Obtaining candidate salt tolerant wheat mutant lines derived from combination of sodium azide mutagenesis and somatic embryogenesis

Plant mutants are important bio-resources for crop breeding and functional gene studies. In the present study, conventional chemical mutagenesis technique was combined with somatic embryogenesis to obtain candidate salt tolerant mutant wheat lines. For this purpose, 0-5 mM Sodium Azide (NaN3) was applied for 30 minutes to embryonic calli under in vitro conditions to produce genetic variations in the bread wheat (Triticum aestivum L. cv. Adana 99). Treated and non-treated calli were put in somatic embryo induction media, and 3 and 4 mM NaN3 were determined as optimum mutation doses for somatic embryo induction. The obtained somatic embryos from these optimum mutagen doses were then screened for tolerance in regeneration media containing 125 mM NaCl to be used to improve tolerance to salt stress. In NaN3 treatment, 14 mutants with moderate salt tolerance were obtained. The results suggest that the in vitro technique in combination with chemical mutagenesis may be a useful approach for accelerating breeding strategies to create enough genetic variation in populations and to get fourth generation putative salt tolerant wheat mutant lines in less than 1.5 years.Bitki mutantları, bitki ıslahı ve fonksiyonel gen çalışmaları için önemli biyo-kaynaklardır. Mevcut çalışmada, tuza toleranslı aday mutant buğday hatları elde etmek için somatik embriyogenez ile konvansiyonel kimyasal mutajenez tekniği birleştirildi. Bu amaçla; ekmeklik buğdayda (Triticum aestivum L. cv. Adana 99) genetik varyasyonlar yaratmak için embriyonik kalluslara 0-5 mM Sodyum Azid (NaN3), 30 dakika boyunca in vitro ortamda uygulandı. İşlem görmüş ve görmemiş kalluslar, somatik embriyo teşvik ortamına konularak somatik embriyo teşviki için 3 ve 4 mM NaN3 uygulaması optimum mutasyon dozları olarak tespit edildi. Ardından bu mutasyon dozları ile muamele edilen kalluslardan elde edilen somatik embriyolar tuz stresine tolerans geliştirmek için kullanılacak 125 mM NaCl içeren rejenerasyon ortamlarında tolerans açısından tarandı. NaN3 muamelesinde, orta düzeyde tuza toleransı olan 14 mutant elde edildi. Elde edilen sonuçlar; kimyasal mutagenez ile kombine halde in vitro teknik uygulamasının, popülasyonlarda yeterli genetik varyasyon oluşturmak ve 1.5 yıldan daha az bir sürede dördüncü jenerasyon tuz toleranslı aday buğday mutant hatlarını ıslah sürecini hızlandırarak elde etmek için kullanışlı bir yöntem olabileceğini göstermektedir

Genetic diversity in sodium azide induced wheat mutants studied by ssr markers

Mutationsinduced artificially way are one of the tools used to increase genetic variation in populations where genetic variation has been shrinking especially due to various reasons one of which is domestication. In this study, Simple Sequence Repeats (SSRs) markers were used to screen genetic diversity in sodium azide (NaN3) induced fourteen fourth-generation advanced wheat mutant lines. The mean values of polymorphism rate (29.44%), polymorphic information content (PIC; 0.82), marker index (MI; 1.95) and resolving power (Rp; 1.31) were calculated according to SSR marker profiles. Two SSRs, Xwmc170 and Xcfd6, were detected as the most polymorphic markers, Xgwm626 proved the highest PIC and MI values, and Xcfd6 gave the highest Rp value. Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dendrogram classified 15 plants into four groups. The Principle Component Analysis (PCA) showed 88.9% of the total genetic variation. The results obtained in the present study might be useful for determining the efficiency of NaN3 for creating mutant wheat lines with enough genetic variability to implement wheat-breeding programs as germplasm resources.Yapay yolla indüklenen mutasyonlar, genetik varyasyonun özellikle ıslah gibi çeşitli nedenlerden dolayı küçüldüğü popülasyonlarda, çeşitliliği arttıran araçlardan biridir. Bu çalışmada, sodyum azid (NaN3) kullanılarak indüklenen on dört dördüncü jenerasyon ileri mutant buğday hatlarında, genetik çeşitliliği taramak için Basit Dizi Tekrarları (SSR) belirteçleri kullanıldı. SSR belirteç profillerine göre ortalama polimorfizm oranı (% 29,44), polimorfik bilgi içeriği (PIC; 0,82), belirteç indeksi (Mİ; 1,95) ve belirteç çözünürlük gücü (Rp; 1,31) hesaplandı. İki SSR belirteci, Xwmc170 ve Xcfd6, en yüksek polimorfizm oranına sahip belirteçler olarak tespit edildi. Xgwm626 en yüksek PIC ve Mİ değerlerini, Xcfd6 de en yüksek Rp değerini verdi. Ağırlıksız Çift-Grup Yöntemi ile Aritmetik Ortalama (UPGMA) dendrogramı 15 bitkiyi dört gruba ayırdı. Temel Bileşenler Analizi (PCA) toplam genetik varyasyonun % 88,9'unu gösterdi. Bu çalışma, buğday ıslah programlarında genetik kaynak olarak kullanılmak üzere yeterli genetik çeşitliliğe sahip mutant buğday hatlarını oluşturmak için sodyum azitin etkinliğinin gösterilmesi hususunda yararlı olabilir

