The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Band structure calculations in N-ary alloys

A method for simple calculations of the electronic structure of complex crystalline alloys is presented This method is twostepwise : within the virtual crystal approximation (VCA) a general interpolation scheme is achieved for the determination of the physical properties of the alloy in terms of those of its pure constituents and the intrinsic (VCA) bowing effects of their related simplest (pseudo binary) alloys. The second step of this method is an extension of the Dielectric Method to account for disorder effects in the general alloy, including a k dependent parameterization of the extrinsic bowing effects. Applied to the III-V compound-based materials, the general expressions of lattice parameter and higher symmetry points optical transitions as functions of compositions are derived for these isovalent ternary and quaternary alloys.Une méthode simple pour les calculs des structures électroniques et d'alliages complexes est présentée. Cette méthode comporte deux étapes : dans l'approximation du cristal virtuel (VCA) nous avons établi un schéma général d'interpolation des propriétés physiques de l'alliage en fonction de celles de ses constituants purs et des effets de non-linéarité intrinsèque dans leurs alliages les plus simples (pseudobinaires). Dans la seconde étape les effets de non-linéarité liés au désordre dans l'alliage sont pris en compte par une paramétrisation d6pendant de k. Cette m6thode est appliquée aux alliages isovalents ternaires et quaternaires de composés III-V, établissant des expressions générales de leurs paramètres cristallins et des transitions optiques aux points de plus haute symétrie de la zone de Brillouin

El\ue9ments de pr\ue9cision des aires de distribution du fonio et de ses apparent\ue9s sauvages en fonction des zones climatiques, des types de v\ue9g\ue9tation et de sols au S\ue9n\ue9gal

White fonio ( Digitaria exilis Stapf) is one of the most promising cereals in West Africa due to its nutritional qualities and for its potential to generate financial returns for women. In Senegal, its culture has declined in recent years as well as the distribution area of its wild relatives. This study aims to specify the ecology of wild relatives of fonio. The data used come from collections of DAKAR and IFAN Herbaria, the GBIF database and field collections which made it possible to draw species distribution maps according to the climatic zones, vegetation and soils types. The results of the study revealed that the Sudanian zone is the richest in term of specific diversity with 11 inventoried species. The species occupy all types of vegetation in Senegal and the presence of some in arid zones, steppe type, and wet zones composed mainly of forests and wooded savannahs attests their remarkable adaptation to contrasting environmental conditions. It is also apparent from this study that species prefer tropical ferruginous soils, lithosols, ferralitic and hydromorphic soils. Digitaria ciliaris and D. gayana occur on almost all types of soils. As for D. exilis, it grows on the same soil as D. longiflora , its closest wild relative. The development of seed banks for the ex situ conservation of these wild species, potential sources of genes for fonio, would be of primary importance for the protection of this biodiversity.Le fonio blanc ( Digitaria exilis Stapf) est l\u2019une des c\ue9r\ue9ales les plus prometteurs en Afrique de l\u2019Ouest gr\ue2ce \ue0 ses qualit\ue9s nutritionnelles et de g\ue9n\ue9ration de revenus par les femmes. Au S\ue9n\ue9gal, sa culture a r\ue9gress\ue9 ces derni\ue8res ann\ue9es de m\ueame que l\u2019aire de r\ue9partition de ses parents sauvages. Cette \ue9tude vise ainsi \ue0 pr\ue9ciser l\u2019\ue9cologie des apparent\ue9es sauvages du fonio. Les donn\ue9es utilis\ue9es proviennent de collections des Herbiers DAKAR et IFAN, de la base de donn\ue9es GBIF et de collectes de terrain qui ont permis de dessiner des cartes de r\ue9partition des esp\ue8ces en fonction des zones climatiques, des types de v\ue9g\ue9tation et de sols. Les r\ue9sultats de l\u2019\ue9tude ont r\ue9v\ue9l\ue9 que la zone soudanienne est la plus riche en termes de diversit\ue9 sp\ue9cifique avec 11 esp\ue8ces inventori\ue9es. Les esp\ue8ces occupent tous les types de v\ue9g\ue9tation du S\ue9n\ue9gal et la pr\ue9sence de certaines en zones arides, de type steppe, et humides compos\ue9es principalement de for\ueats et de savanes bois\ue9es t\ue9moigne leur remarquable adaptation \ue0 des conditions environnementales contrast\ue9es. Il ressort \ue9galement de cette \ue9tude que les esp\ue8ces affectionnent mieux les sols ferrugineux tropicaux, les lithosols, les sols ferralitiques et hydromorphes. Digitaria ciliaris et D. gayana se rencontrent sur presque l\u2019ensemble des types de sols. Quant \ue0 D. exilis, elle pousse sur les m\ueames sols que D. longiflora , son plus proche parent sauvage. Le d\ue9veloppement de banques de semences assurant la conservation ex situ de ces esp\ue8ces sauvages, sources potentielles de g\ue8nes pour le fonio, serait d\u2019une importance primordiale pour la sauvegarde de cette biodiversit\ue9

Asthme aigu grave de l’enfant : caractéristiques épidémiologiques, cliniques, thérapeutiques et évolutifs au Sénégal : Severe acute asthma of the child: epidemiological, clinical, therapeutic and evolutive characteristics in Senegal

