Automated design of bacterial genome sequences

Background: Organisms have evolved ways of regulating transcription to better adapt to varying environments. Could the current functional genomics data and models support the possibility of engineering a genome with completely rearranged gene organization while the cell maintains its behavior under environmental challenges? How would we proceed to design a full nucleotide sequence for such genomes? Results: As a first step towards answering such questions, recent work showed that it is possible to design alternative transcriptomic models showing the same behavior under environmental variations than the wild-type model. A second step would require providing evidence that it is possible to provide a nucleotide sequence for a genome encoding such transcriptional model. We used computational design techniques to design a rewired global transcriptional regulation of Escherichia coli, yet showing a similar transcriptomic response than the wild-type. Afterwards, we “compiled” the transcriptional networks into nucleotide sequences to obtain the final genome sequence. Our computational evolution procedure ensures that we can maintain the genotype-phenotype mapping during the rewiring of the regulatory network. We found that it is theoretically possible to reorganize E. coli genome into 86% fewer regulated operons. Such refactored genomes are constituted by operons that contain sets of genes sharing around the 60% of their biological functions and, if evolved under highly variable environmental conditions, have regulatory networks, which turn out to respond more than 20% faster to multiple external perturbations. Conclusions: This work provides the first algorithm for producing a genome sequence encoding a rewired transcriptional regulation with wild-type behavior under alternative environments

Finite VEVs from a Large Distance Vacuum Wave Functional

We show how to compute vacuum expectation values from derivative expansions of the vacuum wave functional. Such expansions appear to be valid only for slowly varying fields, but by exploiting analyticity in a complex scale parameter we can reconstruct the contribution from rapidly varying fields.Comment: 39 pages, 16 figures, LaTeX2e using package graphic

Efecto de la temperatura de solubilizado y del tiempo de inmersión en cloruro de hierro “FeCl3” sobre la corrosión por picadura de dos aceros inoxidables austeníticos "UNS S20200 y UNS S30403"

Los aceros inoxidables austeníticos son altamente utilizados en varios sectores de la industria ya que poseen una elevada resistencia a la corrosión, y excelentes propiedades mecánicas, haciendo que estos sean apropiados para gran variedad de usos. Los aceros inoxidables austeníticos tienen una mayor participación comercial, a nivel mundial, dentro de las diferentes familias de aceros inoxidables. Después del cromo (Cr), el principal elemento de aleación de los aceros inoxidables austeníticos es el níquel (Ni). El níquel es el principal elemento estabilizador de la fase austenítica, aunque no es el único elemento que cumple con esta función. En este contexto, el manganeso (Mn) se puede considerar como posible sustituto del níquel, una vez que también presenta el carácter austenitizador. A pesar de poseer alta resistencia a la corrosión, los aceros inoxidables austeníticos presentan problemas cuando son sometidos a ambientes poco favorables, siendo que un tipo de corrosión que ataca con bastante frecuencia a estos materiales es la corrosión por picadura

La Constitución colombiana de 1991: economía y análisis económico de la jurisprudencia en la Corte Constitucional

El principio de Pacta Sunt Servanda y la estipulación de intereses, del Dr. Fernando Hinestrosa Forero vuelve sobre un tema que por siglos ha estado vigente, en sus inicios el debate fue religioso, hoy es básicamente legal. El contrato y la auto-nomía privada frente al interés público, su naturaleza política, el respeto a la palabra empeñada, la confianza en él como cimiento de toda economía. Todos estos, elementos puestos con maestría en perspectiva por el autor, sin duda enriquecen la discusión, sobre todo cuando cambian los reglamentos que fijan los intereses, sea que estos suban o bajen. El lector encontrará una fuente de reflexión importante a lo largo de su lectura. En la sección Internacional, hemos incluido el artículo de Giles Slinger y Simon Deakin, profesor de la Universidad de Cambridge, sobre la política regulatoria que se debe seguir con los terceros que cooperan directamente con los negocios sociales. Este esctito de derecho societario, Company Law: an instrument for inclusion-regulation stakeholder relations in takeover situations, es un artículo en donde se presenta una propuesta de política regulatoria para garantizar los derechos y resolver las relaciones de los terceros colaboradores con las compañías en situaciones de absorción respecto a la compañía que toma el control. Las propuestas, aplicadas al derecho de sociedades del Reino Unido, resumen la filosofía de esta legislación y las situaciones donde se presentan absorciones hostiles. Política de competencia: prácticas monopolísticas absolutas en la Ley 29 de 1996, artículo presentado por Oscar García Cardoze, muestra la situación de los Hard Core Cartels, lo que autor llama los monopolios bilaterales y las concentraciones empresariales en Panamá, de acuerdo con los elementos normativos de la Ley 29 de 1996. Muestra que la filosofía de esta ley, no es como en la mayoría de los países, la protección del bien jurídico del interés económico general, sino el interés del consumidor, variación que naturalmente debe incidir en la aplicación de la ley.

