From the classroom to an opinion note: complementary analysis of the genetic structure of the neotropical tree manilkara zapota (L) P. Royen (Sapotaceae)

Here, we describe a learning strategy that results an excellent choice for a first approach of students to produce scientific knowledge that can be confronted in the scientific field as well as recognize in this knowledge the transferability to the natural resources management. Nowadays, the availability of several Population Genetics software together with public molecular database represents a valuable tool of great assistance for teachers of this discipline. In this way, we implemented a lecture where the students worked with empirical data set from a recent published article. The students joined theoretical concepts learned, computational software free available and empirical data set. The development of the activity comprised four steps: i) estimate population genetics parameters using software recommended by teachers, ii) understand results in a biological sense, iii) read the original manuscript from dataset authors and iv) compare both results in a comprehensive way. The students assumed the challenge under a reflective look and they kept a very fruitful discussion playing a role of population geneticists. Their exchange of ideas allowed them arrive to the conclusion that Manilkara zapota populations keep high levels of genetic diversity, although Ancient Maya left traces in the genetic makeup of these non-native populations with different management histories.Fil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Sanabria, Daiana Jimena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentin

Comparación in vitro de aciclovir, ganciclovir y cidofovir contra alfa-herpesvirus equino 3 y evaluación de la eficacia de los mismos frente a 6 aislamientos de campo del virus

El alfa-herpesvirus equino 3 (EHV3) es el agente etiológico del exantema coital equino (ECE), enfermedad venérea, altamente contagiosa y caracterizada por la aparición de pápulas, vesículas, pústulas y úlceras en los genitales externos de yeguas y padrillos. Luego de la primo-infección, el EHV3 se mantiene en el animal en un estado de latencia a partir del cual puede reactivar y excretarse, generalmente de manera subclínica. No existen vacunas, por lo que la prevención se basa en la detección de las lesiones clínicas previo al servicio, y la segregación de estos animales. Sin embargo, este abordaje no previene la infección del padrillo por parte de yeguas que excretan el virus de manera subclínica, y por lo tanto existe la necesidad de un tratamiento específico contra el EHV3. En la actualidad, existen varios compuestos antivirales de probada eficacia contra herpesvirus humanos y veterinarios. El objetivo de este trabajo es comparar la eficacia de 3 compuestos antivirales, aciclovir, ganciclovir y cidofovir, contra EHV3 in vitro, y evaluar la eficacia de los mismos contra 6 cepas de campo argentinas de EHV3. Para determinar la eficacia de los compuestos in vitro se evaluaron 3 parámetros: reducción del número de placas de lisis, reducción del tamaño de placas de lisis y reducción de la producción de virus. Adicionalmente, la efectividad de los compuestos en una concentración óptima, previamente determinada en este estudio, fue determinada para 6 cepas de campo argentinas de EHV3. De acuerdo con los resultados obtenidos, ganciclovir fue el compuesto más potente en reducir la replicación del EHV3 in vitro, y por lo tanto podría considerarse un potencial candidato para el tratamiento y la prevención del ECE en yeguas y padrillos.Equid alphaherpesvirus 3 (EHV3) is the etiological agent of equine coital exanthema (ECE), which is a venereal, highly contagious disease, characterized by the formation of papules, vesicles, pustules and ulcers on the external genitalia of mares and stallions. EHV3 remains in a latent state after a successful infection and there are latently infected animals in which the virus is reactivated and generally re-excreted subclinically. There are no available vaccines for this condition and prevention is based on the clinical examination of mares prior to mating, which allows to segregate those showing clinical signs. As this approach does not eliminate the risk of contagion in stallions from subclinically infected mares, there is a need for a specific EHV3 treatment. Nowadays, there exist various antiviral compounds of proven effectiveness for other alphaherpesviruses affecting humans and animals. The aim of the present study was to compare the efficacy of three antiviral compounds, acyclovir, ganciclovir and cidofovir against EHV3 in vitro, and to assess their efficacy against six EHV3 Argentinian field isolates. To determine the efficacy of these compounds in vitro, three parameters were analyzed: reduction of plaque number, reduction of plaque size and reduction of viral production. Additionally, the effectiveness of the three compounds at an optimum concentration previously determined in this study was investigated for the EHV3 field isolates. Based on our results, ganciclovir was the most potent antiviral compound to reduce EHV3 replication in vitro and may thus be a valuable candidate for treatment and prevention of ECE in mares and stallions.Fil: Vissani, María Aldana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; ArgentinaFil: Zabal, Osvaldo Alfredo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; Argentina. Universidad del Salvador; ArgentinaFil: Tordoya, María S.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; ArgentinaFil: Parreño, Gladys Viviana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Thiry, Etienne. Université de Liège; BélgicaFil: Barrandeguy, María. Universidad del Salvador; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires; Argentin

