Screening for Resistance to Sugarcane Brown Rust with Controlled Conditions Inoculation

Brown rust, caused by Puccinia melanocephala, is an important disease of sugarcane. Breeding for host plant resistance is the primary control measure. Screening for resistance has relied on rating the severity of symptoms caused by natural infection; however, erratic results make this method problematic. A method accomplishing both infection and disease expression under controlled conditions could avoid the problems associated with resistance evaluations under natural infection. Inoculation of seedlings was evaluated to determine whether it could provide accurate resistance ratings in cross appraisal, and inoculation under controlled conditions was evaluated for the potential to accurately determine resistance reactions in clones with known and unknown reactions in comparison to field reactions. Seedlings from crosses between parents with different levels of resistance were inoculated with urediniospores at concentrations ranging from 1 x 103 to 1 x 106 spores per ml. Disease severity was visually assessed at 1 and 2 weeks after inoculation, and resistance ratings were assigned on a modified 1 to 9 scale. Inoculum concentration strongly affected severity and the frequency of resistant progeny in crosses. Brown rust resistance is a heritable trait; however, parental reaction was not a consistent determinant of progeny distribution across resistance rating categories. These results suggest that seedling inoculation may not be suitable for the evaluation of brown rust resistance. Clones were inoculated with 1 x106 spores per ml, and severity was determined as percentage of leaf area occupied by rust lesions by image analysis. Resistance reactions could not be reliably determined for susceptible clones in single inoculations. Controlled conditions inoculation and natural infection results were not correlated. Multiple inoculations under controlled conditions accurately identified resistant and susceptible clones with severe infection resulting from any single inoculation indicating susceptibility. Therefore, controlled conditions inoculation has the potential to be useful in limited studies to characterize parents in a recurrent selection program and for basic studies of resistance to brown rust

Identification of Genes Associated with Resistance to Brown Rust in Sugarcane and Prevalence of One Major Gene

Development of resistant cultivars is the main control measure against sugarcane brown rust caused by Puccinia melanocephala. Durability is uncertain, since the pathogen possesses adaptive ability to overcome host plant resistance. A differential gene expression study utilizing suppressive subtraction hybridization was conducted to improve understanding of brown rust resistance mechanisms in sugarcane. The expression patterns of 11 unigenes representing biosynthetic pathways, defense-related genes, and signaling genes were analyzed in L 99-233, a cultivar exhibiting quantitative resistance, L 01-299, a resistant cultivar with the major resistance gene Bru1, and two susceptible cultivars, Ho 95-988 and L 09-125, at 24 h, 48 h, 72 h, and 1 week after inoculation with P. melanocephala using (semi)quantitative RT-PCR. All genes analyzed for their expression showed message accumulation upon infection in susceptible and resistant cultivars, but the maintenance of high amounts of mRNAs of the genes for a prolonged time period appeared to be the most important factor contributing to brown rust resistance. Differences in the time-course of gene expression were detected between L 01-299 and L 99-233 suggesting variable mechanisms for resistance between the cultivars. Molecular markers were used to screen the World Collection of Sugarcane and Related Grasses (WCSRG) for Bru1 to determine its distribution and frequency in Saccharum species and related genera. A total of 1,282 clones were screened. Bru1 was distributed across the Saccharum complex, but the frequency varied among species. Bru1was more prevalent in S. robustum clones (59.1%), whereas it occurred in low frequency and exhibited the highest level of variability in clones of S. spontaneum (18.8%). Bru1 frequency was highest in the two secondary cultivated species, S. barberi (79.3%) and S. sinense (71.8%). The frequency of Bru1 detection was 26.4% and 21.0% for S. officinarum and interspecific hybrid clones, respectively. The characterization of the WCSRG for Bru1 distribution and prevalence will complement efforts to characterize diversity in the Saccharum complex for the expected expanded use of marker-assisted selection in the future. Selection for quantitative resistance in combination with Bru1 could allow breeding programs to develop sugarcane cultivars with effective and durable resistance against brown rust

Characterization pediatric trauma during the year 2011 in the Military Hospital Central

