Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology

International audienceThis paper presents efficient algorithms for solving the problem of aligning a protein structure template to a query amino-acid sequence, known as protein threading problem. We consider the problem as a special case of graph matching problem. We give formal graph and integer programming models of the problem. After studying the properties of these models, we propose two kinds of Lagrangian relaxation for solving them. We present experimental results on real-life instances showing the efficiency of our approaches

Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

Cet article propose des algorithmes efficaces pour déterminer l'alignement optimal entre une structure et une séquence protéique, problème connu sous le nom de protein threading. Nous posons ce problème comme un cas particulier d'appariement. Nous présentons un modèle formel du problème sous la forme d'une famille de graphes, et des programmes en nombre entiers correspondants. Nous étudions dans un premier temps les propriétés de ces modèles, pour ensuite proposer deux approches de relaxation lagrangienne pour la résolution. Enfin, nous montrons, à l'aide de données expérimentales sur des instances réelles, l'efficacité de ces approches. \\ This paper presents efficient algorithms for solving the problem of aligning a protein structure template to a query amino-acid sequence, known as protein threading problem. We consider the problem as a special case of graph matching problem. We give formal graph and integer programming models of the problem. After studying the properties of these models, we propose two kinds of Lagrangian relaxation for solving them. We present experimental results on real life instances showing the efficiency of our approaches

A dynamic programming based reduction procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem

International audienc

Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

Cet article propose des algorithmes efficaces pour déterminer l'alignement optimal entre une structure et une séquence protéique, problème connu sous le nom de protein threading. Nous posons ce problème comme un cas particulier d'appariement. Nous présentons un modèle formel du problème sous la forme d'une famille de graphes, et des programmes en nombre entiers correspondants. Nous étudions dans un premier temps les propriétés de ces modèles, pour ensuite proposer deux approches de relaxation lagrangienne pour la résolution. Enfin, nous montrons, à l'aide de données expérimentales sur des instances réelles, l'efficacité de ces approches. \\ This paper presents efficient algorithms for solving the problem of aligning a protein structure template to a query amino-acid sequence, known as protein threading problem. We consider the problem as a special case of graph matching problem. We give formal graph and integer programming models of the problem. After studying the properties of these models, we propose two kinds of Lagrangian relaxation for solving them. We present experimental results on real life instances showing the efficiency of our approaches

Анализа на техники за точна и безбедна комуникација (ATCSC)

Една од целите на овој проект ќе биде испитување на перформансите на Брзите алгоритми за крипто кодовите базирани на квазигрупи, за пренос на слики низ Гаусов канал и канал со рафални грешки. Ќе бидат анализирани некои техники за детекција на грешки при пренос на податоци. Друга цел на проектот е откривање на нови скриени канали кај DICOM стандардот кој се користи за процесирање, пренесување, складирање и прикажување на податоци за медицински слики (откривање на скриени канали кои се однесуваат на “DICOM Message Service” и “Upper Layer Service”, експериментална евалуација на некој од предложените скриени канали, детекција базирана на ентропија, утврдување на ризиците од криење на податоци во DICOM со користење на новите предложени канали, предлагање на противмерки за скриените канали). Исто така, ќе бидат направена анализа на предизвиците, ефективноста и последиците од несоодветна употреба на полисите за информациска безбедност. Ќе биде разгледана можна имплементација на HOTP и TOTP автентикациските алгоритми и нивните предности и недостатоци. Ќе бидат анализирани алгоритми за криптоанализа во BlockChain технологија