Comparative evaluation of genetic risk models of reproductive disorders caused by MTHFR, MTRR, MTR1 gene polymorphism.

The scientific literature presents contradictory data about influence of folate metabolism genes polymorphism on development of risk of reproductive disorders. The aim of the study was to determine the role of MTHFR, MTRR, MTR1 gene polymorphism in the development of reproductive disorders by evaluation of genetic risk models of inheritance. 658 patients with reproductive disorders from all Ukrainian regions were examined. The data from population studies presented in the online resource (1000 genomes) served as comparison group. There were no reliable risk models for polymorphic variants of MTHFR gene. We identified 3 and 4 significant inheritance models for MTRR and MTR1 genes respectively. The best inheritance models were the dominant model for MTRR gene and the additive model for MTR1 gene. The polymorphic variants frequencies of the studied genes did not differ among men and women. Further analyse is necessary for evaluation of genetic polymorphism and intergenic interactions influence on reproductive disorders risk, taking into account folate metabolism indices and exogenous factors

Comparative evaluation of genetic risk models of reproductive disorders caused by MTHFR, MTRR, MTR1 gene polymorphism.

The scientific literature presents contradictory data about influence of folate metabolism genes polymorphism on development of risk of reproductive disorders. The aim of the study was to determine the role of MTHFR, MTRR, MTR1 gene polymorphism in the development of reproductive disorders by evaluation of genetic risk models of inheritance. 658 patients with reproductive disorders from all Ukrainian regions were examined. The data from population studies presented in the online resource (1000 genomes) served as comparison group. There were no reliable risk models for polymorphic variants of MTHFR gene. We identified 3 and 4 significant inheritance models for MTRR and MTR1 genes respectively. The best inheritance models were the dominant model for MTRR gene and the additive model for MTR1 gene. The polymorphic variants frequencies of the studied genes did not differ among men and women. Further analyse is necessary for evaluation of genetic polymorphism and intergenic interactions influence on reproductive disorders risk, taking into account folate metabolism indices and exogenous factors

СТАТИСТИЧНИЙ ПОРІВНЯЛЬНИЙ МІЖГРУПОВИЙ АНАЛІЗ ПОЄДНАННЯ ГЕНОТИПІВ

An important consequence of informatization of medical professionals is to decrease the number of diagnostic errors, large long-term calculations, to improve the accuracy of calculations.The program was designed to make calculations and statistical analysis of the genotypes’ combination for the institution «Reference Centerfor Molecular Diagnostics of Ministry of Public Health of Ukraine».The program provides the creation of desktop program complex for statistics calculations on a personal computer of doctor. Modern methods and tools for development of information systems were described to create program.В сообщении рассмотрена проблема автоматизации молекулярной диагностики пациентов с генетическими заболеваниями в Украине, основные ее недостатки и преимущества. Предложено метод упрощения вычислений и статистического анализа сочетания генотипов. В статье рассматривается программный комплекс для вычислений, созданный для учреждения «Референс-центр по молекулярной диагностике Министерства здравоохранения Украины». Программное обеспечение этого комплекса состоит из двух частей, которые направлены на выполнение основных функций сотрудников для проведения статистических вычислений. Описаны методы и инструменты, которые были использованы при создании программного комплекса.У повідомленні розглянуто проблему автоматизації молекулярної діагностики пацієнтів із генетичними захворюваннями в Україні, основні її переваги та недоліки. Запропоновано спосіб спрощення обчислення та статистичного аналізу поєднання генотипів. У статті розглядається програмний комплекс для проведення розрахунків, створений для закладу «Референс-центр з молекулярної діагностики Міністерства охорони здоров’я України». Програмне забезпечення цього комплексу складається з двох частин, які націлені на виконання двох основних функцій працівників закладу для проведення статичних обчислень. Описано методи та інструменти, що були використані при створенні програмного комплексу

Genetic predictors of development risk of combined caries and chronic catarrhal gingivitis course in children

