The RAST Server: Rapid Annotations using Subsystems Technology

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The number of prokaryotic genome sequences becoming available is growing steadily and is growing faster than our ability to accurately annotate them.</p> <p>Description</p> <p>We describe a fully automated service for annotating bacterial and archaeal genomes. The service identifies protein-encoding, rRNA and tRNA genes, assigns functions to the genes, predicts which subsystems are represented in the genome, uses this information to reconstruct the metabolic network and makes the output easily downloadable for the user. In addition, the annotated genome can be browsed in an environment that supports comparative analysis with the annotated genomes maintained in the SEED environment.</p> <p>The service normally makes the annotated genome available within 12–24 hours of submission, but ultimately the quality of such a service will be judged in terms of accuracy, consistency, and completeness of the produced annotations. We summarize our attempts to address these issues and discuss plans for incrementally enhancing the service.</p> <p>Conclusion</p> <p>By providing accurate, rapid annotation freely to the community we have created an important community resource. The service has now been utilized by over 120 external users annotating over 350 distinct genomes.</p

Dal Sé al Contesto formativo: valutazione del percorso universitario da parte di studenti del I e II anno di un corso di laurea in Scienze e Tecniche Psicologiche

I continui mutamenti normativi dell'università e i ridimensionamenti delle risorse economiche costringono spesso i corsi di laurea a privilegiare aspetti formali di ‘adempimento del compito’, organizzativo e didattico, a discapito degli aspetti di qualità dell’offerta formativa (Broccolini, 2005). Docenti e studenti condividono una fase di disorientamento caratterizzata dalla difficoltà di adeguarsi velocemente al nuovo. Nei corsi di laurea in Psicologia, risorse preziose per migliorare i processi di elaborazione del cambiamento sono gli spazi di riflessività (Aleni Sestito, Parrello, 2007; Vezzani, 2007), ma anche di valutazione, fra loro connessi. Il tema della valutazione è da tempo oggetto di studi ed ha portato all'implementazione e istituzionalizzazione di vari strumenti. Il fine è di solito quello di valutare l’efficacia dell’offerta formativa in termini di successo accademico e di inserimento nel mondo del lavoro. Esiste tuttavia anche l’aspetto del benessere dello studente che sembra paradossalmente restare in ombra in questo tipo di processi valutativi (Di Nuovo, 2007). L’obiettivo di questo studio pilota è quello di esplorare le modalità attraverso le quali gli studenti di Psicologia valutano, durante i primi due anni, il percorso universitario compiuto, ipotizzando che essi focalizzino indicatori di qualità specifici, anche appresi durante il percorso, non presenti negli attuali questionari utilizzati dall’ateneo. E’ stato chiesto a 45 studenti di fine I anno e a 40 studenti di fine II anno (Scienze e Tecniche Psicologiche) di entrambi i sessi di raccontare -per iscritto e in modo anonimo- il percorso universitario compiuto e fare delle libere riflessioni. I testi sono stati sottoposti ad una analisi categoriale assistita da Atlas.ti (Muhr, 2000), utilizzando il Grounded Theory Method (Corbin & Strauss, 2008). I primi risultati mostrano la tendenza ad un ‘decentramento’, forse in linea con i processi di costruzione dell’identità professionale (Mancini, 2007), dal Sé al Contesto. Gli studenti della fine del I anno narrano di Sé, delle emozioni e degli stati d’animo (paura, entusiasmo, tristezza, nostalgia, smarrimento, sofferenza..) provati lasciando la scuola ed entrando nel nuovo mondo, che costringe all’autonomia e all’assunzione di responsabilità; individuano risorse personali utili durante il percorso (amici, partner); fanno un bilancio delle scelte compiute. Le valutazioni sulla Psicologia restano vaghe e complessive. Gli studenti della fine del II anno insistono sulle emozioni provate (simili a quelle espresse dal gruppo precedente), sul tema della scelta, di cui non sembrano essersi pentiti; ma mostrano anche raffinate capacità di valutare nel dettaglio le risorse contestuali, distinguendo nettamente fra livello istituzionale/organizzativo e livello didattico/relazionale. A tal proposito viene delineata chiaramente la figura del buon docente, che ha elevate competenze professionali, pedagogiche e soprattutto relazionali e motivazionali, che si contrappone al docente inutile, che “passa senza lasciare traccia” e al cattivo docente, che si caratterizza per una licealizzazione degli studenti, talvolta per una loro infantilizzazione o anche strumentalizzazione. E’ evidente negli studenti del II anno l’aspetto delusivo amplificato dalle attese riguardanti i docenti/psicologi, dai quali ci si aspetterebbero certe qualità ideali proprio in base alla loro presunta formazione

Adolescenti in bilico: dinamiche di avvicinamento e allontanamento dalla scuola in contesti difficili

