Vers une anthropologie biologique des mécanismes de la régulation génétique et de l’adaptation

Les progrès de la biochimie moléculaire, de la génétique et de l’immunologie depuis trente ans ont considérablement modifié l’approche anthropologique. Dès la fin de ma formation en médecine et hématologie, j’ai été « immergé » dans ces avancées biomédicales. Avec émerveillement j’ai appris que le changement d’un acide aminé, par‑ci par‑là, pouvait transformer une structure protéique et déréguler un métabolisme. En même temps des maîtres comme Jean Moulec, Jean Dausset, Claude Ropartz, Arth..

Apprentissage de la structure de réseaux bayésiens : application aux données de génétique-génomique

Apprendre la structure d'un réseau de régulation de gènes est une tâche complexe due à la fois au nombre élevé de variables le composant (plusieurs milliers) et à la faible quantité d'échantillons disponibles (quelques centaines). Parmi les approches proposées, nous utilisons le formalisme des réseaux bayésiens, ainsi apprendre la structure d'un réseau de régulation consiste à apprendre la structure d'un réseau bayésien où chaque variable représente un gène et chaque arc un phénomène de régulation. Dans la première partie de ce manuscrit nous nous intéressons à l'apprentissage de la structure de réseaux bayésiens génériques au travers de recherches locales. Nous explorons plus efficacement l'espace des réseaux possibles grâce à un nouvel algorithme de recherche stochastique (SGS), un nouvel opérateur local (SWAP), ainsi qu'une extension des opérateurs classiques qui permet d'assouplir temporairement la contrainte d'acyclicité des réseaux bayésiens. La deuxième partie se focalise sur l'apprentissage de réseaux de régulation de gènes. Nous proposons une modélisation du problème dans le cadre des réseaux bayésiens prenant en compte deux types d'information. Le premier, classiquement utilisé, est le niveau d'expression des gènes. Le second, plus original, est la présence de mutations sur la séquence d'ADN pouvant expliquer des variations d'expression. L'utilisation de ces données combinées dites de génétique-génomique, vise à améliorer la reconstruction. Nos différentes propositions se sont montrées performantes sur des données de génétique-génomique simulées et ont permis de reconstruire un réseau de régulation pour des données observées sur le plante Arabidopsis thaliana.Structure learning of gene regulatory networks is a complex process, due to the high number of variables (several thousands) and the small number of available samples (few hundred). Among the proposed approaches to learn these networks, we use the Bayesian network framework. In this way to learn a regulatory network corresponds to learn the structure of a Bayesian network where each variable is a gene and each edge represents a regulation between genes. In the first part of this thesis, we are interested in learning the structure of generic Bayesian networks using local search. We explore more efficiently the search space thanks to a new stochastic search algorithm (SGS), a new local operator (SWAP) and an extension for classical operators to briefly overcome the acyclic constraint imposed by Bayesian networks. The second part focuses on learning gene regulatory networks. We proposed a model in the Bayesian networks framework taking into account two kinds of information. The first one, commonly used, is gene expression levels. The second one, more original, is the mutations on the DNA sequence which can explain gene expression variations. The use of these combined data, called genetical genomics, aims to improve the structural learning quality. Our different proposals appeared to be efficient on simulated genetical genomics data and allowed to learn a regulatory network for observed data from Arabidopsis thaliana

Du gène égoïste à la physiologie du phénotype étendu : vers une redéfinition des frontières de l'individualité biologique

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Externalité du corps cérébré. Epistémologie de la constitution interactive du corps et du monde

International audienceA new epistemologic context offers the possibility to describe the interaction between body, brain and the world. The incorporation and the externalisation of information form different levels of reflexivity. The philosophy of body proposes the interactive constitution of self.La matière pensante du corps n'est donc pas une intentionnalité mentale du corps à l'instar de l'intentionnalité cognitive. La pensée n'est plus à définir à partir d'une réflexion consciente par un dédoublement du sujet et de l'objet. Car la matière corporelle produit des processus réflexifs d'intensités différents selon les types d'externalité du corps. Par externalité il faut décrire les éléments non mentaux et non interne au corps qui proviennent du monde extérieur. Le corps est soumis à son extérieur comme organisme tant pour la réalisation de ses fonctions que pour la régulation des informations

ANALYSE SOUS L’ANGLE ETHOLOGIQUE DES TENTATIVES DE SUICIDES CHEZ L’ADOLESCENT ABIDJANAIS

This work is an ethological analysis of suicide-attempt which is observed in the behavior of Abidjan’s teenager. This phenomenon is becoming more and more common in urban African societies. The method used in this work is from social sciences because the analyzed behavior is complex (isolated feature and ethic) and can only be observed from strict methods of Ethology. It is based on the analysis of medical records of suicidal teenagers aged from 10 to 19 years. This survey was conducted through telephone communication. The obtained data were processed through statistics methods. The analysis has revealed that suicide-attempts have a universal aspect. This fact shows that suicide-attempts rest on a same biogenetic program which could be in relationship with “serotoninergic” factors of vulnerability and willing to commit suicide as revealed by many other writers’ works. At the phylogenetic level suicide-attempt is a specific behavior of mankind and at the “ontogenetic” level, it is seen in the behaviour of child since his childhood. This goes along with his biopsychic development. The results of different surveys conducted in this domain indicate that suicide-attempts observed in the behavior of Abidjan’s teenager are determined at the same time by factors linked to his biopsychics state and socio-affective factors linked to his family and his social environment. There is always a trigger event of suicide-attempt which can come from a disappointment, a failure or a family dispute