Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2

Ankara : The Department of Computer Engineering and the Graduate School of Engineering and Science of Bilkent Univ., 2013.Thesis (Master's) -- Bilkent University, 2013.Includes bibliographical references leaves 78-83.Biological pathways store information about spatial and temporal organization of interactions taking place in an organism. They hold valuable information that can assist scientific community in understanding the details of a particular mechanism or deciphering the reasons of disruption when the system goes wrong. However, extracting knowledge from these pathways is not trivial as they can be huge and complicated. Additionally, simple visualization of pathways will only reveal limited knowledge, whereas their integration with experimental results can identify distinct and intriguing relationships. Therefore, it is critical to have tools that are specialized in analyzing and understanding biological pathways. ChiBE is one such tool that can visualize, manipulate and analyze pathway data stored in BioPAX format. While preparing the second version of the tool, there have been improvements regarding pathway searches, high throughput data integration, and database connections. Visual notation has also been updated in order to follow standards in visualizations defined by the SBGN community. Previously defined pathway query algorithms have been adapted to be compatible with the BioPAX model. New query types have also been designed to offer a wider range of options. With these queries, ChiBE now offers a variety of ways of pathway decomposition and thorough analysis of complex pathway views. There has also been improvements in integration of high throughput experimental results. To offer easy access to expression microarrays, a gateway to the GEO database has been added. The cBio Cancer Genomics Portal is also now reachable within ChiBE in order to obtain information about genomic status of various cancer cells. After simply asking for an identifier of a particular experiment, ChiBE retrieves the results from databases and then integrates them with the available pathway view through color codes. Furthermore, a connection to DAVID database is available, in case users want to annotate a list of genes with respect to biological terms associated with them. With these new features and improvements, ChiBE 2 has become a comprehensive tool that offers a wide range of analysis options with a genomics-oriented workflow to deepen our understanding of biological pathways.Çakır, MerveM.S

Comparison of polynomial ınterpolation and least squares support vector machines methods for modelling local geoid using GNSS/Levelling data

Günümüzde gelişen teknolojiyle birlikte haritacılık faaliyetlerinde GNSS ölçüm yöntemleri, yersel ölçü yöntemlerine göre daha çok tercih edilmektedir. GNSS ölçümleri ile elde edilen yükseklik bilgisi elipsoidal yüksekliktir. Fakat yeryüzü üzerindeki bir noktayı fiziksel olarak tanımlayabilmemiz için ortometrik yüksekliklere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu durumda elipsoidal yükseklikten ortometrik yüksekliğe geçiş sağlanabilmesi için jeoid yüksekliğinin bilinmesi gerekir. Bu çalışmada Trabzon ilinde ITRF96 koordinat sistemindeki 455 adet GNSS/Nivelman noktası kullanılarak en uygun yerel jeoidin belirlenmesi amaçlanmıştır. Kullanılan noktalar model ve test noktası olarak iki gruba ayrılmış ve yerel jeoidin belirlenmesi için polinomlarla enterpolasyon ve en küçük kareler destek vektör makineleri (EKKDVM) yöntemleri kullanılmıştır. Ayrıca uygulamada çalışma bölgesi için nokta yoğunlukları farklı iki durum oluşturulmuş ve nokta sayısının jeoid modelleme üzerindeki etkisi incelenmiştir. İstatistiksel sonuçlar ve grafikler incelendiğinde jeoid modellemede polinomlarla enterpolasyon yöntemine kıyasla EKK-DVM yönteminin daha iyi duyarlığa sahip olduğu görülmektedir.GNSS surveying methods are more preferred than terrestrial measuring methods thanks to recent technological developments in mapping activities. The height information obtained by GNSS measurements is the elipsoidal height. However, orthometric heights are needed to be able to physically describe a point on the ground. Thus, the geoid height must be known in order to convert an ellipsoidal height to orthometric height. In this study it is aimed to determine the most suitable local geoid by using 455 GNSS/levelling points in ITRF96 coordinate system of Trabzon province. The points used are divided into two groups as reference and test points, and polynomial interpolation and least support vector machine (LS-SVM) methods are used to determine the local geoid. In addition, two cases with different point densities are generated for the study region and the effect of the number of points on the modeling is examined. When the statistical results and graphics are examined, it is seen that the LS-SVM has better accuracy compared to the polynomial interpolation method in geoid modelling

