PhenDisco: phenotype discovery system for the database of genotypes and phenotypes.

The database of genotypes and phenotypes (dbGaP) developed by the National Center for Biotechnology Information (NCBI) is a resource that contains information on various genome-wide association studies (GWAS) and is currently available via NCBI's dbGaP Entrez interface. The database is an important resource, providing GWAS data that can be used for new exploratory research or cross-study validation by authorized users. However, finding studies relevant to a particular phenotype of interest is challenging, as phenotype information is presented in a non-standardized way. To address this issue, we developed PhenDisco (phenotype discoverer), a new information retrieval system for dbGaP. PhenDisco consists of two main components: (1) text processing tools that standardize phenotype variables and study metadata, and (2) information retrieval tools that support queries from users and return ranked results. In a preliminary comparison involving 18 search scenarios, PhenDisco showed promising performance for both unranked and ranked search comparisons with dbGaP's search engine Entrez. The system can be accessed at http://pfindr.net

PEMBUATAN WEBSITE BERBAHASA INDONESIA UNTUK PENCARIAN RESEP MASAKAN DENGAN METODE COSINE SIMILARITY

Abstraksi - Website pencarian resep masakan berbahasa Indonesia sudah banyak tetapi banyak yang pencariannya tidak memunculkan resep yang relevan, dapat melakukan plagiasi resep oleh user lain, dan tidak memiliki pengembangan inputan user(query expansion) dimana query expansion dapat membantu user dalam menentukan keyword yang sesuai. Untuk resep yang sama tetapi dipost oleh orang yang berbeda membuat user bingung menentukan resep mana yang bagus. Dibuatnya website pencarian resep masakan menggunakan metode cosine similarity dengan melihat rating resep untuk membuat website pencarian resep masakan yang relevan dengan keyword. Sistem juga memiliki query expansion dengan metode top-k retrieval. User dapat mengubah dan menghapus query expansion bila terdapat query expansion yang salah. Website dapat melakukan post resep dimana user dapat menyimpan resep. Website memiliki beberapa fitur seperti rating resep, report resep, dan komen resep. Admin juga memiliki peran seperti mevalidasi resep bila user melakukan post resep, menghapus resep, memvalidasi query expansion, dan menambah serta menghapus kategori. Uji coba dilakukan dengan menghitung precision, recall, dan f-measure serta waktu pencarian dari hasil pencarian. Uji coba juga dilakukan terhadap nilai precision, recall, dan f-measure sebelum melakukan query expansion serta sesudah melakukan query expansion. Dari uji coba yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa pencarian sudah relevan. Kata kunci: website resep masakan, pencarian resep masakan, information retrieval, cosine similarity Abstract – Website for finding food recipe in Indonesian language already many but the search result sometimes not show relevance recipe, can duplicate the recipe, and don’t have query expansion. For the same recipe but different people can make user confused which recipes are good. Making website for finding food recipe using cosine similarity and rating for finding relevant recipes with keyword. System can expand user’s query(query expansion) using top-k retrieval method. User can edit and erase the query expansion if there’s any wrong query expansion. Website have post recipe feature where user can save their recipes. Website has categories too where categories can be add or removed by admin. Website has feature like report recipe, rating recipe, and comment recipe. Admin’s job is to validate user’s recipe, remove recipe from website, validate query expansion, and add and remove categories. Test runs for finding precision, recall, and f-measure and time when searching. Test runs done for finding precision, recall, and f-measure before using query expansion and after using query expansion. From the result of the test, get conclusion that the searching function already relevant. Keywords: food recipe website, finding food recipe, information retrieval, cosine similarity

PEMBUATAN WEBSITE BERBAHASA INDONESIA UNTUK PENCARIAN RESEP MASAKAN DENGAN METODE COSINE SIMILARITY

Abstraksi - Website pencarian resep masakan berbahasa Indonesia sudah banyak tetapi banyak yang pencariannya tidak memunculkan resep yang relevan, dapat melakukan plagiasi resep oleh user lain, dan tidak memiliki pengembangan inputan user(query expansion) dimana query expansion dapat membantu user dalam menentukan keyword yang sesuai. Untuk resep yang sama tetapi dipost oleh orang yang berbeda membuat user bingung menentukan resep mana yang bagus. Dibuatnya website pencarian resep masakan menggunakan metode cosine similarity dengan melihat rating resep untuk membuat website pencarian resep masakan yang relevan dengan keyword. Sistem juga memiliki query expansion dengan metode top-k retrieval. User dapat mengubah dan menghapus query expansion bila terdapat query expansion yang salah. Website dapat melakukan post resep dimana user dapat menyimpan resep. Website memiliki beberapa fitur seperti rating resep, report resep, dan komen resep. Admin juga memiliki peran seperti mevalidasi resep bila user melakukan post resep, menghapus resep, memvalidasi query expansion, dan menambah serta menghapus kategori. Uji coba dilakukan dengan menghitung precision, recall, dan f-measure serta waktu pencarian dari hasil pencarian. Uji coba juga dilakukan terhadap nilai precision, recall, dan f-measure sebelum melakukan query expansion serta sesudah melakukan query expansion. Dari uji coba yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa pencarian sudah relevan. Kata kunci: website resep masakan, pencarian resep masakan, information retrieval, cosine similarity Abstract – Website for finding food recipe in Indonesian language already many but the search result sometimes not show relevance recipe, can duplicate the recipe, and don’t have query expansion. For the same recipe but different people can make user confused which recipes are good. Making website for finding food recipe using cosine similarity and rating for finding relevant recipes with keyword. System can expand user’s query(query expansion) using top-k retrieval method. User can edit and erase the query expansion if there’s any wrong query expansion. Website have post recipe feature where user can save their recipes. Website has categories too where categories can be add or removed by admin. Website has feature like report recipe, rating recipe, and comment recipe. Admin’s job is to validate user’s recipe, remove recipe from website, validate query expansion, and add and remove categories. Test runs for finding precision, recall, and f-measure and time when searching. Test runs done for finding precision, recall, and f-measure before using query expansion and after using query expansion. From the result of the test, get conclusion that the searching function already relevant. Keywords: food recipe website, finding food recipe, information retrieval, cosine similarity

PEMBUATAN WEBSITE BERBAHASA INDONESIA UNTUK PENCARIAN RESEP MASAKAN DENGAN METODE COSINE SIMILARITY

Abstraksi - Website pencarian resep masakan berbahasa Indonesia sudah banyak tetapi banyak yang pencariannya tidak memunculkan resep yang relevan, dapat melakukan plagiasi resep oleh user lain, dan tidak memiliki pengembangan inputan user(query expansion) dimana query expansion dapat membantu user dalam menentukan keyword yang sesuai. Untuk resep yang sama tetapi dipost oleh orang yang berbeda membuat user bingung menentukan resep mana yang bagus. Dibuatnya website pencarian resep masakan menggunakan metode cosine similarity dengan melihat rating resep untuk membuat website pencarian resep masakan yang relevan dengan keyword. Sistem juga memiliki query expansion dengan metode top-k retrieval. User dapat mengubah dan menghapus query expansion bila terdapat query expansion yang salah. Website dapat melakukan post resep dimana user dapat menyimpan resep. Website memiliki beberapa fitur seperti rating resep, report resep, dan komen resep. Admin juga memiliki peran seperti mevalidasi resep bila user melakukan post resep, menghapus resep, memvalidasi query expansion, dan menambah serta menghapus kategori. Uji coba dilakukan dengan menghitung precision, recall, dan f-measure serta waktu pencarian dari hasil pencarian. Uji coba juga dilakukan terhadap nilai precision, recall, dan f-measure sebelum melakukan query expansion serta sesudah melakukan query expansion. Dari uji coba yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa pencarian sudah relevan. Kata kunci: website resep masakan, pencarian resep masakan, information retrieval, cosine similarity Abstract – Website for finding food recipe in Indonesian language already many but the search result sometimes not show relevance recipe, can duplicate the recipe, and don’t have query expansion. For the same recipe but different people can make user confused which recipes are good. Making website for finding food recipe using cosine similarity and rating for finding relevant recipes with keyword. System can expand user’s query(query expansion) using top-k retrieval method. User can edit and erase the query expansion if there’s any wrong query expansion. Website have post recipe feature where user can save their recipes. Website has categories too where categories can be add or removed by admin. Website has feature like report recipe, rating recipe, and comment recipe. Admin’s job is to validate user’s recipe, remove recipe from website, validate query expansion, and add and remove categories. Test runs for finding precision, recall, and f-measure and time when searching. Test runs done for finding precision, recall, and f-measure before using query expansion and after using query expansion. From the result of the test, get conclusion that the searching function already relevant. Keywords: food recipe website, finding food recipe, information retrieval, cosine similarity

Performance evaluation of unified medical language system®'s synonyms expansion to query PubMed

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>PubMed is the main access to medical literature on the Internet. In order to enhance the performance of its information retrieval tools, primarily non-indexed citations, the authors propose a method: expanding users' queries using Unified Medical Language System' (UMLS) synonyms i.e. all the terms gathered under one unique Concept Unique Identifier.</p> <p>Methods</p> <p>This method was evaluated using queries constructed to emphasize the differences between this new method and the current PubMed automatic term mapping. Four experts assessed citation relevance.</p> <p>Results</p> <p>Using UMLS, we were able to retrieve new citations in 45.5% of queries, which implies a small increase in recall. The new strategy led to a heterogeneous 23.7% mean increase in non-indexed citation retrieved. Of these, 82% have been published less than 4 months earlier. The overall mean precision was 48.4% but differed according to the evaluators, ranging from 36.7% to 88.1% (Inter rater agreement was poor: kappa = 0.34).</p> <p>Conclusions</p> <p>This study highlights the need for specific search tools for each type of user and use-cases. The proposed strategy may be useful to retrieve recent scientific advancement.</p

