Comparación entre el potencial de las regiones variables del 16S rDNA para la identificación de Lactobacillus spp. (Lactobacilliaceae)

El 16s rDNA es utilizado para la identificación bacteriana dada su tasa de variación entre especies. Algunas de las regiones variables de la subunidad ribosomal son más informativas que otras por lo cual en este estudio se evalúa el potencial de identificación aportado por cada región y combinaciones entre ellas. Se extrajeron las regiones variables V1 a la V8 del 16s rDNA de diferentes cepas y especies de Lactobacillus y se analizaron mediante los paquetes de STAP (ss-RNA Taxonomy Assigning Pipeline) y RDP (Ribosomal Database Project) multiclassifier. Adicionalmente se evaluaron árboles filogenéticos de máxima verosimilitud. Nuestros resultados muestran que la mayoría de regiones variables logran dar una correcta clasificación hasta género, sin embargo no son suficientes para clasificar hasta especie usando STAP. La región que presenta el mayor número de amplímeros es V5V6, sin embargo es la que presenta la mayor cantidad de falsos negativos. La que presenta el mayor número de verdaderos positivos es V1V3 (especie) para STAP y V5V8(género) para RDP. Las filogenias evaluadas mostraron que la topología de referencia se puede obtener con diferentes combinaciones de regiones variables e.g., V1V3 y V1V8. El estudio experimental de las cepas contenidas en un tampón comercial mostró que el amplicón V1V8 y el V1V3 dan una misma clasificación correcta. Proponemos la región V1V3 como la región mínima para clasificación correcta de Lactobacillus spp.. En conclusión, la región mínima para clasificar especies del género Lactobacillus es la V1V3, la cual es útil para estudios metagenómicos de muestras de probióticos.16s rDNA is used for bacterial identification because its variation rate between species allows differentiation. The gene for this ribosomal subunit has 9 variable regions and some of them give more information than others. We were interested in evaluating the potential for species identification of each region and their combinations. We extracted the V1 to V8 regions of 16s rDNA from different strains and species of Lactobacillus and analyzed them using STAP (ss-RNA Taxonomy Assigning Pipeline) and RDP (Ribosomal Database Project) multiclassifier packages. Phylogenetic trees obtained by maximum likelihood analyses were compared. Classification results show that many regions give the correct genus classification using RDP and STAP, however they are not enough to classify up to the level of species. V5V6 region presents the highest quantity of informative fragments but also present the highest rate of false negatives. V1V3 region presents the highest rate of true positives (species) using STAP and the region V5V8 in RDP (genus).The phylogenetic result shows that the reference topology could be obtained using different combination of regions as V1V3 and V1V8.The experimental validation was done using commercial strains from a probiotic tampon. Sequencing analysis show that the V1V3 region gives the same information and result as the complete 16s rDNA; the three isolated strains correspond to the strains indicated in the product. We conclude that the V1V3 region is the minimum required region to classify Lactobacillus spp. in the correct way and this region is useful in metagenomics to analyze probiotics samples

Lectura de contexto y abordaje psicosocial desde los enfoques narrativos. Popayán, Medellín y La Sierra Cauca.

