Estructura genética poblacional de dos especies piscícolas, una de estuario y una de arrecife, explotados por la pesca artesanal brasilera

In this study, we used microsatellite markers to examine the genetic structures of Centropomus undecimalis (Bloch, 1792) and Epinephelus marginatus (Lowe, 1834) populations collected from artisanal fishing sites along a stretch of coastline in southeastern Brazil. Based on F-statistics, there was no significant genetic differentiation evident in any C. undecimalis samples (FST=0.012). However, Bayesian clustering, principal component analysis (PCA) and discriminant analysis of principal components (DAPC) results suggested that there were most likely two clusters, with no relation to geographic areas. The bottleneck results showed no significant values and the effective population sizes (Ne) for the two genetically differentiated groups were large and similar. In contrast, for E. marginatus populations, the microsatellite loci showed no population subdivisions. The FST value was low and non-significant (FST=0.008), a Bayesian analysis indicated one cluster, and a PCA showed that all samples from different geographical sites shared the same genetic structure. The bottleneck results exhibited significant differences, and a low Ne was observed. The results of the genetic study of these two species along the southeastern Brazilian coast suggest that the distinct genetic structure of each species should be taken into account as management units for the conservation of their genetic diversities.En este estudio se han utilizado marcadores microsatélites para examinar la estructura genética de Centropomus undecimalis (Bloch, 1792) y Epinephelus marginatus (Lowe, 1834) en localidades de pesca artesanal localizadas a lo largo de la costa del sudeste de Brasil. Los estadísticos de diferenciación poblacional (F-statisctics) no presentaron diferenciación genética entre las muestras de C. undecimalis (FST=0.012). Sin embargo, los resultados de los análisis basados en clústeres bayesianos, componentes principales (PCA) y análisis discriminante de componentes principales (DAPC) sugieren la posible presencia de dos clústeres diferenciados genéticamente, pero sin ninguna relación con las áreas geográficas. Los resultados del análisis de cuello de botella poblacional no son significativos con valores de tamaño efectivo poblacional (Ne) elevados y similares entre los dos clústeres. Por el contrario, en E. marginatus, los análisis basados en microsatélites no muestran ningún patrón de subdivisión genética. El valor de FST es bajo y no significativo (FST=0.008), el análisis Bayesiano indicia un solo clúster y el PCA determina que todas las muestras de las diferentes localidades geográficas comparten la misma estructura genética. El análisis de cuello de botella muestra diferencias significativas con la observación de una baja Ne. Los resultados de los análisis genéticos en estas dos especies a lo largo de la costa sudeste de Brasil sugieren diferentes estructuras genéticas para cada especie y estos resultados deben tenerse en consideración para la estipulación de las medidas de conservación de la diversidad genética

Analysis of the Rhizophora mangle's transcriptome : adaptations to extremophilic trees within a scenario of climate changes

