Ray: A profile-based approach for homology matching of tandem-ms spectra to sequence databases

Thesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Biotechnology, Izmir, 2012Includes bibliographical references (leaves 46-50)Text in English; Abstract: Turkish and Englishxii, 50 leavesMass spectrometry is a tool that is commonly used in proteomics to identify and quantify proteins. Thousands of spectra can be obtained in just few hours. Computational methods enable the analysis of high-throughput studies. There are mainly two strategies: database search and de novo sequencing. Most of the researchers prefer database search as a first choice but any slight changes on protein can prevent identification. In such cases, de novo sequencing can be used. However, this approach highly depends on spectral quality and it is difficult to achieve predictions with full length sequence. Peptide sequence tags (PST) allows some flexibility on database searches. A PST is a short amino acid sequence with certain mass information but obtaining accurate PST is still arduous. In case a sequence is missing in database, homology searches can be useful. There are some homology search algorithms such as MS-BLAST, MS-Shotgun, FASTS. But, they are altered versions of existing algorithms, for example BLAST has been modified for mass spectrometric data and became MS-BLAST. Besides, they are usually coupled with de novo sequencing which still possess limitations. Therefore, there is a need for novel algorithms in order to increase the scope of homology searches. For this purpose, a novel approach that is based on sequence profiles has been implemented. A sequence profile is like a table that contains frequencies of all possible amino acids on a given MS/MS spectrum. Then, they are aligned to sequences in database. Profiles are more specific than PSTs and the requirement for precursor mass restrictions or enzyme information can be removed

Gençlik ve Spor Bakanlığı’na bağlı yurtlarda kalan üniversite öğrencilerinin sosyal uyum düzeylerinin incelenmesi

06.03.2018 tarihli ve 30352 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan “Yükseköğretim Kanunu İle Bazı Kanun Ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun” ile 18.06.2018 tarihli “Lisansüstü Tezlerin Elektronik Ortamda Toplanması, Düzenlenmesi ve Erişime Açılmasına İlişkin Yönerge” gereğince tam metin erişime açılmıştır.Bu araştırmanın amacı Gençlik ve Spor Bakanlığı'na bağlı yurtlarda kalan üniversite öğrencilerinin sosyal uyum düzeylerinin incelenmesidir. Ayrıca araştırmaya katılan öğrencilerin aile çevresine uyum, sağlıkla ilgili uyum, sosyal uyum, heyecanlarla ilgili uyum düzeylerinin cinsiyet, yaş, öğrenim gördükleri fakülte, öğrenim gördükleri sınıf, sosyo-ekonomik düzeyleri ve daha önce yurtta barınıp barınmama durumlarına göre farklılaşıp farklılaşmadığını belirlemeyi amaçlamıştır. Araştırma niteliği ve gerçekleştirme biçimi itibariyle niceliksel ve ilişkisel tarama yöntemiyle yapılmıştır. Araştırma Niğde ilinde Gençlik ve Spor Bakanlığı'na bağlı farklı yurtlarda kalan ve Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi'nde öğrenimine devam eden 440 üniversite öğrencisi üzerinde gerçekleştirilmiştir. Araştırmaya 211 kız, 229 erkek öğrenci katılmıştır. Çalışma grubunun % 48'ini kız öğrenciler, % 52'sini erkek öğrenciler oluşturmaktadır. Araştırmada veriler H. M. Bell ve R. M. Doli tarafından California Stanford Üniversitesinde geliştirilen ve ülkemizde Remzi Öncül tarafından Türkçeye uyarlanan Sosyal Uyum Envanteri ve araştırmacı tarafından oluşturulan Kişisel Bilgi Formu aracılığıyla elde edilmiştir. Araştırma verileri Bağımsız Örneklem t Testi, Tek Yönlü Varyans Analizi ve Bonferroni Çoklu Karşılaştırma Testi teknikleri kullanılarak analiz edilmiştir. Araştırma sonucunda bulgular aile çevresine uyum, sağlıkla ilgili uyum, heyecanlarla ilgili uyumun, cinsiyete göre değiştiğini, aile çevresine uyum ve heyecanlarla ilgili uyumun öğrenim gördükleri fakülteye göre değiştiğini, aile çevresine uyumun daha önce yurtta kalma durumuna göre değiştiğini ortaya çıkarmıştır.The aim of this study is to search the social adaptation levels of university students living in the youth and sports ministry dormitories.Also, it was aimed to determine whether the compliance levels of the students participating in the study, adaptation to the family, adaptation to health, social adaptation, and excitement differed according to gender, age, the faculties they studied, the class they studied, the socio-economic levels and whether they were previously in the dormitory or not. The study was conducted by means of quantitative and relational screening methods. The research was carried out on 440 university students staying in different dormitories of the Ministry of Youth and Sports in Niğde and continuing their education at Niğde Ömer Halisdemir University. 211 female and 229 male students participated in the study. 48% of the study group consisted of female students and 52% of male students. The data were obtained by H. M. Bell and R. M. Doli from the University of Stanford, California and the social adaptation inventory developed by Remzi Öncül in Turkey was obtained by the researcher Personal Information Form. The data were analyzed using the Independent sample t test, One-way analysis of variance and Bonferroni Multiple Comparison Test. As a result of the study, the findings show that adaptation to family environment, compliance with health and excitement vary according to gender; The adaptation to excitement and excitement about family environment has changed according to the faculty they study; It has been revealed that adaptation to family environment has changed according to the dormitory