A Novel Machine-Learning Algorithm to Predict the Early Termination of Nutrition Support Team Follow-Up in Hospitalized Adults:A Retrospective Cohort Study

Background: For hospitalized adults, it is important to initiate the early reintroduction of oral food in accordance with nutrition support team guidelines. The aim of this study was to develop and validate a machine learning-based algorithm that predicts the early termination of medical nutritional therapy (the transition to oral feeding). Methods: This retrospective cohort study included consecutive adult patients admitted to the Hacettepe hospital (from 1 January 2018 to 31 December 2022). The outcome of the study was the prediction of an early transition to adequate oral feeding before discharge. The dataset was randomly (70/30) divided into training and test datasets. We used six ML algorithms with multiple features to construct prediction models. ML model performance was measured according to the accuracy, area under the receiver operating characteristic curve, and F1 score. We used the Boruta Method to determine the important features and interpret the selected features. Results: A total of 2298 adult inpatients who were followed by a nutrition support team for medical nutritional therapy were included. Patients received parenteral nutrition (1471/2298, 64.01%), enteral nutrition (717/2298, 31.2%), or supplemental parenteral nutrition (110/2298, 4.79%). The median (interquartile range) Nutritional Risk Screening (NRS-2002) score was 5 (1). Six prediction algorithms were used, and the artificial neural network and elastic net models achieved the greatest area under the ROC in all outcomes (AUC = 0.770). Ranked by z-value, the 10 most important features in predicting an early transition to oral feeding in the artificial neural network and elastic net algorithms were parenteral nutrition, surgical wards, surgical outcomes, enteral nutrition, age, supplemental parenteral nutrition, digestive system diseases, gastrointestinal complications, NRS-2002, and impaired consciousness. Conclusions: We developed machine learning models for the prediction of an early transition to oral feeding before discharge. Overall, there was no discernible superiority among the models. Nevertheless, the artificial neural network and elastic net methods provided the highest AUC values. Since the machine learning model is interpretable, it can enable clinicians to better comprehend the features underlying the outcomes. Our study could support personalized treatment and nutritional follow-up strategies in clinical decision making for the prediction of an early transition to oral feeding in hospitalized adult patients.</p

The frequency of Duchenne muscular dystrophy/Becker muscular dystrophy and Pompe disease in children with isolated transaminase elevation: results from the observational VICTORIA study

IntroductionElevated transaminases and/or creatine phosphokinase can indicate underlying muscle disease. Therefore, this study aims to determine the frequency of Duchenne muscular dystrophy/Becker muscular dystrophy (DMD/BMD) in male children and Pompe disease (PD) in male and female children with isolated hypertransaminasemia.MethodsThis multi-center, prospective study enrolled patients aged 3–216 months with serum alanine transaminase (ALT) and/or aspartate transaminase (AST) levels &gt;2× the upper limit of normal (ULN) for ≥3 months. Patients with a known history of liver or muscle disease or physical examination findings suggestive of liver disease were excluded. Patients were screened for creatinine phosphokinase (CPK) levels, and molecular genetic tests for DMD/BMD in male patients and enzyme analysis for PD in male and female patients with elevated CPK levels were performed. Genetic analyses confirmed PD. Demographic, clinical, and laboratory characteristics of the patients were analyzed.ResultsOverall, 589 patients [66.8% male, mean age of 63.4 months (standard deviation: 60.5)] were included. In total, 251 patients (188 male and 63 female) had CPK levels above the ULN. Of the patients assessed, 47% (85/182) of male patients were diagnosed with DMD/BMD and 1% (3/228) of male and female patients were diagnosed with PD. The median ALT, AST, and CPK levels were statistically significantly higher, and the questioned neurological symptoms and previously unnoticed examination findings were more common in DMD/BMD patients than those without DMD/BMD or PD (p &lt; 0.001).DiscussionQuestioning neurological symptoms, conducting a complete physical examination, and testing for CPK levels in patients with isolated hypertransaminasemia will prevent costly and time-consuming investigations for liver diseases and will lead to the diagnosis of occult neuromuscular diseases. Trial RegistrationClinicaltrials.gov NCT04120168