I dati sulla dispersione scolastica segnalano da tempo che il passaggio dalla scuola media inferiore a quella superiore è una fase critica durante la quale molti adolescenti abbandonano definitivamente i percorsi formativi nonostante l’obbligo scolastico. Diversi sono i modelli teorici che tentano di mettere a fuoco la complessità delle variabili in gioco al fine di attivare progetti di intervento adeguati (Migliorini et al, 2008). In un’ottica sociocostruttivista qualsiasi tentativo di analisi e di intervento deve provare a tener dentro macro, meso e microcontesti, rivolgendosi all’allievo come soggetto attivo capace di dare senso alla sua esperienza, comunicandola in maniera competente (Bruner, 1996; Parrello, Menna, 2006). Nei contesti socioculturali disgregati gli adulti di riferimento svolgono con difficoltà il loro ruolo protettivo ed emancipativo, in famiglia ma anche a scuola: ne consegue un senso di smarrimento e di disinvestimento dell’allievo dai processi formativi e dalla progettualità futura. In questi casi occorre dunque immaginare percorsi di orientamento intesi come sostegno al Sé in transizione e come esplicita lotta all’abbandono e alla dispersione scolastica (Parrello, 2009). La ricerca-intervento (Colucci, 2009) che qui presentiamo, è parte di un più ampio Progetto denominato E-Vai (Educazione, Volontà, Accoglienza, Integrazione), condotto in collaborazione con l’Associazione Maestri di Strada di Napoli e finalizzato all’applicazione di strategie di sostegno all’orientamento di ragazzi della scuola media inferiore che non intendono proseguire gli studi e che, per varie ragioni, sono a rischio di dispersione o sono già dispersi nella scuola. L’intervento, in corso nella periferia orientale di Napoli, prevede tre fasi: una di incontro con gli allievi di terza media individuati dai docenti e via via selezionati in base a motivazioni e capacità, per consentire la conoscenza reciproca e l’esplorazione del Sé e per provare a riattivare l’apertura verso un futuro formativo; la seconda fase prevede – previo coinvolgimento esplicito dei genitori – una serie di incontri laboratoriali con esperti per consentire ‘assaggi’ di mestieri e professioni; la terza fase prevede infine uno specifico accompagnamento educativo dei ragazzi iscrittisi alla scuola superiore. Per tutto il percorso sono previsti strumenti di monitoraggio e ricerca

Dal Sé al Contesto formativo: valutazione del percorso universitario da parte di studenti del I e II anno di un corso di laurea in Scienze e Tecniche Psicologiche

I continui mutamenti normativi dell'università e i ridimensionamenti delle risorse economiche costringono spesso i corsi di laurea a privilegiare aspetti formali di ‘adempimento del compito’, organizzativo e didattico, a discapito degli aspetti di qualità dell’offerta formativa (Broccolini, 2005). Docenti e studenti condividono una fase di disorientamento caratterizzata dalla difficoltà di adeguarsi velocemente al nuovo. Nei corsi di laurea in Psicologia, risorse preziose per migliorare i processi di elaborazione del cambiamento sono gli spazi di riflessività (Aleni Sestito, Parrello, 2007; Vezzani, 2007), ma anche di valutazione, fra loro connessi. Il tema della valutazione è da tempo oggetto di studi ed ha portato all'implementazione e istituzionalizzazione di vari strumenti. Il fine è di solito quello di valutare l’efficacia dell’offerta formativa in termini di successo accademico e di inserimento nel mondo del lavoro. Esiste tuttavia anche l’aspetto del benessere dello studente che sembra paradossalmente restare in ombra in questo tipo di processi valutativi (Di Nuovo, 2007). L’obiettivo di questo studio pilota è quello di esplorare le modalità attraverso le quali gli studenti di Psicologia valutano, durante i primi due anni, il percorso universitario compiuto, ipotizzando che essi focalizzino indicatori di qualità specifici, anche appresi durante il percorso, non presenti negli attuali questionari utilizzati dall’ateneo. E’ stato chiesto a 45 studenti di fine I anno e a 40 studenti di fine II anno (Scienze e Tecniche Psicologiche) di entrambi i sessi di raccontare -per iscritto e in modo anonimo- il percorso universitario compiuto e fare delle libere riflessioni. I testi sono stati sottoposti ad una analisi categoriale assistita da Atlas.ti (Muhr, 2000), utilizzando il Grounded Theory Method (Corbin & Strauss, 2008). I primi risultati mostrano la tendenza ad un ‘decentramento’, forse in linea con i processi di costruzione dell’identità professionale (Mancini, 2007), dal Sé al Contesto. Gli studenti della fine del I anno narrano di Sé, delle emozioni e degli stati d’animo (paura, entusiasmo, tristezza, nostalgia, smarrimento, sofferenza..) provati lasciando la scuola ed entrando nel nuovo mondo, che costringe all’autonomia e all’assunzione di responsabilità; individuano risorse personali utili durante il percorso (amici, partner); fanno un bilancio delle scelte compiute. Le valutazioni sulla Psicologia restano vaghe e complessive. Gli studenti della fine del II anno insistono sulle emozioni provate (simili a quelle espresse dal gruppo precedente), sul tema della scelta, di cui non sembrano essersi pentiti; ma mostrano anche raffinate capacità di valutare nel dettaglio le risorse contestuali, distinguendo nettamente fra livello istituzionale/organizzativo e livello didattico/relazionale. A tal proposito viene delineata chiaramente la figura del buon docente, che ha elevate competenze professionali, pedagogiche e soprattutto relazionali e motivazionali, che si contrappone al docente inutile, che “passa senza lasciare traccia” e al cattivo docente, che si caratterizza per una licealizzazione degli studenti, talvolta per una loro infantilizzazione o anche strumentalizzazione. E’ evidente negli studenti del II anno l’aspetto delusivo amplificato dalle attese riguardanti i docenti/psicologi, dai quali ci si aspetterebbero certe qualità ideali proprio in base alla loro presunta formazione

Disegnare il mondo: bambini stranieri in classe

Obiettivo di questo studio esplorativo è quello di indagare il modo in cui allievi di classi di scuola elementare e media in cui sono presenti stranieri rappresentano graficamente una classe composta da alunni di origine geo-culturale diversa, al fine di individuare elementi significativi riguardanti il vissuto e la rappresentazione di questa esperienza di convivenza