Quality changes of spotless shad during storage at different conditions

KORAL, SERKAN/0000-0001-7424-2481; Kose, Sevim/0000-0001-6029-0458WOS: 000377012900006This study investigates the effect of using ice in combination with refrigeration on the sensory, physico-chemical and microbiological attributes of spotless shad during storage. Spotless shad kept in ice under refrigerated conditions had better sensory, physicochemical and microbiological quality as compared with control groups. the shelf life of samples kept at ambient temperature without ice was 2 days. Using ice and refrigeration only extended the shelf-life for 3 days and 4 days, respectively, while ice application with refrigeration further increased the shelf-life by 10 days. Physico-chemical and microbiological results usually supported sensory values. Histamine values were below EU (European Union) and FDA permitted levels for the shelf-life of fish

Detection of ochratoxin a in bulk tank milk

Okratoksin A (OTA), Aspergillus ve Penicillium türü mantarlar tarafından sentezlenen ve tahıl, kahve çekirdeği, fındık, kakao, bakliyat, bira, şarap, baharat ve kuru üzümde bulunabilen bir mikotoksindir. İnsanlarda ve hayvanlarda, OTA özellikle nefrotoksik, hepatotoksik, nörotoksik, embriyotoksik, immunotoksik, teratojenik ve karsinojenik etkiler gösterir. Okratoksin A kısmen kararlı bir moleküldür ve gıdalara uygulanan işlemlerden sonra bile değişmeden kalabilir. Bu çalışmada; Burdur bölgesinde bulunan süt toplama tanklarında (n:40) OTA varlığının belirlenmesi amaçlandı. Örneklerde OTA varlığı ELISA kullanılarak analiz edildi. Analizler üreticinin talimatlarına göre yapıldı. Süt toplama tanklarından alınan 40 inek süt örneğinde (2-270 ng/l aralığında) OTA bulundu. Bu çalışmanın sonuçları, inek sütünün insan beslenmesinde potansiyel bir OTA kaynağı olarak görülmesi gerektiğini göstermektedir. OTA varlığını süt ürünlerinde daha yoğun bir şekilde incelenmesi ve gerekli mevzuat çalışmaları yapılarak maksimum limit değerlerinin belirlenmesi önerilmektedir.Ochratoxin A (OTA) produced by several Aspergillus and Penicillium species is a mycotoxin that contaminates different foods and feedstuffs, including cereals, coffee beans, nuts, cocoa, pulses, beer, wine, spices, dried vine fruits, meat, milk. In humans and animals, OTA has been observed to be particularly nephrotoxic, hepatotoxic, immunotoxic, neurotoxic, embryotoxic, carcinogenic and teratogenic. Ochratoxin A is a stable molecule and can remain unchanged even after the processes applied. In this study, it was aimed to determine the presence of ochratoxin A in milk samples (n:40) collected from bulk tank milks in Burdur province of Turkey. The presence of OTA in the samples was analyzed by using ELISA. The analyzes were performed according to the manufacturer's instructions. As a result, Ochratoxin A was found in 40 cow’s milk samples (range 2-270 ng/l) collected from bulk milk tanks. The results of this study show that cow’s milk should be considered as a potential OTA source in the human diet. It is proposed to examine the presence of OTA more intensively in dairy products and to determine their maximum limit values by conducting necessary studies