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Marcelo Mendes BrandãoDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: Os manguezais são ecossistemas extremamente importantes em termos de biodiversidade aquática e terrestre, possuindo peculiaridades em termos de características e composição de seus habitats, sendo considerado um ambiente extremo para a sobrevivência de plantas vasculares. No litoral Brasileiro, a composição arbórea dos manguezais é restrita a apenas seis espécies evolutivamente adaptadas à complexidade funcional destes ecossistemas. Rhizophora mangle é uma das espécies mais abundantes deste ecossistema na costa Atlântica do litoral Americano. Estudos com marcadores microssatélites neutros na espécie apontaram uma forte estruturação populacional que divide a espécie em dois grandes grupos no Brasil: um ao norte e outro ao sul do Rio Grande do Norte. O estudo genômico de R. mangle pode fornecer um acréscimo às informações já existentes sobre mecanismos que influenciam na distribuição da diversidade e nas respostas adaptativas desta planta ao ambiente que ocupa. Apesar de ser conhecida a importância dos manguezais na estabilidade geomórfológica da linha de costa, na preservação da biodiversidade e na manutenção dos seus serviços ecossitêmicos, estes ecossistemas estão constantemente ameaçados pelas ações antrópicas e pelas mudanças climáticas globais (MCG). A capacidade de adaptação e regeneração das espécies verdadeiras de mangue face às perturbações e mudanças nas condições ambientais é dependente, além das características físico-ambientais de cada ambiente de mangue, das adaptações fenotípicas e genotípicas em resposta as condições ambientais. Este projeto propõe o sequenciamento do transcriptoma e elaboração do perfil de expressão gênica de indivíduos que caracterizem populações naturais de R. mangle nos extremo sul e norte da sua ocorrência na costa brasileira. Este estudo visa compreender como diferentes pressões seletivas associadas às MCG podem afetar os padrões e níveis da expressão gênica em populações naturais de R. mangle, permitindo a elaboração de melhores estratégias para conservação e manejo dos recursos genéticos de R. mangle e de seus habitats. Utilizando os dados do sequenciamento pela técnica de RNA-seq de R. mangle, foram testadas montagens de novo com três software de montagem, CLC, Trinity e Mira. A montagem final do transcriptoma foi gerada a partir da união entre a montagem gerada pelo Mira e pelo Trinity, mantendo os transcritos comuns e hibridando os transcritos únicos de cada montagem. Desta forma, foi possível obter melhores métricas de montagem. Um total de 50.379.733 reads paired-end foram utilizadas para a montagem de novo de R. mangle em 72.054 unigenes com N50 de 1350 pb. Um total de 34% de contigs/unigenes foram anotados no banco de dados Swiss-Prot e 43,86% de contigs/unigenes anotados no Non-Redundant Protein Database (NR) do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Foram identificadas 22.669 ORFs completas nos transcritos de R. mangle e um total de 18.888 contigs forneceu informações de domínios e famílias de sequências de proteínas identificadas pela ferramenta InterProScan. Foram também identificadas 11.751 repetições de sequências simples (SSRs) e 46.508 variantes SNPs no alinhamento das reads das amostras de Santa Catarina e 87.813 SNPs nas reads das amostras do Pará. Dentre as variantes SNPs detectadas, 20.741 foram comuns entre ambas populações. Através da anotação funcional por termos de ontologia gênica (GO), foram identificados 159 termos em " response to stress", que podem estar associados ao ambiente ostil que R. mangle habita. Para a validação dos resultados do sequenciamento e das análises de bioinformática, 11 genes diferencialmente expressos foram selecionados para validação em RT-PCR (PCR em tempo real), confirmando os resultados de análise de abundância de reads do RSEMAbstract: Mangroves are extremely important ecosystems in terms of aquatic and terrestrial biodiversity, with peculiarities in terms of the characteristics and composition of their habitats, being considered an extreme environment for the survival of vascular plants. In the Brazilian littoral, the arboreal composition of the mangroves is restricted to only six species evolutionarily adapted to the functional complexity of these ecosystems. Rhizophora mangle is one of the most abundant species of this ecosystem on the Atlantic coast of the American coast. Studies with neutral microsatellite markers in the species pointed to a strong population structure that divides the species into two large groups in Brazil: one to the north and one to the south of Rio Grande do Norte. The genomic study of R. mangle can provide an addition to existing information on mechanisms that influence the distribution of diversity and the adaptive responses of this plant to the environment it occupies. Although the importance of mangroves in the geomorphic stability of the coastline, the preservation of biodiversity and the maintenance of their ecosystem services are well known, these ecosystems are constantly threatened by anthropic actions and global climate change (GCM). The adaptability and regeneration capacity of the true mangrove species in the face of disturbances and changes in environmental conditions is dependent, in addition to the physical and environmental characteristics of each mangrove environment, of phenotypic and genotypic adaptations in response to environmental conditions. This project proposes the sequencing of the transcriptome and elaboration of the gene expression profile of individuals that characterize natural populations of R. mangle in the extreme south and north of its occurrence in the Brazilian coast. This study aims to understand how different selective pressures associated to MCGs can affect the patterns and levels of gene expression in natural populations of R. mangle, allowing the elaboration of better strategies for conservation and management of R. mangle genetic resources and their habitats. Using the sequencing data by the R. mangle RNA-seq technique, new assemblies were tested with three assembly software, CLC, Trinity and Mira. The final assembly of the transcriptome was generated from the union between the assembly generated by Mira and Trinity, keeping the common transcripts and hybridizing the unique transcripts of each assembly. In this way, it was possible to obtain better assembly metrics. A total of 50,379,733 paired-end reads were used for reassembly of R. mangle in 72,054 unigenes with a N50 of 1350 bp. A total of 34% of contigs / unigenes were annotated in the Swiss-Prot database and 43.86% of contigs / unigenes annotated in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Non-Redundant Protein Database (NR). A total of 22,669 ORFs were identified in R. mangle transcripts and a total of 18,888 contigs provided information on domains and families of protein sequences identified by the InterProScan tool. We also identified 11,751 single sequence repeats (SSRs) and 46,508 SNPs in the alignment of the reads of the Santa Catarina samples and 87,813 SNPs in the reads of the Pará samples. Among the SNP variants detected, 20,741 were common between both populations. Through the functional annotation by terms of gene ontology (GO), we identified 159 terms in "response to stress", which may be associated with the osteous environment that R. mangle inhabits. For the validation of sequencing results and bioinformatics analyzes, 11 differentially expressed genes were selected for validation in RT-PCR (real-time PCR), confirming the results of analysis of abundance of RSEM readsMestradoGenetica Vegetal e MelhoramentoMestra em Genética e Biologia Molecular2014/11426-123038010030/2013-25FAPESPCAPE