Hacia un modelo alternativo de supervisión del Prácticum

Dos supervisores de prácticum de profesorado propusieron a 34 estudiantes tareas de reflexión, análisis y elaboración teórica de un modelo didáctico personal, a partir de lecturas conectadas con la práctica del aula. Se realizaron sesiones grupales e individuales de supervisión, además de entrevistas, y cada uno de los docentes redactó un diario de las sesiones de supervisión. El texto de las memorias redactadas por los y las estudiantes fue analizado para evidenciar el grado de reflexión, análisis, elaboración teórica y competencia en la planificación de las intervenciones en el aula. Aun encontrando algunos casos que reflejan fuerte resistencia y apego a un modelo “practicista”, las tareas planteadas se mostraron muy fructíferas. La experiencia será desarrollada, formulando un sistema de categorías para el análisis de las memorias y conectando las narraciones autobiográficas profesionales con los modelos didácticos personales del alumnado.Two supervisors of teachers’ practicum suggested tasks related to reflection, analysis and theorizing on their personal instructional model to 34 student teachers. For this purpose the students read articles connected to classroom practice. Group and individual supervising sessions, and interviews were carried out. Each supervisor wrote his/her own diary related to the supervising sessions. The text of the students’ practicum reports was analyzed in order to identify their degree of reflection, analysis, theorizing, and their competence on instructional planning. Even if some cases reflect a strong resistance and attachment to a ‘practical’ model, the suggested tasks appeared to be quite fruitful. This experience aims at further development, by means of using a category system to analyze the reports, and connecting the professional autobiographical narratives to the students’ personal instructional models

Reverse-engineering the Arabidopsis thaliana transcriptional network under changing environmental conditions

An Arabidopsis thaliana transcriptional network reveals regulatory mechanisms for the control of genes related to stress adaptation

Genetically modified bacteriophages

Phages or bacteriophages, viruses that infect and replicate inside bacteria, are the most abundant microorganisms on earth. The realization that antibiotic resistance poses a substantial risk to the world’s health and global economy is revitalizing phage therapy as a potential solution. The increasing ease by which phage genomes can be modified, owing to the influx of new technologies, has led to an expansion of their natural capabilities, and a reduced dependence on phage isolation from environmental sources. This review will discuss the way synthetic biology has accelerated the construction of genetically modified phages and will describe the wide range of their applications. It will further provide insight into the societal and economic benefits that derive from the use of recombinant phages in various sectors, from health to biodetection, biocontrol and the food industry

Diretrizes para a gestão de empreendimentos de construção complexos do tipo comercial do mercado varejista com base nas abordagens Lean e Agile