The purpose of this work was to determine the role of the genetic component in the development of the combined course of caries and gingivitis in children. Materials and methods: The study involved 49 schoolchildren aged 7–15 years. Dental examination was carried out according to the generally accepted method. The children were divided according to the carious process activity into two groups: 0–4 (compensated caries-comparison group) and 5–8 (subcompensated caries – main group). Chronic generalized catarrhal gingivitis (СGCG) was detected in these groups with frequency: 8 (29.62 %) of 27 patients and 15 (68.18 %) of 22 patients, respectively. Biochemical analysis of the oral fluid parameters, which included an assessment of calcium, phosphorus content, the activity of acid and alkaline phosphatases, malondialdehyde (MDA), catalase, was carried out for children. Molecular genetic research was based on the genomic DNA isolation from the buccal epithelium. To determine the polymorphic variants of GSTT1, GSTM1 genes the method of multiplex polymerase chain reaction (PCR) was used and for the IL-1β (C3953T, rs1143634) and MMP13 (A77G, rs2252070) gene s– PCR followed by restriction fragment length polymorphism analysis. Results. The development chance of caries in children was associated with the GSTM1 gene deletion polymorphism in combination with the 3953CT polymorphic variant in the IL-1β gene. It was shown, that the development of caries was associated with СGCG, and this combined dental pathology was more reliably detected in patients with 3953СT and 3953TT genotypes in the IL-1β gene. Significantly increased index of malonic dialdehyde and decreased catalase activity in the presence of 3953СT and 3953TT polymorphic variants in the IL-1β gene are determined. Conclusions. Genetic predictors of increased development chance of combined dental pathology – subcompensated caries and СGCG, pathogenetically combined with increased activity and intensity of periodontal tissue damage among children, were revealed

Role of 5382 insС Mutation in BRCA 1 Gene in the Development of Hereditary and Multiple Primary Tumors (Clinical Case)

Case report of the development of multiple primary tumors, namely hereditary ovarian cancer and breast cancer in proband was described.  According to the results of complex examination and molecular-genetic counseling proband’s disease was associated with 5382 insС mutation in BRCA1 gene. This indicated the role of molecular genetic examination in detection of multiple primary malignant tumors of ovaries and breast in persons with the mutations in BRCA1/2 genes

Ovarian Cancer and Mutation 5382insC in BRCA1 Gene (Clinical Case)

Case report was described and familial cancer syndrome in proband’s family was established. Based on the results of complex examination and medical-genetic counseling proband’s disease was associated with mutation 5382 insС in BRCA1 gene indicating the role of molecular genetic testing for timely detection of malignant ovarian and breast pathology in families with burdened history of cancer

Зв’язок поліморфних варіантів (ApaI, TagI, BsmI) гена рецептораVDR із рівнем вітаміну D і фіброзом печінки в дітей з автоімунним гепатитом