Ahlaki liderlik tarzının üretim sektöründeki çalışanlar üzerinde etkilerinin incelenmesi

In today's competitive environment, both leadership styles and the attitudes and behaviors of employees havebecome critically important for the performance of companies. How successful companies are managed in theirsector is the subject of many studies. In particular, some psychological factors that employees experience in theorganization have positive or negative effect. Indeed, leadership style is one of the most important factorsamong these psychological effects . Within the scope of the study, the aim is to analyze the relationship amongmoral leadership, creativity, effective communication, emotional exhaustion and intrinsic motivation variableson engineers working in the manufacturing sector. When the data was analyzed, it was concluded that emotionalexhaustion had a negative effect on performance, but intrinsic motivation had a positive effect on employees.The research was conducted by collecting questionnaires from 427 white-collar employees working incompanies producing white goods in the manufacturing sector in Istanbul. SPSS 25 program was used to analyzethe data. Since the questions were asked on a Likert scale, firstly the factor and reliability analysis wereperformed, then the correlation analysis, regression analysis, and the sobel test and Hayes process were used inthe analysis of the mediation variable effect.Günümüz rekabet ortamında liderlik tarzlarının ve çalışanların tutum ve davranışları şirketlerin performansı açısından fazlasıyla önemli hale gelmiştir. Şirketlerin bulundukları sektörde başarılı olabilmeleri için nasıl yönetildikleri birçok araştırmaya konu olmaktadır. Özellikle çalışanların örgüt içinde yaşadıkları psikolojik etkenler, olumlu yada olumsuz yönde etki etmektedir. Bu olumlu yada olumsuz yöndeki etkiler genellikle çalışanların ve örgütün performansında ortaya çıkmaktadır. Bu çalışmanın amacı da üretim sektöründe çalışan mühendisler üzerinde ahlaki liderlik, yaratıcılık, etkili iletişim, duygusal tükenme ve içsel motivasyon değişkenleri arasındaki ilişkilerin analiz edilmesidir. Çalışmada analizler sonucunda, duygusal tükenmenin çalışanlar üzerinde negatif etkisinin olduğu, içsel motivasyonun ise olumlu yönde etkisinin olduğu sonucuna varılmıştır. Araştırma İstanbulda üretim sektöründe bulunan beyaz eşya üretimi yapan firmalarda çalışmakta olan 427 beyaz yakalı çalışandan anketler toplanarak yapılmıştır. Verilerin analiz edilmesinde SPSS 25 programı kullanılmıştır. Araştırma da sorular likert ölçeğinde sorulduğu için öncelikle faktör ve güvenirlilik analizi yapıltıktan sonra korelasyon analizi, regresyon analizi ve aracı değişken etkisinin analizinde sobel testi ve hayes process yapılmıştır

The history of Ottoman urban's archives resources: Example of İzmit

The paper is a preliminary study on the urban history of Izmit. Concentrating on the Izmit case, it aims to provide an initial attempt for the chronological and analytical analysis of the archival sources related the Ottoman urban history. The Thesis has been divided into four sections, in accordance with the transformation observed in the administrative and economic structures of the Ottoman Empire and different kinds of archival materials produced by different administrative offices, namely “Defterhane” (Office of Registry of Land of Catastro), ”Bab-ı Defteri” (Ministry of Finance), “Maliye Nezareti” (Ministry of Finance) and register books (defters) belonging to the other administrative departments. In this study, eighteen register serials produced by the above departments of the Ottoman administrative structure had been determined and a detailed chronological and analytical information on 273 books that include Izmit has been provided. Apart from giving the date, the pages of the register books (defter) prevalent to Izmit, the transcription of the headings of each book has also been written down in this study. We also attempted to explain some of the special terminology used in these records

Experimental evaluation of the effects of ankaferd blood stopper and collagenated heterologous bone graft on bone healing in sinus floor augmentation