Збільшення ширини кератинізованих ясен та товщини м’яких тканин у периімплантатній ділянці: аналітичне опрацювання даних та результатів систематичних оглядів

Summary. The difference in the structure of soft tissues around dental implants in comparison with the structure of periodontium around teeth, which is determined in particular by the parallel orientation of the fibers relative to the surface of the transmucosal abutment and other characteristics, to some extent reduces the protective potential of peri-implant soft tissue barrier, that in specific clinical conditions and at the corresponding indications substantiates expediency for carrying out various types of augmentation interventions. The aim of the study – to analyze the data of systematic reviews and associated studies, which highlight the results of increasing the width of keratinized gingiva and soft tissue thickness in the peri-implant area using appropriate methods of intervention and approaches for the target selection of the latter. Materials and Methods. Due to the objective of the study search was carried out in the Google Scholar search database and the electronic database PubMed, where scientific publications were searched by keywords (“keratinized gingiva”, “keratinized mucosa”, “width”, “soft tissue”, “thickness”, “peri-implant”, “systematic review”, “treatment method”) and Mesh terms respectively (search algorithm: implant [All Fields] AND keratinized [All Fields] AND (“systematic review”[Publication Type] OR “systematic reviews as topic” [MeSH Terms] OR “systematic review” [All Fields]) AND (“therapy” [Subheading] OR “therapy” [All Fields] OR “treatment” [All Fields] OR “therapeutics” [MeSH Terms] OR “therapeutics” [All Fields])). Results and Discussion. The analysis of systematic reviews confirmed that the success of the performed soft tissue augmentation really depends on the peculiarities of manipulation and the specifics of the materials used. When planning a soft tissue augmentation procedure to increase the width of keratinized gingiva and soft tissue thickness in the peri-implant area, it is advisable to take into account the clinical recommendations of the Osteology Foundation consensus from 2018 and the algorithm for differentiated choice of intervention method proposed by Bassetti. Conclusions. After processing data obtained from systematic reviews and associated studies, which presented the results of increasing the width of keratinized gums and soft tissue thickness by using different approaches for soft tissue augmentation in the peri-implant area, it was found that the use of apically and coronally displaced flaps respectively in combination with autogenous connective tissue grafts or free gingival grafts characterized by the highest level of long-term outcomes predictability. The data obtained during the analysis is insufficient for statistically argumentation of higher efficiency of one of the analyzed methods compared to others, which is also justified by the heterogeneity of the designs among the all analyzed studies and the use of different types of criteria for assessing keratinized gingiva width and soft tissue thickness increase.Резюме. Отличие в особенностях строения мягких тканей вокруг дентальных имплантатов, по сравнению со структурой пародонта собственных зубов, определяемое в том числе параллельной ориентированностью волокон по отношению к поверхности трансмукозного абатмента и другими характеристиками, что в некоторой степени снижает защитный потенциал периимплантантного мягкотканного барьера, в специфических клинических условиях при соответствующих показаниях обосновывает целесообразность проведения различных типов аугментационных вмешательств. Цель исследования – проанализировать данные систематических обзоров и ассоциированных исследований, в которых отражены результаты увеличения ширины кератинизованных десен и толщины мягких тканей в периимплантатной области при использовании соответствующих методов вмешательства и подходы к целевому выбору последних. Материалы и методы. В соответствии с поставленной целью исследования в поисковой базе Google Scholar и электронной базе данных PubMed осуществлялся поиск научных публикаций по ключевым словам («keratinized gingiva», «keratinized mucosa», «width», «soft tissue», «thickness», «peri-implant», «systematic review», «treatment method») и Mesh-терминам соответственно (алгоритм поиска: implant [All Fields] AND keratinized[All Fields] AND («systematic review»[Publication Type] OR «systematic reviews as topic»[MeSH Terms] OR «systematic review»[All Fields]) AND («therapy»[Subheading] OR «therapy» [All Fields] OR «treatment»[All Fields] OR «therapeutics»[MeSH Terms] OR «therapeutics»[All Fields])). Результаты исследований и их обсуждение. Проведенный анализ систематических обзоров подтвердил, что успешность проведенной мягкотканной аугментации действительно зависит от особенностей манипуляции и специфики применяемых материалов. В ходе планирования проведения процедуры мягкотканевой аугментации с целью увеличения ширины кератинизованных десен и толщины мягких тканей в периимплантатной области целесообразно учитывать клинические рекомендации консенсусного решения Osteology Foundation от 2018 г. и алгоритм дифференцированного выбора метода вмешательства по Bassetti. Выводы. После обработки данных систематических обзоров и ассоциированных исследований, в которых были приведены результаты увеличения ширины кератинизованных десен и толщины мягких тканей после применения различных подходов к мягкотканной аугментации в периимплантатной области, было установлено, что реализация техник апикально и коронально смещенных лоскутов соответственно в сочетании с аутогенными соединительнотканными трансплантатами или свободными десневыми графтами характеризуется высоким уровнем долгосрочной прогнозируемости результатов. Полученные в ходе анализа данные недостаточны для статистического обоснования более высокой эффективности одного из методов, по сравнению с другими, что также обоснованно гетерогенностью дизайнов проанализированных исследований и использованием различных видов критериев оценки прироста ширины кератинизованных десен и толщины мягких тканей.Резюме. Відмінність в особливостях будови м’яких тканин навколо дентальних імплантатів,&nbsp; порівняно зі структурою пародонта власних зубів, що визначається, зокрема паралельною орієнтованістю волокон відноcно поверхні трансмукозного абатмента та іншими характеристиками, &nbsp;певною мірою знижує захисний потенціал периімплантатного м’якотканинного бар’єра, що в специфічних клінічних умовах при відповідних показаннях обґрунтовує доцільність проведення різних типів аугментаційних втручань. Мета дослідження – проаналізувати дані систематичних оглядів та асоційованих досліджень, в яких висвітлено результати збільшення ширини кератинізованих ясен та товщини м’яких тканин у периімплантатній ділянці при використанні відповідних методів втручання та підходи до цільового вибору останніх. Матеріали і методи. &nbsp;Відповідно до поставленої мети дослідження в пошуковій базі Google Scholar та електронній базі даних PubMed здійснювався пошук наукових публікацій за ключовими словами («keratinized gingiva», «keratinized mucosa», «width», «soft tissue», «thickness», «peri-implant», «systematic review», «treatment method») та Mesh-термінами відповідно (алгоритм пошуку: implant[All Fields] AND keratinized[All Fields] AND («systematic review»[Publication Type] OR «systematic reviews as topic»[MeSH Terms] OR «systematic review»[All Fields]) AND («therapy»[Subheading] OR «therapy»[All Fields] OR «treatment»[All Fields] OR «therapeutics»[MeSH Terms] OR «therapeutics»[All Fields])). Результати досліджень та їх обговорення. Проведений аналіз систематичних оглядів підтвердив, що успішність проведеної м’якотканинної аугментації дійсно залежить від особливостей маніпуляції та специфіки застосовуваних матеріалів. У ході планування проведення процедури м’якотканинної аугментації з метою збільшення ширини кератинізованих ясен та товщини м’яких тканин в периімплантатній ділянці доцільно враховувати клінічні рекомендації консенсусного рішення Osteology Foundation від 2018 р. та алгоритм диференційованого вибору методу втручання за Bassetti. Висновки. Після опрацювання даних систематичних оглядів та асоційованих досліджень, в яких було наведено результати збільшення ширини кератинізованих ясен та товщини м’яких тканин після застосування різних підходів до м’якотканинної аугментації у периімплантатній ділянці, й встановлено, що реалізація технік апікально та коронально зміщених клаптів відповідно до комбінації із аутогенними сполучнотканинними трансплантатами або вільними ясенними графтами характеризується найвищим рівнем довгострокової прогнозованості результатів. Отримані в ході аналізу дані є недостатніми для статистичного обґрунтування вищої ефективності одного з методів,&nbsp; порівняно з іншими, що також обґрунтовано гетерогенністю дизайнів проаналізованих досліджень та використанням різних видів критеріїв оцінки приросту ширини кератинізованих ясен та товщини м’яких тканин

Exploring unsupervised query paraphrasing to identify relevant search phrases for a literature review

Literature databases have multifaceted search options, but emerging research areas do not have an established terminology and therefore it is difficult to find relevant literature when conducting a review. This study aimed to explore if an unsupervised paraphrasing approach is useful in identifying relevant search phrases for a literature review on an emerging research topic – situational leadership in critical care. Using an initial set of 12 search phrases, the system was used to propose additional phrases, which were manually classified and further used in an expanded PubMed database search. Finally, we assessed the papers found with the expanded search and compared this to the initial search results. As a result, the expanded search more than tripled the search results, from 182 to 673 papers. The expanded search also more than tripled the number of relevant papers, from 12 in the original search to 39 in the expanded search.</p