 The aim. To study the correlation of the frequency distribution of alleles, genotypes and their combinations for the allelic variants of ApaI, TagI, BsmI of the Vitamin D receptor gene (VDR) with the vitamin D levels and the stage of fibrosis in children with autoimmune hepatitis.Materials and methods. 51 children with autoimmune hepatitis were examined between 2016 and 2018. In all children, the diagnosis was confirmed in accordance with the International Guidelines for the study of liver diseases (European Association for the Study of Liver (EASL) Clinical Practice Guidelines: Autoimmune Hepatitis, 2015). In the examined children, the elastography of the liver parenchyma was performed by the shear wave method. Needle biopsy of the liver with histological examination of the specimens was performed in 42 children. The disease activity was determined using the histological activity index (HAI) by Knodell based on the results of a morphological study of the liver biopsy and biochemical parameters. The stage of the disease was evaluated by the histological index of fibrosis using the METAVIR scoring system and semi-quantitatively using the share wave elastography of liver parenchyma. A level of 25(OH)D was determined in the blood serum. The determination of the ApaI, TagI, BsmI polymorphic loci of vitamin D receptor (VDR) was carried out using the molecular-genetic method. The association of polymorphic variants of the VDR gene with the level of vitamin D and the stage of liver fibrosis in children with autoimmune hepatitis has been evaluated.Results. 72.0 % of the examined children had advanced severe liver fibrosis (F3-4 by the METAVIR score), among them 34.0 % of children had signs of liver cirrhosis. Children with advanced severe fibrosis (F3–4 by the METAVIR score) had the CC genotype of the polymorphic version of the TagI of the VDR gene significantly more often (χ2 = 3.953; P < 0.05), and the genotype AA/CC/AA according to the investigated allelic variants of the VDR gene (χ2 = 3.953; P < 0.05). In 72.5 % of the examined children, there was a deficiency of vitamin D. In children with severe fibrosis (F3–4 by the METAVIR score) vitamin D deficiency was significantly more frequent as compared to children with less severe fibrosis (F1–2 by the METAVIR score) (χ2 = 5,207; P = 0.023). The genotype GA of the BsmI polymorphic variant was associated with a decrease in serum vitamin D levels (P < 0.05). At the AC/TC/GA combination of the ApaI, TagI and BsmI allelic variants of the VDR gene, vitamin D deficiency was registered significantly more frequently (P < 0.05).Conclusions. The level of vitamin D in children with autoimmune hepatitis was dependent on the stage of fibrosis. Children with severe fibrosis had a genetically determined vitamin D deficiency significantly more often. Vitamin D deficiency was associated with the CC genotype presence of the TagI polymorphic variant of the VDR gene in patients as well as the GA genotype of the BsmI polymorphic variant and the AC/TC/GA genotype of the three allelic variants of the gene studied. Цель работы – изучить связь распределения частот аллелей, генотипов и их комбинаций с аллельными вариантами ApaI, TagI, BsmI гена рецептора витамина D (VDR) с уровнем витамина D и стадией фиброза печени у детей с аутоиммунным гепатитом.Материалы и методы. Обследовали 51 ребенка с аутоиммунным гепатитом за период 2016–2018 г. Всем детям диагноз установлен в соответствии с международными рекомендациями ассоциации по изучению заболеваний печени (European Association for the Study of Liver (EASL) Clinical Practice Guidelines: Autoimmune hepatitis, 2015). Детям проведена эластография паренхимы печени методом сдвиговой волны. 42 детям выполнена пункционная биопсия печени с гистологическим исследованием биоптата. Активность гепатита определяли с помощью гистологического индекса активности (ИГА) по Knodell по результатам морфологического исследования биоптата печени и биохимическим показателям. Стадию заболевания оценивали по гистологическому индексу фиброза METAVIR и полуколичественного с помощью эластографии сдвиговой волны паренхимы печени. В сыворотке крови определен уровень 25(ОН)D. Молекулярно-генетическим методом исследовали полиморфные локусы ApaI, TagI, BsmI гена рецептора витамина D (VDR). Оценены ассоциации полиморфных вариантов гена VDR с уровнем витамина D и стадией фиброза у детей с аутоиммунным гепатитом.Результаты. 72,0 % обследованных имели фиброз печени F3–4 по METAVIR, из них у 34,0 % детей установлены признаки цирроза печени. Дети с фиброзом F3–4 METAVIR достоверно чаще имели CC генотип по полиморфному варианту TagI гена рецептора VDR (χ2 = 3,953; p < 0,05), генотип AA/CC/AA по исследованным аллельным вариантам гена рецептора VDR (χ2 = 3,953; p < 0,05). У 72,5 % детей установлен дефицит витамина D. У детей с фиброзом F3–4 METAVIR достоверно чаще отмечен дефицит витамина D по сравнению с детьми со стадией фиброза F1–2 METAVIR (χ2 = 5,207; p = 0,023). Генотип GA по полиморфному вариантуBsmI связан со снижением уровня витамина D в сыворотке крови (p < 0,05). При комбинации AC/TC/GA по аллельным вариантам ApaI, TagI, BsmI гена рецептора VDR достоверно чаще диагностирован дефицит витамина D (p < 0,05).Выводы. Уровень витамина D у детей с аутоиммунным гепатитом зависел от стадии фиброза. Дети с выразительным фиброзом достоверно чаще имели генетически обусловленный дефицит витамина D. Дефицит витамина D ассоциирован с наличием у больных СС генотипа по полиморфному варианту ТagI гена VDR, а также генотипа GA по полиморфному варианту BsmI и генотипа AC/TC/GA по трем аллельными вариантами исследованного гена.  Мета роботи – вивчити зв’язок розподілу частот алелей, генотипів та їх комбінацій за алельними варіантами ApaI, TagI, BsmI гена рецептора вітаміну D (VDR) із рівнем вітаміну D та стадією фіброзу в дітей, які хворі на автоімунний гепатит.Матеріали та методи. Обстежили 51 дитину з автоімунним гепатитом у 2016–2018 рр. Усім дітям діагноз встановили відповідно до міжнародних рекомендацій із вивчення захворювань печінки (European Association for the Study of Liver (EASL) Clinical Practice Guidelines: Autoimmune hepatitis, 2015). У дітей, яких обстежили, виконали еластографію паренхіми печінки методом зсувної хвилі. У 42 дітей виконали пункційну біопсію печінки з гістологічним дослідженням біоптату. Активність захворювання визначали за допомогою гістологічного індексу активності (ІГА) за Knodell за результатами морфологічного дослідження біоптату печінки та біохімічними показниками. Стадію захворювання оцінювали за гістологічним індексом фіброзу METAVIR та напівкількісно за допомогою еластографії зсувної хвилі паренхіми печінки. У сироватці крові визначили рівень 25(ОН)D. Молекулярно-генетичним методом дослідили поліморфні локуси ApaI, TagI, BsmI гена рецептора вітаміну D (VDR). Оцінили асоціацію поліморфних варіантів гена VDR із рівнем забезпеченості вітаміном D і стадією фіброзу в дітей, які хворі на автоімунний гепатит.Результати. 72,0 % дітей, яких обстежили, мали виразний фіброз печінки F3–4 METAVIR, із них у 34,0 % дітей виявили ознаки цирозу печінки. Діти з фіброзом F3–4 METAVIR вірогідно частіше мали CC генотип за поліморфним варіантом TagI гена рецептора VDR (χ2= 3,953; p < 0,05), генотип AA/CC/AA за дослідженими алельними варіантами гена рецептора VDR (χ2= 3,953; p < 0,05). У 72,5 % обстежених дітей встановили дефіцит вітаміну D. У дітей із фіброзом F3–4 METAVIR вірогідно частіше визначали дефіцит вітаміну D порівняно з дітьми зі стадією фіброзу F1–2 METAVIR (χ2= 5,207; p = 0,023). Генотип GA за поліморфним варіантом BsmI був пов’язаний зі зниженням рівня вітаміну D у сироватці крові (p < 0,05). При комбінації AC/TC/GA за алельними варіантами ApaI, TagI, BsmI гена рецептораVDR вірогідно частіше виявляли дефіцит вітаміну D (p < 0,05).Висновки. Забезпеченість вітаміном D у дітей з автоімунним гепатитом залежала від стадії фіброзу. Діти з виразним фіброзом вірогідно частіше мали генетично зумовлений дефіцит вітаміну D. Дефіцит вітаміну D асоційований із наявністю у хворих СС генотипу за поліморфним варіантом ТagI гена VDR, а також генотипу GA за поліморфним варіантом BsmI і генотипу AC/TC/GA за трьома алельними варіантами гена, який дослідили