Bazı komplike faktörler nedeniyle dişsiz posterior maksillaya implant yerleştirilmesi genellikle zor bir prosedürdür.Posterior maksillaya implant yerleştirilmesi için yeterli kemik yüksekliği ve hacmi elde etmede maksiller sinüs tabanı yükseltilmesinin en iyi tedavi seçeneği olduğu belirtilmektedir. Bu çalışmanın amacı; sinüs tabanı yükseltilmesi uygulamalarında kollajenize heterolog kemik grefti ve Ankaferd kanama durdurucunun kemik iyileşmesine olan etkisini histolojik ve biyokimyasal olarak değerlendirmektir. Bu çalışmada 36 adet Yeni Zelanda tavşanı kullanılmıştır. Tavşanlarda bilateral sinüs tabanı yükseltilmesi yapılarak 72 adet defekt elde edilmiştir. Tavşanların maksiller sinüsleri, sinüste oluşturulan boşluklara doldurulan malzemelere göre; kan pıhtısı, kollajenize heterolog kemik grefti, Ankaferd kanama durdurucu ve Ankaferd kanama durdurucu+kollajenize heterolog kemik grefti grupları olmak üzere 4 gruba ayrılmıştır. Postoperatif dönemde tavşanlar, 1., 4. ve 8. haftaların sonunda her seferde 12'şer adet olmak üzere sakrifiye edilmiştir. Elde edilen örnekler histokimyasal, immünohistokimyasal ve biyokimyasal olarak değerlendirilmiştir. Yapılan histokimyasal, immünohistokimyasal ve biyokimyasal değerlendirmeler sonucunda tüm gruplarda 1. haftada lenfosit yoğunluğu fazlayken, ilerleyen haftalarda giderek düşmüştür. Kullanılan tüm materyallerin biyouyumlu olduğu anlaşılmıştır. Kontrol grubunda osteoklast sayısı ilerleyen haftalarda artmış, diğer gruplarda ise azalmıştır. Greft dejenerasyonu sadece Ankaferd ve greftin birlikte kullanıldığı grupta 8. haftada görülmüştür. Hiçbir grupta 1. haftada yeni kemik oluşumu görülmezken, ilerleyen haftalarda tüm gruplarda yeni kemik oluşumunda artış görülmüştür. 1. haftadan 4. haftaya geçişte en fazla artış Ankaferd ve Ankaferd+greft gruplarında görülmüş, 8. haftanın sonunda tüm gruplarda benzer sonuçlar elde edilmiştir. Ankaferd kullanılmayan tavşanlarda serum ALP miktarı, 1. haftadan 8.haftaya doğru artarken, Ankaferd kullanılan tavşanlarda ise 1. haftadan 4. haftaya geçerken artmış, 4. haftadan 8.haftaya geçerken azalmıştır.Reconstructing edentulous maxilla with dental implants is difficult due to some complicated factors. Maxillary sinus augmentation has frequently been proposed as the best treatment option for attaining sufficient bone height and volume for implant placement in posterior maxilla. The aim of the present study was histologic and biochemical evaluation of the effect of the collagenated heterologous bone graft and Ankaferd Blood Stopper (ABS) on bone healing. In this study 36 New Zealand rabbits were used. Bilateral sinus lift was performed and 72 bone defects were obtained. The rabbit maxillary sinuses divided into 4 groups according to augmentation biomaterials: blood clot, collagenated heterologous bone graft, ABS and ABS+collagenated heterologous bone graft groups. The rabbits were sacrificed at 1, 4 and 8 weeks after surgery. Histochemical, immunohistochemical and biochemical examinations were performed on all samples. According to the histochemical and immunohistochemical examinations; lymphocyte infiltration was high at 1st week in all groups and declined from 1 to 8 weeks. All materials were biocompatible. Osteoclast number increased in control group from 1 to 8 weeks, and decreased in other groups. Bone graft particules were degenerated when used with ABS at 8th week. There was no new bone formation at the 1st week in all groups, new bone formation increased in all groups from 1 to 8 weeks. In rabbits without ABS, serum ALP levels increased from 1 to 8 weeks, in rabbits with ABS serum ALP levels increased 1 to 4 weeks and decreased from 4 to 8 week

Mikro-osteoperforasyon uygulama sıklığının kanin distalizasyonu aşamasında etkinliğinin değerlendirilmesi

