Progeria, a model for accelerated aging exhibited by HIV patients?

International audienceTo confirm, among HIV1-infected patients, data from in vitro studies showing that antiretroviral therapies (ART) induce an accelerated aging through the same mechanism than genetic laminopathies (progeria) and «physiological » aging, i.e. through the synthesis and persistence of farnesylated prelamin A. The perspective is to minimize ART side effects using the same drug combination yet given to treat progeria children in Marseille

Exploitation of Memetics for Melodic Sequences Generation

Music, or in narrower sense, melodic contours of the aesthetically arranged pitches and the respective durations attracts our cognition since the beginning and now shaping the way we think in the complex life of culture. From evolutionary school of thoughts we could learn our perspective of seeing the musical diversity of folk songs in Indonesian archipelago by hypothesizing the aligning memes throughout the data sets. By regarding the memeplexes constructed from the the Zipf-Mandelbrot Law in melodic sequences and some mathematical characteristics of songs e.g.: gyration and spiraling effect, we construct evolutionary steps i.e.: genetic algorithm as tools for generating melodic sequences as an alternating computational methods to model the cognitive processes creating songs. While we build a melodic-contour generator, we present the enrichment on seeing the roles of limitless landscape of creativity and innovation guided by particular inspirations in the creation of work of art in general

Dancing Philosophy: What Happens to Philosophy when Considered from the Point of View of a Dancer

Western philosophical aesthetics tends to answer the question, “What is art?” by starting with the perspective of the art appreciator. What does the spectator perceive in the artistic entity at issue? For example, are these properties formal and tangible, an arrangement of lines and colors as provided by Clive Bell’s theory of significant form? Are they contextual—are they, for example, the expression of the experience of a particular culture? Or are these properties relational in the sense of being a comment on or response to another art-historical movement, such as Cubism? Starting from this perspective, the methodology tends to begin with the appreciator’s response to the artistic object or product and deriving the artistic entity itself from that. The methodology then either stops there or takes a look around to see the historical context in which the art entity arose. It may even go one step further back to artistic intentions, but with care to avoid running afoul of the intentional or genetic fallacies. Whatever intentions of the artist count must be in the art entity or the appreciative experience of the art entity and not solely in the inaccessible mind of the artist. It is the perspective of the appreciator that makes “objective” definitions of art and accounts of the ontology of artworks, art events, and art practices, defensible. They are answerable to what can be demonstrated to be true by attention to some feature or property that is accessible to the reader either in theory or in conjunction with an experience of the art entity. Examples of this methodological approach can be found in abundance in The Journal of Aesthetics and Art Criticism, The British Journal of Aesthetics, and anthologies of articles on aesthetics and the philosophy of art

Pending on Art

Artification is mostly approached from a contextualist perspective where “art” refers to objects that are presented and appreciated within socially recognized art institutions. Artification then means that the notion of art is extended to non-art areas. Yet it can be argued that contextualism is circular, since it starts with an unquestioned assumption about what art is. Another weakness of contextualism is that by privileging theory it tends to downplay the role of creative and appreciative practices. Alternative approaches are possible, and this article explores in a preliminary way what a naturalist approach could mean for how we see art and artification processes. The naturalist approach developed here considers the arts first of all as cultural practices that evolve together with discourse, but where discourse is not privileged over practice. As Wittgenstein suggested, understanding (and skillfully practicing) any art is about socially mediated, long-term engagement. By analyzing the evolutionary and onto-genetic origins of art and its function in all human cultures, and by describing the criteria of art as a cluster, naturalism opens the border between art and non-art. With naturalism, we can ask whether some of the changes described as artification allow us to recognize art outside institutionally legitimized art worlds. It allows us to ask to what extent something is art; it provides a perspective where phenomena can be studied case by case; and it re-introduces the relevance of evaluative criteria in the process of identifying or recognizing art