ОСОБЛИВОСТІ МІЖГЕННИХ ТА ГЕН-ФАКТОРНИХ ВЗАЄМОДІЙ У ПАТОГЕНЕТИЧНИХ МЕХАНІЗМАХ РОЗВИТКУ АЛКОГОЛЬНОГО ГЕПАТИТУ ТА АЛКОГОЛЬНОГО ЦИРОЗУ ПЕЧІНКИ

Purpose - to analyze the combinations of genotypes for the eNOS (T-786C), PNPLA3(C10109G), CD-14 (C-159T) genes in patients with alcoholic liver disease.Material and methods. 99 patients with alcoholic liver disease were examined. In 37(37.37%) of the 99 patients of the main group, alcoholic hepatitis (AG) was confirmed byadditional laboratory and instrumental methods, and in 62 (62.62%) - liver cirrhosis(AC). In 64.86% of patients with hypertension and 64.51% of ADCs, hypertensive disease(GC) of І-ІІ stages, stages I-II, without heart failure was detected, therefore 10 (32.25%)patients with HD were also involved in the comparison group of 31 healthy persons. Toidentify the polymorphic variants of CD14 (C-159T), rs2569190 and PNPLA3 gene(C10109G), rs738409, modified protocols with oligonucleotide primers were used usingthe PCR method and the subsequent analysis of restriction fragment length polymorphism(PDRF). To determine the eNOS (T-786C), rs2070744 mutation, a protocol witholigonucleotide primers was used using the allelic-specific PCR method. The investigatedgenes were amplified using specific primers (Metabion, Germany). Specific fragments ofCD14 (C-159T), PNPLA3 (C10109G) and eNOS (T-786C) genes were amplified using thecommercial DreamTaq Green PCR Master Mix (Thermo Scientific, USA).Results. It was found that there were no significant differences between the two patientswith eNOS / PNPLA3, eNOS / CD14, CD14 / PNPLA3 in the analysis of combinations ofgenotypes between patients with alcoholic hepatitis (AР) and patients with alcoholiccirrhosis (AC). In practically healthy subjects, the frequency of TC / CT genotypedistribution by eNOS / CD14 genes was 33.33% and was significantly higher than inpatients with AC - 11.29% (2= 5.43; p <0.05). When calculating the odds ratio of OR,which was 0.255 (with a confidence interval of CI: 0.077-0.846), it has been found thatthe combination of genotypes reduces the risk of AC development. In patients with AH, aswell as in practically healthy subjects, the proportion of subjects with a combination of TS/ SS genotypes with eNOS / PNPLA3 genes was increased compared to AC patients, butthis increase was not significant (2= 3.22; p> 0,05 for meaningful differences, thecritical value of the index should be 3.84), which was confirmed by the calculation of theindicator of the odds ratio (OR = 2,19; CI: 0,92-5,19). And the proportion of patients witha combination of C / C genotypes on the eNOS / PNPLA3 genes, on the contrary, waslower among patients with hypertension compared with ADC patients, but thesedifferences were also not significant (2= 3.56; p> 0.05; OR = 6.11, CI: 0.74 to 50.37).Among patients with arterial hypertension (AH), the frequency of TT / TT combinationsunder the eNOS / CD14 genes and CC / GG for the CD14 / PNPLA3 genes (20% and30%) was significantly increased, but in clinically healthy subjects these combinationswere not detected in general, respectively: 2= 4.49; p <0.05 and 2= 6.97; p <0.01).The results of the analysis of the distribution of combinations of genotypes in the threeinvestigated genes showed that a significant difference in this comparison was determinedonly for the combination of TT / TT / GG genotypes for the eNOS / CD14 / PNPLA3 genes,the frequency of which was prevalent among patients with HD compared with clinicallyhealthy subjects (20 % and was not detected at all, respectively, 2 = 4.49; p <0.05; andthe odds ratio ratio was not calculated at all, since the combination of genotypes studiedwas not found in clinically healthy subjects. A combination of TS / CC / CC genotypes wasfound in 10.10% of patients with AHD, of which 13.51% were in the subgroup withhypertension and 8.06% in the subgroup with AC, and in the comparative group, thisgenotype was not detected at all. Among the comparison group and clinically healthysubjects, the prevalence of the combination of genotypes TS / CT / GG (9.68% and14.29%, respectively) was higher than the general group of patients with AHD (2.02%)and patients with hypertension (5 , 41%), and the growth was significant (2= 6,20; p<0,05 and 2= 9,18; p <0,01) compared with AC patients who did not have this combination of genotypes.Conclusion. When calculating the distribution of all variants of combinations ofgenotypes in subjects involved in the study, it has been found that combinations of TS / CTgenotypes by eNOS / CD14 and TC / CT / GG genes for eNOS / CD14 / PNPLA3 genessignificantly reduce the risk of cirrhotic liver damage, in particular in the case of theprolonged alcohol abuse.