Ribosoomiga seonduvad antibiootikumid ja antibiootikumiresistentsuse mehhanismid

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsiooneValgusüntees võib olla reguleeritud polüpeptiidahela poolt, mida ribosoom parajasti sünteesib. Teatud peptiidide transleerimine põhjustab ribosoomi seiskumist, mis omakorda takistab allavoolu paiknevate geenide ekspresseerumist. Teatud juhtudel vajatakse seisaku toimumiseks väikese ligandmolekuli (antibiootikum, aminohape vms) juuresolekut. Tuntakse mitmeid ribosoomi seisakut põhjustavaid peptiide, kuid nende võrdlemisel pole leitud ühtset konsensusjärjestust. Samas võib oletada, et reeglite tuvastamine on võimalik, kui analüüsida suuremat hulka peptiide. Seetõttu töötasime välja selektsioonimeetodi ribosoomi peatavate peptiide leidmiseks. Oma meetodit kasutades identifitseerisime järjestused, mis peatasid translatsiooni erütromütsiini, troleandomütsiini, klooramfenikooli, meta-toluaadi või homoseriinlaktooni juuresolekul. Need järjestused olid aktiivsed peptiidi tasemel. Me ei tuvastanud peptiidide aminohappeliste järjestuste võrdlemisel universaalset konsensusjärjestust. Siiski märkasime teatud seaduspärasusi. Näiteks selgus, et erütromütsiini juuresolekul toimuv ribosoomi seiskumine vajab eelistatult hüdrofoobset kasvavat peptiidi. On võimalik, et ribosoomi peatumist põhjustavate järjestusmotiivide leidmiseks tuleb analüüsida suuremat peptiidide valimit. Samuti avastasime, et seisakut põhjustavate peptiidide funktsionaalsus võib olla mõjutatud vastava mRNA omaduste poolt. Meie meetod võib olla rakendatav biotehnoloogias. Teoreetiliselt võiks ribosoomi peatumist põhjustavaid peptiide kasutada selleks, et luua uudseid geeniekspressiooni süsteeme, milles regulatsioon toimub translatsiooni tasemel. Väitekirja teine publikatsioon kirjeldab antibiootikumiresistentsuse mehhanismi, mis toimub ribsoomi kaitsevalkude vahendusel ja tagab resistentsuse tetratsükliinile. Töö aluseks oli ribosoomi ja kaitsevalgu Tet(O) kompleksi atomaarne mudel. Struktuuriuuringud näitasid, et Tet(O) interakteerub nii väikese kui suure ribosoomi alaühikuga. Me tegime asendus- ja deletsioonimutatsioone Tet(O) domään IV lingudesse 465, 438 ja 507, mis mudeli kohaselt interakteeruvad otseselt tetratsükliini seondumiskohaga või asuvad selle lähedal. Mutantsete ja metsik-tüüpi Tet(O) variantide analüüs näitas, et kõik kolm lingu on Tet(O) tööks hädavajalikud. Asendusmutatsioonid lingudes vähendasid Tet(O) aktiivsust ja deletsioonid kaotasid aktiivsuse täielikult. Struktuursete uuringute ja mutatsioonanalüüsi tulemusi kõrvutades pakkusime välja mudeli Tet(O) vahendusel toimuva tetratsükliiniresistentsuse mehhanismi selgitamiseks. Meie arvates muudab Tet(O) ling 465 tetratsükliini seondumiskoha juures 16S rRNA struktuuri. See nõrgendab interaktsiooni tetratsükliini molekuli ja 16S rRNA vahel ning võimaldab lingul 507 ravim ribosoomilt eemale tõugata. Me oletasime, et ling 438 koos 16S rRNA nukleotiididega moodustab kanali, mille kaudu tetratsükliin ribosoomilt lahkub. Väitekirja kolmas publikatsioon puudutab probleeme, mis on seotud uute turule ilmuvate antibiootikumidega. Nende hulgas leidub ravimeid, mille toimemehhanism pole veel täiesti selge. Üheks selliseks näiteks on nitrovinüülfuraanide hulka kuuluv G1 ehk Furvina®. G1 laguneb vees ja tioolrühmi sisaldavate ühendite (näiteks tsüsteiini) olemasolu keskkonnas kiirendab seda protsessi. Tuumamagnetresonantsi ja kõrgefektiivse vedelikukromatograafia meetodeid kasutades selgitasime välja G1 lagunemise reaktsiooniskeemi ja selle käigus tekkivad ühendid. Leidsime, et G1 antibakteriaalne toime põhineb valkudes sisalduvate tioolrühmade modifitseerimisel. On teada, et vähemalt mõned G1 lagunemise käigus tekkivatest ühenditest säilitavad antimikroobse aktiivsuse. Selleks, et teha vahet G1 ja selle laguproduktide põhjustatud antimikroobsetel efektidel, inkubeerisime uuritavat ainet enne antimikroobse aktiivsuse mõõtmist erinevates vedelsöötmetes. Selgus, et tsüsteiinivabas söötmes on G1 antimikroobne võimekus suurem kui tioolrühmi sisaldavas söötmes. Samas jäid antimikroobsed omadused alles isegi pärast kahe tunni pikkust testile eelnenud inkubatsiooniaega. Me järeldame, et G1 aktiivsus on aine kohese reaktiivsuse ja laguproduktide antimikroobsete aktiivsuste summa. Tulemused näitavad, et G1 võib sobida