The comparison of proteomics and transcription of anabaenopeptilide genes in two Anabaena sp. 90 cyanobacterium a wild type and an anabaenopeptilide mutant

Syanobakteerit ovat vesistöissä ja maaperässä eläviä yhteyttäviä organismeja. Ne jaetaan morfologiansa perusteella Chroococcales-, Pleurocapsales-, Oscillatoriales-, Nostocales- ja Stigonematales-lahkoihin. Anabaena 90 -syanobakteerikanta on Nostocales-lahkoon kuuluva, rihmamainen syanobakteeri. Se eristettiin Vesijärvestä vuonna 1986. Kanta tuottaa erilaisia bioaktiivisia yhdisteitä, joista tutkituimpia ovat mikrokystiinit, anabaenopeptiinit ja anabaenopeptilidit. Bioaktiivisia yhdisteitä tuotetaan ei-ribosomaalisten peptidisyntetaasien (NRPS) avulla, mutta yhdisteiden merkitys syanobakteereille on epäselvä. Anabaena 90 –villityyppikannasta (WT) on valmistettu anabaenopeptilidimutantti (apd-), joka ei muodosta anabaenopeptilidejä. Työn tavoitteena oli selvittää WT- ja apd--kannan proteomien välisiä eroja kuusipäiväisen kasvatuskokeen aikana. Samanaikaisesti tutkittiin kantojen anabaenopeptilidi (apd) –syntetaasigeenien ilmentymistä. Tavoitteena oli kartoittaa mahdollisia kantojenvälisiä eroja yksittäisten proteiinien tuotossa ja apd-syntetaasigeenien ilmentymisessä. Tämän toivottiin lisäävän Anabaena 90 -syanobakteerin aineenvaihdunnan tuntemusta. Proteomeja tutkittiin kaksisuuntaisen erottelevan geelielektroforeesin (2D-DIGE) avulla. Proteomien välisten erojen tilastolliseen tarkasteluun käytettiin t-testiä. Anabaenopeptilidigeenien ilmentymistä tutkittiin käänteiskopioijapolymeraasiketjureaktiolla (RT-PCR). Tulosten perusteella voitiin todeta, että WT- ja apd--kannan proteomit poikkesivat toisistaan. 18 proteiinin määrässä havaittiin tilastollisesti merkitsevä ero kantojen välillä. Yksittäisten proteiinien määrät olivat useammin koholla apd--kannassa. Molempien kantojen apd-syntetaasigeenit ilmentyivät, joten mutaatio apd--kannassa ei estänyt apd-transkriptien muodostumista. Jatkoa ajatellen tilastollisesti merkitsevien proteiinien tunnistaminen olisi oleellista. Se paljastaisi syitä WT- ja apd--kannan proteomien eroavaisuuksiin ja antaisi lisätietoa Anabaena 90 –syanobakteerin aineenvaihdunnasta.Cyanobacteria are aquatic and terrestrial organisms that have photosynthetic cababilities. Cyanobacteria are classified to five orders according to their morphology. These are Chroococcales, Pleurocapsales, Oscillatoriales, Nostocales and Stigonematales. Anabaena sp. 90 is a filamentous cyanobacterium in the order of Nostocales. A sample of this cyanobacterium was isolated from the lake Vesijärvi in 1986. Anabaena sp. 90 produces a variety of bioactive peptides such as microcystins, anabaenopeptins and anabaenopeptilides which are the most commonly studied of the peptides produced by the strain. Majority of the bioactive peptides are produced by non-ribosomal peptide synthetases (NRPS). The way these compounds affect cyanobacteria is currently unclear. Anabaenopeptilide deficient mutant (apd-) variety has been developed from the Anabaena sp 90 wild type (WT). The mutant is unable to produce anabaenopeptilides. The aim of my Master´s thesis was to study the changes in proteomes of WT and apd- strains by conducting a six day cultivation experiment. The purpose was to evaluate the possible differences in the amount of proteins that the different cultivation stocks were able to produce. The secondary purpose was to examine the transcription of anabaenopeptilide synthetase genes. Proteomic study was performed using a procedure called two dimensional differential gel electrophoresis (2D DIGE). The differences in the proteomes´ statistics were examined by using the Student´s t test. Transcription of anabaenopeptilide synthetase genes were studied using a reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). The data collected from these studies concluded that there were differences in the proteomes of WT and apd- strains. In eighteen cases there were significant differences in the protein amounts between the strains. The single protein counts were often higher in the apd- than in the WT strain. Anabaenopeptilide synthetase genes were transcribed in both strains which suggests that the mutation in the apd- strain did not hinder the ability of the strain to produce anabaenopeptilide transcripts. The identification of significant proteins would yield more detailed knowledge of the metabolical functions of WT and apd- strains