Contralateral suppression of transient evoked otoacoustic emissions in children with phonological disorder

Background: Perception of acoustic details in the speech signal is important for speech sound development. The medial olivocochlear pathway, a part of the auditory efferent system, plays a role in stimulus-related control of the cochlea. One clinical tool to evaluate the medial olivocochlear activity, which is thought to improve speech perception in noise, is the suppression of otoacoustic emissions. Aims: This study investigated the suppression of transient evoked otoacoustic emissions in children with phonological disorder in comparison with that in typically developing controls. Study Design: Case-control study. Methods: A total of 23 children with phonological disorder (aged 5-10 years) and 21 age- and sex-matched controls (P > 0.05) participated in the study. Participants had pure-tone thresholds ? 15 dB hearing loss and normal middle ear functions. Transient evoked otoacoustic emissions with and without contralateral acoustic stimulation were measured. Results: Although the mean transient evoked otoacoustic emissions suppressions were lower in the group with phonological disorder than in the controls, these differences were not statistically significant (P > 0.05). No left/right ear asymmetry of transient evoked otoacoustic emissions suppression was detected in either of the groups (P > 0.05). Conclusion: Children with phonological disorder did not show alterations in medial olivocochlear functioning in the medial olivocochlear activity as measured by the contralateral suppression of transient evoked otoacoustic emissions