Market integration between Turkey and Eurozone countries

This study examines the degree of integration of the Turkish economy and European markets as well as the nature of price convergences across major cities for common categories of goods. A series of unit root tests are performed to assess these price convergences by considering non-linearity, cross-sectional correlations, and structural breaks. We find that the Turkish and European markets are well-integrated. Moreover, Turkey’s highest rate of convergence occurs in the fresh fruits and vegetables (supermarkets) and canned goods (mid-priced stores) categories, suggesting arbitrage activities exist across common categories of goods

Long-Term Follow-up Results of Primary Canaliculitis Patients

Objectives:To evaluate the demographic characteristics, clinical presentation, microbiologic profile, and treatment results of patients with primary canaliculitis.Materials and Methods:Patients diagnosed and treated for primary canaliculitis between May 2014 and May 2021 were analyzed retrospectively.Results:There were 26 patients with primary canaliculitis, including 17 females (65.4%) and 9 males (34.6%) with a mean age of 50.6±16.4 years (range: 9-80 years). Canaliculitis affected the right eye in 11 patients, the left eye in 13 patients, and bilateral involvement was seen in 2 patients. Inferior canaliculus involvement was more frequent (73%). The most common complaint was epiphora (46.1%). Five patients (19.2%) were wrongly diagnosed as chronic conjunctivitis. The time interval between the beginning of symptoms and canaliculitis diagnosis was 18.2±14.3 months (range: 1-60 months). Canaliculotomy and curettage of canalicular content with dacryolith removal were performed in 23 patients. After surgery, antibiotic irrigation of the canaliculus was added to the treatment regimen in 12 of these 23 patients. Intracanalicular antibiotic therapy was administered to the remaining 3 patients. The most cultured organism was Actinomyces (6 patients). Gemella (1 patient), Porphyromonas (1 patient), Candida parapsilosis (1 patient), Citrobacter koseri (1 patient) were also grown in culture. The follow-up time of patients was 26.2±23.7 months (range: 6-83 months). All symptoms and findings resolved in all patients in one month. In two patients, recurrence occurred at 4 and 16 months after surgical treatment. With appropriate treatment, no further recurrence was seen in either patient over 24-month follow-up. One patient presented with iatrogenic canaliculus blockage during follow-up.Conclusion:Primary canaliculitis is often overlooked and can be misdiagnosed. The most common symptom was epiphora. All patients with epiphora and chronic conjunctivitis should be examined carefully for canaliculitis