jagunevate bakterirakkude kasvu takistamiseks, kuid ei ole efektiivne vahend mittejagunevate bakterite vastu.Protein synthesis can be regulated by the nascent polypeptide chain currently translated by the ribosome. Translation of certain peptides causes ribosome stalling and, thus, inhibits expression of downstream genes. In some cases, stalling requires the presence of a small ligand molecule (an antibiotic, an amino acid, etc). Several peptides are known that can induce ribosome stalling, but their comparison has not revealed a common consensus motif. However, it can be assumed that the identification of rules is possible by analysing a larger number of peptides. Therefore, we developed a selection method for identifying peptides capable of stalling the ribosome. By using our method, we identified sequences that stalled translation in response to erythromycin, troleandomycin, chloramphenicol, meta-toluate or homoserine lactone. These sequences were active on the peptide level. Comparison of amino acid sequences of peptides did not reveal any universal consensus motif. However, we noticed certain tendencies. For instance, it was found that ribosome stalling in the presence of erythromycin preferably requires a hydrophobic nascent peptide. We also discovered that the functionality of stalling peptides can be affected by properties of corresponding mRNA. Our method may be applicable in biotechnology. In theory, stalling peptides could be used for designing novel gene expression systems that are regulated at the level of translation. The second publication of dissertation describes the mechanism of antibiotic resistance that is mediated by ribosome protection proteins and confers resistance to tetracycline. The work was based on the atomic model of the complex of ribosome and protection protein Tet(O). Structural studies showed that Tet(O) interacts with both small and large ribosomal subunit. We introduced substitution and deletion mutations into Tet(O) domain IV loops 465, 438 and 507 which, according to the model, interact directly with the tetracycline binding site or are located in the vicinity. Analysis of mutant and wild-type Tet(O) variants showed that all three loops are essential for Tet(O) function. Substitution mutations reduced the activity of Tet(O) and deletions abolished the activity completely. Considering the results of structural studies and mutation analysis, the model of Tet(O)-mediated tetracycline resistance mechanism was proposed. We suggest that the loop 465 of Tet(O) distorts the backbone shape of the 16S rRNA at the tetracycline-binding site. This weakens the interaction between the tetracycline molecule and 16S rRNA and enables the 507-loop to dislodge the drug from the ribosome. We hypothesized that the 438-loop along with nucleotides of 16S rRNA forms a corridor allowing tetracycline to leave the ribosome. The third part of thesis concerns problems that are related to new antibiotics emerging on the market. Among them, there are drugs whose mechanism of action is not yet completely understood. One such example is a nitrovinylfuran derivative G1, also known as Furvina®. G1 decomposes in aqueous media and the presence of thiol-containing compounds (e.g. cysteine) accelerates this process. Nuclear magnetic resonance and high performance liquid chromatography were used to clarify the reaction scheme of G1 decomposition along with the decomposition products. We found that the antibacterial effect of G1 is based on the modification of thiol groups present in proteins. It is known that at least some of G1 decomposition products retain antimicrobial activity. In order to distinguish between the effects of G1 and its conversion products, we preincubated the test substance in different liquid growth media prior to measurement of microbial activity. We found that the antimicrobial capability of G1 is greater in cysteine-free medium when compared to media containing thiol groups. However, the antimicrobial properties were not lost even after two hours of preincubation. We conclude that the activity of G1 is a sum of its immediate reactivity and effects of its breakdown products. Our data suggest that G1 can be suitable for preventing the growth of proliferating bacterial cells, but it is not an effective tool against non-growing bacteria

