Discrimination of healthy and colorectal cancer patients using FTIR and PLS-DA

Spectroscopic methods have already been used as effective tools in several studies involving the detection of cancer. Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) has already been applied in the discrimination of cancer cells and tissues or blood of patients with the disease, observing that this technique requires the use of chemometric algorithms to obtain such results. The aim of this study was to employ a partial least squares discriminant analysis (PLS-DA) with FTIR data in the discrimination of plasma samples from patients with colorectal cancer (RCC) and healthy individuals. Multivariate analysis was performed using PLS-DA of the sample triplicates (n=90) with different types of processing. The best PLS-DA condition was obtained using the 1st derivative, 1 orthogonal signal correction (OSC) and no pre-processing. With 1 factor only, the model presented a mean square error of cross-validation (RMSECV) of 0.0004 and coefficient of determination (r^2) of 1.0000. The accuracy, precision and sensitivity of the model were 100%

Genotoxicidade do composto Azadiractina avaliado através do Ensaio Cometa utilizando Danio rerio (Hamilton 1822) como organismo teste

A azadiractina consiste no óleo obtido a partir de sementes secas de Azadirachta indica A. Juss. (Família: Meliaceae). Trata-se de um biopesticida para controle de pragas na agricultura e, portanto, um agente "eco-amigável" para a agricultura orgânica. Contudo, os resíduos dos pesticidas, incluindo os biopesticidas, podem causar efeitos deletérios a organismos que não são o seu alvo. Assim, o presente trabalho pretende investigar o efeito genotóxico da azadiractina no meio aquoso em amostras de peixes conhecidos como Paulistinha ou Zebra-fish (Danio rerio - Hamilton 1822). As concentrações da azadiractina de 8, 16 e 32 vezes as taxas mais baixas de produtos comerciais formulados foram testadas durante 7 dias. Os efeitos de genotoxicidade foram avaliados através de Ensaio Cometa obtendo Frequência de Dano (FD) e Índice de Dano (ID) utilizando eritrócitos do D. rerio. A Análise de Sobrevivência avaliou a taxa de mortalidade em exemplares remanescentes do EC. Os resultados sugerem um aumento significativo de FD e ID em relação ao controle negativo (D. rerio não expostos), mesmo após 7 dias de exposição. Além disso, todos os espécimes expostos morreram dentro de uma semana após o final do EC. A utilização do biopesticida azadiractina deve ser realizada com precaução para não aumentar a contaminação ambiental, especialmente nos ecossistemas aquáticos

Genotoxicidade do composto Azadiractina avaliado através do Ensaio Cometa utilizando Danio rerio (Hamilton 1822) como organismo teste

A azadiractina consiste no óleo obtido a partir de sementes secas de Azadirachta indica A. Juss. (Família: Meliaceae). Trata-se de um biopesticida para controle de pragas na agricultura e, portanto, um agente "eco-amigável" para a agricultura orgânica. Contudo, os resíduos dos pesticidas, incluindo os biopesticidas, podem causar efeitos deletérios a organismos que não são o seu alvo. Assim, o presente trabalho pretende investigar o efeito genotóxico da azadiractina no meio aquoso em amostras de peixes conhecidos como Paulistinha ou Zebra-fish (Danio rerio - Hamilton 1822). As concentrações da azadiractina de 8, 16 e 32 vezes as taxas mais baixas de produtos comerciais formulados foram testadas durante 7 dias. Os efeitos de genotoxicidade foram avaliados através de Ensaio Cometa obtendo Frequência de Dano (FD) e Índice de Dano (ID) utilizando eritrócitos do D. rerio. A Análise de Sobrevivência avaliou a taxa de mortalidade em exemplares remanescentes do EC. Os resultados sugerem um aumento significativo de FD e ID em relação ao controle negativo (D. rerio não expostos), mesmo após 7 dias de exposição. Além disso, todos os espécimes expostos morreram dentro de uma semana após o final do EC. A utilização do biopesticida azadiractina deve ser realizada com precaução para não aumentar a contaminação ambiental, especialmente nos ecossistemas aquáticos

Water Quality of Urban Streams: The Allium cepa

The present study investigates the genotoxic, mutagenic, and cytotoxic potential of surface waters in urban streams using Allium cepa and analyzes the applicability of this assay for environmental monitoring. Water samples were collected from three streams located in the urban area of a municipality in the south of Brazil. For each stream, two samples were collected, one upstream and one downstream of the pollution discharge site. Physicochemical evaluation indicated that all samples had various degrees of environmental impact, but substantial impact was seen for the downstream samples of the Preto and Pedras streams. All samples increased the frequency of chromosome aberrations (P<0.05). The sample from Pedras downstream site also caused a decrease in mitotic index (P<0.08) and increase in micronuclei (P<0.08) frequency, indicating potential cytotoxicity and mutagenicity. The Pedras stream receives mixed industrial and urban wastewater, while the Lajeado and Preto streams receive wastewater predominantly domestic in nature, which may partially explain the difference in toxicity among the samples. Moreover, the Allium cepa seeds/seedlings were shown to be extremely sensitive in detecting the genotoxicity of environmental water samples and can be applied as the first tool for environmental health hazard identification and prediction