Development and characterization of microsatellite markers for Piptadenia Gonoacantha (fabaceae)

Microsatellite primers were designed for Piptadenia gonoacantha (Fabaceae) and characterized to estimate genetic diversity parameters. The species is a native tree from the Atlantic Forest biome commonly used in forest restoration; it has medicinal potential and the wood is economically useful. Twenty-eight microsatellite loci were identified from an enriched genomic library. Fifteen loci resulted in successful amplifications and were characterized in a natural population of 94 individuals. Twelve loci were polymorphic, with allele numbers ranging from three to 15 per locus, and expected and observed heterozygosities ranging from 0.2142 to 0.8325 and 0.190 to 0.769, respectively. The developed markers will be used in further studies of population genetics of P. gonoacantha, aimed at conservation and management of the species in natural populations and in forest restoration projects32CONSELHO NACIONAL DE DESENVOLVIMENTO CIENTÍFICO E TECNOLÓGICO - CNPQCOORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR - CAPESFUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA DO ESTADO DE SÃO PAULO - FAPESP140036/2011-3sem informaçãoBiota/FAPESP-11/50296-

Fluência nas afasias

Este texto pretende discutir o modo como o conceito de fluência vem sendo tratado na literatura do estudo das afasias, tanto na perspectiva neuropsciológica tradicional quanto na perspectiva enunciativo-discursiva, bem como sua relação com o conceito de disfluência

PENGARUH PROFITABILITAS DAN LIKUIDITAS TERHADAP STRUKTUR MODAL (Studi Empiris Pada Perusahaan Pertambangan Yang Terdaftar di Bursa Efek Indonesiaperiode Tahun 2013-2016)

Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan mengetahui pengaruh profitabilitas dan likuiditas terhadap struktur modal. Penelitian ini menggunakan sampel perusahaan Pertambangan  yang terdaftar di Bursa Efek Indonesia pada periode tahun 2013  sampai dengan 2016. Metode pengambilan sampel adalah purposive sampling.Jumlah perusahaan yang dijadikan sampel dalam penelitian adalah 10 perusahaan dengan periode pengamatan selama 4 tahun sehingga anggota sampel penelitian yang diteliti berjumlah 40 objek perusahaan.Data yang digunakan merupakan data sekunder.Teknik analisis yang digunakan adalah regresi linear berganda dan pengujian hipotesis adalah uji t dan uji f serta nilai R2menggunakan alat uji SPSS 22. Berdasarkan hasil analisis data pengujian parsial (Uji t) variabel profitabilitas (ROE) berpengaruh negative dan tidak signifikan terhadap struktur modal dengan nilai koefisiensi regresi -0,082 dan signifikan 0,337. Variabel Likuiditas (CR) berpengaruh negatif dan signifikan terhadap struktur modal dengan nilai koefisiensi -0,861 dan signifikan 0,000. Hasil uji simultan (ujif) menunjukkan bahwa Profitabilitas dan Likuiditas berpengaruh terhadap struktur modal perusahaan pertambangan dibuktikan dengan nilai R2 sebesar 49,2 % Variabel bebas mampu menjelaskan pengaruhnya pada struktur modal.   Kata Kunci :        Profitabilitas, likuiditas  dan Struktur modal

Microsatellite markers isolated from Cabomba Aquatica S.l. (cabombaceae) from an enriched genomic library