Amaç: Çalışmamızın amacı kanin distalizasyonu boyunca farklı mikro osteoperforasyon (MOP) uygulama sıklığının ortodontik diş hareketi, kök rezorbsiyonu, ağrı hassasiyeti ve periodontal sağlık üzerine etkilerini incelemektir. Yöntem: Split-mouth çalışmamıza dahil edilen 33 hasta MOP uygulama sıklıklarına göre üç gruba (4, 8 ve 12 hafta) ayrılmıştır. MOP uygulanmayan taraf kontrol kabul edilmiştir. Kanin distalizasyonu miktarı dijital modeller kullanılarak ölçülmüş ve kök rezorbsiyonunu değerlendirmek için panoramik radyografiler alınmıştır. Ağrı düzeyi 4 haftada bir işlem günü, 1., 7., 14. ve 28. gün VAS ile değerlendirilmiştir. Periodontal sağlığı değerlendirmek için plak indeksi, gingival indeks ve cep derinliği ölçümleri yapılmıştır. Çalışmamızda veriler Mann Whitney U, Kruskall Wallis ve Ki-kare testleri kullanılarak analiz edilmiştir. Bulgular: Kontrol tarafı ile kıyaslandığında farklı sıklıklarda MOP uygulanan gruplar arasında distalizasyon miktarı ve kök rezorbsiyonu açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamıştır. MOP uygulamasının son ay haricinde hastaların işlem günü ağrı düzeyini anlamlı derecede arttırdığı tespit edilmiştir. Ayrıca 8 haftada bir MOP uygulanan grubun ikinci uygulamadan 1 gün sonra ağrı düzeyinde anlamlı derecede artış gözlenmiştir. Gruplar arasında periodontal ölçümler açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Sonuç: MOP uygulama sıklığı kanin distalizasyonu sırasında diş hareketi miktarını, kök rezorbsiyonunu ve periodontal sağlığı etkilememiştir. MOP uygulaması ilk günlerde hafif ağrıya yol açsa da ağrının hızla azaldığı hatta birinci günün sonunda tamamen kaybolduğu görülmüştür.Objective: This study aimed to investigate the effects of different frequencies of micro-osteoperforation (MOP) application on orthodontic tooth movement, root resorption, pain sensitivity, and periodontal health during canine distalization. Method: Thirty three patients including in this split-mouth study were divided into three groups (4, 8 and 12 weeks) based on the frequency of MOP application. The side without MOP was considered as the control. Canine distalization was measured using digital models and panoramic radiographs were taken to assess root resorption. The pain level was evaluated by VAS on the day of the procedure, day 1st, 7th, 14th and 28th every 4 weeks. Plaque index, gingival index and pocket depth were measured to evaluate periodontal health. Mann Whitney U, Kruskall Wallis, and Chi-square tests were used for statistical analysis. Results: There were no statistically significant differences in the amount of distalization and root resorption between MOP groups compared to the control side. MOP significantly increased pain level on the day of the procedure, except for the last month. One day after the second application, every 8 weeks MOP group experienced a significant increase in pain. There was no statistically significant difference between the groups in terms of periodontal measurements. Conclusion: There was no difference in the amount of canine distalization, root resorption and periodontal health between MOP application frequencies. Although MOP caused initially mild pain, it rapidly decreased and completely disappeared at the end of the first day. Key words: Canine distalization, frequency, micro-osteoperforatio

Dünden bugüne Ankara I : Ankara Kalesi ve mahallesi

Ankara : İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi İktisadi, İdari ve Sosyal Bilimler Fakültesi, Tarih Bölümü, 2012.This work is a student project of the The Department of History, Faculty of Economics, Administrative and Social Sciences, İhsan Doğramacı Bilkent University.by Ebru Sönmez Taş.Taş, Ebru Sönmez. HIST 203-04TAŞ HIST 203-04/2 2011-1