Aydınlatmada enerji verimliliğinin incelenmesi: Endüstri yapısı örneği

Yüksek lisans teziEnerji verimliliği konusu, her alanda olduğu gibi mimaride de önemini koruyarak yapılarda farklı kullanımlarla etkin hale gelmiştir. Çevreye duyarlı, enerji tasarrufu sağlayan, kaynakları tüketmeyen yaklaşımlarla geleceğin mimarisinde sürdürülebilir bir anlayış ile yapıların inşa edilmesi kaçınılmazdır. Bu bağlamda yapılarda bina performansının ve enerji etkinliğinin yükseltilmesi için ısıtma, soğutma, havalandırma, iklimlendirme ve aydınlatma sistemleri önem kazanmıştır. Bu çalışmanın amacı, modellenen mekanın optimum aydınlatma gereksinimini sağlarken, yapay aydınlatmada kullanılacak olan elektrik enerjisini minimuma indirerek, planlama ve kullanılan ışıklık seçimiyle nitelikli ve işlevsel bir aydınlatma için enerjinin verimli kullanılmasını sağlamaktır. Çalışma kapsamında Birinci Bölümde tezin konusu, amacı ve yönteminden söz edilmektedir. Kullanılan materyaller, programlar ve yöntemler tanıtılmıştır. İkinci Bölümde, enerji verimliliği açısından aydınlatmanın önemi vurgulanarak Türkiye’nin bu konudaki yaklaşımı değerlendirilmiştir. Üçüncü Bölümde, aydınlatma ve doğal/yapay aydınlatma kavramları ele alınmıştır. Doğal aydınlatmada enerji verimliliği açısından izlenebilecek yöntemlerden söz edilirken yapay aydınlatmada da geçmişte kullanılmakta olan ve günümüz teknolojisiyle şekillenen aydınlatma elemanları tanıtılmış, yöntem ve teknikleri açıklanmıştır.Dördüncü Bölümde, enerji verimliliği konusunda aydınlatmanın önemli bir pay oluşturduğu endüstri yapılarından bir örnek yapı tanıtılarak, modellemede kullanılacak olan Dialux aydınlatma programı ile uygulama yapılmıştır. Endüstri kompleksinde aydınlatma enerjisi tüketiminin yüksek olduğu işleve ait bir atölye modellenerek aydınlatma enerjisi tüketim hesabı ve görselleştirmesi yapılmıştır. Dialux aydınlatma programıyla aydınlatma ve enerji tüketim hesapları açısından mevcut durum tespiti yapılmış ve öneri durum modellenerek karşılaştırılmıştır. Beşinci bölümde aydınlatmanın enerji verimliliği açısından önemi, örnek model üzerinde mevcut ve öneri durum karşılaştırılması yapılarak değerlendirilmiş olup, sektörel dağılımlarda bu tüketimi azaltıcı çözümlere dikkat çekmeye çalışılmıştır.AbstractThe issue of energy efficiency, preserving its importance in architecture as in all fields, became effective with different utilizations in buildings. It's inevidable to create buildings with a sustainability aspect in future's architecture via approaches that don't use up resources, save energy and are environmentally conscious. In this context, heating, cooling, ventilation, air conditioning and illumination systems have gained importance in order to increase energy efficiency and building performance. As examined according to the sectors, electrical energy is most consumed at industrial buildings. Accordingly, efficient usage of electrical energy at industrial buildings becomes important. The aim of this thesis is to obtain the energy in an efficient way for a qualitative and functional illumination by planning and the selection of the utilized luminaire, while minimizing the electrical energy consumption for artificial illumination as supplying the modelled space with necessary illumination. In the first chapter of this study; subject, aim and methodology of the thesis are given. The material, programs and methods that were used are introduced. In the second chapter, the concepts of illumination and natural/artificial illumination are discussed. Methods of energy efficiency are discussed for natural illumination, and for artificial illumination, illumination devices of the past and that are developing with today's technoogy, methods and techniques are discussed.In the third chapter, importance of illumination in terms of energy efficiency is emphasized and Turkey's approach to this subject is reviewed. In the fourth chapter, one of the industrial buildings, in which the importance of energy efficiency takes a big share, is taken as a sample and introduced, and Dialux software that will be used for modelling is examined. Illumination energy consumption calculation and visualisation is done by modelling a space of the industrial building that has high consumption of illumination energy. Current situation is determined via illumination and energy consumption calculations by using Dialux software and the proposed condition is modeled for a comparison with the current situation. In the fifth chapter, the importance of illumination for energy efficiency is evaluated by determining the current and the prorposed condition on the sample model, and pointing the attention to solutions to decrease this consumption in sectoral distributions was tried

The flow of non-Newtonian fluids around a sphere falling along the centreline of a cylindrical tube