A regression approach to estimate the relative roles of pollen-versus seed-mediated gene flow under an isolation by distance model

In the present work, a new estimator to be known as rIBD is proposed. The proposed estimator indirectly quantifies the relative role of gene flow mediated by pollen in relation to the gene flow mediated by seeds in hermaphrodite angiosperm species when an isolation by distance model is assumed. The proposed estimator complements the well-known estimator proposed by Ennos, which is appropriate for studies under the island model. In the present work, the proposed rIBD index was used to analyze microsatellite data from uni- and biparentally inherited genomes generated by simulations, as well as for the analysis of an empirical data set obtained from public databases of forest tree species. The differences in median values of the proposed rIBD index for simulated data using the Stepping Stone Model and Truncated Pareto Distribution Model coincided with the magnitude expected in terms of differences between levels of pollen and seed dispersion previously established in the simulations. In empirical data, the proposed rIBD index shows lower levels of gene flow by seed versus gene flow by pollen, the ratio between them being three times lower than the ratio obtained by the Ennos index estimated under the island model. From the analyses carried out, it is feasible to consider the rIBD index as a suitable estimator of the role of gene flow by seeds in relation to gene flow by pollen under isolation by distance.Fil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; ArgentinaFil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; Argentin

Quantifying genetic diversity: the starting point for population genetic studies using molecular markers

Natural populations must keep genetic diversity since it is essential for the long-term survival of species and provides the raw material for all evolutionary changes.The emergence of marker systems has, for the last 40 years, closely tracked developments in biochemistry and molecular biology. Morphological markers were largely supplanted by biochemical markers and the latest markers were supplanted by the development of markers based on DNA polymorphisms. A molecular marker is in essence a nucleotide sequence corresponding to a particular known or unknown physical location in the genome.Genetic diversity represents the total genetic variation among individuals within a population. Over the years an evolution in the understanding of genetic diversity quantification can be perceived. In order to know the evolution in this understanding we surveyed the archives of the prestigious scientific journal Heredity. Population genetics was born mainly as a theoretical science. Protein electrophoresis produced data that could be interpreted using the language and perspective of traditional population genetic theory and it allowed that population genetic become in an empirical science. The field of empirical population genetics started to be preoccupied with characterizing and quantifying genetic variation. Now this view is evolving and the impact of population genetics increased considerably in almost all fields of biology. We could conclude that estimation of genetic diversity was the goal of several studies per se twenty years ago. However, quantification of genetic diversity is nowadays an obligatory step in population genetic studies regardless of the main aim of these studies.Fil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical; ArgentinaFil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical; Argentin

A unifying study of phenotypic and molecular genetic variability in natural populations of Anadenanthera colubrina var. cebil from Yungas and Paranaense biogeographic provinces in Argentina

