Visualising the Output of the Static Analyser Goblint

Goblint on staatiline andmejooksude analüsaator mitmelõimelistestele C-keelsetele programmidele. Käesoleva töö eesmärk on analüüsida ja tõsta Goblinti kasutatavust. Analüüsi käigus leitakse parandatavad aspektid ja väljundi parema visualiseerimise loogika. Analüüsi põhjal on loodud programm, mis võtab sisendiks esialgse Goblinti väljundi ja lihtsustab seda, tuues välja olulisema ja kaotades vähem olulise. Väljundi lihtsustamiseks leitakse tõekspidamistele vastavad ja nendest hälbivad kohad, kusjuures tõekspidamine on siinkohal komplekt mäluaadressi poole pöördumisest ja selle juures võetud lukust. Tulemused saab järjestada tõekspidamise kindluse järgi. Seeläbi saab esile tuua kõige silmapaistvamad ja kõige kergemini parandatavad vead. Lisaks sellele antakse kogu väljundile kompaktsem kuju, et selle lugemisele kuluks vähem aega. Uus tulemus on esialgsega võrreldes rohkem kui kolmandiku võrra lühem ja annab edasi programmeerijale olulist informatsiooni, mida muidu oleks pidanud käsitsi eraldama.Goblint is a static data race analyzer for multithreaded programs written in C. The goal of this thesis is to improve the usability of Goblint by improving the readability of its output. A strategy for better race warning representation was found and implemented in a separate tool that simplifies Goblint's output. Beliefs are formed based on observed pairings of memory accesses with associated locks. The results are then sorted according to the strength of the belief, prioritizing the most apparent mistakes that violate strong beliefs. The new result is less than a third of the original, and more importantly, beliefs are used to pinpoint the access that is most likely the cause of a potential race. This is a significant improvement over the current Goblint output, which reports all accesses and requires the user to find faulty locations manually

Three-dimensional attenuation model of Sierra Negra Volcano, Galápagos Archipelago

The shallow magma system beneath Sierra Negra was imaged using attenuation tomographic methods. The t∗ spectral decay method for P wave phases was used to highlight regions of high Q-1 p which suggest the presence of magma melt. High-Q-1 p anomalies ranging from 0.005 to 0.04 are concentrated below the caldera from 0.5 to 10.5 km depths. Attenuation is sensitive to temperature and fluid presence; thus, this high attenuation is interpreted as possible zones of magma accumulation. An imaged shallow body is consistent with geodetic studies on caldera deformation that modeled a magma sill or flattopped diapir of unknown thickness at ∼1 km depth below sea level

Südamerakkude sünnijärgse arengu bioenergeetilised aspektid: struktuuri ja funktsiooni vaheliste seoste väljakujunemine

Taust ja eesmärk. Täiskasvanud südamerakkude bioenergeetikas on valdavaks ATP genereerimisemehhanismiks mitokondriaalne oksüdatiivne fosforüülimine, mis katab tavatingimustel üle 90% südame energeetilisest vajadusest. Mitokondrid paiknevad kardiomüotsüütides korrapäraselt müofibrillide vahel, asetudes kohakuti libisevate filamentide kontaktalaga (sarkomeeri anisotroopne (A) vööt). Aktomüosiinisüsteem, mitokondrid, sarkoplasmaatiline võrgustik ja nendega seotud tsütoskeleti valgud moodustavad rakus ühtse struktuurse ja funktsionaalse terviku, nn energeetilise üksuse (EÜ), mis reguleerib efektiivselt energia tootmist ja fosforüülrühma ülekannet. Vahetult pärast sündi on mitokondrite paigutus ebakorrapärane, täiskasvanud kardiomüotsüüdiga võrreldes on oluliselt erinev ka südamerakkude metabolism ning energiaülekande regulatsioon. Töö eesmärgiks oli uurida südame mitokondriaalse hingamise regulatsiooni mehhanismide väljakujunemist südame sünnijargses arengus ning selle seotust mitokondrite ja tubuliini isovormide rakusisese paigutusega. Töö tulemused võimaldavad selgitada südamerakkude teatud patoloogiliste seisundite etioloogiat. Metoodika. Kardiomüotsüüdid isoleeriti, perfuseerides katseloomade (Wistari liini rotid) südant kollagenaas A lahusega. Skineeritud kiudude eraldamiseks kasutati meetodit, mille käigus lihaskiud eraldatakse õrnalt pintsettidega ja töödeldakse seejärel saponiiniga. Permeabiliseeritud kardiomüotsüütide ja skineeritud kiudude hapnikutarbimine registreeriti suure lahutusvõimega oksügraafil. Preparaatide visualiseerimiseks kasutati konfokaalmikroskoope Zeiss LSM 510 ja Olympus FluoView FV10i-W. Tulemused. Katseloomade sünni järel toimuvad esimese pooleteise kuu jooksul südamerakuenergiaülekande regulatsioonis kiired muutused: mitokondrite paigutus muutub korrapäraseks, toimub tsütoskeleti funktsionaalselt oluliste komponentide paigutumine mitokondrite lähedusse ja sellega samal ajal kasvavad oluliselt difusioonitakistused adenosiindifosfaadile (Km(ADP) väärtus suureneb 75,0 ・} 4,5 μM 3 päeva vanuste rottide kardiomüotsüütides kuni 317 ・} 29,5 μM vorreldes 84päevaste katseloomadega) ning käivitub kreatiinkinaasi-fosfokreatiini ülekandevõrgustik mitokondrite ja tsütosoolsete ATPaaside vahel. Järeldused. Katseloomade sünnijargse arengu käigus toimuvad dünaamilised muutusedkardiomüotsüütide struktuuris, millega kaasnevad muutused nende funktsioonis. Funktsionaalsete vastasmõjude tekkimine mitokondrite ja tsütoskeleti komponentide vahel on eelduseks täiskasvanud südamerakule omase energiametabolismi väljakujunemiseks. Eesti Arst 2013; 92(7):372–38

