HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions

Background: The modeling of interactions among transcription factors (TFs) and their respective target genes (TGs) into transcriptional regulatory networks is important for the complete understanding of regulation of biological processes. In the case of human TF-TG interactions, there is no database at present that explicitly provides such information even though many databases containing human TF-TG interaction data have been available. In an effort to provide researchers with a repository of TF-TG interactions from which such interactions can be directly extracted, we present here the Human Transcriptional Regulation Interactions database (HTRIdb).
Description: The HTRIdb is an open-access database of experimentally validated interactions among human TFs and their TGs. HTRIdb can be searched via a user-friendly web interface and the retrieved TF-TG interactions data and the associated protein-protein interactions can be downloaded or interactively visualized as a network using the Cytoscape Web software. Moreover, users can improve the database quality by uploading their own interactions and indicating inconsistencies in the data. So far, HTRIdb has been populated with 283 TFs that regulate 11886 genes, totaling 18160 TF-TG interactions. HTRIdb is freely available at http://www.lbbc.ibb.unesp.br/htri.
Conclusions: HTRIdb is a powerful user-friendly tool from which human experimentally validated TF-TG interactions can be easily extracted and used to construct transcriptional regulation interaction networks enabling researchers to decipher the regulation of biological processes

Modelo educativo alternativo basado en la teoría de Ausubel, formación profesional estudiantes vulnerables de educación inicial, en una Universidad de Guayaquil

La presente investigación tiene como propósito fortalecer el perfil profesional de los estudiantes universitarios de educación inicial, en situaciones de vulnerabilidad. El objetivo es proponer un modelo educativo alternativo en una Universidad de Guayaquil, la propuesta es propositiva apuntan a la práctica y a la investigación constructivista moderna, la problemática está enfocada al abandono, la falta de atención, la pobreza como problema social, los ingresos económicos inferiores, entre otros. Se realizó una investigación profunda en fuentes bibliográficas y tesis doctorales basadas en postulados de Ausubel como creador del aprendizaje significativo, es un gran horizonte como punto de partida para desarrollar actividades que mejoren la problemática que es motivo de esta propuesta. La metodología es de tipo propositiva, de enfoque cualitativo y radica en mejorar las habilidades de los docentes para incentivar la creatividad y el desarrollo cognitivo a sus beneficiarios, los estudiantes universitarios. En este modelo educativo alternativo, donde el alumno es el protagonista y el docente un orientador de aprendizajes, su trabajo interdisciplinario permite desarrollar competencias y capacidades para vivir en esta sociedad cambiante. El principal tributo de Ausubel al constructivismo fue la teoría del aprendizaje significativo, cuyo cimiento fue la construcción del conocimiento a través del hallazgo de contenido. La propuesta fortalece de manera eficiente la formación de los estudiantes a la docencia, es pertinente por su fácil aplicabilidad y fundamentación práctica, se concluye que es de gran relevancia continuar con las investigaciones para fortalecer la aplicación de los programas educativos en la carrera de educación inicial

TFCheckpoint database update, a cross-referencing system for transcription factors from human, mouse and rat

Prior knowledge about DNA-binding transcription factors (dbTFs), transcription co-regulators (coTFs) and general transcriptional factors (GTFs) is crucial for the study and understanding of the regulation of transcription. This is reflected by the many publications and database resources describing knowledge about TFs. We previously launched the TFCheckpoint database, an integrated resource focused on human, mouse and rat dbTFs, providing users access to a comprehensive overview of these proteins. Here, we describe TFCheckpoint 2.0 (https://www.tfcheckpoint.org/index.php), comprising 13 collections of dbTFs, coTFs and GTFs. TFCheckpoint 2.0 provides an easy and versatile cross-referencing system for users to view and download collections that may otherwise be cumbersome to find, compare and retrieve.Operational funds from Department of Biology, Norwegian University of Science and Technology. Funding for open access charge: Norwegian University of Science and Technology.Peer ReviewedPostprint (published version

Alterations in the intestinal metabolomic profile in subjects with spondyloarthritis: A systematic review

Las Espondiloartritis (EspA) son un grupo de enfermedades autoinflamatorias que comparten características en común; sus manifestaciones pueden ser de predominio periférico o axial. Además, se ha evidenciado inflamación intestinal clínica y subclínica en pacientes con EspA. Este compromiso intestinal podría estar asociado a alteraciones en metabolitos provenientes de la microbiota o el hospedero. Por lo tanto, el objetivo de esta revisión sistemática es analizar la evidencia científica existente relacionada con alteraciones en el perfil metabolómico en EspA identificando los metabolitos de mayor impacto con el compromiso intestinal. La revisión sistemática se desarrolló bajo los parámetros establecidos por Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA). Se realizó una búsqueda sistemática en: Embase, PubMed, Scopus y Google scholar, complementando con búsqueda en bola de nieve utilizando términos controlados y términos libres. Se realizó evaluación de la calidad metodológica con la herramienta ROBINS-I para estudios en humanos y ARRIVE guidelines para estudios en animales. No fue posible realizar metaanálisis dada variabilidad en metodología y resultados obtenidos de los estudios incluidos.Magíster en Ciencias Básicas BiomédicasMaestríaSpondyloarthritis (SpA) is a group of autoinflammatory diseases that share common features; their manifestations can be peripheral or axially predominant. In addition, clinical and subclinical intestinal inflammation has been evidenced in patients with SpA. This intestinal involvement could be associated with alterations in metabolites from the microbiota or the host. Therefore, the aim of this systematic review is to analyze the existing scientific evidence related to alterations in the metabolomic profile in SpA, identifying the metabolites with the greatest impact on intestinal involvement. The systematic review was developed under the parameters established by Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA). A systematic search was performed in: Embase, PubMed, Scopus and Google scholar, complemented with snowball search using controlled terms and free terms. The methodological quality was evaluated using the ROBINS-I tool for human studies and ARRIVE guidelines for animal studies. It was not possible to perform meta-analysis given the variability in methodology and results obtained from the included studies