Õpetaja professionaalse arengu toetamine suunatud refleksiooni protseduuri kaudu

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsiooneÜhiskond meie ümber muutub kiiresti, mis eeldab meilt kõigilt oma teadmiste ja oskuste pidevat arendamist ja uuendamist. Eriti oluline on järjepidev professionaalne areng õpetajate jaoks. Nimelt peavad nemad lisaks iseenda täiendamisele toetama õpilasi, et ka neist kujuneksid tuleviku professionaalid, kes on võimelised kohanema praegusel hetkel etteennustamatute ühiskonna ootuste ja vajadustega. Seega pööratakse kogu maailmas aina enam tähelepanu õpetajate arengu toetamisele. Sealjuures muutub ka meie õpetajaskond aina mitmekesisemaks, mis tähendab, et toetust vajavad õpetajad on oma ettevalmistuselt ja ka vajadustelt väga erinevad. Haridusteadlased on üksmeelel, et õpetaja arengu võtmekomponendiks on refleksioon, mis tähendab oma tegevuse mõtestamist, et seostada erinevad teadmised ja kogemused ühtseks tervikuks, rakendamaks neid tulevikus oma tegevuste ja otsuste juhtimisel. Samuti on erinevates uuringutes välja toodud aspektid, mis aitavad tõhusalt reflekteerida – videosalvestiste kasutamine, tähenduslike olukordade mõtestamine, koos kaaslasega reflekteerimine, suunavate küsimuste kasutamine. Samas ei ole aga piisavalt meetodeid, mis eelpool nimetatud aspektid ühtseks tervikuks seoks nii, et need sobiksid erineva kogemusega õpetajate toetamiseks. Käesolev doktoritöö tutvustab suunatud refleksiooni protseduuri ja uurib, kuidas see toetab erineval professionaalse arengu etapil olevaid õpetajaid. Selleks tegid 21 õpetajakoolituse üliõpilast ja 80 õpetajad väljatöötatud refleksiooniprotseduuri läbi ja andsid tagasisidet, kuidas nad tajusid selle tugevusi ja kitsaskohti. Samuti analüüsiti üliõpilaste poolt refleksiooniprotseduuri läbitegemisel loodud refleksioone. Uurimuse tulemused näitasid, et erineva kogemusega õpetajad tajuvad väljatöötatud suunatud refleksiooni protseduuri kasulikuna. Eelkõige hindavad õpetajad võimalust enda õpetamist videosalvestiselt näha, korduvalt oma kogemusi mõtestada, koos kaaslasega reflekteerida ning keskenduda oma tugevustele. Lisaks näitas üliõpilaste refleksioonide analüüsimine, et jõustavate olukordadele keskendumine toetab reflekteerimist. Doktoritöö praktilise väärtusena antakse soovitused, mida arvesse võtta õpetajakoolituse üliõpilaste ja õpetajate toetamisel.The society around us is changing rapidly, which requires all of us to constantly develop and update our knowledge and skills. Continuous professional development is particularly important for teachers, because in addition to improving themselves, they must support students so that they could become future professionals who are able to adapt to the unpredictable expectations and needs of society. Thus, there is an increasing focus around the world on supporting teacher development. At the same time, our teaching staff is becoming more and more diverse, which means that teachers who need support are very different in terms of their training and also their needs. Educational researchers agree that one of the key components of teacher development is reflection, which means making sense of one's actions in order to combine different knowledge and experiences into a coherent whole for future use in managing one's actions and decisions. Various studies have also highlighted aspects that help to reflect effectively - the use of video recordings, the interpretation of meaningful situations, reflection with one's partner, the use of guiding questions. However, there are not enough methods that integrate the above aspects into a coherent whole so that they are suitable for supporting teachers with different experiences. This dissertation introduces a guided reflection procedure and explores how it supports teachers at different stages of their professional development. To this end, 21 student teachers and 80 teachers carried out the reflection procedure and provided feedback on how they perceived its strengths and weaknesses. The reflections created by the students during the reflection procedure were also analysed. The results revealed that teachers with different experiences perceive the developed guided reflection procedure as useful. In particular, teachers value the opportunity to see their teaching on video, to repeatedly make sense of their experiences, to reflect with their partner, and to focus on their strengths. In addition, the analysis of student reflections showed that focusing on empowering situations supports reflection. As a practical value of the dissertation, recommendations are given that should be considered in supporting student teachers and teachers.https://www.ester.ee/record=b536106