Silindirik bir tüpün ekseni boyunca düşen bir küre etrafında non-Newtonian akışkanların akım modeli, küçük taneciklerin bir non-Newtonian akışkan ortamında çökelmesi probleminin akışkanlar mekaniği esaslarına göre simülasyonudur. Pratikte küçük taneciklerin çökelme oranının bilinmesi, gıda maddeleri, temizlik malzemeleri ve benzerlerinin raf ömrü bakımından özellikle anlamlıdır. Bu problem pratikte, kimyasal, genetik, biyomedikal ve diğer endüstriyel alanlardaki uygulamalarda önem taşımaktadır. Eldeki çalışmada bu problemi düzenleyen denklemler elde edilmek istenmiş ve polimerik akışkanların viskoelastik özelliklerine ait bazı önemli sonuçlar bulunmuştur.Gerçekten, polimerik akışkanlarda, normal gerilme katsayıları ile karakterize edilen elastik davranış, genelleştirilmiş Newtonian akışkana oranla normal gerilmelerde bir artış meydana getirmekte, kayma gerilmeleri ise azalmaktadır.   Anahtar Kelimeler: Non-Newtonian, CEF denklemi, kayma-oranı, FEM.We consider the settling of small particles in a non-Newtonian fluid medium. The simulation of this problem according to the fluid mechanics principles may be realized by the flow of a non-Newtonian fluid around a sphere falling along the centreline of a cylindrical tube. The knowledge of rate of settling of particles in practice is particularly significant in determining the shelflife of materials such as foodstuffs, cleaning materials and many others. Thus, this problem has great importance in many natural and physical processes and in a large number of industrial applications such as chemical, genetic and biomedical engineering operations. In this study we tried to determine the equations governing this process and we drew some important conclusions about the properties of polymeric liquids related to their viscoelastic constitution. Effectively we found that, for polymeric liquids, the elastic behaviour characterized by the normal stress coefficients, implies relatively increased normal stresses with respect to the generalized Newtonian fluids, whereas the shear stresses tend to decrease, thus changing somewhat the category of the flow from shear-flow into elongational flow in a small rate. Hence, the viscoelastic property of the polymeric liquids must be stressed by their constitutive equation choice, which led us to the CEF model.  Keywords: Non-Newtonian, CEF equation, shear-strain rate, FEM.

Girişimsel tedavi uygulanan baş ağrılarında pupil çapının değerlendirilmesi

MakaleWOS:000940895500004PubMed ID: 36625194Objectives: Pain is a subjective experience. Besides, sensory, affective and behavioral responses, and autonomic response are part of pain response to noxious stimuli. Evaluation of pupil diameter by pupillometry has been used as an alternative method for pain assessment. In algologic procedures like interventional headache management have not been addressed in the literature. Herein, we investigated changes in pupil diameter during interventional headache management as an objective method for pain assessment. Methods: Demographic data of the patients were collected before the bilateral major occipital nerve blockage (MONB) pro-cedure. Numeric rating score (NRS) and pupil diameter measurements by pupillometer were recorded before MONB. Standard MONB procedure was applied to all patients. Pain assessment and pupillary diameter measurements were obtained after nerve blockage. Results: Twenty-eight patients were included in this study. Mean age was 41.03 +/- 12.63 years. There is no difference between the hemodynamic parameters before and after the procedure. Post-procedure NRS and pupil diameter values were signifi-cantly lower than pre-procedure values. There was a positive correlation between changes in NRS scores and changes in the right and left pupil diameters. Conclusion: There was a significant correlation between NRS score and pupil diameter in patients who underwent MONB. Monitoring of pupil diameter can be used for pain assessment during headache treatment. Evaluation of pupil diameter is a new approach in pain palliation. Future research is needed to study the effect of other parameters, that is, gender, age, origin of pain, acute, and chronic pain on pupil diameter and to evaluate its application in different algological procedures.Amaç: Ağrı, öznel bir deneyimdir. Duyusal, duygusal ve davranışsal tepkilerin yanı sıra otonomik tepki, ağrılı uyaranlara verilen tepkinin bir parçasıdır. Pupil çapının pupillometre ile değerlendirilmesi, ağrı değerlendirmesi için alternatif bir yöntem olarak kullanıldı. Bu çalışmada, girişimsel baş ağrısı yönetimi sırasında ağrı değerlendirmesi için pupil çapındaki değişiklikler araştırıldı. Gereç ve Yöntem: Bilateral majör oksipital sinir blokajı (MONB) işlemi öncesi hastaların demografik verileri toplandı. Numerik derecelendirme puanı (NRS) ve pupillometre ile göz bebeği çapı ölçümleri, MONB’den önce kaydedildi. Tüm hastalara standart MONB prosedürü uygulandı. Sinir blokajı sonrası ağrı değerlendirmesi ve pupil çapı ölçümleri alındı. Bulgular: Çalışmaya 28 hasta dahil edildi. Hastaların yaş ortalaması 41,03 +/- 12,63 yıl idi. İşlem öncesi ve sonrası hemodinamik parametreler arasında fark yoktu. İşlem sonrası NRS ve göz bebeği çapı değerleri işlem öncesi değerlerden önemli ölçüde düşüktü. NRS puanlarındaki değişiklikler ile sağ ve sol göz bebeği çaplarındaki değişiklikler arasında pozitif bir ilişki vardı. Sonuç: MONB uygulanan hastalarda NRS skoru ile göz bebeği çapı arasında anlamlı bir ilişki vardı. Baş ağrısı tedavisi sırasında ağrı değerlendirmesi için göz bebeği çapının izlenmesi kullanılabilir. Pupil çapının değerlendirilmesi ağrı palyasyonunda yeni bir yaklaşımdır. Cinsiyet, yaş, ağrının kaynağı, akut ve kronik ağrı gibi diğer parametrelerin göz bebeği çapı üzerindeki etkisini incelemek ve farklı algolojik prosedürlerde uygulanmasını değerlendirmek için gelecekteki araştırmalara ihtiyaç vardır

