Étude de l’hétérogénéité génétique de la leucémie myéloïde aigue par analyse scRNA-seq.

Les leucémies myéloïdes aiguës (LMA) sont un groupe de cancers résultant de la différenciation anormale et incomplète des cellules souches et progénitrices hématopoïétiques (HSPC), suite à l'acquisition séquentielle de diverses anomalies génétiques et cytogénétiques. Ce processus se reflète probablement dans l'hétérogénéité cellulaire de la LMA mais reste mal caractérisé. Les technologies de séquençage de l'ARN sur cellule unique (scRNA-seq) ont permis d'explorer l'hétérogénéité phénotypique. Cependant, déduire l'hétérogénéité génotypique telle que les variantes sous-clonales d'un seul nucléotide (SNV) et les variations du nombre de copies (CNV) est très difficile en partie à cause de la rareté des données. Pour résoudre ce problème, nous avons développé un classificateur de forêt aléatoire pour annoter les cellules LMA. Nous avons développé un pipeline pour identifier les mutations liées à la LMA qui peuvent être détectées dans scRNA-seq. Nous avons combiné les données scRNA-seq avec les données de séquençage en « Bulk » d'exome appariées tumoraux et sains des mêmes échantillons pour définir la sous-structure clonale dans ces échantillons. Nous avons appliqué notre classificateur à plus de 130K cellules obtenues à partir de 20 patients LMA en utilisant le système 10X Genomics Chromium. Nous avons identifié 35 types cellulaires distincts, y compris un grand nombre de cellules de type HSPC. Dans cette cohorte, nous avons remarqué que des mutations dans les gènes NPM1, U2AF1, SMC3, EZH2, RAD21 et KRAS peuvent être détectées dans les données scRNA-seq à des occurrences allant de 0,02 % à 75 % de cellules mutées par échantillon. Dans huit échantillons, nous avons identifié des sous-populations de cellules tumorales portant de grandes CNV telles que les aneuploïdies des chromosomes 5 et 7. Ces aneuploïdies sont récurrentes et pertinentes sur le plan pronostique dans la LMA. Notre travail fournit un outil de recherche unique pour étudier la relation entre la diversité phénotypique et génotypique ; offrant de nouvelles perspectives sur le développement de la leucémie.Acute myeloid leukemias (AML) are a group of cancers resulting from the abnormal and incomplete differentiation of hematopoietic stem and progenitor cells (HSPC), following the sequential acquisition of various genetic and cytogenetic abnormalities. This process is likely reflected in the AML cellular heterogeneity but it remains poorly characterized. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technologies enabled the exploration of phenotypic heterogeneity. However, inferring the genotypic heterogeneity such as subclonal single nucleotide variants (SNV) and copy number variations (CNV) is highly challenging partly because of data sparsity. To address this, we developed a random forest classifier to annotate AML cells. We developed a pipeline to identify which of the known AML driver mutations can be detected in scRNA-seq. We combined scRNA-seq data with bulk tumoral and germline exomes data from the same samples to define the clonal substructure in these samples. We applied our classifier to over 130K cells obtained from 20 AML patients using the 10X Genomics Chromium system. We identified 35 distinct cell types including large numbers of HSPClike. In this cohort, we noticed that mutations in NPM1, U2AF1, SMC3, EZH2, RAD21 and KRAS genes can be detected in scRNA-seq data at occurrences ranging from 0.02% to 75% of mutated cells per sample. In eight samples, we identified sub-populations of tumor cells carrying large CNVs such as aneuploidies of chromosomes 5 and 7. These aneuploidies are recurrent and prognostically relevant in AML. Our work provides a unique research tool to investigate the relationship between phenotypic and genotypic diversity; offering novel insights into leukemia development

La créativité en situation de crise : constats et enseignements tirés des pratiques d'une entreprise pendant la révolution tunisienne