Anadenanthera colubrina var. cebil is a native tree species in the South American subtropical forests that is discontinuously distributed. Thirteen quantitative traits and eight nuclear microsatellite loci were examined in individuals from two biogeographic provinces of Argentina in order to determine the number and composition of genetically distinguishable groups of individuals and explore possible spatial patterns of thephenotypic and genetic variability. Means of reproductive traits were higher in the Yungas than in the Paranaense biogeographic province whereas five out of eight non-reproductive quantitative traits showed higher mean values in the latter. Variance coefficients were moderate, and Analyses of Variance resulted in significant differences between and within provinces. Three clusters were defined based on spatial model for cluster membership for quantitative traits. One cluster grouped the individuals from the Paranaense biogeographic province whereas the individuals from the Yungas biogeographic province grouped regarding its population of origin. Parameters of molecular genetic variability showed higher values in the Yungas than in the Paranaense biogeographic province. Observed heterozygosity was lower than expected heterozygosity in both biogeographic provinces indicating an excess of homozygosity. The homozygosity test by Watterson and the exact test by Slatkin suggested diversifying selection for locus Ac41.1. Bayesian clustering spatial model for microsatellites loci data were performed for both all loci and all loci excluding locus Ac41.1. In both analyses two clusters were inferred. AMOVAs revealed similar results for all genotypes and for all genotypes defined excluding locus Ac41.1. Most of the total variance is attributable to genetic variation within clusters. The presence of homogeneous clusters was detected for both the phenotypic and molecular genetic variability. Two Bayesian clustering analyses were performed according to molecular genetic data, and two clusters were inferred. Individuals were assigned to their provinces of origin. Genetic molecular variation was higher in the populations of the Yungas biogeographic province which translates in highly qualified populations for conservation. Populations from the Paranaense biogeographic province showed the highest mean value of number of seeds per fruit making them valuable as well with regard to the exploitation of management strategies as a means to recover the impacted areas where these populations are located.Fil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Prinz, Kathleen. Universität Göttingen; Alemania. Universitat Jena; AlemaniaFil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Miretti, Marcos Mateo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Finkeldey, Reiner. Universitat Jena; Alemani

The efficacy of ELISA commercial kits for the screening of equineinfectious anemia virus infection

El mejor indicador de la infección por el virus de la anemia infecciosa equina (Equine infectious anemia virus, EIAV) es la detección de anticuerpos específicos en el suero del caballo. En el presente trabajo se evaluó la capacidad de detección de anticuerpos contra EIAV de dos equipos de ELISA comerciales utilizando 302 muestras de suero equino, así como las ventajas potenciales de su uso como herramientas de screening. Ambos ensayos de ELISA presentaron 100 % de sensibilidad diagnóstica y una especificidad diagnóstica del orden de 92,3 a 94,3 %. Las muestras discordantes fueron analizadas por inmunoblot. Los resultados mostraron que las dos pruebas ELISA son muy eficientes para detectar animales infectados por EIAV, al permitir identificar un mayor número de animales positivos que la prueba de inmunodifusión en gel de agar, oficialmente aprobada en la República Argentina para la certificación de los animales. Las pruebas de ELISA constituyen herramientas muy útiles en los programas de control y de erradicación de la infección por EIAV.The most used and reliable indicator of equine infectious anemia virus (EIAV) infec-tion is the detection of its specific antibodies in horse serum. In the present study, theperformance of two commercial ELISA tests for the detection of EIAV antibodies as well asthe potential advantages of their use as an EIAV infection screening tool were evaluated in 302horse serum samples. Both ELISA assays showed 100% diagnostic sensitivity, and 92.3-94.3%diagnostic specificity. Discordant results were analyzed by immunoblot. The results showedthat both ELISA tests are very efficient at detecting EIAV infected animals, allowing to identifya higher number of positive horse cases. Thus, ELISA assays can be useful tools in EIA controland eradication.Fil: Alvarez, Irene. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Cipolini Galarza, Fabiana. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Veterinarias; ArgentinaFil: Wigdorovitz, Andrés. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Veterinarias; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; ArgentinaFil: Trono, Karina Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; ArgentinaFil: Barrandeguy, María Edith. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; Argentina. Universidad del Salvador. Escuela de Veterinaria; Argentin