DNA-Barcoding e aprendizado de máquina no alinhamento e localização de Primers para o reconhecimento de cianobactérias / DNA-Barcoding and machine learning in the alignment and localization of Primers for the recognition of cyanobacteria

A Bioinformática é uma área que vem ganhando visibilidade para a previsão de doenças através do DNA (Ácido desoxirribonucleico). Esta área sempre esteve diretamente associada à biologia molecular, campo da biologia responsável por estudar a estrutura e as funções do material genético, bem como as proteínas, que são os resultados obtidos em uma síntese de DNA. A área da Genômica é um ramo da bioquímica que estuda o genoma completo de um organismo. Com a evolução das tecnologias de informação, torna-se possível a manipulação de um grande volume de dados e isso tem permitido que os estudiosos da área obtenham cada vez mais rapidamente seus resultados. A genômica e suas derivadas são áreas de investigação alicerçadas na geração de um grande volume dados que tem aumentado exponencialmente ao longo dos anos. As técnicas de DNA-Barcoding e Aprendizado de Máquina tendem a auxiliar ainda mais os pesquisadores da área, buscando soluções rápidas e inteligentes. Assim, este trabalho uniu as técnicas de DNA-Barcoding e Aprendizado de Máquina, com a técnica de agrupamento, cujo aprendizado é não supervisionado, para o sequenciamento e identificação de Cianobactérias. A metodologia incluiu bibliometria quantitativa e qualitativa para busca e análise de trabalhos relacionados; modelagem e desenvolvimento do sistema de sequenciamento e reconhecimento de cianobactérias; implementação do BLAST (que realiza o alinhamentos de sequência de DNA), do sequenciamento pelo DNA-Barcoding, da identificação das regiões de primers e do agrupamento das sequências; realização de testes e ajustes no sistema. A partir dos resultados obtidos, destaca-se a velocidade de execução de todo o processo, desde o BLAST inicial até o BLAST final, bem como a busca pelos Primers e o agrupamento

PROFESSOR JUAREZ ALAOR SCHMIDT: UMA TRAJETÓRIA ACADÊMICA DEDICADA À UNISC

Atividades desenvolvidas pelo professor Juarez Alaor Schmidt enquanto professor da Universidade de Santa Cruz do Sul - UNISC

Avaliacao de quatro metodos diferentes de extracao de DNA em isolados clinicos de estafilococos coagulase negativos (SCoN)

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.Atualmente, para extrair o DNA bacteriano, existem diversos métodos baseados em diferentes princípios. Entretanto, a quantidade e qualidade do DNA obtido por cada um destes métodos é variável e depende do tipo de micro-organismo em questão; os estafilococos coagulase-negativos (CoNS), por exemplo, possuem parede celular espessa difícil de lisar. O objetivo deste estudo foi comparar a quantidade e a qualidade do DNA extraído de isolados clínicos de CoNS utilizando quatro metodologias diferentes: dois protocolos caseiros e dois kits comerciais. A determinação da quantidade e da qualidade do DNA foi realizada por espectrofotometria. O DNA extraído também foi analisado em eletroforese em gel de agarose e por PCR. A concentração média de DNA foi mais alta no método de lise térmica (). Entretanto, com relação à qualidade do DNA, o kit comercial que utiliza um método de extração baseado em uma coluna de separação apresentou melhor resultado (média da relação A260/280 = 1,95). As quatro técnicas testadas forneceram DNA passível de amplificação por PCR, porém com diferentes rendimentos. A qualidade do DNA extraído de bactérias é importante, pois possibilita a realização de maior número de técnicas de biologia molecular e também armazenamento do material por maior período de tempo. Neste sentido, a técnica de extração por coluna de separação apresentou melhor desempenho frente aos CoNS

Avaliacao de quatro metodos diferentes de extracao de DNA em isolados clinicos de estafilococos coagulase negativos (SCoN)

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.Atualmente, para extrair o DNA bacteriano, existem diversos métodos baseados em diferentes princípios. Entretanto, a quantidade e qualidade do DNA obtido por cada um destes métodos é variável e depende do tipo de micro-organismo em questão; os estafilococos coagulase-negativos (CoNS), por exemplo, possuem parede celular espessa difícil de lisar. O objetivo deste estudo foi comparar a quantidade e a qualidade do DNA extraído de isolados clínicos de CoNS utilizando quatro metodologias diferentes: dois protocolos caseiros e dois kits comerciais. A determinação da quantidade e da qualidade do DNA foi realizada por espectrofotometria. O DNA extraído também foi analisado em eletroforese em gel de agarose e por PCR. A concentração média de DNA foi mais alta no método de lise térmica (). Entretanto, com relação à qualidade do DNA, o kit comercial que utiliza um método de extração baseado em uma coluna de separação apresentou melhor resultado (média da relação A260/280 = 1,95). As quatro técnicas testadas forneceram DNA passível de amplificação por PCR, porém com diferentes rendimentos. A qualidade do DNA extraído de bactérias é importante, pois possibilita a realização de maior número de técnicas de biologia molecular e também armazenamento do material por maior período de tempo. Neste sentido, a técnica de extração por coluna de separação apresentou melhor desempenho frente aos CoNS