Opening the AC-Unification Race

This note reports about the implementation of AC-unification algorithms, based on the variable-abstraction method of Stickel and on the constant-abstraction method of Livesey, Siekmann, and Herold. We give a set of 105 benchmark examples and compare execution times for implementations of the two approaches. This documents for other researchers what we consider to be the state-of-the-art performance for elementary AC-unification problems

Synaptotagmins I and II mediate entry of botulinum neurotoxin B into cells

Botulinum neurotoxins (BoNTs) cause botulism by entering neurons and cleaving proteins that mediate neurotransmitter release; disruption of exocytosis results in paralysis and death. The receptors for BoNTs are thought to be composed of both proteins and gangliosides; however, protein components that mediate toxin entry have not been identified. Using gain-of-function and loss-of-function approaches, we report here that the secretory vesicle proteins, synaptotagmins (syts) I and II, mediate the entry of BoNT/B (but not BoNT/A or E) into PC12 cells. Further, we demonstrate that BoNT/B entry into PC12 cells and rat diaphragm motor nerve terminals was activity dependent and can be blocked using fragments of syt II that contain the BoNT/B-binding domain. Finally, we show that syt II fragments, in conjunction with gangliosides, neutralized BoNT/B in intact mice. These findings establish that syts I and II can function as protein receptors for BoNT/B

Uusi suundi kasvajate energiametabolismi uuringutes

Genoomika kiire arengu käigus on selgunud, et selle valdkonna meetoditega ei ole võimalik erinevaid metabolismihäireid terviklikult kirjeldada ning täiendavalt on vaja kasutusele võtta teisi meetodeid rakuenergeetikast ning proteoomikast. Äärmiselt huvitavaks kujuneb selline süsteemsem käsitlus ulatuslike patoloogiliste muutustega maliigses koes. Eelmise sajandi alguses kirjeldas Otto Warburg efekti, kus tuumorirakkudes toimus eelistatult glükolüüs isegi normoksiatingimustes. Tema esmane arvamus, et just see asjaolu ongi raku maliigsuse allikas, lükati järgnevatel aastatel uute avastuste valguses ümber. Lisaks ulatuslikele rakuenergeetilistele ümberkorraldustele maliigse raku sees (nt kärbitud Krebsi-tsükkel, hingamisahela superkompleksid) on viimastel aastatel erinevate vähipaikmete juures korduvalt tõestatud ka kahe kompartmendi olemasolu, kus maliigne rakk allutab ümbritseva strooma enda jaoks vajalikke metaboliite tootma. Maliigsuse täpsem olemus, paremad ravimisihtmärgid ning -strateegiad võivad peituda just kasvajate süsteemsemate uuringute tulemustes. Eesti Arst 2013; 92(5):261–26