Generating a Catalog of Unanticipated Schemas in Class Hierarchies using Formal Concept Analysis

International audienceContext: Inheritance is the cornerstone of object-oriented development, supporting conceptual modeling, subtype polymorphism and software reuse. But inheritance can be used in subtle ways that make complex systems hard to understand and extend, due to the presence of implicit dependencies in the inheritance hierarchy. Objective: Although these dependencies often specify well-known schemas (i.e., recurrent design or coding patterns, such as hook and template methods), new unanticipated dependency schemas arise in practice, and can consequently be hard to recognize and detect. Thus, a developer making changes or extensions to an object-oriented system needs to understand these implicit contracts defined by the dependencies between a class and its subclasses, or risk that seemingly innocuous changes break them. Method: To tackle this problem, we have developed an approach based on Formal Concept Analysis. Our FoCARE methodology (Formal Concept Analysis based-Reverse Engineering) identifies undocumented hi- erarchical dependencies in a hierarchy by taking into account the existing structure and behavior of classes and subclasses. Results: We validate our approach by applying it to a large and non-trivial case study, yielding a catalog of Hierarchy Schemas, each one composed of a set of dependencies over methods and attributes in a class hierarchy. We show how the discovered dependency schemas can be used not only to identify good design practices, but also to expose bad smells in design, thereby helping developers in initial reengineering phases to develop a first mental model of a system. Although some of the identified schemas are already documented in existing literature, with our approach based on Formal Concept Analysis (FCA), we are also able to identify previously unidentified schemas

Análisis de los efectos contables y administrativos, en la propuesta para la implementación del sistema de costos ABC en el proceso productivo del sector artesanal de jeans en la ciudad de Cuenca periódo 2014. Caso práctico: Fábrica Peralta Denin Jeans

El presente trabajo busca mejorar la gestión de los costos, analizando la posibilidad de realizar una propuesta de implementación del Sistema de Costos ABC en la Fábrica Peralta Denin Jeans, con el fin de mejorar el control de sus costos indirectos, ya que el sistema de costos ABC nos permite tener mayor precisión en la asignación de los costos y nos ayuda a distribuir los Costos Indirectos de Fabricación en función de los recursos que se han consumido por cada actividad. Nuestro trabajo está compuesto por cuatro partes: Capítulo uno inicia con la parte teórica en cuanto se refiere a los aspectos generales del sector artesanal de pantalones jeans; Capítulo dos hace referencia al marco teórico sobre el Sistema de Costos ABC donde podemos ver las ventajas y desventajas de su implementación; los dos últimos capítulos se conoce a fondo el sistema actual el cual hace mención de los costos por Órdenes de Producción utilizados por la fábrica. Finalmente aplicaremos el sistema de costos ABC reconociendo los centros de costos en la parte Productiva y Administrativa en las cuales se realizan distintas actividades indirectas con sus correspondientes costos, los cuales obtuvimos mediante entrevistas y datos contables para así poder distribuirlos a las actividades en función de parámetros seguidamente distribuimos el costo de las actividades hacia los productos basándonos en los Cost- Drivers recopilados y así poder obtener los Costos Indirectos de Fabricación según el método ABC.This seeks to improve cost management, analyzing the possibility of a proposal to implement the ABC Cost System in the Factory Denim Jeans Peralta, in order to improve control of indirect costs, since the system Cost ABC gives us more accurate allocation of costs and help us distribute Manufacturing overhead costs depending on the resources consumed by each activity. Our work consists of four parts: Chapter One begins with the theoretical part as regards the general aspects of the craft sector jeans; Chapter Two refers to the theoretical framework on ABC Cost System where we can see the advantages and disadvantages of its implementation; the last two chapters the current system which makes mention of the costs for production orders used by the factory. Finally apply the ABC costing system recognizing the cost centers in the Production and Administrative part in which various indirect activities with corresponding costs are made, which we obtained through interviews and accounting data in order to distribute the activities according to parameters then we distribute the cost of activities to products based on the COST-Drivers collected and thereby obtain Manufacturing overhead costs according to theABC method.Contador Público AuditorCuenc

Relación de sistemas naturales y artificiales un nuevo acceso al chaquiñán complejo comercial y de usos mixtos para la recuperación del Río San Pedro

Con el traslado a Tababela del Aeropuerto Mariscal Sucre, la ciudad ha sufrido varios cambios, sin embargo los estudios se han enfocado en el nuevo vacío urbano de Quito, dejando de lado lo que sucede en las parroquias suburbanas que son atravesadas por las vías de acceso al nuevo Aeropuerto Internacional. La presente investigación parte de esta incertidumbre, analizando los cambios generados en Cumbayá y Tumbaco porr dicho fenómeno..