Changes in land use in the periphery of Buenos Aires metropolitan area: Contributions to a peri-urban rent gap theory

Desde mediados de la década del 1990 se observa una fuerte expansión de urbanizaciones cerradas en las periferias metropolitanas de Buenos Aires, que avanzan sobre áreas ambientalmente frágiles, como humedales y suelos deteriorados por actividades extractivas. El diferencial entre la renta real de estos suelos y la alta renta potencial vinculada al uso residencial para sectores de ingresos altos tiende a ser capturado como una ganancia extraordinaria, y representa por ende un fuerte estímulo para la (re)inversión de capital y el avance inmobiliario. A través de análisis satelital y geoestadístico, el presente trabajo problematiza algunas de estas dinámicas, valiéndose de la hipótesis de un ciclo de cambios secuenciados en el uso del suelo tendiente a conformar una brecha de renta periurbana (o peri rent gap), con lo que se traza un paralelismo con la conocida teoría de Neil Smith.Since the mid-1990s, a strong expansion of gated communities has been observed in the metropolitan peripheries of Buenos Aires, advancing on environmentally fragile areas, such as wetlands and soils damaged by extractive activities. The difference between the real ground rent and the high potential ground rent associated with residential use for high-income sectors tends to be captured as an extraordinary profit, and thus represents a strong stimulus for capital (re)investment and real estate development. rough satellite and geostatistical analysis, the present article problematizes some of these dynamics, with the hypothesis of a cycle of sequenced changes in land use tending to form a peri-urban rent gap (or peri-rent gap), drawing a parallelism with the well-known theory by Neil SmithFil: Apaolaza, Ricardo Acencio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Filosofía y Letras. Instituto de Geografía "Romualdo Ardissone"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Venturini, Juan Pablo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Filosofía y Letras. Instituto de Geografía "Romualdo Ardissone"; Argentin

Asentamientos (in)formales en ciudades intermedias y pequeñas metrópolis de Sudamérica: Estado de situación y debate actual

La cuestión de los asentamientos (in)formales o irregulares ha ganado enorme relevancia en la agenda política mundial, transformándose en uno de los temas más recurrentes en los estudios urbanos, tanto académicos, como de organismos internacionales. En términos simples, se coincide en definir los asentamientos (in)formales como un conjunto diverso de modalidades de hábitat popular, caracterizadas por la alta (in)formalidad en la tenencia del suelo (producto de ocupaciones ilegales), la frecuente irregularidad en el acceso a los servicios esenciales y la fuerte precariedad urbana general.Fil: Zenteno Torres, Elizabeth. Universidad de Playa Ancha; Chile. Pontificia Universidad Católica de Chile; ChileFil: Apaolaza, Ricardo Acencio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Filosofía y Letras. Instituto de Geografía "Romualdo Ardissone"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

A census based methodological approach to gentrification recognition

En el actual cuerpo de estudios sobre gentrificación en América Latina han predominado los estudios de caso centrados en áreas focalizadas y con un tratamiento predominantemente cualitativo. Ante este escenario, uno de los retos presentes es desarrollar metodologías que permitan trabajar en escalas mayores, que sean replicables y que permitan establecer comparaciones, sin por ello renunciar a los estudios de caso en profundidad. La bibliografía internacional muestra las potencialidades de la estadística censal para este menester, la necesidad de combinar variables de estatus social y condiciones de la vivienda, así como la pertinencia de entender el proceso como un cambio relativo de zonas específicas con respecto del conjunto de la ciudad y con una temporalidad amplia. A partir de estas ideas, se recurre a los censos de población y vivienda en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y se propone una metodología que cumple con la doble función de identificar áreas con indicios de procesos de gentrificación en curso, así como de reconocer posibles características sociohabitacionales que las harían potencialmente más “gentrificables”. El texto concluye señalando la factibilidad de la metodología propuesta, así como la necesidad de examinar las potencialidades y limitaciones de cada censo nacional cuando se realizan comparaciones entre distintos países.Current research on gentrification in Latin America shows a predominance of case studies, most of which focuses on specific areas using qualitative approaches. In this context, one of the main challenges is to develop methodologies to produce replicable and comparable information, enabling larger scales’ analysis. The international literature recognizes the potential of census statistics for meeting this goal, highlighting the need to combine both variables of social status and housing conditions. It also points out the importance of addressing the process as a local/neighbourhood change that needs to be analyzed in a whole-city scale and with a broad temporality. Based on these ideas, this work explores the population and housing censuses for Buenos Aires autonomous city and proposes a specific methodology to detect potential gentrifying areas, as well as correlated variables that come out to explain what may make these areas more “gentrificable”. The text concludes by evaluating the potentiality of this methodology, as well as warning about the heterogeneities and limitations of each national census when making comparisons between different countries.Fil: Díaz Parra, Rubén Ibán. Universidad de Sevilla; España. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Apaolaza, Ricardo Acencio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Filosofía y Letras. Instituto de Geografía "Romualdo Ardissone"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin