Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques

La quantité de données données biologiques est en pleine croissance. Une fois ces données brutes collectées, il faut les analyser et les comparer aux données existantes pour obtenir de nouvelles connaissances. Cette analyse se fait grâce à l'utilisation de différents outils, scripts ou programmes que l'on peut aujourd'hui utiliser et enchaîner en utilisant un système de gestion de workflows scientifique. L'utilisation des systèmes de workflows est en plein essor, donnant lieu à un important développement des bases de données pour stocker ces workflows. Cependant, très peu de techniques ont été mises en œuvre pour pouvoir aider les utilisateurs dans la conception des workflows scientifiques, notamment pour les aider à tirer au mieux partie des workflows existants dans les bases qui pourraient être réutilisés. Un besoin fort est présent dans la communauté bioinformatique pour proposer des techniques pour guider les utilisateurs dans leur choix d'ensemble d'outils à (ré)utiliser. C'est dans ce cadre que s'articule les travaux de mon stage académique. Plus précisément, notre objectif est d'extraire des workflows scientifiques des sous-structures fréquentes et intéressantes et constituer des librairies de motifs. Dans nos travaux, nous avons étudié de façon approfondie les structures (grands graphes) des workflows scientifiques et nous avons fait un état de l'art des approches existantes d'extraction de motifs à base de graphes. Nous avons choisi d'étudier plus particulièrement les résultats fournis par deux algorithmes d'extraction qui ont fait leurs preuves sur des données réelles. Nous avons proposé d'utiliser et nous avons adapté au contexte plusieurs métriques pour rendre compte de la qualité des motifs extraits. Nos contributions sont les suivantes : (i) nous avons mis en évidence des caractéristiques structurelles des workflows scientifiques ayant un impact sur le problème de l'extraction de motifs dans les workflows ; (ii) nous proposons une étude comparative quantitative et qualitative des résultats obtenus par deux algorithmes d'extraction de motifs

Actes de la conférence BDA 2014 : Gestion de données - principes, technologies et applications

International audienceActes de la conférence BDA 2014 Conférence soutenue par l'Université Joseph Fourier, Grenoble INP, le CNRS et le laboratoire LIG. Site de la conférence : http://bda2014.imag.fr Actes en ligne : https://hal.inria.fr/BDA201

Caractérisation des transitions temporisées dans les logs de conversation de services Web (version longue)

La connaissance du protocole de conversation d’un service Web est importante, pour les utilisateurs et les fournisseurs de services car il en modélise le comportement externe. Cependant, ce protocole n’est souvent pas spécifié pendant la conception. Notre travail s’inscrit dans une thématique d’extraction du protocole de conversation temporisé d’un service existant à partir de ses données d’exécution (logs). Nous en étudions un sous-problème important qui est la découverte des transitions temporisées, i.e. la recherche des changements d’états liés à des contraintes temporelles. Nous présentons un cadre formel regroupant différents concepts, dont les expirations propres, qui représentent pour les logs ce que sont les transitions temporisées dans le protocole de conversation. A notre connaissance, ceci représente la première contribution à la résolution de ce problème

Modelado en 3D de una puerta de la ciudad de Rennes del siglo XV: Portes Mordelaises

[EN] The Portes Mordelaises, remnants of the medieval city walls of Rennes, France, has been the subject of several archaeological excavations until 2017. From these excavations, we created a three-dimensional (3D) model of the site reconstructed as it would have appeared during the 15th century, including the surrounding plus the interiors of its famed towers. Once our efforts and results were officially recognised as being of national interest by the French Ministry of Culture and Communication, Department of Heritage and the National Museum Service of France, we presented our virtual model reconstruction in an exhibition curated by the Museum of Bretagne, entitled "Rennes, les vies d'une ville" (Rennes, the Lives of a City). This approach to 3D reconstruction of the site served to further study Rennes’ origins, its construction, organisation, as well as its historic relationship to surrounding territories. The main objective of this work was to investigate, using of a significant and com[ES] Las Portes Mordelaises, restos de las murallas medievales de la ciudad de Rennes, Francia, han sido objeto de varias excavaciones arqueológicas hasta el año 2017. A partir de estas excavaciones, pudimos crear un modelo tridimensional (3D) del sitio reconstruido tal y como habría aparecido durante el siglo XV, incluyendo los terrenos circundantes así como los interiores de sus famosas torres. Una vez que nuestros esfuerzos y resultados fueron reconocidos oficialmente como de interés nacional por el Ministerio de Cultura y Comunicación de Francia, el Departamento de Patrimonio así como el Servicio Nacional de Museos de Francia, presentamos nuestra reconstrucción del modelo virtual en una exposición gestionada por el Museo de Bretaña titulada "Rennes, las vidas de una ciudad”. Este enfoque de la reconstrucción en 3D del sitio sirvió para profundizar en el estudio de los orígenes de Rennes, su construcción, su organización, así como su relación histórica con los territorios circundantes. EBarreau, J.; Esnault, E.; Foucher, J.; Six, M.; Le Faou, C. (2020). 3D modelling of a 15th century city gate of Rennes: Portes Mordelaises. Virtual Archaeology Review. 11(22):41-55. https://doi.org/10.4995/var.2020.12653OJS41551122Ahmad, T., Afzal, M., Hayat, F., Asif, H. S., Ahsan, S., & Saleem, Y. (2012). Need for software design methodology for remote sensing applications. Life Sci Journal, 9(3), 2152-2156.Al-Baghdadi, M. A. S. (2017). 3D printing and 3D scanning of our ancient history: Preservation and protection of our cultural heritage and identity. International Journal of Energy and Environment, 8(5), 441-456.Alix, C., Carron, D., Roux-Capron, E., & Josserand, L. (2016). La porte Bannier, entrée principale de la ville d'Orléans aux XIVe-XVe siècles. 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Fouille de données : vers une nouvelle approche intégrant de façon cohérente et transparente la composante spatiale

Depuis quelques décennies, on assiste à une présence de plus en plus accrue de l’information géo-spatiale au sein des organisations. Cela a eu pour conséquence un stockage massif d’informations de ce type. Ce phénomène, combiné au potentiel d’informations que renferment ces données, on fait naître le besoin d’en apprendre davantage sur elles, de les utiliser à des fins d’extraction de connaissances qui puissent servir de support au processus de décision de l’entreprise. Pour cela, plusieurs approches ont été envisagées dont premièrement la mise à contribution des outils de fouille de données « traditionnelle ». Mais face à la particularité de l’information géo-spatiale, cette approche s’est soldée par un échec. De cela, est apparue la nécessité d’ériger le processus d’extraction de connaissances à partir de données géographiques en un domaine à part entière : le Geographic Knowlegde Discovery (GKD). La réponse à cette problématique, par le GKD, s’est traduite par la mise en œuvre d’approches qu’on peut catégoriser en deux grandes catégories: les approches dites de prétraitement et celles de traitement dynamique de l’information spatiale. Pour faire face aux limites de ces méthodes et outils nous proposons une nouvelle approche intégrée qui exploite l’existant en matière de fouille de données « traditionnelle ». Cette approche, à cheval entre les deux précédentes vise comme objectif principal, le support du type géo-spatial à toutes les étapes du processus de fouille de données. Pour cela, cette approche s’attachera à exploiter les relations usuelles que les entités géo-spatiales entretiennent entre elles. Un cadre viendra par la suite décrire comment cette approche supporte la composante spatiale en mettant à contribution des bibliothèques de traitement de la donnée géo-spatiale et les outils de fouille « traditionnelle »In recent decades, geospatial data has been more and more present within our organization. This has resulted in massive storage of such information and this, combined with the learning potential of such information, gives birth to the need to learn from these data, to extract knowledge that can be useful in supporting decision-making process. For this purpose, several approaches have been proposed. Among this, the first has been to deal with existing data mining tools in order to extract any knowledge of such data. But due to a specificity of geospatial information, this approach failed. From this arose the need to erect the process of extracting knowledge from geospatial data in its own right; this lead to Geographic Knowledge Discovery. The answer to this problem, by GKD, is reflected in the implementation of approaches that can be categorized into two: the so-called pre-processing approaches and the dynamic treatment of spatial relationships. Given the limitations of these approaches we propose a new approach that exploits the existing data mining tools. This approach can be seen as a compromise of the two previous. It main objective is to support geospatial data type during all steps of data mining process. To do this, the proposed approach will exploit the usual relationships that geo-spatial entities share each other. A framework will then describe how this approach supports the spatial component involving geo-spatial libraries and "traditional" data mining tool