Sistema de información geográfica + océanos. Una extraña combinación : Sedimentación y crecimiento continental en modelos de SIG

El tema especifico a tratar es la tectónica de placas, una ventana a la fuerza mas poderosa y destructiva provista por los océanos que cubren el 70% de la superficie terrestre. La tesis se centrará en el estudio del dominio y en el diseño de los fenómenos relacionados con la sedimentación y crecimiento continental que provocan cambios en el fondo oceánico, usando una metodología de diseño orientada a objetos: • Grietas y formación de una margen continental • Características de las márgenes continentales y líneas de costas • Formación de dorsales oceánicas • Zonas de subducción • Formación de arcos de islas Para esto será necesario el estudio y definición de arquitecturas de software que permitan la modelización y el diseño de este tipo de datos, así como la especificación de las operaciones que se utilizarán para la manipulación de datos.Tesis digitalizada en SEDICI gracias a la colaboración de la Biblioteca de la Facultad de Informática.Facultad de Ciencias Exacta

Revisión sistemática de la aplicación de técnicas modernas de ingeniería de software al desarrollo de sistemas robóticos

Los robots se han convertido en colaboradores habituales de nuestra vida diaria. Los sistemas robóticos son cada vez más complejos y, como consecuencia, crece la necesidad de aplicar nuevas técnicas ingenieriles a su proceso de desarrollo. Los enfoques tradicionales que se utilizan en el proceso de desarrollo de estos sistemas de software están alcanzando sus límites; las metodologías utilizadas actualmente y las herramientas de soporte no alcanzan para atender las necesidades de estos procesos complejos. Para fomentar la reutilización y el mantenimiento de código es esencial separar el conocimiento estable del dominio de robótica en las tecnologías de implementación, que varían rápidamente. Este artículo presenta una revisión sistemática de la utilización actual de técnicas modernas de ingeniería de software en el desarrollo de sistemas robóticos y su nivel de automatización. El objetivo del estudio es el de resumir la evidencia existente respecto a la aplicación de dichas tecnologías en el campo de los sistemas robóticos para identificar carencias en la investigación actual con el fin de sugerir áreas en futuras propuestas y proporcionar las bases para posicionar adecuadamente nuevas actividades de investigación.Robots have become collaborators in our daily life. While robotic systems become more and more complex, the need to engineer their software development grows as well. The traditional approaches used in developing these software systems are reaching their limits; currently used methodologies and tools fall short of addressing the needs of such complex software development. Separating robotics knowledge from shortcycled implementation technologies is essential to foster reuse and maintenance. This paper presents a systematic review (SLR) of the current use of modern software engineering techniques for developing robotic software systems and their actual automation level. The survey was aimed at summarizing existing evidence concerning applying such technologies to the field of robotic systems to identify any gaps in current research to suggest areas for further investigation and provide a background for positioning new research activities.Facultad de Informátic

Estudio de interacciones Hospedero-Patógeno y Proteína-Proteína en Plasmodium vivax: evaluación de las Proteínas del Cuello de Roptrias -2, -4 y -5 y del Antígeno Apical de Membrana-1