… «cuando llegaron los paramilitares y le dieron a la gente 24 horas para desocupar el territorio donde estábamos. Me tocó correr con ellas, acosando, porque había mucha gente corriendo. Dejamos casa, gallinas, marranos: todo lo dejé por allá perdido. Eso fue muy triste…cuando íbamos a tomar chocolatito, llegaron los paras y me preguntaron qué hacía ahí. Yo pensaba que nos iban a matar, a nosotras que no debíamos nada». (Relato tomado del libro Voces: historias de violencia y esperanza en Colombia.) La violencia sociopolítica que ha vivido Colombia ha generado no solo en el colectivo sino en lo individual daños psicológicos, físicos y materiales en las comunidades sin medir su origen, religión, etnia, edad, condición política, etc. Las dificultades que se han vivido han generado malestar obstruyendo el proyecto de vida de comunidades y personas prevaleciendo la injusticia y la destrucción de sueños y posibilidades de vida. El conflicto armado ha generado el desplazamiento forzado, la mutilación por minas personales y hasta la muerte, masacres y toda una cadena de sufrimientos afectando gravemente al país. Este trabajo contiene reflexiones acerca de algunos casos reales que han vivido las victimas los cuales nos posicionan como estudiantes de psicología frente a la realidad de las víctimas, sus vivencias y realidades. Es entender como desde la perspectiva narrativa como técnica de acompañamiento es posible que la acción psicosocial permita el abordaje mediante la propuesta de estrategias adecuadas para facilitar la potencialización de las víctimas y de esta manera los afrontamientos frente a sus situaciones de dolor sean superadas permitiendo una vida digna, llena de esperanza y puedan avanzar hacia nuevos caminos de tranquilidad y superación colectiva, familiar e individual. La aplicación de esta técnica permite profundizar en nuestro quehacer profesional y lograr de esta manera contribuir a la recuperación de tejido social que tanto necesita nuestro país.«when the paramilitaries arrived and gave the people 24 hours to vacate the territory where we were. I had to run with them, harassing them, because there were a lot of people running. We left house, chickens, pigs: everything I left there was lost. That was very sad ... when we were going to take chocolate, the paramilitaries arrived and asked me what I was doing there. I thought they were going to kill us, we did not owe anything. " (Story taken from the book Voices: stories of violence and hope in Colombia.) The sociopolitical violence that Colombia has experienced has generated not only in the collective but in the individual psychological, physical and material damages in the communities without measuring their origin, religion, ethnicity, age, political condition, etc. The difficulties that have been experienced have generated discomfort obstructing the life project of communities and people, prevailing injustice and the destruction of dreams and life possibilities. The armed conflict has generated forced displacement, mutilation by personal mines and even death, massacres and a whole chain of suffering seriously affecting the country. This work contains reflections about some real cases that the victims have lived which position us as students of psychology in face of the reality of the victims, their experiences and realities. It is to understand how from the narrative perspective as a support technique it is possible that the psychosocial action allows the approach by proposing adequate strategies to facilitate the empowerment of the victims and in this way the confrontations facing their pain situations are overcome allowing a life worthy, full of hope and can move towards new paths of tranquility and collective, family and individual improvement. The application of this technique allows us to deepen our professional work and in this way contribute to the recovery of the social fabric that our country so badly needs

Capitulo 6. Ciencias Administrativas, Contables, Económicas y de Negocio

La informalidad laboral es uno de los principales problemas que aquejan a la economía colombiana, según el DANE “para el trimestre marzo – mayo de 2019 la proporción de ocupados informales fue del 48, 1%, resultados que arrojó un estudio en 23 ciudades y áreas metropolitanas principales del País” (p4). Ese casi 50% de informalidad, por supuesto que es un problema de gran significancia de afectación para cualquier economía, ya que este es uno de los flagelos que reduce la productividad de un País, por ende, afecta su crecimiento y desarrollo económico.  Paul Krugman (2010), Premio Nobel de Economía de 2008, postula que “la capacidad de un país de mejorar su nivel de vida a lo largo del tiempo depende casi que por entero de su capacidad de aumentar su producción por trabajador” (p.23)

Capitulo 2. Ciencias Naturales y Ciencias Básicas, Ingeniería y Tecnología

La diseminación de la Levitación Magnética, a pesar de lo antiguo de su tecnología, ha sido limitada. Debido a sus inconvenientes prácticos de implementación, su uso es bastante restringido, comparado con otras tecnologías (SCMaglev japonés, Transrapid alemán, o productos comerciales para ocio y entretenimiento). Con el boom de las tecnologías limpias y amigables con el medio ambiente y en concordancia con los objetivos del milenio, es pertinente plantearse el objetivo de optimizar el proceso de Levitación Magnética para generar un aprovechamiento de las ventajas de esta tecnología a nivel mecánico, eléctrico, y ambiental.  Actualmente la UNAD adelanta un proyecto de investigación cuyo objetivo es generar un modelo físico matemático de levitación magnética para aplicaciones en ingeniería. De este proyecto se ha derivado una primera revisión sistemática de los principios físicos y los modelos vigentes en Levitación Magnética

Capacidad bactericida de Bifidobacterium sp. aislada de leche materna y de heces de neonatos, frente a los principales causantes de enfermedades transmitidas por alimentos Antibiotic activity of Bifidobacterium sp. isolated from breast milk and newborn faeces, against the main causes for foodborne illnesses