Context and objective. The lethality of asthma is related to the occurrence of severe acute asthma which is a crisis that does not yield under initial bronchodilator therapy. The objective of this study was to describe the epidemiological, diagnostic, therapeutic and evolutionary characteristics of children hospitalized for a severe acute asthma attack. Methods. We conducted a retrospective study of 11 years (from January 1st, 2005 and December 31st, 2015) at the Pediatric Emergency and Respiratory Department of the Albert Royer Children's Hospital (CHNEAR). 89 Children aged 0 to 15 years hospitalized for severe asthma or severe acute asthma were included. Results. The hospital prevalence of severe asthma attacks was 0.18%. The average age of the children was 44.21 months and the sex ratio was 1.69. The hospitalizations peaks have been registered during the months of July and December. 6.6% of patients were undergoing treatment and 17.9% had already been hospitalized for severe asthma attacks. The main biological abnormalities were: hypoxemia (79.7%), anemia (66.29%) and leukocytosis (44.9%). Radiological abnormalities were dominated by pulmonary over distension (60.7%) and bronchial syndrome (36%). All patients were under oxygen, salbutamol and corticosteroids. One death was encountered. The average hospital length of stay was 3.75 days. The complications were pneumo-mediastinum / cervico-mediastinal emphysema in 4 cases, pneumothorax in 2 cases and atelectasis in 1 case. Conclusion. Severe acute asthma is a relatively rare condition, but it is always associated with a significant morbidity. Contexte et objectif. La létalité de l’asthme est liée à la survenue d’asthme aigu grave qui est une crise qui ne cède pas sous traitement bronchodilatateur initial. L’objectif de cette étude était de décrire les caractéristiques épidémiologiques, diagnostiques, thérapeutiques et évolutives des enfants hospitalisés pour une crise d’asthme aigu grave. Méthodes. Nous avons conduit une étude documentaire portant sur une période de 11 ans (1 janvier 2005-31 décembre 2015) et réalisée aux services des urgences pédiatriques et de pneumologie du centre hospitalier national d’enfants Albert Royer (CHNEAR). Etaient inclus, 89 enfants de 0 à 15ans hospitalisés pour crise d’asthme sévère ou asthme aigu grave. Résultats. La prévalence hospitalière des crises d’asthmes sévère était de 0,18%. Leur âge moyen était de 44,2 mois et le sexe ratio 1,6. Les pics d’hospitalisations ont été enregistrés durant les mois de Juillet et Décembre. 6,6% des patients étaient sous traitement de fond et 17,9% avaient déjà été hospitalisés pour crises d’asthmes sévères. L’hypoxémie (79,7%), l’anémie (66,2%) et l’hyperleucocytose (44,9%) étaient les principales anomalies biologiques. Les signes radiologiques étaient dominés par l’hyperinflation pulmonaire (60,7%) et le syndrome bronchique (36%). Tous les patients étaient ont bénéficié de l’oxygène, le salbutamol et les corticoïdes. Sous cette attitude thérapeutique, un décès avait été déploré. La durée moyenne de l’hospitalisation était de 3,75 jours. Les complications enregistrées étaient le pneumo-médiastin/emphysème cervico-médiastinal dans 4 cas, le pneumothorax dans 2 cas, la rupture trachéale dans 1 cas et l’atélectasie dans 1 cas. Conclusion. L’asthme aigu grave semble peu fréquent mais reste toujours associée à une morbidité non négligeable

Atlas des relations homme-rat noir-zoonoses au Sénégal : contribution interdisciplinaire à l'approche One Health

En observant et analysant la propagation du rat noir (Rattus rattus) au Sénégal, cet ouvrage souligne la dynamique spatiale d'un réservoir animal emblématique de zoonoses. Dans les confins orientaux du territoire sénégalais, ce rongeur commensal profite de la transformation des environnements et de la croissance des échanges marchands pour s'installer là où il est absent. L'étude du modèle dynamique fournit de nouvelles informations aux acteurs de la santé publique et de l'aménagement du territoire dans le but de prévenir les risques d'émergence épidémiques. L'atlas est issu du programme CHANCIRA (CHANgements environnementaux. Circulation de biens et de personnes: de l'invasion de réservoirs à l'apparition d'anthropozoonoses. Le cas du rat noir dans l'espace sénégalais) et de la collaboration interdisciplinaire entre chercheurs de plusieurs établissements partenaires (l'IRD, l'IPD, l'université Cheikh Anta Diop de Dakara, l'université de Ziguinchor, l'université Paris Nanterre et l'université de Strasbourg). Les deux premiers ensembles de cartes sont réalisés à partir de documents d'archives, de données d'enquêtes qualitatives et quantitatives et d'entretiens. Les informations ont été réunies et homogénéisées dans un système d'information spatialisé propice au développement de requêtes croisées : sur la durée du XXe siècle, pour suivre la diffusion de Rattus rattus dans le territoire sénégalais; sur les vingt dernières années, pour affiner l'étude des dynamiques spatiales du rat noir dans l'est du Sénégal. Le troisième ensemble de cartes dévoile la dynamique actuelle du rongeur dans des espaces particuliers des régions de Tambacounda et Kédougou. Les résultats issus d'enquêtes géographiques, rodentologiques, entomologiques et virologiques restituent différentes informations : environnements domestiques et villageois, modes de vie et mobilités, répartition des espèces de rongeurs dans et hors des habitations, distribution des vecteurs d'arboviroses, prélèvements sérologiques et virologiques sur les populations humaines et animales. Ces données aident à mieux comprendre les processus liés à l'expansion de Rattus rattus, susceptibles d'engendrer un risque important de zoonoses pour les populations humaines. L'Atlas des relations homme-rat noir-zoonoses au Sénégal insiste sur la nécessité de s'affranchir de toute logique déterministe, au profit d'une mise en situation géographique et écologique des acteurs et vecteurs de la transmission et d'une compréhension territoriale globale des processus