D4.4 Regulation action plan

The bioeconomy is a new market field that was not considered when most of the existing regula-tions were drafted in several areas, including, for example, regulations on the end-of-life (EOL) stage of plastics. Consequentially, even though an EU bioeconomy strategy exists, a coherent and coor-dinated policy framework is still missing1. In addition, the lack of necessary mechanisms (e.g. regu-lative carbon pricing) and the fact that existing policies and standards are mostly based only on fossil-based products (e.g. existing EOL schemes are focused on fossil-based products and do not consider bio-based counterparts) are hampering the development of the bioeconomy

New Lookista kivipestyihin ; nuorisomuodin kehittyminen Suomessa 1950-, 1960- ja 1970-luvuilla

Pro Gradu -tutkielmani käsittelee nuorisomuodin kehittymistä Suomessa 1950-, 1960- ja 1970-luvuilla. Tutkimukseni tavoitteena oli kartoittaa voimakkaimmin esillä olleita genrejä suomalaisessa nuorisokulttuurissa. Tutkielmassani minua kiinnosti pintamuodin sijasta, todellinen arkipukeutuminen. Lähestyin aihettani populaarikulttuurin kautta lehtien, elokuvien ja musiikin avulla. Tiedonhankinnassa käytin tutkimusmenetelmistä eläytymismenetelmää ja teemahaastattelua, joiden avulla hain kokemuspohjaista tietoa tutkielmaani. Tein myös pienen rasti ruutuun -kyselyn 2000-luvun nuorille saadakseni vertailupintaa nuorisokulttuurin muutoksista vuosien saatossa. Teoria-tietoa hain kirjallisuudesta ja mahdollisuuksien mukaan 1950–1970-luvuilla ilmestyneistä nuorisolehdistä. Tutkielmassani käy ilmi kuinka mm. maan yleinen talouden tila, vanhempien arvot ja nuoren maantieteellinen sijoittuminen ovat vaikuttaneet nuorisomuodin ja – kulttuurin etenemiseen Suomessa 1950–1970-luvuilla. Suurimpia muutoksia 1950–1970-luvun ja 2000-luvun nuorten välillä ovatkin yleisen yhteiskunnallisen arvomaailman muutos, sekä nuorisokulttuurin laaja genre tarjonta ympäri maatamme. Nuoriso- ja muotilehdillä on ollut erilainen merkitys 1950–1970-luvun nuorille, lehdet ovat olleet monelle ainoa kosketus ruuhka-Suomen ja ulkomaiden nuorisokulttuuriin. Lehdistä on otettu vaikutteita omaan pukeutumiseen ja vaatteita on valmistettu its

Consumer perception of bio-based products-An exploratory study in 5 European countries

This study explores people's perceptions (i.e., positive and negative associations, mixed feelings) regarding the concept of 'bio-based' in general and specific bio-based products. This exploratory study is one of the first consumer studies in the field of bio-based research. Three focus group discussions were organized in the Czech Republic, Denmark, Germany, Italy, and The Netherlands (with 89 participants in total) in which projective techniques were applied.Results of these group discussions indicate that participants are unfamiliar with 'bio-based' as a concept. 'Bio-based' is most often associated with positive environmental issues as "naturalness" and "environmental friendly" but also with negative environmental associations and to a lesser extent with technological and health issues. Associations with 'bio-based' as a general concept and with particular bio-based products can be simultaneously positive and negative, which caused uncertainty and mixed feelings by the respondents. This idea highlights both the complexity of and a lack of familiarity with the concept of 'bio-based'. Consumers have a holistic perception of bio-based products, i.e., they combine their perception of different aspects of the product in an evaluation of the whole product concept (e.g., their perception of the original product, usability, production method, proportion of bio-based materials used, price, packaging material, and appearance). Discussions on 'bio-based' as a concept are more general and abstract, while discussions and associations related to bio-based products are more specific. This study's qualitative approach illustrates in detail the great variety in consumers' perceptions, which can be both cognitive and affective (including positive, negative and mixed feelings towards 'bio-based' as a concept as well as bio-based products)

D4.4 Regulation action plan

The bioeconomy is a new market field that was not considered when most of the existing regula-tions were drafted in several areas, including, for example, regulations on the end-of-life (EOL) stage of plastics. Consequentially, even though an EU bioeconomy strategy exists, a coherent and coor-dinated policy framework is still missing1. In addition, the lack of necessary mechanisms (e.g. regu-lative carbon pricing) and the fact that existing policies and standards are mostly based only on fossil-based products (e.g. existing EOL schemes are focused on fossil-based products and do not consider bio-based counterparts) are hampering the development of the bioeconomy

WoodCircus, Underpinning the vital role of the forest-based sector in the Circular Bioeconomy. D6.2 White Paper, final version including policy and industry recommendations in the Circular Bioeconomy

202