Comment opérationnaliser et évaluer la prise en compte du concept ‘FAIR' dans le partage des données: Vers une grille simplifiée d’évaluation du respect des critères FAIR.

National audienceIndexed identifier ? Identification Are each data/dataset identified by an indexed and independant identifier ? Persistent metadata / data link ? Metadata traceability Are the metadata linked to the dataset through a persistent identifier? Metadata & authority linked ? Metadata traceability Are the metadata of each dataset linked to a unique authority (responsible for the datasets at a given time)? Unique, global, persistent ID? Identification Are the data identifiers unique, global and persistent ? Are the data identifiers unique, global and persistent ? Datasets linked to authority ? Metadata traceability Are all datasets linked to an authority (legal entity) through a unique and persistent identifier over time (e.g. institution, association or established body)? In case of a legal reuse restriction (such as personal data, state and public security, national defense secret, confidentiality of external relations, information systems security, secrets in industrial and commercial matters) , is the restriction properly justified?SHARC (SHAring Reward & Credit) est un groupe d’intérêt scientifique interdisciplinaire créé dans le cadre de RDA (Research Data Alliance) dans le but de faciliter le partage des données de recherche (et des ressources) par la valorisation de l’ensemble des activités pré-requises à ce partage, tout au long du cycle de vie des données. Dans ce cadre, un sous-groupe de travail SHARC élabore des grilles d’évaluation des chercheurs afin de mesurer leur niveau de prise en compte des principes FAIR dans la gestion de leurs données.La grille d’évaluation présentée dans ce poster est destinée à être complétée par tout scientifique produisant et / ou utilisant des données. Il s'agit d'un résumé d'une grille d'évaluation plus étendue conçue pour un partage optimal des données (non encore mise en œuvre pour le moment par la plupart des scientifiques).L'évaluation est basée sur les critères de conformité FAIR. Pour remplir cet objectif, la grille affiche le minimum de critères qui doivent absolument être appliqués par les chercheurs pour attester de leur pratique FAIR. Ces critères sont organisés en 5 groupes: «Motivations de partage»; "Trouvable", "Accessible", "Interopérable" et "Réutilisable". Pour chaque critère, 4 degrés d’évaluation sont proposés ("Jamais / Non évaluable"; "Si obligatoire"; "Parfois"; "Toujours"). Au moins un degré mais un seul doit être sélectionné par critère. L'évaluation doit être effectuée pour chaque catégorie F / A / I / R; L'évaluation finale est la somme de chaque degré coché rapportée au nombre total de critères dans chaque catégorie F / A / I / R. Des règles d'interprétation prenant en compte les «motivations du partage» sont proposées

Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans

Summary Genome sequencing projects are discovering millions of genetic variants in humans, and interpretation of their functional effects is essential for understanding the genetic basis of variation in human traits. Here we report sequencing and deep analysis of mRNA and miRNA from lymphoblastoid cell lines of 462 individuals from the 1000 Genomes Project – the first uniformly processed RNA-seq data from multiple human populations with high-quality genome sequences. We discovered extremely widespread genetic variation affecting regulation of the majority of genes, with transcript structure and expression level variation being equally common but genetically largely independent. Our characterization of causal regulatory variation sheds light on cellular mechanisms of regulatory and loss-of-function variation, and allowed us to infer putative causal variants for dozens of disease-associated loci. Altogether, this study provides a deep understanding of the cellular mechanisms of transcriptome variation and of the landscape of functional variants in the human genome

Integrating precision cancer medicine into healthcare—policy, practice, and research challenges