[ES] La malaria es una de las enfermedades tropicales transmitidas por vectores más importantes a nivel mundial, donde Plasmodium vivax representa una de las especies más ampliamente distribuidas, afectando ~13.8 millones de personas por año. Pese a ello, el progreso aparentemente lento de la infección y los niveles bajos de parasitemia en el humano, comparados a lo reportado en Plasmodium falciparum, han llevado a clasificar a la infección por P. vivax erróneamente como benigna. Esto, sumado a los retos experimentales que trae consigo el cultivo de este parásito, obstaculizan en gran medida el conocimiento a nivel biológico, celular y molecular, necesario para el desarrollo de métodos de control efectivos contra P. vivax. Hoy en día, se conoce que un inadecuado diagnóstico, el mal manejo terapéutico y/o el retraso en el tratamiento, pueden llevar a recaídas y estados de enfermedad grave, similares a los reportados para la malaria producida por P. falciparum, lo que impone retos en la búsqueda de nuevas alternativas específicas contra esta especie. Teniendo en cuenta la necesidad de identificar posibles blancos terapéuticos contra P. vivax, este trabajo se enfocó en estudiar interacciones del tipo receptor-ligando y proteína-proteína de moléculas de P. vivax localizadas en los organelos apicales de esquizontes intraeritrocíticos. Basados en estudios previos en P. falciparum y Toxoplasma gondii, donde se describe la importancia funcional de las proteínas localizadas en el cuello de las roptrias (RONs) -2, -4 y 5 y del antígeno apical de membrana 1 (AMA1), se caracterizó en P. vivax la unión de cada una de estas proteínas con reticulocitos humanos y se evaluó la capacidad de PvRON2 para establecer interacciones con las proteínas PvRON4, PvRON5 y PvAMA1. Para esto, inicialmente se caracterizó mediante herramientas bioinformáticas y experimentales la presencia de los genes pvron4 y pvron5 en el genoma y transcriptoma de esquizontes de la cepa Vivax Colombia Guaviare 1 (VCG-1) de P. vivax. Estos dos genes codifican proteínas de alto peso molecular que se expresan en el polo apical de esquizontes y co-localizan con proteínas presentes en las roptrias. Para evaluar la capacidad de interacción de las proteínas PvRON2, PvRON4, PvRON5 y PvAMA1 con receptores sobre la membrana de reticulocitos humanos, todas ellas fueron producidas de forma recombinante y purificadas mediante cromatografía de afinidad. Se encontró que la proteína recombinante PvRON5 se unió tanto a normocitos como a reticulocitos CD71+, con una marcada preferencia por reticulocitos humanos. Por su parte, las proteínas recombinantes que incluyen los dominios I y II de PvAMA-1 (PvAMA-DI-DII), la región central de la proteína PvRON2 (PvRON2-RI) y la región carboxi-terminal de PvRON4, interactúan específicamente con reticulocitos CD71+CD45-. Los estudios de competencia de unión con péptidos sintéticos que cubren las secuencias de las proteínas recombinantes mostraron que los péptidos 21270 (derivado del DI de PvAMA1), 40305 (de PvRON4) y 40595 (de PvRON2-RI) fueron capaces de inhibir la unión de las proteínas recombinantes a reticulocitos CD71+CD45-, lo que sugiere que estas secuencias peptídicas contienen parte de las propiedades de unión de cada una de las proteínas de las que derivan. Los tres péptidos se unen específicamente y con alta afinidad a eritrocitos con porcentajes de unión mayores al 2% (obtenidas de las curvas de unión específica), permitiendo catalogarlos como péptidos con alta capacidad de unión a eritrocitos (HABPs, del inglés High Activity Binding Peptides). La unión de las proteínas PvAMA1 y PvRON4 a eritrocitos humanos fue sensible al tratamiento de los eritrocitos con diferentes enzimas (tripsina, quimotripsina y/o neuraminidasa), sugiriendo que la naturaleza de los receptores para estas proteínas es de tipo proteico. Estos resultados destacan la función de adhesina de las proteínas evaluadas y revelan las regiones mínimas de interacción con la célula hospedera, que sumado a la expresión de estas proteínas en esquizontes intraeritrocíticos y su localización en organelos apicales, sugieren una fuerte participación de estas moléculas durante el proceso de invasión de los merozoitos de P. vivax a reticulocitos humanos. Finalmente, mediante resonancia de plasmones de superficie, se caracterizaron las interacciones entre la proteína PvRON2 con las proteínas PvRON4, PvRON5 y PvAMA1. Los análisis revelaron que la región carboxi-terminal de la proteína PvRON2 (PvRON2-RII) y PvRON2-RI interactúan específicamente y con alta afinidad con el dominio II y III de PvAMA1 (PvAMA-DII-DIII) y con una menor afinidad con las proteínas PvAMA-DI-DII, PvRON4 y PvRON5. Al modificar algunos residuos de la proteína PvAMA1, reportados en P. falciparum como críticos en la interacción RON2-AMA1, no se encontraron diferencias importantes en los valores de las