Notre époque est submergée par les situations de crise qu'elles soient technologiques, économiques, etc. Pour y faire face plusieurs chercheurs en management se sont penchés sur le sujet. Ces derniers cherchent à travers leurs travaux à caractériser les modèles managériaux dans ces différentes situations. Toutefois, les crises actuelles ne sont plus de simples brèches qui nécessitent des réponses opérationnelles ou des modèles bien définis. La réponse aux différentes crises de notre époque nécessite de la créativité qui, à son tour, exige un modèle managérial bien particulier. Ainsi, dans le cadre de notre recherche, nous avons décidé de nous intéresser à ce sujet, en étudiant tout particulièrement le cas d'une entreprise tunisienne qui a survécu aux évènements du 14 janvier qu'a connu le pays, à savoir : le printemps arabe. Tout d'abord, nous présentons les différentes définitions de la révolte et la révolution. En caractérisant la situation de Printemps Arabe au regard des concepts existants dans la littérature (crise, rupture, etc.), une compréhension sous un angle managérial est possible. Une fois le contexte défini, nous nous intéressons aux différents modèles managériaux définis dans la littérature pour y faire face en se focalisant en particulier sur le management de la créativité organisationnelle. Plusieurs modèles de créativité organisationnelle sont présentés. Nous proposons d'analyser un cas d'entreprise sur le terrain tunisien à partir d'un modèle de management de la créativité intégrant trois composantes à savoir : 1) les pratiques managériales, 2) le climat organisationnel et 3) les ressources organisationnelles d'une entreprise créative. Notre étude de cas porte sur une PME Tunisienne composée de 20 employés. Et notre collecte de données est réalisée à travers 14 entrevues semi dirigées, l'observation non participante et le recueil de données secondaires. L'analyse des résultats de notre recherche montrent que l'entreprise a survécu à une situation de crise qui a évolué vers une situation managériale de rupture grâce au management de la créativité et en particulier à des pratiques managériales et un climat organisationnel favorables à la créativité organisationnelle. Notre recherche nous a aussi permis de révélé que certaines caractéristiques de la génération Y relatives à la culture Internet et l'individualisme de singularité pourraient avoir joué un rôle dans le management de la créativité organisationnelle pour faire aux situations managériales de crise et de rupture.\ud ______________________________________________________________________________ \ud MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Crise, Rupture, Créativité, Créativité organisationnelle, Managemen

Evolution des mécanismes de formation des asymétries habénulaires chez les gnathostomes : la petite roussette, Scyliorhinus canicula, comme référence

Les habénulas sont des structures épithalamiques bilatérales, retrouvées chez tous les vertébrés. Une de leurs particularités est qu'elles présentent des asymétries marquées entre la droite et la gauche chez un grand nombre d'espèces, ce qui en fait un modèle de référence pour l'étude des asymétries du système nerveux central des vertébrés. Jusqu'ici, la nature des asymétries habénulaires et les mécanismes responsables de leur formation ont été étudiés principalement chez le poisson-zèbre. Mon projet de thèse a visé à caractériser ces asymétries ainsi que leurs mécanismes de formation chez un chondrichtyen, la petite roussette Scyliorhinus canicula, puis à utiliser ces données comme référence pour préciser leur évolution chez les gnathostomes. La stratégie expérimentale a reposé sur trois approches complémentaires, (1) une caractérisation moléculaire des habénulas de roussette au cours de leur développement par étude de gènes candidats, (2) une analyse transcriptomique des asymétries, complétée par des études d'expression in situ, et (3) des analyses expérimentales des mécanismes impliqués dans leur formation. J'ai ensuite utilisé ces données pour une étude comparée, à la fois expérimentale et bibliographique, des asymétries habénulaires chez un spectre large de gnathostomes, comprenant les modèles génétiques traditionnels, souris et poisson-zèbre, mais également des espèces non conventionnelles choisies pour leur position phylogénétique, le xénope, X. tropicalis, deux actinoptérygiens, Erpetoichthys calabaricus et Lepisosteus oculatus, et un holocéphale Callorhinchus milii. Ce travail met en évidence des asymétries neurogénétiques très marquées dans les habénulas embryonnaires de roussette, ainsi qu'une organisation en sous-domaines fortement asymétrique de l'organe différencié. L'analyse des mécanismes impliqués met en évidence une régulation temporelle asymétrique de la neurogenèse et des choix de différenciation neuronale, impliquant les voies Nodal et Wnt canonique. La comparaison de ces données à l'échelle des gnathostomes permet de préciser le mode d'évolution des asymétries habénulaires, et suggère des pertes indépendantes chez les actinoptérygiens et les sarcoptérygiens. Ces diversifications pourraient être liées à une implication conservée de la voie Wnt dans l'élaboration des identités neuronales dans l'épithalamus et des variations de la régulation de cette activité dans le temps et l'espace.Habenulae are bilateral epithalamic structures found in all vertebrates. One of their specificities is that they exhibit marked asymmetries along the left/right axis in many species, which makes them a reference model for the study of asymmetries in the vertebrate central nervous system. So far, the nature of habenular asymmetries and the mechanisms responsible for their formation have been primarily investigated in the zebrafish. My thesis project aimed at a characterisation of these asymmetries and their formation mechanisms in a chondrichthyan, the catshark Scyliorhinus canicula, and the exploitation of these data as a reference to gain insight into their mode of evolution in gnathostomes. The experimental strategy relied on three complementary approaches, (1) a molecular description of developing catshark habenulae by a candidate gene analysis, (2) a transcriptomic characterisation of asymmetries, complemented by in situ expression studies, and (3) experimental analyses of the mechanisms involved in their formation. I then used these data for a comparative study, both experimental and bibliographic, of habenular asymmetries in a broad range of gnathostomes, including traditional genetic models, such as the mouse, and zebrafish, as well as unconventional species chosen for their phylogenetic position, the xenopus, Xenopus tropicalis, two actinopterygians, Erpetoichthys calabaricus and Lepisosteus oculatus, and a holocephalan, Callorhinchus milii. This work highlights the presence of marked neurogenetic asymmetries in the catshark embryonic habenulae, as well as a highly asymmetrical subdomain organisation of the differentiated organ. Analysis of underlying mechanisms reveals an asymmetric temporal regulation of neurogenesis and of neuronal differentiation choices, involving Nodal and canonical Wnt pathways. Comparisons across gnathostomes provide new insights into the mode of evolution of habenular asymmetries, suggesting independent losses in actinopterygians and sarcopterygians. These diversifications could be related to a conserved involvement of Wnt pathway in the elaboration of neuronal identities in the epithalamus, and to variations in the regulation of this activity in time and space