Describir las características sociodemográficas y clínicas de los pacientes entre 0 y 15 años de edad hospitalizados en el 2011 por trauma Pediátrico en el Hospital Militar Central Métodos: Se realizó un estudio retrospectivo, descriptivo en los pacientes del Hospital Militar Central de Bogotá, servicio de pediatría, comprendido entre el 1 de enero de 2.011 y 31 de diciembre de 2.011. De un total de 1277 hospitalizados por trauma se tomaron 92 pacientes con edades comprendidas entre los 0 y 15 años de edad, de los cuales precisaron ser ingresados 81 y se incluyeron en la base de datos. El registro de cada paciente consta de 27 datos entre los que figuran: Género, Edad por grupo Etáreo, Fuerza Militar, Grado, Zona de Procedencia, Departamento de Procedencia, Lugar topográfico de Ocurrencia, Causa de trauma en casa, Lugar de ocurrencia del trauma fuera de casa, Tipo de Accidente de tránsito, Mecanismo de traslado, Mecanismo del tipo de lesión, Lugar anatómico de la lesión, Tipo de Fractura, Permeabilidad de la vía aérea, Escala de Glasgow, Hora del Trauma, Días de Hospitalización e índice de trauma. Resultados: Se encontró un predominio de trauma en los varones en una relación 1.45:1 siendo el grupo de edad más frecuente de 11- 15 años (26%). El 71.6% de los ingresos tuvieron un índice de trauma pediátrico de 8 o superior. No encontramos mortalidad asociada al trauma en la casuística estudiada. Conclusiones: El estudio permitió conocer los aspectos sociodemográficos y clínicos de la población pediátrica que se trata en el Hospital Militar Central, con el fin de prestar una atención de calidad en la asistencia hospitalaria, así como conocer los posibles factores pronósticos precoces y a intervenir para disminuir la prevalencia de dicha patología.Palabras clave: Trauma Pediátrico, Í, características epidemiológicas.To describe the sociodemographic and clinical characteristics of patients between 0 and 15 years of age hospitalized in 2011 for pediatric trauma in the Central Military Hospital Methods: A retrospective, descriptive study was conducted in patients of Central Military Hospital in Bogotá, pediatric service, between 1 January 2011 and 31 December 2011. From 1277 hospitalized trauma patients aged 92 were taken between 0 and 15 years old, admitted them required to be 81 and included in the database. The record of each patient contains 27 data which include : Gender, Age by Age Group , Military Force , Rating , Area of Origin , Department of Hometown , topographic Location Occurrence , Cause of trauma at home, place of occurrence of the trauma outside the home, type of traffic accident , transfer mechanism , the type of injury mechanism , anatomical location of injury, type of fracture , airway patency , Glasgow Coma Scale , Trauma Time , Days of hospitalization and rate of trauma . Results: The prevalence of trauma was found in males at a ratio of 1.45:1 being the most common age group of 11-15 years (26 %). 71.6 % of income had a pediatric trauma index of 8 or higher . We found no trauma associated with mortality in the studied casuistry. Conclusions: The study yielded information sociodemographic and clinical aspects of the pediatric population concerned in the Central Military Hospital in order to provide quality care in hospital care , as well as identify possible prognostic factors and early intervention to decrease the prevalence of this disease . Keywords: Pediatric Trauma, pediatric trauma index, epidemiological characteristics

Viabilidade De Implantação De Um Buffet De Eventos Especializado Em Churrasco Em São José - Sc

TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Sócio Econômico, Curso de Administração.Este trabalho consiste na elaboração de um Plano de Negócios com o intuito de verificar a viabilidade de implantação de um Buffet de churrasco em domicílio no município de São José-SC