Abstract Precision medicine (PM) can be defined as a predictive, preventive, personalized, and participatory healthcare service delivery model. Recent developments in molecular biology and information technology make PM a reality today through the use of massive amounts of genetic, ‘omics’, clinical, environmental, and lifestyle data. With cancer being one of the most prominent public health threats in developed countries, both the research community and governments have been investing significant time, money, and efforts in precision cancer medicine (PCM). Although PCM research is extremely promising, a number of hurdles still remain on the road to an optimal integration of standardized and evidence-based use of PCM in healthcare systems. Indeed, PCM raises a number of technical, organizational, ethical, legal, social, and economic challenges that have to be taken into account in the development of an appropriate health policy framework. Here, we highlight some of the more salient issues regarding the standards needed for integration of PCM into healthcare systems, and we identify fields where more research is needed before policy can be implemented. Key challenges include, but are not limited to, the creation of new standards for the collection, analysis, and sharing of samples and data from cancer patients, and the creation of new clinical trial designs with renewed endpoints. We believe that these issues need to be addressed as a matter of priority by public health policymakers in the coming years for a better integration of PCM into healthcare

Implémentation clinique du séquençage de nouvelle génération en France et au Québec : une analyse multidisciplinaire des implications pour les politiques publiques

La chute des prix des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) s'est accompagnée de leur utilisation accrue, en recherche et en clinique. L'interprétation toujours meilleure des génomes humains peut permettre le développement de meilleures stratégies de prévention, de diagnostic et de traitement des maladies. Des investissements significatifs ont vu le jour dans de nombreux pays industrialisés en vue de réaliser les promesses de la médecine personnalisée. Cependant, le séquençage du génome complet de patients n'est offert en tant que test clinique que dans un nombre très limité d'établissements de santé dans le monde. La France et le Québec ont investi de manière considérable dans la recherche en génomique. Cependant, des décisions stratégiques doivent encore être prises quant à l'implémentation clinique des technologies NGS dans ces deux juridictions. Dès lors, l'objectif de ce projet est de contribuer à l'ensemble des preuves et faits à la disposition des décideurs publics. Nous avons focalisé notre attention sur deux technologies, le séquençage de l'exome (whole-exome sequencing, WES) et du génome complet (whole-genome sequencing, WGS). Notre objectif était d'établir si l'utilisation efficace et responsable du WES/WGS pouvait être mise en péril par des lacunes dans les politiques publiques ou cadres règlementaires et normatifs applicables. A l'heure actuelle, l'interprétation clinique de la séquence génomique ou exomique d'un patient nécessite l'intervention de nombreuses parties prenantes, y compris des chercheurs qui utilisent des outils, procédés et normes développés dans le cadre de la recherche pour analyser les données NGS. En parallèle, les cadres normatifs existants ont été construits pour accommoder les données génétiques, mais n'abordent pas la question des données génomiques. Notre hypothèse est que ces éléments créent un besoin de standardisation, qui pourrait requérir des adaptations du cadre normatif. Nous avons répondu à trois questions de recherches: (1) Quels enjeux les utilisateurs de technologies NGS soulèvent-il à propos de leur utilisation en clinique ? Pour répondre nous avons fait une étude systématique de la littérature. (2) Comment les données NGS de patients sont-elles à l'heure actuelle par des institutions de santé en France et au Québec ? Pour répondre nous avons réalisé une étude de cas multiples. (3) Y a-t-il des lacunes dans les cadres normatifs qui devraient être comblées pour assurer l'utilisation responsable, efficace et standardisée des données NGS en clinique ? Pour répondre nous avons fait une revue narrative des cadres applicables en France et au Québec. Dans notre étude systématique de la littérature, nous avons identifié 23 enjeux différents liés l'utilisation de données NGS de patients. Nous avons aussi trouvé que de nombreux utilisateurs des technologies NGS appelaient à ce que les pratiques soient standardisées avant l'introduction de WES/WGS en clinique. De plus, de nombreux ajustements infrastructurels devront être fait pour que des institutions de santé puissent accommoder le stockage, et l'interprétation de données massives et complexes en génomique. A travers notre étude de