A panchromatic boradiazaindacene (BODIPY) sensitizer for dye-sensitized solar cells

A novel distyryl-substituted boradiazaindacene (BODIPY) dye displays interesting properties as a sensitizer in DSSC systems, opening the way to further exploration of structure-efficiency correlation within this class of dyes

Ischemia-modified albumin levels in patients with acute decompensated heart failure treated with dobutamine or levosimendan: IMA-HF study

[No Abstract Available

A Rare Cause of Diplopia: Idiopathic Orbital Myositis

Orbital myositis is an entity affecting the ocular muscles, especially the medial rectus. These cases are usually referred to clinics with complaints such as diplopia, orbital/periorbital pain, limitation in ocular movements, increased pain with eye movements, proptosis, swelling of the eyelid and/or hyperemia in the conjunctiva. Orbital myositis is usually idiopathic and autoimmunity is often suspected in etiology. In this article, we present a 15-year-old girl who presented with diplopia, pain in both eyes, anomalous head posture, periorbital edema and was diagnosed with idiopathic orbital myositis through history, clinical findings and imaging methods

YAYINLANMIŞ KARİKATÜRLER ÜZERİNDEN ÖZEL YETENEKLİ ORTAOKUL ÖĞRENCİLERİNİN KARİKATÜRLERİ ANLAMLANDIRMA BİÇİMLERİ

Araştırmanın amacı, özel yetenekli ortaokul öğrencilerinin yayınlanmış karikatürlere yönelik görüşlerini ortaya koymaktır. Araştırmanın çalışma grubunu, 2021-2022 eğitim-öğretim yılı bahar döneminde iki farklı Bilim ve Sanat Merkezinde öğrenim gören genel yetenek alanından özel yetenek tanısı almış, 42 özel yetenekli ortaokul öğrencisi oluşturmaktadır. Araştırma sürecine katılan çalışma grubu, amaçlı örnekleme yönteminden tipik durum örnekleme ile belirlenmiştir. Çalışma kapsamında kullanılmak üzere yayınlanmış beş adet karikatür belirlenerek öğrencilerin bu karikatürleri nasıl anlamlandırdığı üzerine veriler toplanmıştır. Araştırmada nitel araştırma yöntemlerinden betimsel olgubilimsel desen kullanılmış olup elde edilen verilerin analizinde içerik analizi yöntemi kullanılmıştır. Çalışmada elde edilen sonuçlarda özel yetenekli ortaokul öğrencilerinin yayınlanmış karikatürlere yönelik; empati, toplumsal farkındalık, adalet gibi evrensel değerler konusunda çoklu bakış açısı geliştirdikleri ortaya çıkmıştır