Book Review: GENETICALLY ENGINEERED ORGANISMS: BENEFITS AND RISKS

In the continuing debate on the introduction into the environment of genetically modified organisms, particularly those modified by recombinant DNA, there are few books suitably written for policymakers, the lay public and scientists in other fields. This book describes the current state of the science and art of genetic engineering, potential uses (particularly outside the laboratory), and the benefits that can be expected. It is particularly pertinent for examining potential risk and management of risk from the perspective of the United Kingdom

Expanding the enzyme universe with genetically encoded unnatural amino acids

The emergence of robust methods to expand the genetic code allows incorporation of non-canonical amino acids into the polypeptide chain of proteins, thus making it possible to introduce unnatural chemical functionalities in enzymes. In this Perspective, we show how this powerful methodology is used to create enzymes with improved and novel, even new-to-nature, catalytic activities. We provide an overview of the current state of the art, and discuss the potential benefits of developing and using enzymes with genetically encoded non-canonical amino acids compared with enzymes containing only canonical amino acids

The Hidden Though Flourishing Justification of Intellectual Property Laws: Distributive Justice, National Versus International Approaches

Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı bölgelerden izole edilmiş saha suşlarının genotipik yapıları temelindeimmundominant özellik gösteren rekombinant immobilizan antijenlerini(i-antijen) kodlayan genlerin bakteriyel ekspresyon sistemine klonlanarakeksprese ve karakterize edilmeleri, antijenik profillerinin ortaya çıkarılmasıve aşı adayı olabilecek rekombinant antijenlerin elde edilmesi amaçlanmıştır.&nbsp;Çalışmada 2018 ve 2019 yıllarının Temmuz ve Ağustos ayları arasında Gökkuşağıalabalığı yetiştiriciliğinin yoğun yapıldığı Samsun, Rize, Kayseri, Elazığ,Burdur, Antalya ve Muğla illerinde bulunan işletmeler ziyaret edilerek balıkpopülasyonları üzerinde saha araştırmaları yürütülmüş ve I. multifiliis ile enfekte bulunan balıklardan ilgili protokolleregöre izolasyon gerçekleştirilmiştir. Laboratuvara uygun solüsyonlar ve soğukzincir altında intikal ettirilen örneklerden cDNA ve gDNA izolasyonlarıgerçekleştirilmiştir. I. multifiliis i-antijengen lokusunun amplifikasyonu amacıyla optimum primer dizaynı için ön çalışmalaryürütülmüş ve hedef gen bölgeleri uygun amplifikasyon koşullarında PCR’daçoğaltılmıştır. Elde edilen amplikonlar agaroz jel üzerinden saflaştırılmıştır.Multiple gen lokusu sekanslarının belirlenebilmesi amacıyla ilgili pürifiyeamplikonlar pJET 1.2 plazmit vektörüne CloneJET PCR cloning kit (Thermo FisherScientific) kullanılarak klonlanmış ve katı besi yerinde belirlenenkolonilerden rekombinant plazmid DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Rekombinantplazmidler spesifik primerlerle çift yönlü olarak sekanslanmış vekromotogramlar De Novo Assemble üzerinden işlenerek hedef insert sekanslarvektör plazmid DNA’sı içerisinden çıkarılmış ve konsensüs sekanslar eldeedilmiştir. İlgili primerlerin i-antijen gen lokusu içerisinde çoğalttığı fragmentlerinbelirlenebilmesi amacıyla PCR ürünleri ayrıca yeni nesil dizileme teknolojisi (NGS)kullanılarak işlenmiş ve elde edilen dizilimlerin gen veri tabanlarındakimevcut tüm i-antijen gen lokusları ile filogenetik ilişkileri araştırılmıştır.Tüm bu