cas, nous avons découvert qu'en plus de la gestion de nombreux niveaux de complexité des données NGS, il est nécessaire d'obtenir l'appui de nombreuses parties-prenantes avant de pouvoir offrir le WES/WGS aux patients. Organiser cela à l'échelle nationale ne peut pas se faire sans un engagement politique fort aux plus hauts niveaux de l'Etat. Enfin, notre étude des cadres normatifs a montré qu'ils étaient très protecteurs des personnes, et pourraient nécessiter des ajustements mineurs pour accommoder les tests génomiques. En revanche, nous avons aussi pu conclure que la médecine génomique ne pourrait pas être mise en place sans un engagement politique, ainsi que des investissements monétaires et infrastructurels forts, qui ne sont que partiellement présents actuellement en France et au Québec.The decreasing cost of next-generation sequencing (NGS) technologies has resulted in their increased use in research, and in the clinical context. Indeed, the correct interpretation of a human genome can enable better prevention, diagnosis and treatment strategies. Significant public investments in NGS have been made in various developed nations to realise the promise of personalized medicine. Yet, today the sequencing and analysis of a patient’s exome or genome is only offered as a clinical test in a limited number of clinics around the world. France and Quebec have made sizable investments in genomics research, and France announced the launch of a genomic medicine plan in 2016. However, policy decisions still have to be made on the nation-wide clinical implementation of NGS technologies in both jurisdictions. Therefore, this project’s objective was to contribute to the body of evidence available to policymakers in France and Quebec on the clinical implementation of NGS technologies. We focused our attention on two specific NGS technologies, namely Whole Genome Sequencing (WGS), and Whole Exome Sequencing (WES). We specifically aimed to assess if the responsible and efficient use of WES/WGS data in the context of clinical care could be impeded by policy gaps. Currently, the clinical interpretation of a patient’s genome sequence data is done through the intervention of many stakeholders including basic science researchers. These researchers use bioinformatics tools, processes and norms developed for research to filter and analyse patients NGS data. In parallel, existing regulatory and normative frameworks have been developed for the use of genetic data, and include no clear definition of genomic data or genomic technologies. We hypothesised that these elements create a strong need for standardization of practices, and may require adaptations of current regulatory and normative frameworks to the context of NGS. We therefore aimed to answer three research questions: (1) What issues do technology users experience and foresee when using WES data to inform patient care? To answer this, we performed a systematic review of the literature. (2) How are patients’ NGS data currently managed (produced, analysed, interpreted and shared) in clinical institutions in Quebec and in France? We answered this by performing a case studies analysis, interrogating key stakeholders directly involved in managing patients’ NGS data in France and Quebec. (3) Are there gaps in the current regulatory and normative frameworks which should be addressed to enable a responsible and efficient standardized use of NGS data in the clinic? To answer this, we performed a narrative review of the currently applicable normative frameworks in France and in Quebec. In our systematic literature review, we identified 23 distinct challenges linked to the production, analysis, reporting and sharing of patients’ WES data. We also found that technology users were calling for practices to be more standardized before NGS was offered as a clinical test, and that numerous infrastructural adjustments had to be made in order for healthcare institutions to accommodate the vase amounts of highly complex NGS data. Through our case study analysis, we showed that in addition to managing the various levels of complexities of producing, analysing and sharing complex NGS data, a significant buy-in from numerous stakeholders was necessary in order to offer clinical genomics to patients. At the National level, this cannot be done without a strong political will. Finally, through our normative frameworks analysis, we concluded that existing frameworks were highly protective of patients and research participants, and could need marginal adjustments in order to accommodate for NGS tests. However, we also concluded that clinical genomics could not be realized without political will, and sustained monetary and infrastructural investments, which are only partly present in France and Quebec

Clinical implementation of next-generation sequencing technologies en France and Quebec : a multidisciplinary analysis of policy implications