Idéologies linguistiques dans l'enseignement et l’apprentissage du suédois et du finnois: Etude ethnographique en contexte universitaire en France, en Suède et en Finlande

Väitöskirjani käsittelee ruotsin ja suomen kielen opiskelijoiden ja opettajien diskursseista esiin nousseita kieli-ideologioita. Tutkin tapoja, joilla vallitsevat syntyperäisyyden, yksikielisyyden ja oikeaoppisuuden kieli-ideologiat heijastuvat osallistujien oppimis- ja opetusprosessiin Suomessa, Ruotsissa ja Ranskassa. Analysiini perustuu kokoamaani aineistoon ja koostuu 90 puolistrukturoidusta teemahaastattelusta, 109 kyselylomakkeesta sekä osallistuvasta havainnoinnista 22 opetusryhmässä 1-2 kk ajalta. Tutkimustulokseni osoittavat, että osallistujat ovat ko. kolmessa maassa omaksuneet syntyperäisyyden ideologian ja nojaavat yhä oletetun yksikielisen natiivipuhujan malliin. Tämä vakinaistunut ajattelutapa rajoittaa oppijoiden mahdollisuuksia identifioida itsensä positiivisella tavalla legitiimiksi kohdekielen puhujaksi. Jotta kielenoppijat voisivat kokea itsensä monikielisinä ja osaavina puhujina, voi olla suotavaa, että vallitsevia ajattelutapoja muutetaan ja lakataan kategorisoimasta oppijoita pelkästään toisen kielen käyttäjinä, joiden kielitaito on puutteellinen.Ce travail porte sur les idéologies linguistiques émergées dans les discours des étudiants universitaires de suédois et de finnois L2 et de leurs enseignants. Nous étudions comment les idéologies dominantes d’autochtonie, de monolinguisme et de langue standard se reflètent sur le processus didactique des participants en Finlande, en Suède et en France. Notre corpus se compose de 90 entretiens semi-directifs thématiques et de 109 questionnaires-filtre accompagnés des observations participantes dans 22 cours de langue d’une durée de 1-2 mois. Nos résultats indiquent que les participants des trois pays ont intériorisé l’idéologie d’autochtonie et restent accrochés au modèle linguistique du natif monolingue éduqué. Cette idéologie délimite une identification positive par les apprenants comme membre actuel ou futur de communauté linguistique cible. Pour que les apprenants puissent se développer une identité plurilingue d’un locuteur légitime, il peut être nécessaire de faire évoluer la catégorisation des apprenants comme simples usagers de L2 avec l’idée d’un apprenant à vie possédant une compétence déficitaire

Impact des variants génétiques sur la réponse immunitaire des populations humaines