Os empreendimentos de construção são cada vez mais complexos. A prática da gestão tradicional de empreendimentos no contexto da construção tem resultado em empreendimentos que demoram mais do planejado, custam mais do previsto e não atendem as expectativas de qualidade. A abordagem tradicional de gestão não considera todas as características de complexidade envolvidas em alguns empreendimentos, e os trata de forma similar, sem considerar o tipo de contexto. Esta pesquisa teve como ponto de partida um problema real identificado numa empresa varejista, que tem setores envolvidos no desenvolvimento de empreendimentos de construção para implantar ou reformar lojas. Estes empreendimentos são denominados nesta pesquisa como do tipo comercial do mercado varejista. Os processos de gestão de empreendimentos da empresa estão influenciados pela abordagem tradicional de gestão de empreendimentos, apesar das características de complexidade de seus empreendimentos. Neste contexto, existe a necessidade de desenvolver métodos e ferramentas de gestão que considerem todas as características de complexidade envolvidas nos empreendimentos, e o contexto específico no qual serão utilizados. As abordagens Lean e Agile são apontadas como duas alternativas para fundamentar tais desenvolvimentos. Esta pesquisa tem como objetivo principal desenvolver um conjunto de diretrizes para a gestão de empreendimentos de construção complexos do tipo comercial do mercado varejista, com base nas abordagens Lean e Agile. O método de pesquisa está fundamentado na design science research, sendo desenvolvido um artefato, que corresponde ao conjunto de diretrizes. A estratégia de pesquisa adotada foi a pesquisa-ação, de modo que as soluções foram construídas com a colaboração dos profissionais da empresa, sendo possível ter vários ciclos de aprendizagem durante a implementação das soluções, as mesmas que foram continuamente avaliadas e adaptadas. Como contribuição teórica, esta pesquisa discute como as abordagens Lean e Agile se sobrepõem e se complementam no contexto da gestão de empreendimentos.Construction projects are increasingly complex. Traditional project management practices in the context of construction has resulted in projects that take longer than planned, cost more than expected and do not meet quality expectations. The traditional project management approach does not consider all the complexity characteristics involved in some projects, and treats them in a similar way, without considering the type of context. The starting point for this research work was a real problem identified in a retail company, which has sectors involved in the development of construction projects to install or remodel stores. These projects are named in this investigation as retail market commercial projects. The company's existing project management processes were strongly based on the traditional project management approach, despite the complexity of its projects. In this context, there is a need to develop managerial methods and tools that take into account the complexity characteristics involved in construction projects, as well as the specific context in which these are used. The Lean and Agile approaches have been pointed as two alternatives to support such developments. The aim of this research work is to develop a set of guidelines for the management of complex retail market commercial projects, based on Lean and Agile approaches. The research method is based on design science research, which involves the development of an artifact, which corresponds to the set of guidelines. The research strategy adopted was action-research, so that the solutions were built in collaboration with the company's technical staff, along several learning cycles during the implementation of the solutions, which were continuously evaluated and adapted. As a theoretical contribution, this research study discusses how the Lean and Agile approaches overlap and complement each other in the context of project management

Terapia Celular en Enfermedades Desmielinizantes

Antecedentes y estado actual del tema: La Esclerosis Múltiple es una enfermedad autoinmune y neurodegenerativa crónica de base inflamatoria que afecta a la sustancia gris y blanca del sistema nervioso central. Se caracteriza por la presencia de lesiones focales desmielinizantes y afectación difusa del tejido nervioso aparentemente normal, siendo la discapacidad consecuencia de la neurodegeneración progresiva, a la que se superpone la discapacidad que pueda aparecer como consecuencia de un brote. Los llamados tratamientos modificadores de la Esclerosis Múltiple limitan los brotes de inflamación que acontecen en la forma remitente-recurrente pero apenas modifican la progresión de la discapacidad porque no tienen efecto sobre la neurodegeneración. Además estos fármacos carecen de utilidad en la fase progresiva de la enfermedad pues no tienen un carácter neuroprotector ni regenerador de los axones ni de las vainas de mielina afectas. Las Células Mesenquimales producen un amplio rango de moléculas solubles involucradas en inmunomodulación, antiapoptosis, angiogénesis, estimulación de la proliferación y diferenciación celular, anticicatricial y quimiotáctico que ha incentivado el desarrollo de diversos ensayos clínicos con resultados esperanzadores. Sin embargo, se conoce poco sobre el modo de actuación de estas células en la etiopatogenia de la enfermedad. Objetivos de la investigación: El objetivo de este trabajo es analizar el potencial terapéutico y los mecanismos de actuación del trasplante de células mesenquimales en un modelo de desmielinización crónica. Estas propiedades se comparan con la de otros grupos celulares con potencialidad para ser utilizados en terapia celular, como son las células del ligamento periodontal y pulpa dental humanas, de oligodendrocitos maduros inmortalizados, así como del efecto directo del factor trófico FGF8. Además, se analizará la activación de los nichos neurogénicos del propio parénquima cerebral trasplantado y se evaluará la recuperación funcional de los axones remielinizados mediante estudios electrofisiológicos. METODOLOGÍA: Se realizaron los siguientes trasplantes guiados estereotáxicamente en la fimbria derecha del hipocampo de ratones crónicamente desmielinizados con cuprizona: 300.000 células de oligodendrocitos inmortalizados, de células mesenquimales del ligamento peridontal, de la pulpa dental o de la médula ósea, así como bolas de heparina embebidas en FGF8. A otro grupo se les inyectó el mismo volumen de solución vehículo sin células como control quirúrgico. En todos los casos se consideró la fimbria izquierda, contralateral al trasplante, como control de la desmielinización. Se analizó la respuesta frente al trasplante del sistema nervioso desmielinizado, mediante inmunohistoquímica, PCR cuantitativa, electrofisiología y microscopía electrónica. RESULTADOS: Entre los resultados obtenidos destaca la activación y reclutamiento de progenitores de oligodendrocitos en la periferia del trasplante debido a la expresión y liberación de señales tróficas propias de las células trasplantadas. Estos progenitores proceden de nichos neurogénicos relativamente alejados de la zona trasplantada (zona subependimaria de los ventrículos laterales y el giro dentado del hipocampo), pero únicamente cuando son estimulados mediante el trasplante de células mesenquimales de la médula ósea, adquieren la capacidad de madurar a oligodendrocitos formadores de mielina capaces de reconstituir la velocidad de conducción del impulso nervioso del área trasplantada. Además, se observa como la administración intraparenquimal de FGF8 consigue unos resultados similares al trasplante de células mesenquimales procedentes de médula ósea, por lo que se postula que éste factor trófico está implicado directamente en la capacidad remielinizante de éste tipo celular. CONCLUSIONES: En este trabajo se demuestra que el trasplante de células mesenquimales estimula la activación y diferenciación de progenitores de oligodendrocitos endógenos. Además, únicamente mediante el trasplante de células mesenquimales procedentes de la médula ósea se crean las condiciones necesarias para formar nuevas vainas de mielina que restaura las propiedades de conducción en los axones periféricos al trasplante. Estos efectos se deben a factores tróficos secretados por las células trasplantadas que activan los nichos neurogénicos y promueven la proliferación, diferenciación, supervivencia y migración de los progenitores de oligodendrocitos originados de estos nichos