Introducción. La microbiota del tubo digestivo humano contiene bacterias benéficas para la salud que regulan el funcionamiento del colon e inhiben algunos microorganismos patógenos intestinales. Las bifidobacterias aisladas de neonatos y de leche materna se usan como microorganismos probióticos para prevenir enfermedades infecciosas, incluidas las transmitidas por alimentos. Objetivo. Aislar e identificar Bifidobacterium sp. en humanos y determinar su capacidad bactericida frente a patógenos causantes de enfermedades transmitidas por alimentos, importantes en Colombia y en el mundo. Materiales y métodos. Se recolectaron 17 muestras de leche materna, y 19 muestras de meconio y heces de neonatos, en diferentes hospitales de Bogotá. Los 26 aislamientos sospechosos se identificaron a nivel de género mediante PCR 16-23S; para la identificación de especie, se secuenciaron algunos de los aislamientos. La capacidad antagonista de las 26 cepas de Bifidobacterium sp. fue evaluada contra Staphylococcus aureus ATCC 25923, Escherichia coli ATCC 25922, Salmonella enteritidis ATCC 13076, Listeria monocytogenes ATCC 7644 y E. coli O157:H7 ATCC 35150. Para las cepas que presentaron mayor actividad antagonista, se analizó el extracto inhibidor con ensayos de difusión en placa. Resultados. Todas las cepas amplificaron la banda esperada para la confirmación de género; asimismo, las cepas Bif 013 y Bif 023 se identificaron por secuenciación como Bifidobacterium breve, con una homología del 97%. Del total de cepas, 17 mostraron capacidad de inhibir, al menos, uno de los patógenos evaluados. E. coli ATCC 25922 fue el patógeno más inhibido. Se determinó que la cepa Bif 023 es eficiente como antagonista, ya que inhibió todos los patógenos evaluados. Los halos de inhibición presentaron diámetros mayores a lo esperado, lo que indica una muy buena capacidad antagonista de las cepas nativas. Se aisló Bifidobacterium sp. de leche materna, meconio y heces de neonatos, por lo cual se confirmó que este microorganismo es microbiota humana (2). Conclusión. Se concluye que, debido a la gran capacidad antagonista de la mayoría de las bacterias aisladas, éstas pueden estar cumpliendo una importante función protectora en el recién nacido, en particular las cepas Bif 013 y Bif 023 aisladas de materia fecal. Estos microorganismos deben continuar siendo estudiados para definir su potencial probiótico. También, se pueden evaluar para bioconservación en la industria y contra patógenos transmitidos por alimentos.<br>Introduction. The microbiota in the human gastrointestinal tract contains beneficial microorganisms for human health, which contribute to the regulation of colonic function and inhibition of some intestinal pathogens growth. Bifidobacterium sp. isolated from newborns and breast milk are used as probiotic microorganisms, which are useful in the prevention of infectious diseases including foodborne illnesses. Objective: To isolate and identify human Bifidobacterium sp. and to determine its antibiotic activity against important pathogens which cause foodborne illnesses in Colombia and the world. Materials and methods. 17 breast milk samples and 19 meconium and newborn faeces samples were collected from different hospitals in Bogotá. 26 presumptive Bifidobacterium strains were identified at genus level by PCR 16-23S; some strains were identified at species level by nucleic acid sequencing. The antagonistic activity of 26 Bifidobacterium sp. strains was tested against Staphylococcus aureus ATCC 25923, Escherichia coli ATCC 25922, Salmonella enteritidis ATCC 13076, Listeria monocytogenes ATCC 7644 and E. coli O157:H7 ATCC 35150. For the strains that showed a greater antibiotic activity, the inhibitory compound was analyzed using disk diffusion tests. Results. All strains amplified the expected band for genus confirmation. Strains Bif 023 and Bif 013 were identified by DNA-sequencing as Bifidobacterium breve, with 97% homology. 17 strains were able to inhibit at least one of the pathogens tested. Escherichia coli ATCC 25922 was the most inhibited. It was determined that the strain Bif 023 is highly efficient as an antagonist strain due its ability to inhibit all the evaluated pathogens. Inhibition areas showed higher diameters than expected, suggesting an enhanced antagonist capacity of native strains. Bifidobacterium sp. was isolated from breast milk, meconium and newborn faeces which confirmed that this microorganism is human microbiota. Conclusion. Due to the high antagonist activity of most isolated bacteria, they could be playing an important protective function in the newborn, in particular strains Bif 013 and Bif 023, isolated from faeces. Other studies must be performed with these organisms to determine their probiotic potential as well as their use in the biocontrol industry due their activity against foodborne pathogens