Les mécanismes impliqués dans les variations de susceptibilité aux infections bactériennes entre individus et populations demeurent méconnus. Durant mon doctorat, j’ai mis à jour l’existence de profondes différences dans la réponse immunitaire entre individus d’origine Africaine et Européenne. Nous avons observé que 34% des gènes exprimés par les macrophages montrent au moins un type de différence transcriptionnelle entre populations : au niveau de l’expression totale du gène (30%), à sa réponse lors de l’infection (9.3%) ou, plus rarement, au niveau des proportions d’isoformes (1%). Les individus d’origine Africaine semblent disposer d’une réponse inflammatoire exacerbée ainsi que d’une capacité plus importante à détruire les bactéries intracellulaires. Une large proportion de ces différences sont sous le contrôle de variants génétiques : pour 804 gènes, plus de 75% des différences d’expression entre populations peuvent être expliquées par un unique variant génétique en cis ou en trans. Parmi ces variants, j’ai identifié un enrichissement en signatures de sélection naturelle suggérant que des pathogènes ont exercé des pressions sur le génome de notre espèce et ont ainsi participé à l’adaptation de notre espèce à son environnement. Notre métissage avec l’homme de Néandertal a également joué un rôle important dans l’adaptation des populations non-Africaines aux nouveaux environnements pathogéniques auxquels l’homme moderne a été confronté lorsqu’il a quitté l’Afrique pour coloniser le reste du monde.The mechanisms that explain inter-individual and population differences in susceptibility to infectious diseases remain poorly understood. During my PhD, I uncovered important variabilities in the immune response to pathogens between individuals of African and European descent. We observed that 34% of genes expressed in macrophages show at least one type of ancestry-related transcriptional divergence, whether in the form of differences in gene expression (30%), the transcriptional response to infection (9.3%), or, less commonly, differences in isoform usage (1%). African ancestry also specifically predicts a stronger inflammatory response and reduced intracellular bacterial growth. A large proportion of these differences are under genetic control: for 804 genes, more than 75% of ancestry effects on the immune response can be explained by a single cis- or trans-acting expression quantitative trait locus (eQTL). Among those variants, I identified several signatures of natural selection suggesting that pathogens were involved in the adaptation of our species to fluctuating pathogenic realities, contributing therefore to the recent evolution of our immune system. I also showed that admixture between our species and Neandertals played a significant role in the adaptation of non-African populations to the new pathogenic environments modern humans had to face when leaving the Africa to colonize the globe

Socialisations langagières, tension identitaires et investissement

This study aims to explore the relationships that can be established between identity tensions affecting a learner of French in an alloglotte context, its investment in the appropriation of the language and the contacts that can be established with the target language, the latter constituting a necessary mediation for a successful appropria tion. The empirical analysis is based on data concerning an Austrian living in French-speaking Switzerland and taking courses in an academic context

Internet, un levier pour l'engagement jeunesse, la mobilisation et la solidarité? : une étude de cas en Bolivie, au Pérou et au Québec

Avec l'avènement des TIC, plusieurs acteurs de la société civile se questionnent sur la manière dont les jeunes s'engagent. Aujourd'hui, l'engagement est plus flottant et détaché des obligations institutionnelles. L'engagement peut se traduire par des gestes concrets posés au quotidien (consommation responsable, recyclage, etc.) ou par un simple clic sur le Web (signature d'une pétition électronique, adhérer à un groupe sur Facebook), etc. Cette recherche porte sur la manière dont Internet pourrait contribuer à l'engagement jeunesse, la mobilisation et la solidarité. Dans un contexte de coopération internationale et à partir de groupes focus, ainsi que de techniques de réflexion participatives, cette étude explore la manière dont les jeunes boliviens, péruviens et québécois de 15 à 30 ans perçoivent la relation qui pourrait exister entre leur engagement, la mobilisation, la solidarité et l'usage qu'ils font d'Internet. Il s'agit également de comprendre la place qu'Internet occupe et son rôle dans les projets et activités des jeunes engagés au Nord et au Sud. Pour les jeunes interrogés, Internet est une sorte de bibliothèque virtuelle, un outil qui leur permet de diffuser leurs actions citoyennes et à la fois de trouver des opportunités d'engagement. C'est également un outil de travail qui facilite la coordination et l'organisation d'événements solidaires. Cependant, pour certains jeunes, l'usage du cellulaire serait plus approprié, car leur accès à Internet est limité. Effectivement, Internet ne serait qu'un outil et non une finalité. Cette technologie viendrait renforcer un engagement préexistant chez les jeunes. Par ailleurs, les résultats de cette recherche démontrent à quel point Internet est un vecteur de la solidarité. Il permet aux jeunes de socialiser, de maintenir des contacts et de créer des liens sociaux malgré la distance, les différences culturelles et les conditions socio-économiques divergentes. De plus, Internet faciliterait la mobilisation. Finalement, ce sont les relations interpersonnelles, la communication humaine et en face à face qui semblent marquer davantage les jeunes dans leurs actions d'engagement citoyen. Toutefois, il existe un besoin de se couper du monde. Revenir au monde, c'est redevenir présent dans le virtuel. Cette étude conclut qu'Internet est un outil et qu'il est un levier important en matière d'engagement jeunesse, de mobilisation et de solidarité. Elle souligne également l'omniprésence d'Internet dans la vie des jeunes, mais en même temps à quel point ils ressentent le besoin d'établir davantage de contacts humains sans qu'ils soient médiatisés par un écran d'ordinateur. Cette recherche suggère aux organisations qui travaillent auprès des jeunes de développer des stratégies d'éducommunication et des processus de consultation pour faire en sorte que l'intégration des TIC dans leurs programmations réponde réellement à leurs besoins. Finalement, il serait également important de réfléchir à la distance qui existe entre la possibilité technique et la réalité vécue. \ud ______________________________________________________________________________ \ud MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : usage, TIC, jeunes, engagement, mobilisation, solidarité