Dirofilaria immitis en caninos del medio Sinú: un posible riesgo para la salud pública

Introduction: Dirofilaria immitis, is a worldwide distribution parasite that causes progressive cardiopulmonary disease in dogs, it is located in the pulmonary arteries and right ventricle and produces endothelial injury and pneumonia. It is transmitted by mosquito bites to canines, but it may be found in a variety of mammals, including humans living in endemic areas, which turns it into a zoonosis. The infection has been reported in different Colombian regions. Objective: To determine antibodies against D. immitis in dogs of Cereté, Ciénaga de Oro, and San Carlos, municipalities of middle Sinú (Córdoba). Materials and methods: Blood samples of 105 crossbreed dogs were collected from the urban areas of these municipalities in order to conduct a descriptive cross-sectional study and stratified sampling. Antibody to Dirofilaria immitis was measured through the implementation of an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Descriptive analysis and Chi-square were used to determine whether there were significant differences with respect to D. immitisseropositivity and the parameters investigated (age, race and geographic region of origin). Results: The seroprevalence to D. immitis was 5.7%, and the antibodies were detected in the municipalities evaluated. No statistically significant differences were observed between the seropositivity of different age groups, races, sexes, and municipalities. Conclusions: The presence of circulating antibodies of Vectors and hosts involved in the transmission may represent a potential public health risk in which humans can act as aberrant hosts.  Introducción: Dirofilaria immitis es un parásito de  distribución mundial,  en caninos produce la dirofilariosis cardiopulmonar progresiva, afección localizada en las arterias pulmonares y el ventrículo derecho,  que induce a daño endotelial y neumonitis. El parásito es  trasmitido por la picadura de mosquitos a caninos y a otras especies, inclusive a humanos que habitan zonas endémicas, constituyéndose en una zoonosis. En Colombia D. immitis ha sido reportada en diferentes regiones de Colombia. Objetivo: Determinar anticuerpos contra D. immitis en caninos de Cereté, Ciénaga de Oro y San Carlos, municipios del Medio Sinú (Córdoba). Materiales y métodos: Mediante un estudio descriptivo de corte trasversal y un muestreo estratificado, se tomaron 105 muestras de sangre en caninos de las áreas urbanas de estos municipios; la determinación de antígenos de D. immitis, se realizó mediante un inmunoensayo enzimático. Se usó estadística descriptiva y se empleó Chi-cuadrado para determinar si hubo diferencias significativas con respecto a la seropositividad y las variables evaluadas (edad, raza y procedencia). Resultados: La seroprevalencia fue del 5.7% y los anticuerpos se detectaron en todos los municipios evaluados. No se encontraron diferencias estadísticas entre seropositividad por municipio, edad, raza, sexo. Conclusiones: El hábitat de los humanos en los municipios del medio Sinú, junto con la detección de anticuerpos circulantes en caninos de D. immitis, las condiciones agroecológicas de esta región, la presencia de mosquitos y hospederos,  puede hacer que los humanos sean expuestos a la transmisión de patógenos y ser un riesgo para la salud pública; por lo cual se hace necesario implementar medidas de prevención y control de vectores.    &nbsp