Evaluation of cane molasses as substrate for Lactobacillus plantarum growth

La importancia de bacterias acido lácticas (BAL), como los Lactobacillus sp. en Colombia y en el mundo, hace necesario encontrar métodos óptimos para su crecimiento, utilizando sustratos diferentes para su desarrollo. Se empleó melaza de caña como sustrato iniciador para el incremento de L. plantarum. Se evaluaron condiciones y variables que afectan el crecimiento microbiano. Se manejó como cepa control L. plantarum WS417 y se inocularon diferentes concentraciones de melaza estéril a diferentes valores de pH, temperatura y agitación. El crecimiento, se determinó con microbiología tradicional utilizando recuentos directos en placa, con agar MRS. La interpretación de resultados, se realizó con un análisis de varianza factorial, observando interacciones de las variables, respecto al recuento microbiológico. Las condiciones óptimas para el crecimiento de L. plantarum fueron 20% concentración, 30±1°C durante 24 horas, 5,2±0,1 (pH) y 100rpm, donde se obtuvo un recuento de 43x109UFC/ mL. Se concluyó que la melaza de caña podría ser usada como sustrato para el desarrollo de Lactobacillus sp.Due the importance of lactic acid bacteria (LAB) in Colombia and worldwide, it has been necessary to optimize the culture conditions using different kind of substrates to increase growth. In this research, cane molasses was exploited as an indicator substrate to determinate Lactobacillus plantarum growth. Different conditions and variables that affect the microbial development were evaluated. L. plantarum (WS417) was used as a control strain, inoculating diverse sterile molasses concentrations at different pH values, temperature and agitation. The strain growth was evaluated by traditional microbiology, direct bacteria count, seeded in MRS agar plates. Relationships between biomass and effectiveness of different culture conditions were estimated by factorial variance analysis, showing the results as optimal growth conditions the content of 20% cane molasses, 30±1°C for 24 hours, pH 5,2±0,1, and 100rpm with counts of 43x109UFC/mL. It was concluded that cane molasses could be employed as growth substrate for Lactobacillus sp.Incluye referencias bibliográfica

Serotipificación molecular e identificación del fragmento 85M de aislamientos colombianos de Listeria monocytogenes: Un estudio descriptivo

Introducción: Listeria monocytogenes es un patógeno adquirido por el consumo de alimentos contaminados. Se han reportado 13 serotipos de los cuales 1/2a, 1/2b y 4b son responsables del 98% de las listeriosis humanas. Se ha estudiado la asociación entre serotipos y clones de virulencia, lo cual aporta información y brinda herramientas para la prevención y control de las enfermedades causadas por L. monocytogenes serotipo 4b. Objetivo: Identificar los serotipos de L. monocytogenes aisladas de diferentes fuentes y determinar la presencia del fragmento 85M que codifica para clon epidémico I. Métodos : Aislamiento de L. monocytogenes a partir de muestras animales, fluidos corporales, comestibles, equipos y ambientes en plantas de alimentos, según el protocolo FDA. Identificación por reacción en cadena de la polimerasa (PCR), serotipificación molecular por PCR multiplex y determinación del fragmento 85M según Yildrim et al. Resultados : De las 108 cepas de L. monocytogenes serotipificadas molecularmente, 60.2% (65 cepas) pertenecen al serotipo 4b-4d-4e, el 17.6% (19 cepas) fueron 1/ 2a-3a, el 14.81% (16 cepas) son serotipo 4a-4c, el 3.7% (4 cepas) corresponden a 1/2c-3c y el 3.7% fueron aislamientos serotipo 1/2b-3b-7. Se determinó que todas las cepas serotipo 4b-4d-4e y 1/2a-13b contienen el fragmento 85M del clon epidémico I. Conclusión : Este estudio reporta la existencia predominante de cepas de L. monocytogenes serotipo 4b-4d-4e en muestras de alimentos, ambientes y otras. Asimismo, evidencia la presencia de una región del fragmento 85M del clon epidémico I de L. monocytogenes en aislamientos pertenecientes al serotipo con más frecuencia relacionado con brotes de listeriosis en humanos (4b)