Comparative genomic analyses of cyanobacteria

Tese de mestrado em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2017O presente trabalho teve como objectivo estudar o genoma de 6 (seis) estirpes de cianobactérias recolhidas de locais distintos de Portugal continental. Durante a duração do projecto, propusemo-nos a extrair e quantificar DNA genómico das estirpes mencionadas para, então, procedermos à sua sequenciação. A posterior análise dos dados obtidos focou-se em procurar genes conhecidos de resistência a antibióticos bem como outros elementos genómicos que possam conferir fenótipos de resistência a substâncias antimicrobianas. As cianobactérias são um grupo de procariotas muito estudado quanto à sua prevalência em reservatórios de água para consumo humano e animal. A sua importância prende-se no facto de diversas linhagens de cianobactérias produzirem compostos tóxicos, nomeadamente microcistinas. Estes compostos são nocivos para células eucarióticas, podendo mesmo conduzir à morte dos indivíduos que as ingerem. Para além disto, este grupo de organismos apresenta capacidade de fotossíntese oxigénica, contribuindo para a produção de oxigénio a partir de compostos orgânicos. Mais recentemente, o papel das cianobactérias como parte integrante das comunidades de microorganismos que habitam ambientes aquáticos foi repensado. Estas bactérias proliferam tanto em ´agua doce como em água salgada e contribuem para o pool genético das comunidades em que se encontram. As cianobactérias são capazes de adquirir e partilhar tanto genes como outros elementos genómicos, nomeadamente através de transferência horizontal. A fluidez dos genomas bacterianos sugere que, tal como os restantes genes, os genes de resistência a antibióticos são partilhados pela comunidade microbiana. Este pool de genes de resistência denomina-se resistoma. Na medida em que as cianobactérias apresentam fenótipos de resistência a antibióticos, o seu papel no resistoma destas comunidades começa a ser alvo de estudo. De forma a caracterizar o resistoma de uma comunidade microbiana, é necessário conhecer todos os genes que possam conferir resistência a determinados antibióticos. Para tal, é essencial sequenciar o genoma completo dos indivíduos recolhidos. A Estela Sousa e Silva Algae Culture Collection (ESSACC), actualmente localizada no Instituto de Saúde Doutor Ricardo Jorge, e a Blue Biotechnology and Ecotoxicology Culture Collection (LEGE), localizada no Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental (CIIMAR), permitem-nos iniciar um estudo de caracterização do resistoma de microorganismos de água doce em Portugal. Estas coleções incluem amostras de reservatórios naturais, estações de tratamento de águas residuais e barragens. As amostras caracterizam-se por pertencer a diversas espécies com fenótipos distintos, nomeadamente no que diz respeito a coloração, forma e produção de colónias. Após um estudo prévio de caracterização dos fenótipos de resistência a antibióticos de numerosas amostras, 6 estirpes foram escolhidas para este trabalho. Esta seleção teve em conta fenótipos de resistência contrastantes, ou seja, a escolha teve por base estirpes que apresentassem susceptibilidades diferentes para dados grupos de antibióticos. Ainda assim, todas as estirpes apresentaram resistência ao trimetoprim e ao ácido nalidíxico. Duas estirpes pertencem à espécie Microcystis aeruginosa (LMECYA7 e LMECYA167), outras duas são classificadas como Plantothrix agardhii (LMECYA269 e LMECYA280) e as restantes duas como Planktothrix mougeotii (LEGE06226 e LEGE06233). Quanto à sequenciação, optámos por utilizar o método de terceira geração MinION (Oxford Nanopore Technologies, ONT, UK). O pequeno aparelho de sequenciação funciona através de uma ligação USB 3.0 a qualquer computador portátil ou desktop. A sequenciação dá-se através de um poro que está ligado a um transdutor de sinal elétrico. A molécula de DNA passa através do poro e a corrente medida é transformada numa sequência de bases. Este método tem inúmeras vantagens, nomeadamente: - Permite obter reads longas, na ordem dos milhares de pares de bases (base pairs, bp), o que não é possível através dos métodos convencionais de segunda geração; - Permite obter sequências a partir de DNA não amplificado, ou seja, reduz-se a necessidade aumentar a quantidade de DNA através de PCR; - Permite visualizar o processo de sequenciação em tempo real, no que diz respeito ao rendimento de cada corrida. Para além das vantagens supra referidas, uma das modalidades deste método permite preparar a biblioteca genómica para sequenciação em apenas alguns minutos. Contudo, o processo de obtenção do DNA constitui o passo limitante no que diz respeito a uma sequenciação bem sucedida. A qualidade e quantidade de DNA utilizado para a preparação da biblioteca têm de obeceder a critérios rigorosos. O tamanho dos fragmentos que constituem a biblioteca é um outro factor limitante, no sentido em que, quanto mais fragmentado estiver o DNA, mais pequenas serão as reads obtidas. Portanto, menor será a resolução do genoma que os dados vão permitir. Em suma, realizámos duas rondas de sequenciação com MinION. Na primeira, procedemos a uma corrida de teste, na qual sequenciámos DNA de fago lambda, fornecido pela ONT. Sequenciámos ainda duas bibliotecas de DNA de cianobactérias, pertencentes `as estirpes LMECYA167 e LEGE06233. O DNA genómico de ambas as estirpes foi obtido através da utilização de um kit de extração. Relativamente à segunda ronda de sequenciação, extraímos o DNA das 6 estirpes já mencionadas através da realização de um protocolo de fenol-clorofórmio. Este protocolo tem como objectivo a obtenção de material genético de elevado peso molecular. No final de ambas as rondas