Frizzled receptor 6 marks rare, highly tumourigenic stem-like cells in mouse and human neuroblastomas

Copyright © 2011 Cantilena et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 3.0 License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited. The article was made available through the Brunel Open Access Publishing Fund.Wnt signalling is an important component of vertebrate development, required for specification of the neural crest. Ten Wnt receptors [Frizzled receptor 1-10 (Fzd1-10)] have been identified so far, some of which are expressed in the developing nervous system and the neural crest. Here we show that expression of one such receptors, Fzd6, predicts poor survival in neuroblastoma patients and marks rare, HIF1/2 α-positive cells in tumour hypoxic areas. Fzd6 positive neuroblastoma cells form neurospheres with high efficiency, are resistant to doxorubicin killing and express high levels of mesenchymal markers such as Twist1 and Notch1. Expression of Fzd6 is required for the expression of genes of the noncanonical Wnt pathway and the spheres forming activity. When transplanted into immunodeficient mice, neuroblastoma cells expressing the Fzd6 marker grow more aggressively than their Fzd6 negative counterparts. We conclude that Fzd6 is a new surface marker of aggressive neuroblastoma cells with stem cell-like features.This work was sponsored by the Wellcome Trust, the RICC cancer fund, SPARKS, the Italian Association for Cancer Research, Regione Liguria and the Italian Ministry of Health

Effetto di mineralogia e granulometria sul comportamento di transizione di miscele di sabbia.

Il comportamento di transizione è stato identificato per diverse tipologie di terreno, dai terreni con lacuna granulometrica a limi e sabbie ben gradate. Tale comportamento è caratterizzato dall’esistenza di percorsi di compressione non convergenti e dalla non unicità della linea di stato critico, con localizzazione fortemente dipendente dalla densità iniziale dei campioni. Sebbene in letteratura tale comportamento sia stato inizialmente attribuito a terreni di granulometria intermedia, è stato mostrato come questo sembrerebbe manifestarsi anche in presenza di terreni aventi granulometria mista, con lacuna granulometrica o ben gradati, e per miscele composte da particelle di diversa natura o diversa mineralogia. La diversa tipologia di terreni in cui tale comportamento è stato osservato evidenzia l’elevata difficoltà nell’individuazione dei fattori chiave che lo determinano. Uno studio recente ha mostrato la mancata convergenza dei percorsi di compressione per alcune miscele di sabbia create artificialmente utilizzando materiali di differente mineralogia: sabbia di quarzo e sabbia carbonatica. Con lo scopo di verificare l’effetto della composizione mineralogica, delle dimensioni e resistenza relative dei grani e natura delle particelle sul manifestarsi o meno del comportamento di transizione, la presente nota approfondisce i risultati del precedente studio utilizzando miscele di sabbia caratterizzate da proporzioni variabili delle componenti mineralogiche e granulometriche

Discovering time-lagged rules from microarray data using gene profile classifiers

Background: Gene regulatory networks have an essential role in every process of life. In this regard, the amount of genome-wide time series data is becoming increasingly available, providing the opportunity to discover the time-delayed gene regulatory networks that govern the majority of these molecular processes.Results: This paper aims at reconstructing gene regulatory networks from multiple genome-wide microarray time series datasets. In this sense, a new model-free algorithm called GRNCOP2 (Gene Regulatory Network inference by Combinatorial OPtimization 2), which is a significant evolution of the GRNCOP algorithm, was developed using combinatorial optimization of gene profile classifiers. The method is capable of inferring potential time-delay relationships with any span of time between genes from various time series datasets given as input. The proposed algorithm was applied to time series data composed of twenty yeast genes that are highly relevant for the cell-cycle study, and the results were compared against several related approaches. The outcomes have shown that GRNCOP2 outperforms the contrasted methods in terms of the proposed metrics, and that the results are consistent with previous biological knowledge. Additionally, a genome-wide study on multiple publicly available time series data was performed. In this case, the experimentation has exhibited the soundness and scalability of the new method which inferred highly-related statistically-significant gene associations.Conclusions: A novel method for inferring time-delayed gene regulatory networks from genome-wide time series datasets is proposed in this paper. The method was carefully validated with several publicly available data sets. The results have demonstrated that the algorithm constitutes a usable model-free approach capable of predicting meaningful relationships between genes, revealing the time-trends of gene regulation. © 2011 Gallo et al; licensee BioMed Central Ltd.Fil: Gallo, Cristian Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación; ArgentinaFil: Carballido, Jessica Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación; ArgentinaFil: Ponzoni, Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Planta Piloto de Ingeniería Química. Universidad Nacional del Sur. Planta Piloto de Ingeniería Química; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentin

Focusing in Multiwell Potentials: Applications to Ion Channels

We investigate out of equilibrium stationary distributions induced by a stochastic dichotomous noise on double and multi-well models for ion channels. Ion-channel dynamics is analyzed both through over-damped Langevin equations and master equations. As a consequence of the external stochastic noise, we prove a non trivial focusing effect, namely the probability distribution is concentrated only on one state of the multi-well model. We also show that this focusing effect, which occurs at physiological conditions, cannot be predicted by a simple master equation approach.Comment: 8 pages, 7 figure

The role of particle mineralogy in mixtures of sands

Several recent studies on mixtures of sands of different granulometries and/or mineralogies have focused on the key factors that might lead the behaviour to change from transitional to not transitional, where a transitional behaviour is characterised by non-convergent compression paths and critical state lines that might be non-unique. The authors present a review of mixtures of different soils showing a complex pattern of compression and shearing behaviour in which transitional behaviour can be caused by relatively small varia- tions to the proportion or nature of soil particles. Laboratory investigations, carried out by means of oedometer tests, have confirmed the role of the mineralogy of the matrix composed by larger grains. This determines the mode of behaviour so that, if there is a strong and stiff matrix made of quartz sand particles, which are either larger than or at least of similar size to the other component, then non-convergent compression paths are likely to occur, no matter whether particle breakage occurs or not

Response dynamics of metal oxide gas sensors working with temperature profile protocols

Abstract In this work we present the analysis of gas sensors working in modulated temperature mode with temperature varying according to exponential law. We integrate conductometric gas sensor based on semiconducting metal oxide layers and an ad-hoc developed electronics to present a sensing system based on a single sensor featuring a degree of selectivity arising from the exploitation of response dynamics features. In particular, a set of parameters is used to summarize the deviation of the response shape from the single exponential law

Detection of microbial contamination in potable water by Nanowire technology

It is well known that the lack of control and sanitation of water in developing countries has cause very significant epidemiological events. In the last decades the situation of water supplies and sanitation has improve all over the world. Despite of it, in the European Union there are a considerable number of confirmed cases of water-borne infections even though the restrictive law. Electronic Noses (ENs) has shown to be a very effective and fast tool for monitoring microbiological spoilage and quality control. The aim of this study was test the ability of a novel EN for the detection of bacterial presence in potable water in cooperation with analytical (pH) and optical (photometer) techniques. The achieved results notably advocate the use of EN in industry laboratories as a very important tool in water quality control