Цель работы - проанализировать комбинации генотипов по генам eNOS (T-786C),PNPLA3 (C10109G), CD-14 (C-159T) у больных алкогольной болезнью печени (АБП).Материал и методы. Обследовано 99 пациентов с установленным диагнозом АБП. В37 (37,37%) из 99 пациентов основной группы было подтверждено с помощьюдополнительных лабораторных и инструментальных методов алкогольный гепатит(АГ), а в 62 (62,62%) - алкогольный цирроз печени (АЦП). В 64,86% пациентов с АГ ив 64,51% с АЦП была обнаружена гипертоническая болезнь (ГБ) I-II стадий I-II степеней, без сердечной недостаточности, поэтому к группе сравнения 21 практическиздоровых лиц были также привлечены 10 (32,25%) человек с ГБ. Для определенияполиморфных вариантов генов CD 14 (C-159T), rs2569190 PNPLA3 (C10109G),rs738409 и eNOS (T-786C), rs2070744 использовали модифицированные протоколы солигонуклеотидными праймерами с применением метода полимеразной цепной реакции и последующим анализом полиморфизма длины рестрикционных фрагментов.Результаты. Установлено, что между больными АГ и больными АЦП не было обнаружено значимых различий при анализе комбинаций генотипов по двум генам eNOS /PNPLA3, eNOS / CD14, CD14 / PNPLA3. У практически здоровых лиц частота распространения комбинаций генотипов ТС / СТ по генам eNOS / CD14 составляла33,33% и была достоверно выше, чем у пациентов с АЦП - на 11,29% (2 = 5,43; p<0,05). При расчете показателя соотношения шансов OR, который составил 0,255(с доверительным интервалом CI: 0,077-0,846), установлено, что указанная комбинация генотипов снижает риск развития АЦП. У больных АГ, так же как и упрактически здоровых лиц, была повышена доля лиц с комбинацией генотипов ТС/СС по генам eNOS / PNPLA3 по сравнению с больными АЦП, но указанное повышениене было достоверным (2= 3,22, р>0 , 05, для значимых различий критическое значение показателя должно составлять 3,84), что было подтверждено расчетомпоказателя соотношения шансов (OR = 2,19; CI: 0,92-5,19). А доля пациентов скомбинацией генотипов CС / СG по генам eNOS / PNPLA3, наоборот, была сниженау пациентов с АГ по сравнению с пациентами с АЦП, но эти различия также не былизначимыми (2= 3,56; р <0,05; OR = 6,11; CI: 0,74-50,37). Среди больных гипертонической болезнью (ГБ) была значимо повышена частота распространения комбинаций генотипов ТТ / ТТ по генам eNOS / CD14, а также CC / GG по генам CD14 /PNPLA3 (20% и 30%, а у клинически здоровых лиц этих комбинаций не было выявленовообще, соответственно: 2= 4,49; p<0,05 и 2 = 6,97; p<0,01). Результаты анализараспространения комбинаций генотипов по трем исследованным генам показали,что значимое различие при этом сравнении было определено только для комбинациигенотипов TT / TT / GG по генам eNOS/ CD14/PNPLA3, частота которых преобладала среди больных ГБ по сравнению с клинически здоровыми лицами (20% и необнаружено вообще, соответственно, 2= 4,49; p <0,05, а показатель соотношенияшансов вообще не рассчитывался, потому исследована комбинация генотипов небыла выявлена у клинически здоровых лиц). Комбинацию генотипов TС / CC / CCбыло обнаружено в 10,10% больных АБП, из них - 13,51% в подгруппе с АГ и 8,06% -в подгруппе с АЦП, а в группе сравнения этот генотип вообще не был обнаружен.Среди лиц группы сравнения и клинически здоровых лиц преобладала частота распространения комбинации генотипов TС / CT / GG (9,68% и 14,29% соответственно)по сравнению с общей группой пациентов с АЗП (2,02%) и пациентами с АГ (5,41%),а по сравнению с больными АЦП, у которых не было этой комбинации генотипов,упомянутое рост был значимым (2 = 6,20; p <0,05 и 2= 9,18; p <0,01).