Modélisation de réseaux d'interactions des microARN et analyse et validation expérimentale de leurs boucles minimales avec des facteurs de transcription

Les microARN (miARN) sont de petits ARN non-codants qui répriment la traduction de leurs gènes cibles par hybridation à leur ARN messager (ARNm). L'identification de cibles biologiquement actives de miARN est cruciale afin de mieux comprendre leurs rôles. Ce problème est cependant difficile parce que leurs sites ne sont définis que par sept nucléotides. Dans cette thèse je montre qu'il est possible de modéliser certains aspects des miARN afin d'identifier leurs cibles biologiquement actives à travers deux modélisations d'un aspect des miARN. La première modélisation s'intéresse aux aspects de la régulation des miARN par l'identification de boucles de régulation entre des miARN et des facteurs de transcription (FT). Cette modélisation a permis, notamment, d'identifier plus de 700 boucles de régulation miARN/FT, conservées entre l'humain et la souris. Les résultats de cette modélisation ont permis, en particulier, d'identifier deux boucles d'auto-régulation entre LMO2 et les miARN miR-223 et miR-363. Des expériences de transplantation de cellules souches hématopoïétiques et de progéniteurs hématopoïétiques ont ensuite permis d'assigner à ces deux miARN un rôle dans la détermination du destin cellulaire hématopoïétique. La deuxième modélisation s'intéresse directement aux interactions des miARN avec les ARNm afin de déterminer les cibles des miARN. Ces travaux ont permis la mise au point d'une méthode simple de prédiction de cibles de miARN dont les performances sont meilleures que les outils courant. Cette modélisation a aussi permis de mettre en lumière certaines conséquences insoupçonnées de l'effet des miARN, telle que la spécificité des cibles de miARN au contexte cellulaire et l'effet de saturation de certains ARNm par les miARN. Cette méthode peut également être utilisée pour identifier des ARNm dont la surexpression fait augmenter un autre ARNm par l'entremise de miARN partagés et dont les effets sur les ARNm non ciblés seraient minimaux.microRNAs (miRNAs) are small non coding RNAs that repress the translation of their target genes by pairing to their messenger RNA (mRNA). The identification of miRNAs' biologically active targets is a difficult problem because their binding sites are defined by only seven nucleotides. In this thesis, I show that it is possible to model specific aspects of miRNAs to identify their biologically active targets through two modeling of each one aspect of miRNAs. The first modeling considers the miRNAs regulations through the identification of regulatory loops between miRNAs and transcription factors (TFs). Through this modeling, we identified over 700 miRNA/TF regulatory loops conserved between human and mouse. With the results of this modeling, we were able to identify, in particular, two regulatory loops between LMO2 and the miRNAs miR-223 and miR-363. Using hematopoietic stem cells and progenitor cells transplantation experiment we showed that miR-223 and miR-363 are involved in hematopoietic cell fate determination. The second modeling focuses directly on the interaction between miARN and messenger RNA (mRNA) to determine the miRNA targets. With this work, we developed a simple method for predicting miRNA targets that outperforms the current state of the art tool. This modeling also highlighted some unsuspected consequences of miRNA effects such as the cell context specificity and the saturation of mRNA targets by miRNA. This method can also be used to identify mRNAs whose overexpression increases the expression level of another mRNA through their shared miRNA and whose global effects on other genes are minimal