velocidades de asociación (Kon), disociación (Koff) y en la constante de disociación de la interacción (kD). Esto sugiere que, si bien existen interacciones proteína-proteína (IPP) conservadas entre estos parásitos (Pv-Pf), cada parásito utiliza distintas regiones de las proteínas para interactuar, lo que resalta su capacidad para especializarse o restringirse para invadir un tipo de célula específica y pone de manifiesto aún más la necesidad de diseñar medidas de control específicas contra P. vivax. [EN] Malaria is one of the most important tropical diseases transmitted by vectors worldwide; Plasmodium vivax represents one of the most widely distributed species (affecting ~ 13.8 million people worldwide per year). Despite this, the apparently slow progress of infection and low parasitaemia levels in humans compared to those reported in Plasmodium falciparum have erroneously led to P. vivax infection being classified as benign. Added to this, the experimental challenges involved in culturing this parasite greatly hinder accumulating the biological, cellular and molecular knowledge necessary for developing effective control methods against P. vivax. It is known nowadays that unsuitable diagnosis, poor therapeutic management and/or delayed treatment can lead to relapses and severe disease states similar to those reported for P. falciparum malaria, thereby imposing challenges regarding the search for new, specific, alternative approaches to tackling this species. The present work has been focused on studying receptor-ligand and protein-protein interactions of P. vivax molecules located in intra-erythrocyte schizonts’ apical organelles regarding the need for identifying therapeutic targets against P. vivax. Protein interaction with human reticulocytes was characterised in P. vivax and PvRON2 ability to establish interactions with PvRON4, PvRON5 and PvAMA1 was evaluated, based on previous P. falciparum and Toxoplasma gondii studies, describing the functional importance of rhoptry neck proteins. Work began by using bioinformatics and experimental tools for predicting pvron4 and pvron5 genes in the P. vivax VCG-1 (Vivax Colombia Guaviare 1) strain’s genome and schizonts transcriptome. These two genes encode high molecular weight proteins which are expressed at schizonts’ apical poles and co-localise with proteins in the rhoptries. Such proteins were produced recombinantly and purified by affinity chromatography for evaluating PvRON2, PvRON4, PvRON5 and PvAMA1 ability to interact with receptors on human reticulocyte membrane. Recombinant PvRON5 bound to both CD71+ normocytes and reticulocytes, having a marked preference for human reticulocytes. PvAMA1 domains I and II (PvAMA-DI-DII), PvRON2 central region (PvRON2-RI) and PvRON4 carboxy-terminal region specifically interacted with CD71+CD45- reticulocytes. Competition studies with synthetic peptides covering recombinant protein sequences showed that PvAMA1-derived peptide 21270, PvRON4-derived 40305 and PvRON2-RI-derived 40595, were capable of inhibiting recombinant protein binding to CD71+CD45- reticulocytes, suggesting that these peptide sequences contained some of the evaluated proteins’ binding properties. The three peptides bound specifically and with high affinity to erythrocytes having higher (2%) binding percentages (obtained from specific binding curves), thereby allowing their classification as high erythrocyte binding capacity peptides (HABPs). PvAMA1 and PvRON4 binding to human erythrocytes was sensitive to erythrocytes treatment with different enzymes (trypsin, chymotrypsin and/or neuraminidase), suggesting the receptors’ protein type nature. These results highlighted the adhesin function of the proteins evaluated and revealed minimum host cell interaction regions suggesting these molecules’ active participation during P. vivax merozoite invasion of human reticulocytes (along with these proteins’ expression in intra-erythrocytic schizonts and location in apical organelles). Surface plasmon resonance was used for characterising PvRON2 interactions with PvRON4, PvRON5 and PvAMA1. This revealed that PvRON2-RI and carboxy-terminal regions (PvRON2- RII) specifically interacted and with great affinity with PvAMA1 domain II and III (PvAMA-DIIDIII) but with less affinity with PvAMA-DI-DII, PvRON4 and PvRON5. No significant differences were found in interaction association (Kon) or dissociation (Koff) rates or dissociation constant (kD) values when modifying some PvAMA1 residues reported as being critical in the P. falciparum RON2-AMA-1 interaction, suggesting that although conserved interactions between these parasites (Pv-Pf) have been observed, each parasite uses different regions to interact, thereby highlighting their ability to specialise or restrict themselves to invading a specific cell type and the need for designing specific control measures against P. vivax