Вывод. При расчете распространения всех вариантов комбинаций генотипов убольных алкогольной болезнью печени установлено, что комбинации генотипов ТС /СТ по генам eNOS / CD14 и TС / CT / GG по генам eNOS / CD14 / PNPLA3 значимоснижают риск цирротического поражения печени, в том числе в случае длительного злоупотребления алкоголем.Мета роботи - проаналізувати комбінації генотипів за генами eNOS (T-786C),PNPLA3 (C10109G), CD-14 (C-159T) у хворих на алкогольну хворобу печінки (АХП).Матеріал і методи. Обстежено 99 пацієнтів із встановленим діагнозом АХП. У 37(37,37 %) із 99 пацієнтів основної групи було підтверджено за допомогоюдодаткових лабораторних та інструментальних методів алкогольний гепатит(АГ), а у 62 (62,62%) - алкогольний цироз печінки (АЦП). У 64,86 % пацієнтів з АГта у 64,51% з АЦП було виявлено гіпертонічну хворобу (ГХ) І-ІІ стадій, I-II ступенів,без серцевої недостатності, тому до групи порівняння із 21 практично здоровоїособи було також залучено 10 (32,25%) осіб з ГХ. Для визначення поліморфнихваріантів генів CD 14 (C-159T), rs2569190 PNPLA3 (C10109G), rs738409 та eNOS(T-786C), rs2070744 використовували модифіковані протоколи з олігонуклеотидними праймерами із застосуванням методу полімеразної ланцюгової реакції танаступним аналізом поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів.Результати. Встановлено, що між хворими на АГ та хворими на АЦП не було виявлено значущих відмінностей при аналізі комбінацій генотипів за двома генамиeNOS/PNPLA3, eNOS/CD14, CD14/PNPLA3. У практично здорових осіб частотарозповсюдження комбінацій генотипів ТС/СТ за генами eNOS/CD14 становила33,33% та була достовірно вищою ніж у пацієнтів з АЦП - на 11,29% (2= 5,43;p<0,05). Під час розрахунку показника співвідношення шансів OR, який склав 0,255(з довірчим інтервалом CI: 0,077-0,846), з'ясовано, що зазначена комбінація генотипів знижує ризик розвитку АЦП. У пацієнтів із АГ, як і у практично здоровихосіб, була підвищена частка осіб із комбінацією генотипів ТС/СС за генами eNOS/PNPLA3 порівняно з пацієнтами із АЦП, але зазначене підвищення не було достовірним (2= 3,22; р>0,05; для значущих відмінностей критичне значення показника мало повинно становити 3,84), що було підтверджено розрахунком показникаспіввідношення шансів (OR=2,19; CI: 0,92-5,19). А частка пацієнтів із комбінацієюгенотипів CС/СG за генами eNOS/PNPLA3, навпаки, була знижена серед пацієнтівіз АГ порівняно з пацієнтами із АЦП, але ці відмінності також не були значущими(2= 3,56; р>0,05; OR=6,11; CI: 0,74-50,37). Серед хворих на гіпертонічну хворобу(ГХ) була значуще підвищена частота розповсюдження комбінацій генотипів ТТ/ТТза генами eNOS/CD14, а також CC/GG за генами CD14/PNPLA3 (20% та 30%, а уклінічно здорових осіб цих комбінацій не виявлено взагалі, відповідно: 2= 4,49;p<0,05 та 2= 6,97; p<0,01). Результати аналізу розповсюдження комбінаційгенотипів за трьома дослідженими генами показали, що значуща відмінність прицьому порівнянні була визначена лише для комбінації генотипів TT/TT/GG за генамиeNOS/CD14/PNPLA3, частота яких переважала серед пацієнтів із ГХ порівняно ізклінічно здоровими особами (20% та не виявлено взагалі, відповідно, 2= 4,49;p<0,05; а показник співвідношення шансів зовсім не розраховувався, бо дослідженакомбінація генотипів не була виявлена у клінічно здорових осіб). Комбінацію генотипів TС/CC/CC було виявлено у 10,10% хворих із АХП, з них - 13,51% у підгрупііз АГ та 8,06% у підгрупі із АЦП, а у групі порівняння цей генотип взагалі не буловиявлено. Серед осіб групи порівняння та клінічно здорових осіб переважала частота розповсюдження комбінації генотипів TС/CT/GG (9,68% та 14,29%,відповідно) порівняно із загальною групою пацієнтів із АЗП (2,02%) та пацієнтамиіз АГ (5,41%), а порівняно із хворими на АЦП, у яких не було цієї комбінації генотипів, згадане зростання було значущим (2= 6,20; p<0,05 та 2= 9,18; p<0,01).Висновок. При розрахунку розповсюдження всіх варіантів комбінацій генотипів ухворих на алкогольну хворобу печінки встановлено, що комбінації генотипів ТС/СТза генами eNOS/CD14 та TС/CT/GG за генами eNOS/CD14/PNPLA3 значуще знижують ризик циротичного ураження печінки, у тому числі у випадку тривалогозловживання алкоголем