El uso del reto y el aprendizaje cooperativo para enseñar materias curriculares en Educación Infantil

La finalidad de este trabajo es proporcionar diversos recursos para la introducción y puesta en práctica del reto cooperativo en las aulas de Educación Infantil. Para ello, este consta de una parte teórica y de una parte práctica. En lo referido a la parte teórica se desarrollarán aspectos relacionados con los retos cooperativos que favorecen y potencian tanto el desarrollo educativo como el social. Basándose en la posibilidad de reforzar y asentar los conocimientos impartidos en el aula de las distintas materias utilizando este recurso para trabajar contenidos transversales como pueden ser distintas temáticas o el estudio de áreas del curriculum como la Lógico-matemática, o la Lecto-escritura. Siendo estas áreas las planteadas y desarrolladas en las propuestas prácticas del proyecto.Grado en Educación Infanti

Rakkude paljunemist soodustav AKT signaalirada kui potentsiaalne kasvajavastase ravi sihtmärk

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone.AKT kinaas on seriin/treoniinkinaas, mis kuulub AGC valkude perekonda. Sihtmärkvalke fosforüleerides reguleerib AKT rakkudes mitmeid olulisi füsioloogilisi protsesse nagu rakkude elulemus, rakutsükli edenemine, metabolism, transkriptsioon, valkude süntees, rakkude liikuvus jne. Kontrollimatult aktiivset PI3K/AKT signaalirada on kirjeldatud inimese maksa-, aju-, rinna-, soole- ja eesnäärmekasvajates ning seda loetakse mõnede kasvajate puhul halva prognoosi markeriks. Käesoleva töö raames leidsime, et aktiveeritud AKT signaalirada osaleb ka healoomulise hüperproliferatiivse patoloogia – Dupuytreni kontraktuuri - arengus. AKT kinaasi olulisuse ja sagedase seotuse tõttu kasvajate tekkimisega, peetakse teda heaks märklauaks kasvajavastaste terapeutikumide väljatöötamisel. Praeguseks on avastatud ja kliinilistesse katsetustesse võetud juba mitmeid AKT signaaliraja inhibiitoreid, kuid paraku on tugevad mittespetsiifilised kõrvaltoimed ja toksilisus takistanud nende edasise kasutamise raviskeemides. Käesoleva doktoritöö põhieesmärk oli leida ja iseloomustada AKT signaaliraja aktiivsust pärssivaid väikesemolekulaarseid aineid, mida võiks kasutada potentsiaalsete kasvajavastaste ravimitena. Otsitavate inhibiitorite täpsem sihtmärk oli AKT1 ja PDPK1 valkude omavaheline interaktsioon, mis on vajalik AKT1 esmaseks aktiveerimiseks. Väikesemolekulaarsete ainete skriinimine valgu komplementaarsusel põhinevat lähenemisviisi kasutades ning sellele järgnenud erinevatest meetoditest koosnenud valideerimisprotsess tuvastas ühe kemikaali – NSC156529 - mis pidurdas erinevat päritolu kasvajarakkude paljunemist nii koekultuuri tingimustes kui in vivo hiire kasvajamudelis. Tuumorirakkude töötlemine NSC156529 kemikaaliga mõjutas lisaks AKT kinaasi enda aktiivsusele ka AKT-i märklaudvalkude aktiivsust, viidates sellele, et