Microsatellite primers were designed for the submersed aquatic plant Cabomba aquatica s.l. (Cabombaceae) and characterized to estimate genetic diversity parameters. Using a selective hybridization method, we designed and tested 30 simple sequence repeat loci using two natural populations of C. aquatica s.l., resulting in 13 amplifiable loci. Twelve loci were polymorphic, and alleles per locus ranged from two to four across the 49 C. aquatica s.l. individuals. Observed heterozygosity, expected heterozygosity, and fixation index varied from 0.0 to 1.0, 0.0 to 0.5, and -1.0 to -0.0667, respectively, for the Manaus population and from 0.0 to 1.0, 0.0 to 0.6, and -1.0 to 0.4643 for the Viruá population. The developed markers will be used in further taxonomic and population studies within Cabomba. This set of microsatellite primers represents the first report on rapid molecular markers in the genus.Microsatellite primers were designed for the submersed aquatic plant Cabomba aquatica s.l. (Cabombaceae) and characterized to estimate genetic diversity parameters. Using a selective hybridization method, we designed and tested 30 simple sequence repeat l31113CNQP - CONSELHO NACIONAL DE DESENVOLVIMENTO CIENTÍFICO E TECNOLÓGICOCAPES - COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIORSEM INFORMAÇÃO457/2010The authors thank S. M. Costa for help during fieldwork, the staff of the Parque Nacional do Viruá and Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) for field support, and A. P. Souza for technical support for the laboratory infrastructure. T.D.M.B.

Elevation As A Barrier: Genetic Structure For An Atlantic Rain Forest Tree (bathysa Australis) In The Serra Do Mar Mountain Range, Se Brazil.

Distance and discrete geographic barriers play a role in isolating populations, as seed and pollen dispersal become limited. Nearby populations without any geographic barrier between them may also suffer from ecological isolation driven by habitat heterogeneity, which may promote divergence by local adaptation and drift. Likewise, elevation gradients may influence the genetic structure and diversity of populations, particularly those marginally distributed. Bathysa australis (Rubiaceae) is a widespread tree along the elevation gradient of the Serra do Mar, SE Brazil. This self-compatible species is pollinated by bees and wasps and has autochoric seeds, suggesting restricted gene dispersal. We investigated the distribution of genetic diversity in six B. australis populations at two extreme sites along an elevation gradient: a lowland site (80-216 m) and an upland site (1010-1100 m.a.s.l.). Nine microsatellite loci were used to test for genetic structure and to verify differences in genetic diversity between sites. We found a marked genetic structure on a scale as small as 6 km (F ST = 0.21), and two distinct clusters were identified, each corresponding to a site. Although B. australis is continuously distributed along the elevation gradient, we have not observed a gene flow between the extreme populations. This might be related to B. australis biological features and creates a potential scenario for adaptation to the different conditions imposed by the elevation gradient. We failed to find an isolation-by-distance pattern; although on the fine scale, all populations showed spatial autocorrelation until ∼10-20 m. Elevation difference was a relevant factor though, but we need further sampling effort to check its correlation with genetic distance. The lowland populations had a higher allelic richness and showed higher rare allele counts than the upland ones. The upland site may be more selective, eliminating rare alleles, as we did not find any evidence for bottleneck.51919-193

PIR urbano na resiliência de cidades: nexo água e energia / Urban PIR in cities resilience: water and energy nexus

O desenvolvimento econômico, o crescimento populacional e a urbanização aumentarão a demanda mundial por água e energia. Como conseqüência, o conflito entre os recursos hídricos e a produção de energia será intensificado e o meio ambiente será afetado por essa competição. Além da influência direta das atividades humanas, mudanças climáticas e eventos climáticos extremos afetaram a disponibilidade de água e, como conseqüência, a produção de energia. Este artigo tem como objetivo discutir a resiliência urbana no contexto do nexo água e energia, bem como sugerir uma alternativa metodológica com abordagem sistêmica. Para tanto, apresentamos o planejamento integrado de recursos (IRP) e a técnica de cenários como ferramentas para ajudar a otimizar o uso dos recursos naturais nas cidades. Como resultado da aplicação dessa metodologia, temos informações para que o poder público proponha políticas que levem à equação das complexas relações e interdependências da sustentabilidade, que demandam respostas rápidas e transversais para os diferentes setores econômicos presentes nas cidades. A grande vantagem deste arcabouço metodológico (IRP e Cenários) é o tratamento simultâneo de vulnerabilidades e os riscos associados à oferta e demanda de recursos vis-à-vis a resiliência das cidades, bem como a conexão entre água e energia. O desejo de ter um futuro mais sustentável, com menores emissões de carbono para a atmosfera, uma reutilização e valorização mais adequadas dos recursos naturais e menor dependência do petróleo motivaram a sociedade a desenvolver metodologias onde a água e a energia são utilizadas como critérios de notoriedade. cidades urbanas e sustentabilidade.