La chute des prix des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) s'est accompagnée de leur utilisation accrue, en recherche et en clinique. L'interprétation toujours meilleure des génomes humains peut permettre le développement de meilleures stratégies de prévention, de diagnostic et de traitement des maladies. Des investissements significatifs ont vu le jour dans de nombreux pays industrialisés en vue de réaliser les promesses de la médecine personnalisée. Cependant, le séquençage du génome complet de patients n'est offert en tant que test clinique que dans un nombre très limité d'établissements de santé dans le monde. La France et le Québec ont investi de manière considérable dans la recherche en génomique. Cependant, des décisions stratégiques doivent encore être prises quant à l'implémentation clinique des technologies NGS dans ces deux juridictions. Dès lors, l'objectif de ce projet est de contribuer à l'ensemble des preuves et faits à la disposition des décideurs publics. Nous avons focalisé notre attention sur deux technologies, le séquençage de l'exome (whole-exome sequencing, WES) et du génome complet (whole-genome sequencing, WGS). Notre objectif était d'établir si l'utilisation efficace et responsable du WES/WGS pouvait être mise en péril par des lacunes dans les politiques publiques ou cadres règlementaires et normatifs applicables. A l'heure actuelle, l'interprétation clinique de la séquence génomique ou exomique d'un patient nécessite l'intervention de nombreuses parties prenantes, y compris des chercheurs qui utilisent des outils, procédés et normes développés dans le cadre de la recherche pour analyser les données NGS. En parallèle, les cadres normatifs existants ont été construits pour accommoder les données génétiques, mais n'abordent pas la question des données génomiques. Notre hypothèse est que ces éléments créent un besoin de standardisation, qui pourrait requérir des adaptations du cadre normatif. Nous avons répondu à trois questions de recherches: (1) Quels enjeux les utilisateurs de technologies NGS soulèvent-il à propos de leur utilisation en clinique ? Pour répondre nous avons fait une étude systématique de la littérature. (2) Comment les données NGS de patients sont-elles à l'heure actuelle par des institutions de santé en France et au Québec ? Pour répondre nous avons réalisé une étude de cas multiples. (3) Y a-t-il des lacunes dans les cadres normatifs qui devraient être comblées pour assurer l'utilisation responsable, efficace et standardisée des données NGS en clinique ? [...]The decreasing cost of next-generation sequencing (NGS) technologies has resulted in their increased use in research, and in the clinical context. Indeed, the correct interpretation of a human genome can enable better prevention, diagnosis and treatment strategies. Significant public investments in NGS have been made in various developed nations to realise the promise of personalized medicine. Yet, today the sequencing and analysis of a patient’s exome or genome is only offered as a clinical test in a limited number of clinics around the world. France and Quebec have made sizable investments in genomics research, and France announced the launch of a genomic medicine plan in 2016. However, policy decisions still have to be made on the nation-wide clinical implementation of NGS technologies in both jurisdictions. Therefore, this project’s objective was to contribute to the body of evidence available to policymakers in France and Quebec on the clinical implementation of NGS technologies. We focused our attention on two specific NGS technologies, namely Whole Genome Sequencing (WGS), and Whole Exome Sequencing (WES). We specifically aimed to assess if the responsible and efficient use of WES/WGS data in the context of clinical care could be impeded by policy gaps. Currently, the clinical interpretation of a patient’s genome sequence data is done through the intervention of many stakeholders including basic science researchers. These researchers use bioinformatics tools, processes and norms developed for research to filter and analyse patients NGS data. In parallel, existing regulatory and normative frameworks have been developed for the use of genetic data, and include no clear definition of genomic data or genomic technologies. We hypothesised that these elements create a strong need for standardization of practices, and may require adaptations of current regulatory and normative frameworks to the context of NGS. We therefore aimed to answer three research questions: (1) What issues do technology users experience and foresee when using WES data to inform patient care? To answer this, we performed a systematic review of the literature. (2) How are patients’ NGS data currently managed (produced, analysed, interpreted and shared) in clinical institutions in Quebec and in France? We answered this by performing a case studies analysis, interrogating key stakeholders directly involved in managing patients’ NGS data in France and Quebec. (3) Are there gaps in the current regulatory and normative frameworks which should be addressed to enable a responsible and efficient standardized use of NGS data in the clinic? [...