Study on association of the polymorphic variants of ACE (I/D), AT2R1 (A1166C), TNF-α (G308A), MTHFR (C677T) genes and their combinations with the risk of development of perinatal pathology and gestation reduction

Aim. To study the association of the polymorphic variants of ACE (I/D), AT2R1 (A1166C), TNF-alpha (G308A), MTHFR (C677T) genes and their combinations with the risk of perinatal pathology and gestation reduction. Methods. The polymorphic variants of genes were analyzed by PCR and RFLP in 235 newborns with severe perinatal pathology and 110 clinically healthy term newborns. Results. An increased risk of severe perinatal pathology was associated with such genotypes: DD and ID (ACE), 1166AC, 1166CC (AT2R1), 677CT (MTHFR), 308AA and 308AG (TNF-alpha), this risk for homozygotes is almost 2-fold higher than for heterozygotes. Reduction of terms of gestation is associated with the genotype 677TT (MTHFR), and resistance to diseases in the perinatal period – with the genotype II (ACE) and 1166AA (AT2R1), 677CC (MTHFR) and the 308GG (TNF-alpha), particularly when combined. Conclusions. The identified associations evidence the role of polymorphic variants of ACE, AT2R1, TNF-alpha, MTHFR genes in the development of severe perinatal pathology and can be used for its early prediction with subsequent correction of treatment

Оцінка розповсюдження поліморфізму генів системи детоксикації у дітей з запальними захворюваннями кишковика