Fuel: A Fast General Purpose Object Graph Serializer

International audienceSince objects need to be stored and reloaded on different environments, serializing object graphs is a very important activity. There is a plethora of serialization frameworks with different requirements and design trade-offs. Most of them are based on recursive parsing of the object graphs, an approach which often is too slow. In addition, most of them prioritize a language-agnostic format instead of speed and language-specific object serialization. For the same reason, such serializers usually do not support features like class-shape changes, global references or executing pre and post load actions. Looking for speed, some frameworks are partially implemented at Virtual Machine (VM) level, hampering code portability and making them difficult to understand, maintain and extend. In this paper we present Fuel, a general-purpose object serializer based on these principles: (1) speed, through a compact binary format and a pickling algorithm which invests time in serialization for obtaining the best performance on materialization; (2) good object-oriented design, without special help at VM; (3) serialize any object, thus have a full-featured language-specific format. We implement and validate this approach in Pharo, where we demonstrate that Fuel is faster than other serializers, even those with special VM support. The extensibility of Fuel made possible to successfully serialize various objects: classes in Newspeak, debugger stacks, and full CMS object graphs

A systematic review of applying modern software engineering techniques to developing robotic systems

Robots have become collaborators in our daily life. While robotic systems become more and more complex, the need to engineer their software development grows as well. The traditional approaches used in developing these software systems are reaching their limits; currently used methodologies and tools fall short of addressing the needs of such complex software development. Separating robotics knowledge from shortcycled implementation technologies is essential to foster reuse and maintenance. This paper presents a systematic review (SLR) of the current use of modern software engineering techniques for developing robotic software systems and their actual automation level. The survey was aimed at summarizing existing evidence concerning applying such technologies to the field of robotic systems to identify any gaps in current research to suggest areas for further investigation and provide a background for positioning new research activities.Los robots se han convertido en colaboradores habituales de nuestra vida diaria. Los sistemas robóticos son cada vez más complejos y, como consecuencia, crece la necesidad de aplicar nuevas técnicas ingenieriles a su proceso de desarrollo. Los enfoques tradicionales que se utilizan en el proceso de desarrollo de estos sistemas de software están alcanzando sus límites; las metodologías utilizadas actualmente y las herramientas de soporte no alcanzan para atender las necesidades de estos procesos complejos. Para fomentar la reutilización y el mantenimiento de código es esencial separar el conocimiento estable del dominio de robótica en las tecnologías de implementación, que varían rápidamente. Este artículo presenta una revisión sistemática de la utilización actual de técnicas modernas de ingeniería de software en el desarrollo de sistemas robóticos y su nivel de automatización. El objetivo del estudio es el de resumir la evidencia existente respecto a la aplicación de dichas tecnologías en el campo de los sistemas robóticos para identificar carencias en la investigación actual con el fin de sugerir áreas en futuras propuestas y proporcionar las bases para posicionar adecuadamente nuevas actividades de investigación

Clustered Serialization with Fuel

International audienceSerializing object graphs is an important activity since objects should be stored and reloaded on different environments. There is a plethora of frameworks to serialize objects based on recursive parsing of the object graphs. However such approaches are often too slow. Most approaches are limited in their provided features. For example, several serializers do not support class shape changes, global references, transient references or hooks to execute something before or after being stored or loaded. Moreover, to be faster, some serializers are not written taking into account the object-oriented paradigm and they are sometimes even implemented in the Virtual Machine hampering code portability. VM-based serializers such as ImageSegment are difficult to understand, maintain, and fix. For the final user, it means a serializer which is difficult to customize, adapt or extend to his own needs. In this paper we present a general purpose object graph serializer based on a pickling format and algorithm. We implement and validate this approach in the Pharo Smalltalk environment. We demonstrate that we can build a really fast serializer without specific VM support, with a clean object-oriented design, and providing most possible required features for a serializer. We show that our approach is faster that traditional serializers and compare favorably with ImageSegment as soon as serialized objects are not in isolation