LA STAZIONE GPS BLGN PER IL MONITORAGGIO DELLA SUBSIDENZA

Il sistema di posizionamento GPS (Global Positioning System) è nato negli Stati Uniti negli anni ’90 per scopi militari e negli ultimi decenni si è notevolmente diffuso anche in ambiente civile. Il GPS è un sistema basato sulla ricezione di segnali radio emessi da satelliti posizionati in orbite a circa 20000 km di altezza la cui configurazione attuale permette la visibilità di almeno 4 satelliti in ogni istante e luogo del pianeta. Si tratta di una tecnica di intersezione spaziale distanziometrica nel sistema di riferimento elissoidico geocentrico WGS84. La distanza geometrica (range) tra il centro di fase dell’antenna di stazione a terra ed i satelliti, viene calcolata misurando il ritardo temporale tra il segnale ricevuto ed un clone generato dal ricevitore fornendo, in prima approssimazione, il tempo di volo del tragitto satellitericevitore. Il segnale GPS è caratterizzato da una componente fondamentale, due onde sinusoidali chiamate L1 e L2 e da una componente impulsiva, i due codici pseudorandom C/A e P; viene inoltre inviato un messaggio di navigazione (codice D) nel quale sono presenti importanti informazioni quali lo stato di salute dei satelliti, le effemeridi (parametri per il calcolo delle orbite) e la deriva degli orologi di bordo. Un ricevitore GPS geodetico può effettuare due tipi di misure su entrambe le portanti L1 ed L2, cioè misure di codice e di fase. Il posizionamento GPS si può effettuare in varie modalità tra cui la modalità relativa che permette di raggiungere le massime precisioni (pochi millimetri) in quanto i sistemi di equazioni vengono risolti utilizzando le componenti dei vettori linea-di-base che, adeguatamente combinate, permettono di ridurre e/o eliminare una buona parte degli errori sistematici [Hofmann-Wellenhof, et al. 2008]. Inoltre, le misure possono essere ottenute da applicazioni statiche o cinematiche [Cina, 2001]. Il grande sviluppo tecnologico degli ultimi decenni ha reso possibile la realizzazione di strumenti di rilievo geodetico e topografico ad alta precisione, compatti e maneggevoli, caratterizzati da notevole facilità di utilizzo, versatili e spesso corredati da software ad elevate prestazioni per l’acquisizione, la gestione e l’elaborazione dei dati. I moderni ricevitori vengono implementati con la capacità di immagazzinare un numero sempre più elevato di dati generalmente in memorie Compact Flash (CF) sempre più veloci (oltre 30 MB/s di transfer rate) e della capienza che raggiunge e supera i 4Gb, il numero dei canali supera la ventina ed i firmware sono dotati di tecniche spettrali e di filtraggio in grado di distinguere la maggior parte del codice P (Precision o Protected) criptato poiché destinato ad applicazioni militari. Attualmente, non si parla più solo di sistemi GPS, ma di sistemi GNSS (Global Navigation Satellite Systems) in quanto esistono altre costellazioni di satelliti artificiali come il GLONASS ed il nascente sistema Galileo. I moderni ricevitori, dunque, sono in grado di captare in contemporanea almeno i segnali delle due principali costellazioni (GPS e GLONASS). Inoltre, è interessante notare che il numero attuale dei satelliti GPS è di 31 grazie alla vita media superiore alle aspettative dei satelliti di ormai vecchia generazione. In questi ultimi anni molti Enti o Università italiane e straniere impegnate in studi geofisici a carattere geodinamico e geodetico, hanno lavorato alla realizzazione di reti GPS di monitoraggio continuo con lo scopo di ottenere risultati affidabili ad alta precisione e di costruire una struttura adatta alla definizione di un sistema di riferimento stabile. I dati GPS acquisiti in continuo su reti appositamente realizzate, dotate di procedure automatiche di acquisizione, trasmissione e analisi dei dati, rappresentano un potente mezzo per studiare le deformazioni del suolo di origine tettonica e vulcanica, consentendo avanzamenti significativi nella ricerca geofisica e geodetica. I prodotti che derivano dalla realizzazione delle reti permanenti sono vari e generalmente si possono riassumere come segue: la produzione di soluzioni giornaliere e settimanali di coordinate delle stazioni della rete; la produzione di soluzioni di velocità e di deformazione; l’archivio di dati GPS; divulgazione dei prodotti e risultati delle reti GPS. Grazie alla presenza di una copertura di reti permanenti a scala regionale del territorio italiano è inoltre più semplice la pianificazione e realizzazione di sottoreti atte agli studi di fenomeni locali che necessitano una geometria a più stretta maglia, per esempio con linee di base di alcune decine di chilometri o inferiori. È infatti possibile contare su una ricca banca dati, e quindi utilizzare le soluzioni già disponibili per orientare i risultati in un corretto sistema di riferimento senza introdurre necessariamente nel data processing dati appartenenti a stazioni troppo distanti e quindi senza affrontare soluzioni troppo eterogenee in termini di linee-di-base. In questo lavoro vengono descritte le caratteristiche tecniche di materializzazione, messa in funzione e analisi dati di una stazione GPS su edificio atta al monitoraggio di precisione del fenomeno della subsidenza che affligge in particolar modo alcune zone della città di Bologna per effetto di fenomeni antropici come l’estrazione di idrocarburi e lo sfruttamento di falde acquifere. Uno dei progetti seguiti dalla Sezione INGV di Bologna, infatti, si propone di apportare un significativo miglioramento della conoscenza dei fenomeni locali di subsidenza tramite l’integrazione di informazioni già esistenti con nuove misure ottenute da 6 metodologie InSAR (Interferometric Syntetic Aperture Radar) e GPS. Per questo, è importante utilizzare una rete GPS che abbia le caratteristiche necessarie per fornire risultati affidabili e che sia oltretutto direttamente vincolabile al dato SAR perciò visibile nelle immagini radar. Da qui l’ulteriore necessità di monumentare le stazioni su edificio e di illustrare con precisione tutti i dettagli tecnici relativi alla stazione BLGN

On Artificial Gene Regulatory Networks

Gene regulatory networks (GRNs) represent dependencies between genes and their products during protein synthesis at the molecular level. At the present there exist many inference methods that infer GRNs form observed data. However, gene expression data sets have in general considerable noise that make understanding and learning even simple regulatory patterns difficult. Also, there is no well-known method to test the accuracy of inferred GRNs. Given these drawbacks, characterizing the effectiveness of different techniques to uncover gene networks remains a challenge. The development of artificial GRNs with known biological features of expression complexity, diversity and interconnectivities provides a more controlled means of investigating the appropriateness of those techniques. In this work we introduce this problem in terms of machine learning and present a review of the main formalisms that have been usedSociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