antud kemikaal mõjutab AKT signaaliraja poolt reguleeritud raku biokeemilisi protsesse. Kuna in vivo kasvajamudelitest eraldatud tuumorite analüüsimisel leiti NSC156529 kemikaaliga töödeldud kasvajates rakkude diferentseerumisele viitavate markerite suurenenud ekspressioon, järeldati, et lisaks suudab NSC156529 tuumorirakkude paljunemist pärssida neid diferentseeruma suunates. Käesoleva töö kokkuvõtteks võib öelda, et AKT kinaasiga seotud signaalirada on sobiv märklaud kasvajavastaste terapeutikumide väljatöötamiseks ning testitud ühend NSC156529 võiks olla potentsiaalne kandidaat AKT signaaliraja aktiivsuse pärssimiseks kasvajarakkudes.AKT protein is a serine/threonine kinase, which belongs to AGC group of protein kinases. By substrate phosphorylation AKT regulates several physiological processes in the cells, such as cell survival, cell cycle promotion, metabolism, transcription, translation, cell migration etc. Aberrantly activated PI3K/AKT signaling has been frequently found in several human tumors, like liver, brain, breast, colorectal and prostate cancers, and it is a poor prognostic marker for a number of cancer types. In this work we found that the activated AKT signaling might play a role in the progression of benign hyperproliferative pathology – the Dupuytren’s contracture. Due to AKT involvement in critical steps of human tumor pathogenesis, targeting AKT pathway has become a promising strategy in anti-cancer therapy. Although a number of small molecule AKT kinase inhibitors have been developed and tested in clinical trials, severe side effects have prevented their use in current treatment schemes. The main purpose of the present thesis was to identify and characterize the inhibitors of AKT signaling pathway that could be used as potential anti-cancer drugs. The exact target of the inhibitors was the AKT1-PDPK1 interaction, which is the first step in AKT activation cascade. Protein complementation-based screening and the following experiments revealed one chemical – NSC156529 – which inhibited the growth of tumor cells from different origin in cell culture as well as in a mouse tumor xenograft model. In addition to AKT activity inhibition, cancer cell incubation with NSC156529 chemical also reduced the phosphorylation of AKT downstream target proteins, which confirmed that NSC156529 treatment inhibited the key biochemical activities of the AKT signaling pathway. The analysis of NSC156529-treated xenografts revealed increased expression level of differentiation markers, suggesting that NSC156529 could limit tumor growth at least in part by directing cancer cells to differentiate. Conclusively, inhibiting activated AKT-regulated signaling pathway in tumor cells is a promising anti-cancer drug target and the small molecular compound NSC156529 could be a potent suppressor of AKT1 pathway in tumor cells harboring active AKT signaling