Purpose — investigation of the detoxification genes (GSTM1, GSTT1, MDR1) polymorphism distribution in population of children with inflammatory bowel disease and evaluation of its potential clinical utility in comparison with the current publications in the field. Patients and methods. The study involved 45 children with inflammatory bowel diseases in the age from 3 to 18 years old. Clinical study was conducted under the order of Ministry of Health of Ukraine (№ 59 from 29.01.2013). Deletions polymorphism detection of GSTM1 and GSTT1 genes was performed by multiplex polymerase chain reaction, while polymorphic variants of gene MDR1 (C3435T) were detected by polymerase chain reaction, followed by analysis of restriction fragment length polymorphism. Results. GSTM1 gene deletion was detected in 27 children with inflammatory bowel disease (60%), while in Ukrainian population this value is a bit lower (54.4%, χ2=0.45; p=0.5). The frequency of GSTM1 gene deletions in patients with Crohn's disease and ulcerative colitis was observed at 71.5% and 54.8% respectively (χ2=1.1; p=0.34). GSTT1 gene deletion was detected in 26.7% of children with inflammatory bowel disease, while frequency of this mutation in Ukrainian population is 20.1% (χ2=0.9; p=0.34). Study of MDR1 gene polymorphism revealed TT-genotype at 22.3%, while in Ukrainian population this variant reaches 26.8% (χ2=0.45; p=0.50). ST-genotype was found in 53.4% of children with inflammatory bowel disease, while in Ukrainian population it is 59.0% (χ2=0.1; p=0.74). Conclusions. No significant difference observed between distribution of the genetic variants of the genes GSTM1, GSTT1, MDR1 in population of children with inflammatory bowel diseases and in the control group. Mutations of the noted genes cannot be considered to be the risk factors for development of inflammatory bowel diseases in children. Key words: children, inflammatory bowel disease, ulcerative colitis, Crohn's disease, detoxification genes.Цель — исследовать распространенность полиморфизма генов детоксикации GSTM1, GSTT1, MDR1 у детей с воспалительными заболеваниями кишечника для оценки перспективы использования полученных результатов в клиническом анализе и сравнить их с данными литературы. Пациенты и методы. Обследованы 45 детей с воспалительными заболеваниями кишечника в возрасте от 3 до 18 лет. Комплекс обследований проведен согласно приказу МЗ Украины от 29.01.2013 г. № 59. Определение делеционного полиморфизма GSTM1, GSTT1 осуществлено методом мультиплексной полимеразной цепной реакции, а полиморфных вариантов гена MDR1 (С3435Т) — методом полимеразной цепной реакции с последующим анализом полиморфизма длины рестрикционных фрагментов. Результаты. Делеционный вариант гена GSTM1 наблюдался у 27 детей с воспалительными заболеваниями кишечника (60%), а в популяции Украины — у 54,4% (χ2=0,45; р=0,5). Частота делеционного варианта гена GSTM1 при болезни Крона и язвенном колите встречалась соответственно у 71,5% та 54,8% (χ2=1,1; р=0,34). Делеционный вариант гена GSTT1 у детей с воспалительными заболеваниями кишечника отмечался у 26,7%, частота в популяции Украины составляла 20,1% (χ2=0,9; р=0,34). При исследовании полиморфизма гена MDR1, ТТ>генотип отмечался у 22,3% с воспалительными заболеваниями кишечника, а в популяции Украины — у 26,8% (χ2=0,45; р=0,50); СТ-генотип — соответственно у 53,4% и 59,0% (χ2=0,1; р=0,74). Выводы. Полиморфные варианты генов GSTM1, GSTT1, MDR1 не являются фактором риска развития воспалительных заболеваний кишечника у детей. Ключевые слова: дети, воспалительные заболевания кишечника, язвенный колит, болезнь Крона, гены детоксикации.Мета — дослідити поширеність поліморфізму генів детоксикації GSTM1, GSTT1, MDR1 у дітей із запальними захворюваннями кишковика для оцінки перспективи використання отриманих результатів у клінічному аналізі та порівняти їх із даними літератури. Пацієнти та методи. Обстежено 45 дітей із запальними захворюваннями кишковика віком від 3 до 18 років. Комплекс обстежень проведено згідно з наказом МОЗ України від 29.01.2013 р. № 59. Визначення делеційного поліморфізму GSTM1, GSTT1 здійснено методом мультиплексної полімеразної ланцюгової реакції, а поліморфних варіантів гена MDR1 (С3435Т) — методом полімеразної ланцюгової реакції з подальшим аналізом поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів. Результати. Делеційний варіант гена GSTM1 спостерігався у 27 дітей із запальними захворюваннями кишковика (60%), а в популяції України — у 54,4% (χ2=0,45; р=0,5). Частота делеційного варіанта гена GSTM1 при хворобі Крона та виразковому коліті зустрічалася відповідно у 71,5% та 54,8% (χ2=1,1; р=0,34). Делеційний варіант гена GSTT1 у дітей із запальними захворюваннями кишковика відмічався у 26,7%, частота в популяції України становила 20,1% (χ2=0,9; р=0,34). При дослідженні поліморфізму гена MDR1, ТТ>генотип відмічався у 22,3% із запальними захворюваннями кишковика, а в популяції України — у 26,8% (χ2=0,45; р=0,50); СТ>генотип — відповідно у 53,4% та 59,0% (χ2=0,1; р=0,74). Висновки. Поліморфні варіанти генів GSTM1, GSTT1, MDR1 не є факторами ризику розвитку запальних захворювань кишковика в дітей. Ключові слова: діти, запальні захворювання кишковика, виразковий коліт, хвороба Крона, гени детоксикації