmiş Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Kütle Spektroskopi (MALDI-MS) Analizleri 3.3. Gen Taşıyıcı olarak Peptit Nanopartiküllerin (FFANP-siRNA Kompleksinin) Hazırlanması ve Karakterizasyonu 3.3.1. Enkapsülasyon Yöntemiyle FFANP-siRNA Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 3.3.2. Adsorpsiyon Yöntemiyle FFANP -siRNA Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 3.3.2.1. Agaroz Jel Elektroforezi 3.3.3. Tabaka-Tabaka (LbL) Polielektrolit Biriktirme Yöntemiyle FFANP -siRNA Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 3.3.4. Nanopartiküllerin In-Vıtro Degradasyon Çalışmaları 3.3.4.1. Hidroliz yoluyla pasif degradasyon 3.3.4.1.1 pH Bağımlı Degradasyon 3.3.4.1.2 Sıcaklık Bağımlı Degradasyon 3.3.4.2. Enzim Katalizli Hidroliz Yoluyla Degradasyon 3.3.4.3. Türbidimetre ile Bulanıklılık Ölçümü 3.4. Hücre Kültürü ve Gen Susturma Çalışmaları 3.4.1. Hücre kültürü 3.4.2. Sitotoksisite Çalışmaları 3.4.3. siRNA Transfeksiyonu 3.4.4. Gen Ekspresyonunun Belirlenmesi 3.4.4.1. RNA İzolasyonu 3.4.4.2. cDNA Sentezi 3.4.4.3. Gerçek zamanlı-Polimeraz Zincir Reaksiyonları (RT-PCR) 3.4.4.4. İmmünositokimya ile HER2 Protein Tayini 4. BULGULAR VE TARTIŞMA 4.1. FF Bazlı Peptit Nanopartiküllerin Sentezlenmesi ve Karakterizasyonu 4.1.1. FF-amid (FFA, katyonik FF) İle Peptit Nanopartiküllerin Sentezlenmesi 4.1.1.1. FFA İle Sentezlenmiş Peptit Nanopartiküllerin Morfolojik Karakterizasyonu 4.1.1.2. FFA İle Sentezlenmiş Peptit Nanopartiküllerin Kimyasal Karakterizasyonu 4.1.1.2.1 Zayıflatılmış Toplam Yansıma-Fourier Dönüşümlü Kızıl Ötesi Spektroskopi (ATR-FTIR) Analizleri 4.1.1.2.2 Dinamik Işık Saçılması (DLS) Yöntemi ile Nanopartikül Zeta Potansiyel Analizleri 4.1.1.2.3 Matriks ile Desteklenmiş Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Kütle Spektroskopi (MALDI-MS) Analizleri 4.1.2. Zvitteriyonik FF (ZFF) İle Sentezlenmiş Peptit Nanopartiküller 4.1.2.1. Zvitteriyonik FF İle Sentezlenmiş Peptit Nanopartiküllerin Morfolojik Karakterizasyonu 4.1.2.2. Zvitteriyonik FF İle Sentezlenmiş Peptit Nanopartiküllerin Kimyasal Karakterizasyonu 4.1.2.2.1 Zayıflatılmış Toplam Yansıma-Fourier Dönüşümlü Kızıl Ötesi Spektroskopi (ATR-FTIR) Analizleri 4.1.2.2.2 Dinamik Işık Saçılması (DLS) Yöntemi ile Nanopartikül Zeta Potansiyel Analizleri 4.1.2.2.3 Matriks ile Desteklenmiş Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Kütle Spektroskopi (MALDI-MS) Analizleri 4.2. Gen Taşıyıcısı Olarak Peptit Nanopartiküllerin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 4.2.1. Nanopartikül-siRNA Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 4.2.1.1. Enkapsülasyon Yöntemiyle Nanopartikül-siRNA Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 4.2.1.2. Adsorpsiyon Yöntemiyle Nanopartikül-siRNA Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 4.2.1.3. Tabaka-Tabaka Polielektrolit Biriktirme Yöntemiyle siRNA- Peptit Nanopartikül Kompleksinin Hazırlanması ve Karakterizasyonu 4.2.2. FFANP ve FFANP -PLL Nanopartiküllerin Degradasyon Çalışmaları 4.2.2.1. Nanopartiküllerin Hidroliz Yoluyla Degradasyonu 4.2.2.1.1 pH Bağımlı Degradasyon 4.2.2.1.2 Sıcaklık Bağımlı Degradasyon 4.2.2.2. Nanopartiküllerin Enzim Katalizli Hidroliz Yoluyla Degradasyonu 4.2.3. Sitotoksisite Çalışmaları 4.3. Gen Susturma (Gen Ekspresyon Ölçümleri) 4.3.1. HER2 Genine ait mRNA Ekspresyonunun Belirlenmesi 4.3.2. İmmunositokimya 5. SONUÇLAR 6. KAYNAKLARDoğada var olan bütün kompleks ve işlevsel yapılar basit yapıtaşlarının termodinamik dengede ve moleküler