Jeotermal suyun ıslahı için yenilikçi malzemelerin geliştirilmesi ve uygulanması

Dünyanın artan enerji ihtiyacı göz önünde bulundurulduğunda jeotermal enerji, en istikrarlı ve yenilenebilir enerji kaynaklarından biri olması nedeniyle cazip bir alternatif haline gelmektedir. Özellikle, su kıtlığı bulunan bazı bölgelerde, jeotermal sular, hem içme suyu kaynakları hem de sanayi ve tarım için değerli su kaynakları olarak kabul edilmektedir. Ancak yüzeye çıkan jeotermal sular mineral içeren kayaçlar ile temas eder ve bu nedenle jeotermal sularda yüksek miktarda bor ve arsenik bulunabilmektedir. Jeotermal sularda yüksek derişimlerde bulunabilen bor ve arseniğin varlığı, jeotermal suların sulama veya içme suyu olarak doğrudan kullanılmasını önlemekte; yeraltı sularında ve yüzey sularında kimyasal kirlilik ve çevresel sorunlara neden olabilmektedir. Bu nedenle borun ve arseniğin jeotermal sudan uzaklaştırılması önemli bir husustur. Bu çalışmada, TÜBİTAK-NCBR projesinde partner üniversite olan Wroclaw University of Technology'de sentezlenen N-metil-D-glukamin fonksiyonel gruplarını içeren "core-shell" tipi yenilikçi iyon değiştirici reçinelerin bor ve arsenik giderim kapasiteleri belirlenmiştir ve ticari iyon değiştirici reçineler de yenilikçi reçineler ile aynı koşullarda kullanılarak, performans karşılaştırması yapılmıştır. Kesikli ve sürekli adsorpsiyon deneyleri ile adsorpsiyon-membran hibrit çalışmaları laboratuvar ölçeğinde yürütülmüştür. Öncelikle adsorpsiyon çalışmaları için model çözeltiler hazırlanmış ve daha sonra yürütülen çalışmalar jeotermal su kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Jeotermal su örnekleri İzmir Jeotermal A.Ş.'nin Balçova'daki kuyularından temin edilmiştir. Çalışmalarda ayrıca jeotermal suyun ters osmoz süzüntüsü ve konsantresinden bor ve arsenik giderimi için laboratuvarımızda bulunan Sepa CF-II membran test sistemi kullanılarak jeotermal suyun ters osmoz konsantresi ve süzüntü örnekleri toplanmıştır. Ardından "core-shell" tipte iyon değiştirici malzemelerin ve ticari bor seçimli iyon değiştirici malzemelerin jeotermal suyun ters osmoz konsantresinden bor ve arsenik ve ters osmoz süzüntüsünden bor giderim kapasiteleri belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara bakıldığında, ticari bor seçimli iyon değiştirici reçine ile jeotermal sudaki sadece bor derişimi sulama suyu için izin verilen seviyenin (1,0 mg/L) altına düşürülürken, yenilikçi "core-shell" tipte reçineler ile hem bor hem de arsenik derişimi aynı anda izin verilen seviyenin altına düşürülebilmiştir. Sonuçlar, yenilikçi "core-shell" tipi N-metil-D-glukamin fonksiyonel grupları içeren iyon değiştirici reçinelerin jeotermal sulardan bor gideriminde ticari reçine ile rekabet edebileceklerini ve hatta aynı anda bor ve arsenik gideriminde ise ticari reçineye göre daha iyi performans sergilediklerini göstermiştir. Anahtar sözcükler: Arsenik, bor, "core-shell" tipi iyon değiştirici reçine, iyon değişimi, jeotermal su.Considering the increasing energy needs of the world, geothermal energy is becoming an attractive alternative because it is one of the most stable and renewable energy sources. Especially in some regions with water scarcity, geothermal waters are considered to be both potable and valuable water resources for industry and agriculture. However, geothermal waters that come to the surface come into contact with mineral-containing rocks, and therefore, high amounts of boron and arsenic can be found in geothermal waters. The presence of high concentrations of boron and arsenic in geothermal waters prevents the direct use of geothermal waters as irrigation or drinking water and it can cause chemical pollution and environmental problems in groundwater and surface waters. Therefore, the removal of boron and arsenic from geothermal water is an important issue. In this study, boron and arsenic removal capacity of innovative "core-shell" type ion exchange resins containing N-methyl-D-glucamine functional groups synthessized at Wroclaw University of Technology, Poland, our Project partner institution were determined. Commercial boron selective ion exchange resins were also used under the same conditions and a performance comparison was made between commercial and novel "core-shell" resins. Batch and continuous adsorption experiments along with adsorption-membrane hybrid studies were carried out on a laboratory scale. Firstly, model solutions were prepared for these studies and then further studies were carried out using geothermal water. Geothermal water samples were obtained from geothermal wells of Izmir Geothermal Energy Co. in Balcova. In addition, reverse osmosis concentrate and permeate samples of geothermal water were collected by using Sepa CF-II membrane test system in our laboratory for boron and arsenic removal from reverse osmosis concentrate and permeate of geothermal water. Then, the capacities of boron and arsenic removals of core-shell type ion exchange materials and commercial boron selective ion exchange resins from the reverse osmosis concentrate and permeate of geothermal water were determined. Looking at the data obtained, with commercial boron selective ion exchange resin, only the boron concentration in geothermal water was reduced below the permissible level for irrigation water (1.0 mg/L), while both boron and arsenic concentrations can be reduced simultaneously with the novel "core-shell" type ion exchange resins. The results show that "core-shell" type ion exchange resins containing N-methyl-D-glucamine functional groups are able to compete with commercial boron selective ion exchange resin for boron removal from geothermal waters. In addition, these novel resins showed better performance than commercial boron selective ion exchange resins for simultaneous boron and arsenic removals. Keywords: Arsenic, boron, "core-shell"type ion exchange resin, geothermal water, ion exchange