Osmanlı şehir tarihinin arşiv kaynakları: İzmit örneği

Bu tezde, Osmanlı şehir tarihi çalışmalarında kullanılan arşiv kaynakları kronolojik ve sistematik bir şekilde ele alınıp değerlendirilmeye çalışılmıştır. Araştırmada XVI-XIX. yüzyıl arşiv kaynakları taranarak İzmit örneğinde tespit edilmiştir. Dolayısıyla bu çalışma İzmit şehir tarihi ile ilgili yapılacak araştırmalar için de bir rehber mahiyetindedir. Osmanlı devletinin, iktisadi ve idari yapısının zaman içerisinde geçirdiği değişime ve devlet fonksiyonlarını yerine getiren farklı bürolara ait malzeme göz önüne alınarak tez, “Defterhâne”, “Bâb-ı Defteri”, “Maliye Nezâreti” ve “Diğer Müesseselere ait defterler” olmak üzere dört bölüme ayrılmıştır. Çalışmada, Osmanlı şehir tarihi araştırmalarına kaynak teşkil eden, beş büroya ait on sekiz defter serisi tespit edilmiştir. Bu defter serilerindeki 273 adet defter kendi içerisinde kronolojik ve konusuna göre sistematik olarak incelenmiştir. İzmit’e ait tespit edilen defterlerin mahiyetine ilişkin ayrıntılı malûmat ile defterlerin içeriği ve düzeni hakkında bilgi verilmiştir. Defterlerin tarihi, İzmit’e ait kayıtların hangi sayfalarda yer aldığı belirtilerek defter başlıkları latin harflerine aktarılmıştır. Kayıtlarda kullanılan özel terim ve işaretler defterler incelenirken açıklanmaya çalışılmıştır. ABSTRACT The paper is a preliminary study on the urban history of Izmit. Concentrating on the Izmit case, it aims to provide an initial attempt for the chronological and analytical analysis of the archival sources related the Ottoman urban history. The Thesis has been divided into four sections, in accordance with the transformation observed in the administrative and economic structures of the Ottoman Empire and different kinds of archival materials produced by different administrative offices, namely “Defterhane” (Office of Registry of Land of Catastro), ”Bab-ı Defteri” (Ministry of Finance), “Maliye Nezareti” (Ministry of Finance) and register books (defters) belonging to the other administrative departments. In this study, eighteen register serials produced by the above departments of the Ottoman administrative structure had been determined and a detailed chronological and analytical information on 273 books that include Izmit has been provided. Apart from giving the date, the pages of the register books (defter) prevalent to Izmit, the transcription of the headings of each book has also been written down in this study. We also attempted to explain some of the special terminology used in these records . İÇİNDEKİLER ÖNSÖZ I IV ABSTRACT V KISALTMALAR VI GİRİŞ 1 1. Şehir Tarihçiliği ve Osmanlı Şehir Tarihi Kaynakları 1 2. İzmit Tarihi Literatür Değerlendirmesi 7 2. Tarihte İzmit 11 BİRİNCİ BÖLÜM DEFTERHÂNEYE AİT DEFTERLER 1. Defterhâne ve Defterhâne’ye Ait Defterler 25 2. İzmit Tahrîr Defterleri 28 3. İzmit Tımar Ruznâmçe Defterleri 39 4. İzmit Tımar Yoklama Defterleri 45 5. İzmit Tımarlarıyla İlgili Müteferrik Defterler 46 İKİNCİ BÖLÜM BÂB-I DEFTERİ ARŞİV MALZEMESİ 1. Bâb-ı Defteri’ye Ait Defterler 51 2. İzmit Mukâtaa Defterleri 53 3. İzmit Cizye Defterleri 73 4. Avârız Defterleri 78 5. İzmit Bedel-i Nüzül ve Sürsât Defterleri 82 ÜÇÜNCÜ BÖLÜM MALİYE NEZÂRETİ DEFTERLERİ 1. Maliye Nezâreti ve Maliye Nezâreti Defterleri 89 2. İzmit Temettuât Defterleri 90 3. İzmit Cerîde Defterleri 94 DÖRDÜNCÜ BÖLÜM DİĞER MÜESSESELERE AİT DEFTERLER 1. Evkâf ve İzmit Evkâf Defterleri 96 2. İzmit Şer‘iyye Sicilleri 116 SONUÇ 122 EKLER 124 BİBLİYOGRAFYA 13