Comment faire lire des gribouillis à mon ordinateur ?

Vous avez dans vos tiroirs des manuscrits avec lesquels vous aimeriez travailler dans votre éditeur de texte ? Pas de problème : l’HTR est fait pour ça ! L’HTR ? C’est la reconnaissance automatique des écritures manuscrites. Avec l’exemple de deux logiciels, eScriptorium et Transkribus, ce tuto@mate vous propose de retracer les principales étapes à suivre pour récupérer un texte dans un document manuscrit tout en abordant la question de l’efficacité d’une telle démarche et celle des bonnes pratiques pour assurer l’optimisation d’un traitement de ce type, en particulier dans le cadre d’un projet de recherche

SIFR BioPortal : Un portail ouvert et générique d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises au service de l’annotation sémantique

National audienceContexte – Le volume de données en biomédecine ne cesse de croître. En dépit d'une large adoption de l'anglais, une quantité significative de ces données est en français. Dans le do-maine de l’intégration de données, les terminologies et les ontologies jouent un rôle central pour structurer les données biomédicales et les rendre interopérables. Cependant, outre l'existence de nombreuses ressources en anglais, il y a beaucoup moins d'ontologies en français et il manque crucialement d'outils et de services pour les exploiter. Cette lacune contraste avec le montant considérable de données biomédicales produites en français, par-ticulièrement dans le monde clinique (e.g., dossiers médicaux électroniques). Methode & Résultats – Dans cet article, nous présentons certains résultats du projet In-dexation sémantique de ressources biomédicales francophones (SIFR), en particulier le SIFR BioPortal, une plateforme ouverte et générique pour l’hébergement d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises, basée sur la technologie du National Center for Biomedical Ontology. Le portail facilite l’usage et la diffusion des ontologies du domaine en offrant un ensemble de services (recherche, alignements, métadonnées, versionnement, vi-sualisation, recommandation) y inclus pour l’annotation sémantique. En effet, le SIFR An-notator est un outil d’annotation basé sur les ontologies pour traiter des données textuelles en français. Une évaluation préliminaire, montre que le service web obtient des résultats équivalents à ceux reportés précedement, tout en étant public, fonctionnel et tourné vers les standards du web sémantique. Nous présentons également de nouvelles fonctionnalités pour les services à base d’ontologies pour l’anglais et le français

Biomedical Terminology Extraction: A new combination of Statistical and Web Mining Approaches

International audienceThe objective of this work is to combine statistical and web mining methods for the automatic extraction, and ranking of biomedical terms from free text. We present new extraction methods that use linguistic patterns specialized for the biomedical field, and use term extraction measures, such as C-value, and keyword extraction measures, such as Okapi BM25, and TFIDF. We propose several combinations of these measures to improve the extraction and ranking process and we investigate which combinations are more relevant for different cases. Each measure gives us a ranked list of candidate terms that we finally re-rank with a new web-based measure. Our experiments show, first that an appropriate harmonic mean of C-value used with keyword extraction measures offers better precision results than used alone, either for the extraction of single-word and multi-words terms; second, that best precision results are often obtained when we re-rank using the web-based measure. We illustrate our results on the extraction of English and French biomedical terms from a corpus of laboratory tests available online in both languages. The results are validated by using UMLS (in English) and only MeSH (in French) as reference dictionary

L'existant et l'ayant existé. Documenter le patrimoine dans la diachronie

Peer reviewe