araştırmalar sonucu karakterize edilen i-antijen genlerinin ekspreseettiği proteinlerin rekombinant olarak eldesi için çalışmalargerçekleştirilmiştir. Aşı adayı potansiyeli olabilecek bazı lokusların bakteriyelekspresyon sistemine aktarımı için kodon optimizasyonları yapılarak pET-32a(+)ekspresyon plazmid DNA’sına (Novagen) klonlanması gerçekleştirilmiştir. Eldeedilen rekombinant plazmitler E. colikompotent BL21(DE3) hücrelerine transforme edilerek optimum koşullardaekspresyon çalışmaları yürütülmüş ve ekspresyon etkinliği SDS-PAGE ve WesternBlot analizleri ile belirlenmiştir. Eksprese edilen rekombinant i-antijenproteinleri afinite kromotografi kulanılarak saflaştırılmış ve immunreaktiflikleri Western Blot analizleri ile tespit edilmiştir.&nbsp;Çalışmada,Elazığ, Rize ve Muğla illerinde ziyaret edilen işletmelerdeki Gökkuşağıalabalıklarında deri ve solungaçlarından hazırlanan preparatların mikroskobikincelemeleri ile I. multifiliisenfeksiyonunun yaygın olduğu görülmüştür. İlgili bölgelerden elde edilen I. multifiliis suşlarına ait cDNA vegDNA izolatlarının i-antijen gen lokusunun dizayn edilen pirmerlerle PCR’daamplifiye edilmesi sonucu 1200-1300 bp büyüklüğünde amplikonlar saptanmıştır.Pürifiye amplikonların klonlanması sonucu ilgili izolatlara ait açık okumaçerçevesi (ORF) sekanslarının analizinde birbirleriyle %38,3-58,8 arasındafarklılık gösteren 4 farklı i-antijen izoformu tespit edilmiştir. Bu izoformlararasında bir antijenik lokusun (ImulTR1-iant) her üç ildeki alabalıkpopülasyonlarından izole edilen I.multifiliis suşlarında da var olduğu NGS analizlerinde görülmüştür.ImulTR1-iant ORF sekansı ayrıca Amerika Birleşik Devletleri’nde alabalıklardanizole edilmiş bir i-antijen izoformuyla %83,3 identiklik gösterirken, diğertespit edilen izoformlara ait sekansların GenBank veri tabanında mevcuti-antijen sekanslarından oldukça farklı olduğu belirlenmiştir. Araştırmadarekaombinant i-antijen eldesi için yaygın belirlenen ImulTR1-iant izolatıüzerinden analizler yürütülmüştür. Bu izoformu kodlayan gen bölgesinin 1263bpbüyüklüğünde olduğu ve ORF’nin 420 amino asitten teşekkül ettiğibelirlenmiştir. ORF amino asit sekanslarının in-slico analizlerde 42,552 kDabüyüklüğünde bir proteini eksprese ettiği, bu proteinin sitoplazmik olduğu vetransmembran bölge içermediği tespit edilmiştir. Ayrıca ilgili ORF sekansıiçerisinde uzunluğu 7-22aa arasında değişen 21 antijenik bölge olduğubelirlenmiştir. Kodon optimizasyonu yapılmış olan ImulTR1-iant izoformuna ait pET-32a(+)rekombinant plazmitinin E. colikompotent BL21(DE3) hücrelerine transformasyonu ve ekspresyonu sonrasındayapılan SDS-PAGE analizlerinde in-silico analiz sonuçlarına paralel olarakyaklaşık 43kDa’luk protein jel üzerinde görüntülenmiştir. İlgili rekombinantprotein afinite kromotografide HisTrap FF crude (GE Healthcare) kolonlarıkullanılarak saflaştırılmış ve pürifiye rekombinant antijenin immun-reaktifliğiWestern-Blot analizleriyle gösterilmiştir.&nbsp;ErciyesÜniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından TOA-2017-7742 kodnumarasıyla desteklenen bu çalışma ile Türkiye’de gökkuşağı alabalıklarındasorun oluşturan ve ekonomik kayıplara yol açan I. multifiliis suşlarına karşı biyoteknolojik aşı geliştirilmesinoktasında aşı adayı olabilecek immobilizan antijenler üzerine özgün veriler sağlanmıştır.Elde edilen aşı adayı rekombinant antijenlerin etkinliğini ortaya koymanoktasında laboratuvar ve saha şartlarında immunizasyon ve çelınç enfeksiyondenemeleri için yeni proje çalışmaları planlanmaktadır.</style