Serological survey for equine viral arteritis in several municipalities in the Orinoquia region of Colombia

Objective. The goal of this study was to determine the current status of the Equine Arteritis virus (EAV) in horse populations in the Orinoquia region of Colombia. Materials and methods. A transversal study was conducted by serological survey of equine (n=100) from 11 municipalities of the Colombian Orinoquia region. Serum samples were tested by virus seroneutralization assay according to the guidelines provided by the World Organization for Animal Health. Results. After testing was carried out no positives samples to EAV were found in the population analyzed. Conclusions. Although the sample size of the population screened in this study does not represent the total equine population size for the region or the country, data obtained has shown the absence of EAV infection in these animals. However, a wider study area including other regions of the country, with a feasible statistical design, would determine if this infection continues to be an exotic disease for Colombia

Estudio del rol del flujo génico y de la deriva genética en la determinación de la estructura de las poblaciones fragmentadas de Anadenanthera colubrina var. cebil (Fabaceae, Fabales)

Anadenanthera colubrina var. cebil constituye un recurso forestal nativo Sudamericano el cual presenta una distribución discontinua en Argentina, restringiéndose su presencia a las provincias biogeográficas paranaense y de las Yungas. La hipótesis sobre la cual se sustentó el presente trabajo sostiene que el flujo génico homogeneiza las frecuencias génicas entre las poblaciones contrarrestando los efectos de la deriva genética provocados por la fragmentación. Los objetivos generales de este trabajo fueron: indagar acerca del rol evolutivo del flujo génico y de la deriva genética como fuerzas modeladoras de las frecuencias génicas en las poblaciones fragmentadas y determinar la importancia del movimiento de los alelos a través de la dispersión de las semillas y del polen. Se emplearon marcadores moleculares selectivamente neutros de herencia biparental, microsatélites nucleares, y de herencia uniparental, microsatélites cloroplásticos.Facultad de Ciencias Naturales y Muse

Back to the future: Evidence of ancestral polymorphism in current populations of Anadenanthera colubrina var. cebil by means of Population Graphs

Population Graphs includes network theory to infer the relationship among individuals or populations and their respective roles. The hypothesis for this work establishes that Argentinean natural populations of Anadenanthera colubrina var. cebil keep ancestral polymorphism as a consequence of continuous historical distribution of this species in South America. Network analyses were performed centered on individuals and populations using two different measures which integrate genetic information in terms of time and divergence history. These analyses allow us to conclude that the populations of A. colubrina var. cebil display geographical isolation even though they are historically related

Divergencia histórica en Anadenanthera colubrina var. cebil (Leguminosae) analizando una región intrónica del ADN cloroplástico

Anadenanthera colubrina var. cebil es una especie forestal nativa de América del Sur. Presenta una distribución amplia y disyunta que se corresponde con la distribución de los Bosques Tropicales Estacionalmente Secos. Para estudiar el posible efecto de los cambios climáticos del Pleistoceno sobre la distribución de A. colubrina var cebil se analizó la secuencia del intrón trnL del ADN cloroplástico en 48 individuos provenientes de las Provincias Fitogeográficas Paranaense y de las Yungas. Se identificó un SNP en la posición 501 que permitió definir dos haplotipos fijados cada uno de ellos en la región fitogeográfica de origen de los individuos. Las secuencias del intrón trnL para estos haplotipos fueron contrastadas con secuencias de esta región disponible en la base pública de datos GenBank. A partir de este conjunto de secuencias se definieron otros tres haplotipos. Se construyó una red para determinar las relaciones filogenéticas. Las estimaciones de distancia genética entre los haplotipos tomados de a pares presentaron valores entre 0 y 0,017 en tanto que el tiempo de divergencia entre los haplotipos presentó valores comprendidos entre 0 y 5.600.000 años, aproximadamente.Fil: Calonga Solís, Verónica. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Departamento de Genética; ArgentinaFil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Departamento de Genética; Argentin