de sequenciação, conseguimos obter scaffolds dos genomas das duas estirpes de M. aeruginosa em estudo, isto é, das estirpes LMECYA7 e LMECYA167. Os dados obtidos para as restantes estirpes ficaram aquém das expectativas, no sentido em que não permitiram obter cobertura significativa de nenhum dos genomas. A análise dos dados de todas as sequenciações revelou que a qualidade das reads obtidas foi baixa. Os dados foram, então, filtrados para que apenas as reads de melhor qualidade fossem assembladas e alinhadas aos respectivos genomas de referˆencia. Porém, para todas as estirpes do género Planktothrix, a quantidade de reads mapeada contra a referência e, consequentemente, a cobertura obtida foram irrisórias. Quanto aos scaffolds dos genomas das estirpes de M. aeruginosa, ambas produziram uma sequência consensus maior que metade do genoma de referência. Assim sendo, procedemos à análise dos potenciais genes de resistência a antibióticos presentes nas sequências referidas. Tanto em LMECYA7 como em LMECYA167, foram encontrados potenciais homólogos de genes associados a resistências. Na maioria dos casos, estes genes pertencem a componentes proteicos de bombas de efluxo. Alguns dos outros possíveis genes homólogos encontrados surgem associados a resistência a beta-lactâmicos, quinolonas e sulfonamidas. Genes de resistência a tetraciclina também estão presentes na lista de resultados. Finalmente, a anotação dos scaffolds obtidos parece ter permitido entender a base genética da resistência ao trimetoprim. Foram encontrados, nas sequências de ambas as estirpes, genes para um enzima alternativo da via metabólica dos folatos. Esta via é essencial à sobrevivência destes microorganismos e o trimetoprim actua de forma a inibir um dos enzimas da via. Com a presença de um enzima alternativo, a resistência ao antibiótico é assegurada. Em conclusão, os dados obtidos através de sequenciação de terceira geração permitiram obter scaffolds de dois genomas de cianobactérias. O processo de sequenciação foi simples, mas limitado pelo relativo sucesso do processo de extração. A análise dos dados também foi limitada pela actualização constante dos softwares em actual desenvolvimento. Em última análise, foi possível detectar sinais de adaptação no que diz respeito à evolução de fenótipos de resistência a antibióticos nas estirpes em estudo.Cyanobacteria are photosynthetic organisms that can be found in water bodies worldwide. Cyanobacterial lineage evolution resulted in numerous color, shape and colony-forming phenotypes. Most cyanobacteria produce several toxins, but only a few are capable of nitrogen (N2) fixation. Most interestingly, these bacteria exhibit antimicrobial activity, as well as antibiotic resistance phenotypes. Therefore, it has been suggested that cyanobacteria might harbor several antibiotic resistance (AR) genes. Consequently, it has been hypothesized that these bacteria might play a major role in the dissemination of antibiotic resistance phenotypes in microbial communities. Whole-genome sequencing is necessary to fully characterize the genetic basis of such AR phenotypes. In particular, long-read third-generation sequencing methods might help resolve the genomic structure of AR gene containing regions. Horizontally transferred AR genes are often flanked by highly repetitive sequences, not completely resolved by high-throughput next generation sequencing technologies. Here, we report the use of the portable MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK) sequencing device to obtain the genome sequences of six strains of cyanobacteria. Said biological isolates were collected at different time points in freshwater bodies across Portugal. We obtained genome scaffolds for two Microcystis aeruginosa strains. The LMECYA7 scaffold resulted from a hybrid assembly using not only MinION data but also Illumina paired-end reads. The LMECYA167 genome scaffold represented more than 68% of the reference genome and was entirely built from MinION 1D reads. For both strains, more than one hundred homologous AR gene sequences were found. Among these, fluoroquinolone, beta-lactam and sulfonamide resistance-associated genes were present. Moreover, genome annotation might have unveiled the genetic basis of trimethoprim resistance in the aforementioned cyanobacterial strains. The presence of an alternative folate pathway enzyme (thymidylate synthase, thyX) could fully account for such trimethoprim resistance phenotype. In summary, MinION sequencing allowed us to not only find several homologous AR genes, but also pinpoint the genetic mechanism that is responsible for trimethoprim resistance in two strains of cyanobacteria. Lastly, the process of gDNA extraction requires further optimization, in order to obtain maximum MinION sequencing yield

Zara: marketing in fast fashion: a case-study

Zara was founded in 1975 by Amancio Ortega Gaona, soon becoming the largest and most successful chain of the Galician group Inditex (Industria de Diseño Textil) and a pioneer of the rising fashion category of Fast Fashion. Its innovative vertically-integrated strategies, combined with its emphasis on quality and demand-based offer have shaped the world of fashion and brought forth many questions on its future sustainability and growth. Zara has always relied on its store network for advertising its product offer; allowing its garments to “speak for themselves”. With the continued pressure felt in the industry, management has pressed some concerns about future company growth and creative, innovating solutions must be implemented to guarantee Zara’s future growth. The case-study narrative focuses on these issues and leaves readers with an open question regarding what decision to implement.NSBE - UN