düzeyde kendiliğinden düzenlenmesi sonucu meydana gelmiştir. Moleküler kendiliğinden düzenlenmeyi temel alan bottom-up yaklaşım ile işlevsel nanomalzemelerin üretimi ise son yıllarda oldukça önem kazanmıştır. Kendiliğinden düzenlenme yapabilen biyomoleküllerin en önemli grubunu proteinler oluşturmaktadır. Amiloyid türevli di-fenilalanin dipeptidi basit yapısı, kolay kimyasal modifiye edilebilirliği, biyobozunurluğu ve biyouyumluluğu gibi özelliklerinden dolayı sıkça araştırmalara konu olmaktadır. Tez kapsamında siRNA ile gen susturma uygulamasında gen taşıyıcı olarak kullanılmak üzere di-fenilalanin (FF) dipeptidinin iki farklı türevi olan FF amid (FFA) ve zvitteriyonik FF (ZFF) molekülleri kullanılarak iki farklı nanopartikül sentezlenmiştir. Yapılan karakterizasyonların sonucunda ZFFNP’lere göre daha yüksek kararlılık gösteren FFANP’ler meme kanseri gen tedavisi için siRNA taşıyıcı olarak geliştirilmişlerdir. FFA dipeptidinin yapısında bulunan dipolar amid grubundan dolayı dipolar karakter gösteren FFANP’ler ile negatif yüklü siRNA molekülleri 3 farklı yöntemle etkileştirilmesi hedeflenmiştir. siRNA’nın nanopartikülün içine hapsedildiği enkapsülasyon ve yüzeyine adsorplandığı adsorpsiyon yöntemleri ile FFANP-siRNA etkileşimi sağlanamamıştır. Tabaka-tabaka polielektrolit biriktirme yönteminin FFANP ve siRNA bağlanmasındaki başarısı zeta-potansiyel ölçümleri ve SEM analizleriyle doğrulanmıştır. Bu yöntemde, kısaca FFANP dispersiyonuna polikatyon olan poli-L-lisin (PLL) eklenerek ilk tabakanın katyon-dipol etkileşimi ile nanopartikül yüzeyine adsorplanması sağlanmıştır. PLL tabakası ile katyonikleşen nanopartikül ikinci tabaka polianyon olan siRNA ile etkileştirilerek siRNA’lar nanopartiküle bağlanmıştır. Üçüncü tabaka olarak nanopartiküller tekrar PLL ile kaplanmıştır. Hazırlanan nanopartiküllerin gen taşımadaki başarısı insan göğüs kanseri hücre hattında HER2 geninin susturulması çalışmalarıyla değerlendirilmiştir. Gerçek zamanlı-polimeraz zincir reaksiyonu ve immunositokimya çalışmalarının sonucunda FFANP-PLL/siRNA/PLL’lerin FFANP-PLL/siRNA’lara göre gen taşımada daha etkili olduğu saptanmıştır. İkinci tabaka PLL’nin nanopartiküle pozitif yük kazandırdığı için hücreye girişini kolaylaştırdığı ve siRNA’yı nükleaz ataklardan koruduğu düşünülmektedir. Çalışmalardan alınan sonuçlara göre sentezlenen nanopartiküller gen tedavide uygulamalarında ümit vaad etmektedir

Saponin loaded montmorillonite-human serum albumin nanocomposites as drug delivery system in colorectal cancer therapy

WOS: 000449135300025This study reports the synthesis and application of new saponin (SAP)-loaded montmorillonite-human serum albumin (Mt-HSA) nanocomposites (NCs) as an anticancer drug delivery agent. When the biodegradable and biofriendly HSA was combined with Mt., which possesses excellent mucoadhesive properties, the resulting NCs could pass through the gastrointestinal barrier easily. SAP-Mt-HSA NCs were prepared by a modified desolvation technique in which ethanol and glutaraldehyde (GA) were used as precipitating and crosslinking agents, respectively. The efficacy of these NCs was assessed in a colorectal cancer cell line (DLD-1) as an in-vitro gastrointestinal model and L929 fibroblast cells as a healthy cell model. The release profile of SAP and the cytotoxic effect and cellular uptake of NCs were evaluated. The results clearly demonstrated that SAP-Mt-HSA NCs can induce dose-dependent cancer cell death with little or no toxicity toward healthy cells