Corporal image and sexual self-esteem

Treball Final de Grau en Psicologia. Codi: PS1048. Curs: 2018/2019.Introduction: Corporal image is "the image that forms our mind of our own body" and this seems to be related to some mental health problems. With regard to sexuality, it is considered that the way of perceiving and evaluating the body is associated with sexual relations that you have. Therefore, sexual satisfaction has been studied in relation to psychological variables, finding that a higher sexual self-esteem would be associated with a less body dissatisfaction, with women having lower self-esteem and being more dissatisfied with their body. However, the results need to be consolidated. The aim is to analyze if there are differences in satisfaction with body image between men and women, and its association with body mass index and sexual self-esteem. ​Method: 157 participants filled an adhoc questionnaire that evaluates the sociodemographic data and the BMI, the sexual self-esteem scale of the Multidimensional Sexuality Questionnaire (MSQ), the Stunkard pictogram, and the Body Shape Questionnaire (BSQ) online, anonymously and voluntarily. ​Results: The mean of the BSQ questionnaire is higher in women than in men, highlighting significant differences between sexes in items associated to worry about getting fat, discomfort with specific areas of the body, want to lose weight and dissatisfaction with their body. We have founded a correlation between corporal image and sexual self-esteem, as well as with BMI and body image. Discussion: ​Through the study, it has been shown that women are more dissatisfied with their corporal image, as in past investigations, as well as this is associated with sexual self-esteem. Therefore, the development of a good corporal image should be considered to develop sex education strategies, being important mostly in women.Introducción: ​La imagen corporal es “la imagen que forma nuestra mente de nuestro propio cuerpo” y parece estar vinculada a distintos problemas de salud mental. Respecto a la sexualidad, se considera que la forma de percibir y evaluar el cuerpo se relaciona íntimamente con las relaciones sexuales que se tengan. Por lo que, la satisfacción sexual ha sido estudiada en relación con variables psicológicas, encontrando que una mayor autoestima sexual se asociaría con una menor insatisfacción corporal, siendo las mujeres las que tienen menor autoestima y están más insatisfechas con su cuerpo. Sin embargo, los resultados necesitan ser consolidados. El objetivo es analizar si hay diferencias en la satisfacción con la imagen corporal entre hombres y mujeres, y la asociación con el índice de masa corporal y la autoestima sexual. ​Método: ​157 participantes realizaron de forma online, anónima y voluntaria un cuestionario adhoc que valora los datos sociodemográficos y el IMC, la escala de autoestima sexual del Multidimensional Sexuality Questionnaire (MSQ), el pictograma de Stunkard, y el Body Shape Questionnaire (BSQ). Resultados: ​La media del cuestionario BSQ es mayor en mujeres que en hombres, resaltando diferencias significativas entre sexos en ítems relacionados con la preocupación por engordar, malestar con zonas específicas de su cuerpo, deseo de perder peso e insatisfacción con su cuerpo. Además, se ha encontrado correlación entre la imagen corporal y la autoestima sexual, así como con el IMC y la imagen corporal. ​Conclusiones: ​A través del estudio, se ha mostrado que las mujeres están más insatisfechas con su imagen corporal, al igual que en pasadas investigaciones, así como su relación con la autoestima sexual. Por lo que, el desarrollo de una buena imagen corporal debería considerarse al elaborar estrategias de educación sexual, siendo importante sobre todo en mujeres

TO LOVE AN(OTHER): NARRATIVES OF MIXED MARRIAGES AMONGST BRITISH PAKISTANI MUSLIMS

The main research objective of this thesis examines how individual, self-identifying British Pakistani Muslims negotiate their senses of belonging through their marital selections. Drawing upon cases on intermarried case studies, I ethnographically explore how these individuals experience and interpret wedding ceremonies, sequences of expected obligations and reciprocity, religious belonging and raising children, and how digital and social media serve as tools of inspiration and mediation around issues of intermarriage. Although disparate in ethnographic representation, what unifies and casts these case studies and themes as an anthropological area of reflection is the individual sense of ‘unique’ life stories, and more importantly how these life stories interlink with similar life stories through a multi-layered narrative process. Considered to be relatively endogamous, British Pakistani Muslims in cultural, religious, and racial intermarriages become anthropologically engaging. While some individuals of this study conceptualise their experiences as transcending kinship boundaries, others are continuously weighing their relationship choices against their traditional upbringings, considered by some participants to be contradictory experiences. In response, I argue that the diverse examples of intermarriage not only demonstrate how narrative is formed and reformed through past-present-and-future imaginings and experiences, but also how navigating social risks plays a significant role in partner selection, child rearing, and other relationship behaviours. Individuals, like those of this study who push the boundaries of risk, do not do so as isolated agents, but are able to do so due to an increasing testing of social boundaries and of weighing risk, emotional labour, and future imaginings that are reflected upon through collective narrative processes