Unsolved challenges of clinical whole-exome sequencing: a systematic literature review of end-users’ views

International audienceBACKGROUND:Whole-exome sequencing (WES) consists in the capture, sequencing and analysis of all exons in the human genome. Originally developed in the research context, this technology is now increasingly used clinically to inform patient care. The implementation of WES into healthcare poses significant organizational, regulatory, and ethical hurdles, which are widely discussed in the literature.METHODS:In order to inform future policy decisions on the integration of WES into standard clinical practice, we performed a systematic literature review to identify the most important challenges directly reported by technology users.RESULTS:Out of 2094 articles, we selected and analyzed 147 which reported a total of 23 different challenges linked to the production, analysis, reporting and sharing of patients' WES data. Interpretation of variants of unknown significance, incidental findings, and the cost and reimbursement of WES-based tests were the most reported challenges across all articles.CONCLUSIONS:WES is already used in the clinical setting, and may soon be considered the standard of care for specific medical conditions. Yet, technology users are calling for certain standards and guidelines to be published before this technology replaces more focused approaches such as gene panels sequencing. In addition, a number of infrastructural adjustments will have to be made for clinics to store, process and analyze the amounts of data produced by WES

Additional file 1: of Clinical exome sequencing in France and Quebec: what are the challenges? What does the future hold?

Details on data collection and analysis methodology. (DOCX 30 kb

Quand l’anticipation devient plurielle : la complexité des données génomiques à l’épreuve des pratiques professionnelles

National audienceLe domaine de la génétique médicale offre une scène intéressante pour étudier le lien entre des avancées technologiques dont la portée est à définir, une connaissance scientifique en construction et des décisions pratiques qui engagent les projets de vie des patients. L’utilisation des nouvelles technologies de séquençage du génome humain (Next Generation Sequencing, ngs ) en santé alimente le débat scientifique, éthique, social et juridique. Bien que ces technologies ne fassent pas encore partie de la boîte à outils standard du généticien, de nombreux enjeux sont déjà identifiés : les ngs brouillent les distinctions entre pratique diagnostique et recherche, fournissent de nombreuses données qui requièrent une interprétation dont on ne dispose pas toujours, et introduisent de nouvelles catégories de « risques » médicaux. Ainsi, la pratique médicale est soumise à des tensions : les généticiens sont confrontés à l’interprétation difficile des résultats, et exposés à la responsabilité d’annoncer ou de taire des résultats inattendus ou controversés, sans que le patient soit toujours en mesure d’en décider lui-même vu la complexité de l’information. De nouvelles questions se posent alors : comment déterminer ce qu’il faut dire ou pas au patient ? Comment donner la bonne information avec les termes justes ? Faut-il recontacter le patient et/ou la famille en fonction de l’évolution des connaissances ? Ce travail vise à préciser le cadre éthique général et les pratiques professionnelles questionnées par le passage des ngs en clinique, en se focalisant sur l’anticipation plurielle que ce phénomène génère. Il permet de souligner l’intérêt de l’élaboration précoce des dimensions éthiques pertinentes au sein des pratiques professionnelles, face au changement technologique

Unsolved challenges in pediatric whole-exome sequencing: A literature analysis

Whole-exome sequencing (WES) has been instrumental in the discovery of novel genes and mechanisms causing Mendelian diseases. While this technology is now being successfully applied in a number of clinics, particularly to diagnose patients with rare diseases, it also raises a number of ethical, legal and social issues. In order to identify what challenges were directly foreseen by technology users, we performed a systematic review of the literature. In this paper, we focus on recent publications related to the use of WES in the pediatric context and analyze the most prominent challenges raised by technology users. This is particularly relevant considering that a) most patients currently undergoing testing using WES to identify the genetic basis for rare diseases are children and b) their lack of capacity to consent for themselves makes them a vulnerable population and generates the need for specific ethical, legal and regulatory procedures. We identified key challenges that related to four main categories: (1) intake; (2) sequence production and analysis; (3) reporting of results and counseling considerations and (4) collaborative data interpretation and data sharing. We then contextualize these challenges in light of the recent recommendations and guidelines, published by professional societies that have significant potential to impact the field.peerreview_statement: The publishing and review policy for this title is described in its Aims & Scope. aims_and_scope_url: http://www.tandfonline.com/action/journalInformation?show=aimsScope&journalCode=ilab20status: publishe