A method for selecting cis-acting regulatory sequences that respond to small molecule effectors

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Several <it>cis</it>-acting regulatory sequences functioning at the level of mRNA or nascent peptide and specifically influencing transcription or translation have been described. These regulatory elements often respond to specific chemicals.</p> <p>Results</p> <p>We have developed a method that allows us to select <it>cis</it>-acting regulatory sequences that respond to diverse chemicals. The method is based on the β-lactamase gene containing a random sequence inserted into the beginning of the ORF. Several rounds of selection are used to isolate sequences that suppress β-lactamase expression in response to the compound under study. We have isolated sequences that respond to erythromycin, troleandomycin, chloramphenicol, meta-toluate and homoserine lactone. By introducing synonymous and non-synonymous mutations we have shown that at least in the case of erythromycin the sequences act at the peptide level. We have also tested the cross-activities of the constructs and found that in most cases the sequences respond most strongly to the compound on which they were isolated.</p> <p>Conclusions</p> <p>Several selected peptides showed ligand-specific changes in amino acid frequencies, but no consensus motif could be identified. This is consistent with previous observations on natural <it>cis-</it>acting peptides, showing that it is often impossible to demonstrate a consensus. Applying the currently developed method on a larger scale, by selecting and comparing an extended set of sequences, might allow the sequence rules underlying the activity of <it>cis-</it>acting regulatory peptides to be identified.</p

Antibiootikumide kasutamine ja antimikroobne resistentsus COVID-19-pandeemia ajajärgul

COVID-19-st põhjustatud hingamisraskustega patsientidele määratakse sageli antibiootikumravi. Ometigi kinnitavad nüüdseks kogunenud andmed, et COVID-19-ga kaasnevate respiratoorsete haigusnähtude põhjustaja on üksnes harva bakteriaalne või fungaalne sekundaarinfektsioon. Mõnedes haiglates on COVID-19 raviks kasutatud asitromütsiini, ehkki selleks puudub praeguse seisuga teaduslik alus. Kuna antibiootikumravi määratakse sageli ja ilma tegeliku vajaduseta, on paljud teadlased väljendanud muret, et COVID-19-pandeemia võimendab antimikroobse resistentsuse (AMR) üleilmset levikut. AMRi levikut mõjutavaks lisateguriks on maailmas järsult suurenenud biotsiidide kasutamine. Antibiootikumide ebavajaliku kasutamise vähendamiseks ja AMRi leviku ohjeldamiseks tuleb COVID-19-patsientide ravis lähtuda antibiootikumide vastutustundliku kasutamise põhimõtetest. &nbsp

Süütuse presumptsioon ja meedia

http://tartu.ester.ee/record=b2653496~S

Functional interaction between RNase III and the Escherichia coli ribosome

BACKGROUND: RNase III is a dsRNA specific endoribonuclease which is involved in the primary processing of rRNA and several mRNA species in bacteria. Both primary structural elements and the secondary structure of the substrate RNA play a role in cleavage specificity. RESULTS: We have analyzed RNase III cleavage sites around both ends of pre-23 S rRNA in the ribosome and in the protein-free pre-rRNA. It was found that in the protein-free pre-23 S rRNA the main cleavage site is at position (-7) in respect of the mature 5' end. When pre-23 S rRNA was in 70 S ribosomes or in 50 S subunits, the RNase III cleavage occurred at position (-3). We have demonstrated that RNase III interacts with both ribosomal subunits and with even higher affinity with 70 S ribosomes. Association of RNase III with 70 S ribosomes cannot be dissociated by poly(U) RNA indicating that the binding is specific. CONCLUSIONS: In addition to the primary and secondary structural elements in RNA, protein binding to substrate RNA can be a determinant of the RNase III cleavage site